腾冲嗜热菌单链 DNA 结合蛋白 SSB2 和 SSB3 新的单链 DNA 结合特性

摘要：【目的】揭示腾冲嗜热菌中两个单链DNA结合蛋白SSB2和SSB3的全新的底物结合功能及其不同的体内表达模式。【方法】利用腾冲嗜热菌复制起始位点附近的长度较短的单链DNA为底物,采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及western blot方法,研究SSB2和SSB3体外单链DNA结合特征和体内表达模式。【结果】SSB2 与35nt的复制起始区单链DNA（ssDNA）结合, 形成单个SSB2-DNA复合物;当与59 nt ssDNA结合时,可以随着蛋白浓度的递增形成一个或两个SSB2-DNA复合物;而与70n     

DNA足纹步移作图法

一种以PCR介导的、可对任意长度靶DNA片段上的核蛋白结合位点进行DNA足纹作图分析的新方法.原理是：采用被随机降解靶DNA分子作为模板,用标记的跨越整个模板的足够多条特异性引物进行单链扩增.首先,利用某种化学试剂或酶如DNaseⅠ对已与蛋白质结合或未结合的双链靶DNA进行随机降解,在一定条件下使每一个DNA分子恰好只有一个位点被切割.然后,这些被随机降解DNA分子即可作为模板,用同位素标记的跨越整个模板的足够多条特异性引物（正向或反向）进行单链扩增.最后,扩增的单链产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和放射自显影形成DNA片段梯队,而被蛋白质保护的位点则在DNA片段梯队中形成位置缺口,从而确定DNA与蛋白质相结合的精确位点.该方法被应用对人干细胞因子基因5′旁侧－1190～－273区域的DNA足纹部分作图.     

改良聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA

本文介绍了应用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA的改进方法。与以往方法相比,本方法从配制凝胶储备液,无需封口的水平灌胶,适当地提高电泳的电压梯度,采用改良银染法检测,省却凝胶固定,银染法DNA的纯化方法,及溴化乙锭染色法的操作等一系列改进措施,使聚丙烯酰胺凝胶电泳检测DNA的操作得到简化,更便捷,并减小了对人与环境的毒害作用。     

~(35)S-标记与DNA酶解片段核苷酸的顺序测定

末端终止法测定DNA分子内核苷酸排列顺序,常用~(32)P标记,Tris-H_3BO_3-EDTA(TBE)-聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。在实际工作中都希望从有限的胶板上得到尽可能多的数据。Biggin及Hung等应用~(35)S-αATP标记和缓冲液梯度胶分离,大大改善了凝胶的分离状况,扩大了区带的可读范围。在乙型肝炎病毒(HBV)DNA顺序测定中,我们将~(35)S-dATP标记法用于0.5与2.5×TBE缓冲液梯度-8％聚丙烯酰胺凝胶分离,得到了良好的分离效果,顺序可读长度增加一倍以上,因而使较大片段的顺序测定能在一次克隆的样品中完成。     

DGGE技术在动物胃肠道微生物研究中的应用

变性梯度凝胶电泳(DGGE)是通过聚丙烯酰胺凝胶中变性剂浓度梯度的不同,将序列不同的DNA分开。目前,该技术已广泛应用于瘤胃微生物、肠道微生物等多样性研究。综述了变性梯度凝胶电泳技术的基本原理、优缺点及其在动物营养中的应用。     

海洋游仆虫细胞核染色质组分和组蛋白的初步研究

收集海洋游仆虫(Euplotes vannus)的细胞,制备其染色质。稀酸抽提染色质得到的组蛋白经聚丙烯酰胺凝胶电泳、SDS-聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳、等电点聚焦和氨基酸分析等方法测定,其核染色质中组蛋白占核总蛋白的69.6％;DNA:RNA:组蛋白:非组蛋白为1∶0.022∶1.1∶0.047。染色质的全组蛋白由16种氨基酸组成,碱性氨基酸与酸性氨基酸之比为1.06∶1,是一种弱碱性蛋白质。等电点为pH8.1—9.15,分子量为10,500—22,000道尔顿。     

荧光偏振技术研究Bloom解旋酶催化核心与双链DNA的相互作用

Bloom 综合症(BLM)解旋酶是RecQ家族DNA解旋酶中的一个重要成员,参与了DNA复制、修复、转录、重组以及端粒的维持等细胞代谢过程,在维持染色体的稳定性中具有重要的作用．BLM解旋酶的突变可导致Bloom综合症,患者遗传不稳定易患多种类型癌症．本研究运用荧光偏振技术研究BLM解旋酶催化核心(BLM642-1290)与双链DNA(dsDNA)的相互作用,分析其相关特征参数,了解BLM642-1290解旋酶与dsDNA的结合和解链特性．结果表明,BLM642-1290解旋酶与dsDNA的结合和解链和dsDNA3’末端的单链DNA(ssDNA)长度有关;解旋酶优先结合于dsDNA底物的ssDNA末端,且每分子解旋酶可结合9.6 nt的ssDNA;dsDNA3’末端ssDNA的长度为9.6 nt时,解旋酶的解链效率达到最大且不再随其长度而变化．另外,BLM642-1290解旋酶也能够结合和解链钝末端dsDNA,但其结合亲和力和解链效率低于有3’末端ssDNA的dsDNA．推测BLM642-1290解旋酶在与dsDNA底物结合和解链时是单体形式,可能以尺蠖的形式解开dsDNA．这些结果可为进一步研究BLM解旋酶的功能特征提供理论基础．     

大肠杆菌冷休克蛋白CspC的分离纯化及部分性质测定

经Sepharose Q Fast Flow阴离子交换层析和Superdex 30凝胶过滤层析,从大肠杆菌(Escherichia coli)细胞内分离纯化了一种小分子蛋白质,SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)纯度鉴定为单一条带,经质谱分析、N端测序、同源序列比较,确定该蛋白质为大肠杆菌冷休克蛋白CspC.在此基础上,用圆二色光谱测定了其二级结构含量,初步探索了其热稳定性及与单链DNA结合后的构象变化.     

荧光偏振技术研究Bloom解旋酶催化核心与双链DNA的相互作用

Bloom 综合症(BLM)解旋酶是RecQ家族DNA解旋酶中的一个重要成员,参与了DNA复制、修复、转录、重组以及端粒的维持等细胞代谢过程,在维持染色体的稳定性中具有重要的作用．BLM解旋酶的突变可导致Bloom综合症,患者遗传不稳定易患多种类型癌症．本研究运用荧光偏振技术研究BLM解旋酶催化核心(BLM^642～1290)与双链DNA(dsDNA)的相互作用,分析其相关特征参数,了解BLM^642～1290解旋酶与dsDNA的结合和解链特性．结果表明：BLM^642～1290解旋酶与dsDNA的结合和解链与dsDNA 3′端的单链DNA(ssDNA)长度有关;解旋酶优先结合于dsDNA底物的ssDNA末端,且每分子解旋酶可结合9.6 nt的ssDNA;dsDNA 3′端ssDNA的长度为9.6 nt时,解旋酶的解链效率达到最大且不再随其长度而变化．另外,BLM^642～1290解旋酶也能够结合和解链钝末端dsDNA,但其结合亲和力和解链效率低于有3′端ssDNA的dsDNA．推测BLM^642～1290解旋酶在与dsDNA底物结合和解链时是单体形式,可能以尺蠖的形式解开dsDNA．这些结果可为进一步研究BLM解旋酶的功能特征提供理论基础．     

基于RAPD改进的分子标记技术

随机扩增多态DNA(RAPD)由于经济、快速简便、不需预知模板DNA信息、对模板DNA要求较低,因此被大量应用于昆虫学的研究中,如昆虫的鉴定分类、构建连锁图谱、系统发育分析等。但RAPD也有许多缺点,主要是一种显性标记而不能区分杂合体和纯合体,结果的重复性易受多因素的影响等。针对这些缺点,人们通过将RAPD与其它检测技术如聚丙烯酰胺凝胶电泳、单链构象多态(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)等相结合,提高了其分析的灵敏度和稳定性;再者,还将RAPD标记发展成为其它更稳定的或共显性的标记,如SCAR、微卫星等,为RAPD进一步的应用开阔了前景。文章对这些检测和转化的改进技术进行综述。     

一种具有抑制糜蛋白酶活性的血清DNA结合蛋白质的纯化和理化特性

 本文采用离子交换层析,DNA亲和层析和硫酸铵盐析三步从人血清中分离纯化了一种肿瘤相关DNA结合蛋白质(64DP)。本方法较简便,产率提高。经SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳和免疫电泳鉴定纯度符合要求。SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳测定分子量为64,000。等电聚焦电泳测得等电点在4.2左右。醋酸纤维膜电泳和转移电泳表明其为一种α_1球蛋白。过碘酸西夫氏糖蛋白染色呈阳性反应。氨基酸分析和酶抑制试验证实64DP与α_1抗縻蛋白酶很相似。     

单链构象多态性分析与应用

单链构象多态性(single-strand conformational poly-morphism,SSCP)是一种简单、方便,且十分有效的分析核酸(DNA或RNA)变异的方法和技术,是Orita等在1989年首先建立的,其基本原理是单链核酸于非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的迁移率与核酸的一级结构和构象密切相关,核酸序列的变异,甚至单个碱基的改变,都可能改变核酸片段的构象,从而改变核酸的迁移速率,因此可以将“变异DNA”与正常的DNA区分开来。尽管目前还难以根据SSCP电泳迁移率的     

大肠杆菌冷休克蛋白CspC的分离纯化及部分性质测定

经Sepharose Q Fast Flow阴离子交换层析和Superdex 30凝胶过滤层析,从大肠杆菌（Escherichia coli）细胞内分离纯化了一种小分子蛋白质，SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)纯度鉴定为单一条带，经质谱分析、N端测序、同源序列比较，确定该蛋白质为大肠杆菌冷休克蛋白CspC.在此基础上，用圆二色光谱测定了其二级结构含量，初步探索了其热稳定性及与单链DNA结合后的构象变化.     

DRE顺式作用元件dsDNA芯片制备

DRE顺式作用元件能与DREB转录因子特异结合,在诱导逆境（干旱、高盐、低温）基因表达过程中起重要作用。dsDNA（double strand DNA）微阵列芯片技术能够有效地检测序列特异性DNA结合蛋白质（转录因子）与大量DNA靶点（顺式作用元件）的特异性结合,可有效分析生物分子结合作用。根据DRE顺式作用元件核心序列设计并化学合成含发夹结构的单链DNA探针,采用Taq DNA聚合酶在片延伸,并对其在片延伸体系的反应温度、Mg^2＋浓度以及单链探针是否变性等条件进行了优化。结果表明,50％的反应温度,2．5mmol／L的Mg^2＋浓度和单链不变性是TaqDNA聚合酶在片延伸的最佳条件。优化方法制备的dsDNA芯片将更有利于DRE顺式作用元件与DREB抗逆转录因子相互作用的研究。     

高温反向顺序测定

单链克隆DNA的反向测序是一个简单和快速的方法,这个方法可利用原来的DNA再进行反向顺序测定,从而达到校正和积累DNA数据的作用。由于反向测序的本质是双链测序,所得到的DNA顺序的图谱背景较深,伴有杂带,或在x光显影上是不清晰的。本文报道利用我们实验室所开发的热稳定性的Bst聚台酶系统,进行反向测序克服了这些缺点,获得的图谱可以和单链DNA模板测序的图谱相媲美。我们以nod D 487-mp 8 ss-DNA为模板进行反向测序,证明Bst聚合酶在65℃反应能得到满意的结果。     

鼠肝DNA甲基化酶的纯化及物理化学性质的研究

以Ｗｉｓｔａｒ大鼠肝为材料,确立了一个简便的纯化鼠肝ＤＮＡ甲基化酶的程序,包括：细胞的超声破碎、去内源核酸、硫酸铵盐析、磷酸纤维素亲和层析、ＤＥＡＥ－ＳｅｐｈａｄｅｘＡ－５０柱层析及ＳｅｐｈａｄｅｘＧ－１５０凝胶过滤。用不同浓度聚丙烯酰胺凝胶电泳和孔梯度凝胶电泳检测,纯化后的酶已达电泳均一,且酶的比活力提高１１２倍。以聚丙烯酰胺孔梯度凝胶电泳测得其天然酶的分子量为３６５ｋＤ,以ＳＤＳ－聚丙烯酰胺凝胶电泳测得该酶有两种亚基,大亚基为９５ｋＤ,小亚基为８５ｋＤ,推测该酶由两个大亚基和两个小亚基组成。     

晚疫病菌基因组SSR扩增产物两种检测方法的比较与改进

以32份马铃薯或番茄晚疫病菌基因组DNA为模板,分析了琼脂糖凝胶电泳法和聚丙烯酰胺凝胶电泳法对10对SSR引物多态性检测的影响,同时比较了聚丙烯酰胺凝胶电泳两种银染法(常规银染法和快速银染法)的差异。结果显示,聚丙烯酰胺凝胶电泳较琼脂糖凝胶电泳分离效果好,具有更高的多态性检出率,其中快速银染法与常规银染法的检出结果相同,但常规银染步骤繁琐,整个过程要用1-2h,而快速银染只需约15min,且染色背景较浅,条带清晰。聚类分析显示,聚丙烯酰胺凝胶电泳快速银染法可将供试晚疫病菌株分布于更多的聚类组,显示出更高的遗传变异度。可见,聚丙烯酰胺凝胶电泳快速银染法结合SSR分子标记技术,可有效地用于马铃薯或番茄晚疫病菌群体遗传多样性分析。     

家蚕核多角体病毒DNA

用酚或pH10缓冲液抽提家蚕核多角体病毒DNA 时,得到两种不同的结果。酚抽提的DNA 超离心沉降系数(S_20,w)是28.5S,电镜观察到的是线型DNA 分子,长约8微米,最长的可达10微米以上。聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sepharose 柱分析和蔗糖密度梯度超离心等分析中,都是一个组分。pH10缓冲液抽提的DNA,超离心沉降系数(S_(20),w)只有4.7S,聚丙烯酰胺凝胶电泳中迁移速度远比酚抽提的快,并且是一条扩散的宽带,Sepharose 柱分析亦表明分子量远比酚抽提的小。文章对这种不同的结果进行了讨论。     

鼠肝DNA甲基化酶的纯化及物理化学性质的研究

以Ｗｉｓｔａｒ大鼠肝为材料,确立了一个简便的纯化鼠肝ＤＮＡ甲基化酶的程序,包括：细胞的超声破碎,去内源核酸,硫酸铵盐析,磷酸纤维素亲和层析,ＤＥＡＥ－Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ａ－５０柱层析及Ｓｅｐｈａｄｅｘ Ｇ－１５０凝胶过滤,用不同浓度聚丙烯酰胺凝胶电泳和孔梯度凝胶电泳检测,纯化后的酶已达电泳均一,且酶的比活力提高１１２倍,以聚丙烯酰胺孔梯度凝胶电泳测得天然酶的分子量为３６５ｋＤ,以ＳＤＳ－聚然酰胺凝