多聚磷酸盐在细菌和哺乳动物细胞中的作用

多聚磷酸盐(Poly P)广泛分布于真核生物和原核生物中,是由几十个到几百个无机磷酸盐单体通过高能磷酸键聚合而成的线性多聚体。Poly P能影响细菌的毒力,有助于细菌抵抗环境中的压力刺激。在真核细胞中,Poly P与核仁的转录相关,可促进凝血和细胞分化、调节促炎反应,并和骨的重构、矿化及去矿化相关。同时,Poly P也是线粒体通透性转换孔的激活物。本文综合阐述Poly P在微生物及哺乳动物中的作用及相关机制,同时结合我们的研究工作,分析Poly P对大肠杆菌致病性的影响,以期引起研究者对Poly P的关注。     

广东本地及移民学龄儿童饮食结构和肠道菌群差异分析

【目的】探究广东本地及移民学龄儿童的饮食结构及肠道菌群分布的差异。【方法】以广东深圳为采样点,随机抽样选取48名广东本地儿童和34名移民儿童,进行膳食问卷调查和晨便采集。采用Mann-Whitney U test分析本地及移民儿童饮食因子摄入频率的差异,并使用Illumina Miseq高通量测序技术对儿童的肠道菌群进行测序分析。【结果】82例儿童的膳食模式大多以米饭为主食,搭配蔬菜、优质肉类以及水果。但本地儿童在复合碳水化合物、蔬菜、海产品方面有更高的摄入量(P<0.05),而移民儿童在水果、低脂牛奶、酸奶产品方面有更高的摄入量(P<0.05)。α多样性结果显示,移民组的Chao1指数(P<0.001)和Ace指数(P<0.001)均显著高于本地组。在菌属水平,本地儿童肠道普氏菌属(P=0.027)和副拟杆菌属(P=0.040)丰度显著高于移民组。LEfSe分析同样显示菌群的组间差异主要由本地组的普氏菌科、普氏菌属等造成。RDA结果提示,蔬菜和低脂牛奶的摄入水平显著影响本地儿童肠道菌群的分布,初步提示本地儿童的饮食习惯可能影响肠道普氏菌属和副拟杆菌属的丰度。【...     

登革病毒变异性分析法简介

用变异性分析法对不同地域、不同年份的登革病毒分离株的遗传差异进行分析,有利于对该病毒的进一步深入了解。随着近年来分子生物技术的快速发展,新型的、更精确的分析方法不断涌现,如多聚酶链反应（ＰＣＲ）限制酶分析法和种系发生分析法等。本文对各种分析法作了简要介绍,并分别指出其优缺点。     

大肠杆菌外膜蛋白酶T及其突变体的表达、复性及生物活性分析

外膜蛋白酶T(Outer-membrane protease T,OmpT)是定位于大肠杆菌外膜,具有高度底物特异性的蛋白水解酶。本文旨在建立克隆表达膜蛋白OmpT和体外复性的方法,考察其蛋白酶活性。首先以大肠杆菌基因组DNA为模板,PCR扩增ompT基因,连接至pET28a(pET-ompT),引入点突变Asp85Ala,构建表达质粒pET-ompT85。然后将两种重组质粒转化入BL21(DE3),均以包涵体形式大量表达。纯化后的蛋白经稀释法复性,并加入粗制脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)恢复蛋白酶活性。通过SDS-PAGE、鱼精蛋白水解试验及生长曲线观察表明,重组蛋白OmpT在体外能水解抗菌肽鱼精蛋白和兔肌肉肌酸激酶,而OmpT突变体则无上述功能。上述结果表明本文获得了具有蛋白水解酶功能的重组蛋白OmpT,该蛋白在体外可保护大肠杆菌抵抗鱼精蛋白的杀菌作用。     

脑膜炎大肠杆菌IbeA蛋白结合肽序列的亲和筛选

应用噬菌体展示肽库技术,以重组的脑膜炎大肠杆菌致病蛋白IbeA作为靶分子,经过吸附-洗脱-扩增-再吸附的亲和筛选,随机挑选亲和力强的噬菌体克隆,进行ELISA、竞争抑制实验和序列测定。结果显示,经3轮淘选后,间接ELISA鉴定得到高亲和性结合IbeA蛋白的15个阳性克隆。竞争抑制实验结果表明,游离IbeA蛋白能竞争抑制噬菌体结合肽克隆与固相包被的IbeA蛋白的结合,其抑制作用随游离IbeA蛋白浓度的降低而减弱。测序结果得到5种阳性噬菌体克隆展示肽序列。上述结果提示以脑膜炎大肠杆菌IbeA蛋白为靶筛选所获得的噬菌体12肽克隆,具有特异性,其结合肽序列呈现相对保守性。建立的从噬菌体随机肽库筛选IbeA蛋白结合肽的方法具有方便、灵活和高效可行的特点。     

SBi4211阻断HIV-1 gp41促进新生隐球菌对人脑微血管内皮细胞的黏附作用

【背景】目前艾滋病和新型隐球菌性脑膜炎共病因素导致其高发病率和死亡率的机制尚不明确。【目的】探索S100B抑制剂SBi4211对HIV-1 gp41促进新生隐球菌黏附人脑微血管内皮细胞的影响和可能机制。【方法】黏附实验分析SBi4211是否能阻断HIV-1 gp41诱导下新生隐球菌黏附人脑微血管内皮细胞。使用免疫印迹方法进一步检测在此过程中SBi4211对脑微血管内皮细胞上新生隐球菌透明质酸受体CD44表达的影响。【结果】SBi4211可显著抑制HIV-1gp41对新生隐球菌黏附脑微血管内皮细胞的增强作用,且呈时间、剂量效应(P0.05);免疫印迹结果显示SBi4211可抑制新生隐球菌和/或HIV-1 gp41增加脑微血管内皮细胞上新生隐球菌透明质酸受体CD44的表达。【结论】SBi4211可通过下调受体CD44来阻断HIV-1 gp41对新生隐球菌黏附人脑微血管内皮细胞的增强效应,这为了解HIV-1与新生隐球菌共病机制及其防治策略提供了新思路。     

应用GSEA和WGCNA方法分析细菌性败血症宿主关键差异基因及意义

【目的】采用生物信息学方法分析公共数据库来源的细菌性败血症患者全血转录组学表达谱,探讨细菌败血症相关的宿主关键差异基因及意义。【方法】基于GEO数据库中GSE80496和GSE72829全血转录组基因数据集,采用GEO2R、基因集富集分析(GSEA)联用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选细菌性败血症患者相比健康人群显著改变的差异基因,通过R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。同时,通过String 11.0和Cytoscape分析枢纽基因,验证枢纽基因在数据集GSE72809(Health组52例,Definedsepsis组52例)全血标本中的表达情况,并探讨婴儿性别、月(胎)龄、出生体重、是否接触抗生素等因素与靶基因表达谱间的关系。【结果】分析GSE80496和GSE72829数据集分别筛选得到932个基因和319个基因,联合WGCNA枢纽模块交集得到与细菌性败血症发病相关的10个枢纽基因(MMP9、ITGAM、CSTD、GAPDH、PGLYRP1、FOLR3、OSCAR、TLR5、IL1RN和TIMP1);GSEA分析获得关键通路(氨基酸糖类-核糖代谢、PPAR信号通路、聚糖生物合成通路、自噬调控通路、补体、凝血因子级联反应、尼古丁和烟酰胺代谢、不饱和脂肪酸生物合成和阿尔兹海默症通路)及生物学过程(类固醇激素分泌、腺苷酸环化酶的激活、细胞外基质降解和金属离子运输)。【结论】本项研究通过GEO2R、GSEA联用WGCNA分析,筛选出与细菌性败血症发病相关的2个枢纽模块、10个枢纽基因以及一些关键信号通路和生物学过程,可为后续深入研究细菌性败血症致病机制奠定理论依据。     

湖南省国家湿地公园保护价值评价

应用层次分析法和熵权法,选择生态区位及代表性、生物多样性、物种稀有性、自然性、规模与分区适宜性5个方面的15个指标,构建了国家湿地公园保护价值评价指标体系,对湖南省60个国家湿地公园进行评价.结果表明: 湖南省国家湿地公园保护价值总体较高,评分值在67.64以上(高保护价值)的国家湿地公园有37个,占61.7%,其中评分值在77.72以上(很高保护价值)的国家湿地公园有12个,占20.0%.湖南省国家湿地公园保护价值的年际变化呈离散状,规律性不强,但总体上仍呈现降低的趋势.湖南省国家湿地公园保护价值以70分等值线为界,形成了东西2个高分值密度区和3个高分值点、中部1个低分值密度区和4个低分值点.生态区位条件、资源禀赋条件和规模大小是湖南省国家湿地公园保护价值的决定因素.     

病毒进化与新病毒的出现

目前新现病毒进化的核心机制尚未阐明。病毒在新宿主中面临巨大的选择压力,RNA病毒突变率高,适应能力强,因此引发新传染病的几乎都是RNA病毒,但基因组较小又使它们存在很大的进化局限性。如能理解这些限制的机制,特别是多效性和上位性的作用细节,可能解释为什么某些RNA病毒比其它病毒更容易跨过种属界限。