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1.
为探究利用SARS-CoV-2的ORF1ab基因和N基因作为靶标进行荧光定量检测的Ct值与SARS-CoV-2病毒分离阳性率之间的关系。本研究对广州入境的新型冠状病毒肺炎输入病例临床样本进行荧光定量PCR检测和用Vero细胞进行病毒分离,统计病毒分离率与荧光定量PCR检测Ct值之间的关系,再通过logistics回归模型用Ct值来预测病毒分离率;同时对收集到的临床样本进行三代测序及进化树的构建。结果显示,在160例新型冠状病毒肺炎输入病例临床样本中,分离到74株新型冠状病毒,分离阳性率为46.25%,分离到包括20株Alpha、9株Beta、2株Delta等VOC毒株和2株Epsilon、1株Eta等VOI毒株,其他变异株42株;病例样本荧光定量PCR检测ORF1ab基因Ct值为16.12~39.00,N基因的Ct值为17.82~39.41;病毒分离率与样本荧光定量PCR检测的ORF1ab基因和N基因的Ct值均呈负相关,在Ct值>31时,分离率仅9.10%(6/66),而当Ct值<23.1时,病毒分离阳性率可超过95%,分离到新冠病毒的病例样本荧光定量PCR检测的ORF1a...  相似文献   

2.
本文将高通量测序技术应用于新型冠状病毒感染(COVID-19)的疫情防控当中,从基因组水平上了解新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的分子学特征及变异情况,从而为疫情的防控提供科学的参考及准确的研判依据。我们选取2022年8月-9月庆阳市报告的新冠疫情本土感染者标本作为研究对象,对标本进行核酸检测和病毒全基因组测序并进行序列比对,使用MEGA分析软件基于邻接法构建病毒进化树,从而了解病毒的分子学特征及相关性。本研究所选取的9例病例均为普通型病例,核酸检测Ct值均较低。Nextclade分型结果显示:9条序列均属于21L型Omicron变异株;Pangolin分型结果显示:9条序列均处于Pangolin谱系中的BA.2.76进化分支上。与武汉参考株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)相比,9条SARS-CoV-2序列的核苷酸同源性中位数为94.6%,核苷酸突变类型包括76~78个替换突变和3处缺失突变,氨基酸突变位点共涉及10个基因编码框,按氨基酸错义突变总数由多到少依次为:S蛋白区,ORF1ab区,N蛋白区,M蛋白区,E蛋白区和ORF3a、ORF6、ORF8、ORF9b区。进...  相似文献   

3.
目的分析影响流行性感冒病毒(流感病毒)细胞培养阳性的相关因素。方法对2014年4月—2017年3月采集的流感样病例咽拭子标本进行PCR核酸检测,对检测阳性的样本进行细胞分离培养,以分离得到的阳性样本为病例组,阴性样本为对照组,进行对照分析研究,用Logistic回归对影响病毒分离阳性的因素进行分析。结果1 298份PCR核酸检测阳性样本中,分离阳性率为22.80%(296/1 298)。其中,季节性H3N2占13.79%(179/1 298),甲型流感病毒H1N1占1.54%(20/1 298),乙型流感病毒(Victoria)占7.24%(94/1 298),乙型流感病毒(Yamagata)占0.23%(3/1 298)。样本来源、发病采样时间间隔、原始样本PCR核酸检测结果、不同采样机构和采样至收样时间间隔对病毒分离结果差异均有统计学意义(P0.05)。结论缩短收样至接种时间间隔以及提高医疗机构的采样水平是提高流感病毒分离阳性率的关键。  相似文献   

4.
建立中东呼吸系统综合征冠状病毒(MERS-CoV)感染的筛查与诊断应用的核酸检测方法。本研究建立了基于MERS-CoV三个分子靶标(upE,ORF1b,N2)的双重以及三重的三种荧光定量RT-PCR检测技术方法,分别与前期建立的单重荧光定量RT-PCR(upE或N2)检测方法做了比较,并且采用MERS-CoV病毒毒株、上海提供的口岸发烧病人样本以及由首例中国MERS-CoV韩国地区输入病例的咽拭子样品和全血的样品做了临床验证。结果显示:采用MERS-CoV病毒毒株作为模板,三种新建立的多重检测方法与单重荧光定量RT-PCR检测方法最低检测限均能达到10PFU/mL,且与其他常见呼吸道病毒的阳性样本均无交叉反应,特异性良好。对临床样品的验证中,上海病人咽拭子样本均为阴性,而中国首例MERS输入病例的急性期咽拭子样品均为阳性,而全血样的检测结果显示N2靶标有较高检出率,明显优于基于upE单一靶标。本研究所建立的基于MERS-CoV三个分子靶标(upE,ORF1b,N2)的双重以及三重荧光定量RT-PCR检测技术方法用于MERS-CoV感染的实验室诊断,具有较高灵敏度与特异性及适用性。  相似文献   

5.
自2013年3月中国首次发现新型禽流感病毒H7N9以来,其于2013-2014年期间发生流行,2015年也有散发性感染。该病毒的流行不仅危及家禽养殖业,还对公共卫生安全造成严重威胁。为调查活禽市场中H7N9的进化史和季节性变化,本研究于2013年7-12月在H7N9主要流行地区之一江苏省苏州市活禽市场采集2 655份鸡、鸭咽拭子样本,对样本中流感病毒核酸进行检测。结果显示,冬季样本中H7N9阳性率显著高于夏季样本,同时发现样本中存在H5、H7和H9亚型毒株之间的混合感染。进一步对H7N9阳性样本的HA、NA和PB2基因序列进行分析,结果表明阳性样本中HA、NA和PB2基因序列与新型H7N9病毒的相应基因序列同源,其在家禽体内传代时也在继续进化。特别是一些样品中PB2基因序列与H5N1病毒PB2基因序列的同源性较高。结果提示,苏州存在一种新型H7N9病毒基因重排的可能性,建议在活禽市场对所有禽流感病毒亚型进行持续监控,从而有助于流感病毒的及时防控。  相似文献   

6.
对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99%,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2%/97.4%以上,不同序列之间存在4~17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7%,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9%.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.  相似文献   

7.
目的:比较基于人偏肺病毒(hMPV)N或L基因的2种检测hMPV感染的荧光定量PCR方法在207例临床呼吸道样本检测中的应用效果。方法:建立基于hMPV N或L基因片段的荧光定量PCR方法,检测2008年5月至2009年3月在北京儿童医院因急性呼吸道感染的住院患儿鼻咽拭子207份,比较2种方法检出率的敏感性和特异性。结果:在207份样本中,2种方法共检出38(18.36%)份阳性样本,基于N或L基因一种方法均检出32(15.46%)份阳性样本,总检出符合率为94.2%(195/207)。另外发现,基于L基因检测为阴性而基于N基因检测为阳性的样本在L基因与引物和探针结合的部分序列有核苷酸的突变。对19例阳性样本的F基因进行进化树分析发现,大多数hMPV属于A2和B2型,只有1例属于B1型。结论:2种荧光定量PCR方法的联合应用,对于临床样本中hMPV的检测更为敏感。  相似文献   

8.
描述2021年1月广西1例本地新冠肺炎病例发现和感染的溯源过程,旨在为今后类似疫情溯源调查工作提供经验参考。按照《新型冠状病毒感染的肺炎病例流行病学调查方案(第七版)》对病例开展流行病学调查,收集病例的流行病学史、发病诊疗情况等,对病例、密接者标本采用荧光实时定量RT-PCR法检测新冠病毒核酸和胶体金法检测血清特异性抗体。同时对重点场所环境采样进行核酸检测,对核酸阳性标本开展全基因组测序和系统进化分析。全基因组序列比对发现本地病例A和印度尼西亚入境的无症状感染者C同属L基因型欧洲家系分支2.3,共享25个核苷酸变异位点;结合流行病学调查,推测本次疫情的感染来源与印度尼西亚入境的无症状感染者密切相关,可能的传播途径为无症状感染者污染入住隔离酒店环境,本地病例在对酒店消毒作业中因防护不规范暴露于病毒污染环境而导致感染。境外输入病例导致的本土疫情是我国新冠肺炎常态化防控的重点。  相似文献   

9.
目的了解大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒的基因特征。方法采用荧光定量RT-PCR对2016年大连市食源性疾病监测哨点医院采集的1 900份粪便标本进行诺如病毒核酸检测,用逆转录PCR对阳性毒株的ORF1-ORF2连接区扩增并测序,分析其基因亚型和同源性。结果 1 900份标本中,检出诺如病毒核酸阳性25份,阳性率1.32%,其中GⅠ型阳性3份,GⅡ型阳性19份,GⅠ型和GⅡ型均阳性3份。26株病毒基因序列比对,发现3株为GⅠ.3,2株为GⅠ.6,9株为GⅡ.17,5株为GⅡ.4,2株为GⅡ.2,GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15各1株。结论大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒呈基因多样性,2016年流行优势株为GⅡ.17。GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15在大连地区首次检出。  相似文献   

10.
【目的】本文旨在了解猪细环病毒2(Torque teno sus virus 2,TTSu V2)病毒蛋白对猪血清的免疫学反应,明确TTSu V2 ORF1编码的氨基酸序列上特定片段的免疫原性,为TTSu V2的免疫学检测方法建立提供实验依据。【方法】以本实验室测序的TTSu V2毒株为研究对象,在大肠杆菌表达系统中克隆表达了TTSu V2ORF1基因上两相互重叠的基因片段,对表达产物进行纯化,分析了两重组蛋白(TTSu V2 ORF1a与TTSu V2ORF1ab)对猪血清抗体的免疫学反应。【结果】应用标签抗体进行Western Blotting分析的结果显示,重组TTSu V2 ORF1a与TTSu V2 ORF1ab蛋白成功表达。应用建立的ELISA方法对212份猪血清进行检测的结果表明,含有179个氨基酸的重组TTSu V2 ORF1a与含有416个氨基酸的重组TTSu V2 ORF1ab蛋白之间有显著的相关性,二者对猪血清的反应基本一致。采用猪血清进行Western Blotting分析的结果显示,血清抗体可特异性识别两重组蛋白。【讨论】TTSu V2 ORF1a与TTSu V2 ORF1ab相互重叠的179个氨基酸序列上(168-346)含有TTSu V2 ORF1关键的B细胞表位,重组蛋白TTSu V2 ORF1a适用于TTSu V2血清抗体免疫学检测。  相似文献   

11.
目的:采用一种“双链探针”实时荧光PCR技术,提高HBV核酸检测灵敏度,并在同一反应管中实现代谢酶CYP2C19*2基因型检测。方法:采用双链探针与TaqMan探针同时检测不同浓度HBV血清样本,使用上海宏石SLAN 96实时荧光PCR仪进行核酸Ct值检测和结果统计分析;采用双链探针检测代谢酶CYP2C19*2不同基因型样本,使用上海宏石SLAN 96实时荧光PCR仪进行核酸Ct值检测和基因型确定。结果:不同浓度HBV血清样本检测,双链探针荧光本底低,检测灵敏度更高,与TaqMan探针检测结果相比,两者核酸检测Ct值存在显著性差异(P<0.05);双链探针检测36份样本的代谢酶CYP2C19*2基因型,检测结果与Sanger测序结果完全一致。结论:双链探针实时荧光PCR检测技术可完成目的基因的高灵敏核酸检测,也可实现基因型分析。  相似文献   

12.
蓝舌病毒血清5型毒株S7基因编码区的分子克隆与序列分析   总被引:4,自引:4,他引:0  
目的:对蓝舌病毒(BTV)血清5型毒株(BTV-5)的S7基因编码区(ORF)进行克隆和序列分析。方法:用TRIzol LS试剂提取病毒总RNA,经反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增BTV-5型毒株S7基因的编码区,将扩增片段克隆到pGEM-T Easy载体上,对阳性克隆进行核苷酸序列测定;采用DNAStar和DNASIS v2.5软件对环状病毒属不同种群的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列进行同源性及系统进化树分析。结果:克隆的基因片段长1050bp,为S7基因开放性读码框的全长序列,编码349个氨基酸残基;与环状病毒属不同血清型毒株比较,核酸序列同源性范围为42.2%~96.6%,推导的氨基酸序列同源性范围为40.4%~99.7%。结论:蓝舌病毒与非洲马瘟病毒、鹿流行性出血热病毒分属于不同种群,群内不同血清型的S7基因ORF序列及其推导的氨基酸序列显示出很高的同源性,而不同种群之间的同源性很低。  相似文献   

13.
为分析宁夏地区GI型诺如病毒全基因组序列,了解其基因结构特点及进化特征。对2019-2021年宁夏腹泻患者粪便标本进行GI/GII型诺如病毒初筛,GI型阳性样本扩增其聚合酶(RdRp)-衣壳蛋白(Capsid)区基因,利用BLAST及诺如病毒在线分型网站进行型别鉴定后,选取Ct≤30的样本进行全基因组序列测序,使用MEGA-7、Simplot和BioEdit等软件进行相关分析。本研究共收集腹泻患者粪便标本4 249份,检出GI型诺如病毒阳性样本57份,获得RdRp-Capsid区基因序列11株及全基因组序列5株。11株GI型诺如病毒鉴定后分别属于GI.3[P13]、GI.3[P10]、GI.5[P4]和GI.6[P11]4种型别。5株全基因组株中,SZS21-047和HY21-029在靠近ORF1与ORF2重叠区发生重组,3个GI.3型及1个GI.5型毒株与各型原型株之间在衣壳蛋白P2区存在多处位点变异。宁夏地区GI型NoV型别多样,重组和变异频繁,故应加强本地区诺如病毒监测,为疫情防控提供理论依据。  相似文献   

14.
从GenBank上获得194株不同来源的H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,利用MEGA3分析了HA基N核酸序列碱基突变的特点。并通过比较序列同源性,构建NJ系统进化树,探讨了不同来源的H5N1病毒的系统进化关系。序列分析结果表明,被研究的194条H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,碱基长度大约在1700bp左右,共发现了757个可变位点,其中Parsimony—informative sites有537个,Singleton sites有220个;病毒的变异速率很快,平均变异率为3.23%;病毒的序列变异具有显著的地区特点和时间特点;同时,全球化的贸易以及候鸟的迁徙在传播病毒过程中起一定作用。  相似文献   

15.
新疆分离的0507JS60鉴定为辽宁病毒   总被引:1,自引:0,他引:1  
0507JS60是从中国新疆喀什地区采集的库蚊标本分离的病毒株,可以在C6/36细胞上稳定传代.电镜观察显示完整病毒颗粒呈球形,直径55nm(n=10),无包膜,衣壳表面壳粒结构非常清晰.基因组核酸电泳显示基因组包括12条双链RNA(Double stranded RNA,dsRNA)片段.病毒第12基因片段序列测定结果显示该片段全长760bp(GenBank ID:FJ157354),具有长度为525bp的单一开放读码框(Single open reading frame,ORF),编码长度为174个氨基酸的蛋白,分子量约18.9kD.病毒第12基因片段序列比对显示与辽宁病毒(Liaoning virus,LNV)核酸序列同源性大于89%,氨基酸序列同源性大于91%.病毒第12基因片段系统进化分析显示该病毒与LNV病毒位于同一进化分枝内,与LNV-NE9712病毒株进化关系更接近.0507JS60经系统鉴定为LNV,这是首次在东北以外的地区分离到该病毒.  相似文献   

16.
根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)N基因核酸序列, 设计一对CDV N基因特异性引物, 采用RT-PCR扩增狐源CDV泰安分离株(CDV-FOX-TA)的N基因, 将PCR产物克隆入pMD18-T载体, 进行测序分析。结果表明, CDV-FOX-TA N基因含有1个ORF, 全长1572 bp, 共编码523个氨基酸。CDV-FOX-TA N基因与CDV疫苗株Onderstepoort、Convac的N基因的同源性分别为96.0%和95.9%, 与CDV野毒株N基因的同源性在98.4%~98.9%之间。CDV-FOX-TA N蛋白含有Tyr -Pro-Ala-Leu-Gly-Leu-His-Glu-Phe九肽序列, 是T细胞表位, 可致敏靶细胞, 在CDV N蛋白中高度保守。对CDV N基因进行系统发生分析, 结果发现CDV-FOX-TA与CDV强毒株的亲缘关系较为密切。  相似文献   

17.
为建立蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)十二种血清型(血清6、8、10、11、13、14、17、18、19、20、22与23型)特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)检测方法,根据GenBank公布的十二种BTV血清型毒株的基因节段2序列,选择高度保守区域,设计每种BTV血清型的扩增引物与TaqMan探针;以十二种血清型BTV参考毒株的cDNA为模板,进行引物的筛选,建立BTV血清型特异性qRT-PCR检测方法;对检测方法的灵敏度、特异性与重复性进行验证,分别以含有50、100与200个BTV噬斑形成单位(Plaque forming unit,PFU)的模拟BTV阳性血液样本为检测对象,进行检测效果的评估.实验结果表明,建立的BTV血清型特异性qRT-PCR检测方法具有良好的灵敏度和特异性,对不同血清型BTV核酸拷贝数的检出下限在12拷贝/μL(BTV-8)至57拷贝/μL(BTV-14)之间;对我国反刍动物上广泛流行的流行性出血病病毒、中山病病毒与阿卡斑病毒核酸的检测结果均为阴性.反应具有良好的重复性,组内Ct值的变异系数在0.92%至1.96%之间,组间Ct值的变异系数在0.26%至1.62%之间.对模拟BTV阳性血液样本的检测结果显示,BTV血清型特异性qRT-PCR可有效检测含50个PFU(噬斑形成单位)的BTV血液样本.本研究建立的十二种BTV血清型特异性qRT-PCR定型方法具有特异性强、灵敏度高和耗时少等优点,可用于动物感染BTV血清型的诊断.  相似文献   

18.
通过真核系统表达纯化新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全长核衣壳蛋白(Nucleocapsid protein,N蛋白),分析其抗原性与应用性能。将SARS-CoV-2 N蛋白表达质粒转染HEK-293T细胞后,通过Western Blot和免疫荧光验证蛋白表达以及表达定位。对N蛋白进行纯化后,通过Western Blot和ELISA并采用多种血清样本(WHO参比品血清、正常人血清、新冠灭活疫苗接种后血清、新冠感染者恢复期血清)对该N蛋白在血清抗体检测中的应用性能进行分析。比较真核系统与原核系统表达的N蛋白抗原性上的差异,并分析基于真核系统表达N蛋白构建的IgG抗体ELISA检测体系与获批的商品化新冠RBD (Receptor binding domain)IgG抗体ELISA检测试剂盒及用于检测中和抗体的活病毒微量中和试验结果间的相关性。结果显示,真核系统表达的全长N蛋白主要定位于胞质,作为抗原检测新冠IgG抗体,具有比原核系统表达的N蛋白更高的检测灵敏度。针对新冠感染者恢复期血清,基于哺乳动物细胞表达的N蛋白构建的ELISA体系检测的IgG抗体滴度与试剂盒检测的RBD-IgG抗...  相似文献   

19.
西藏环状病毒(Tibet orbivirus,TIBOV)为环状病毒属新成员,2009年首次在西藏墨脱县多斑按蚊中发现,目前该病毒对动物健康和公共卫生的危害尚不清楚,本文首次报道了牛体上一株新型TIBOV的分离.2019年在云南省景洪市设置哨兵牛3头,每周采血进行虫媒病毒的监测与病毒分离.监测期的第4周,其中一头牛采集的血液样本接种C6/36细胞盲传3代出现细胞病变,提取病毒核酸进行琼脂糖凝胶电泳,显示病毒基因组为10节段双链RNA,呈"3-3-3-1"的带型特征.电镜观察可见直径约70nm,具有环状病毒属病毒典型形态特征的病毒粒子,将分离的病毒命名为V298/YNJH/2019.对决定环状病毒种属的基因节段及其编码蛋白(Seg-3/T2)序列分析显示,分离毒株的Seg-3/T2与其它TIBOV毒株的核酸(nt)与氨基酸序列(aa)相似度分别在79.6%~79.9%与96.3%~96.4%之间,其T2蛋白在系统发生树上与其它TIBOV聚为一簇;对决定病毒血清型的基因节段及其编码蛋白(Seg-2/OC1)的序列分析显示,分离毒株与其它TIBOV毒株Seg-2/OC1的序列相似度分别在42.3%~43.4%(nt)与29.3%~31.7%(aa)之间,其OC1蛋白形成独立于其它TIBOV毒株的进化分支,以上结果提示V298/YNJH/2019为一种新血清型TIBOV.通过实时荧光定量RT-PCR与血清中和试验,对病毒在牛上感染特征的回溯分析显示:在分离到病毒的前一周,动物血液中可检到低水平的病毒核酸,在分离到病毒的当周,血液中病毒核酸含量处于高峰,但两周后检测结果为阴性;动物在病毒感染后第2周开始产生中和抗体,在随后两周达到高峰,在感染后4个月仍保持较高水平.本研究首次报道了一种新型TIBOV在牛体上的分离,丰富了我国流行TIBOV多样性与感染特性的认知,为TIBOV的流行病学、致病性与诊断试剂的研究提供了基础.  相似文献   

20.
本研究旨在建立一套便携、准确、操作简便的呼吸道病毒核酸快速检测方案。通过实时荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证免提取的呼吸道病毒处理试剂(extraction-free respiratory virus treatment reagent,RTU)对病毒核酸处理的效果以及超快速荧光定量PCR仪(FQ-8A)对核酸扩增的效果;将RTU和FQ-8A结合构建呼吸道病毒核酸快速检测方案,通过荧光定量PCR仪中Ct值判断阳性检出率,以验证该方案检测临床样本时的准确性。结果表明,RTU与全自动核酸提取仪在提取效果上灵敏度相当;RTU在提取不同病毒类型样本时,与其他3种提取方法效果相当,但RTU提取时间少于5 min;FQ-8A检测呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)及腺病毒(adenovirus,ADV)与对照仪器ABI-7500具有良好一致性,kappa系数分别为0.938(P<0.001)和0.887(P<0.001),但FQ-8A耗时更短,扩增时间仅在0.5 h左右;RTU和FQ-8A相结合的快检方案与常规检测方案具有高度一致的检出率,其灵敏度为91.70%,特异度为100%,kappa系数为0.944(P<0.001)。总之,通过RTU与FQ-8A的结合构建了一套可在35 min内完成全部流程的呼吸道病毒核酸快速检测方案。该方案准确性高、操作简便,可为呼吸道病毒快速诊断和治疗提供重要支持。  相似文献   

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