猪胴体脂肪沉积性状的QTL定位

市场生猪价格的决定因素之一是背膘厚度,因此,对养猪行业来说,确认影响这一性状的基因组区域就显得非常必要,1998年,由大白和梅山猪杂交繁殖的资源家系,随机选留81头F2,全部屠宰,用48个微卫星标记进行1－4,6－7号染色体（SSC）的扫描,用线性模型最小二乘法对胴体脂肪性状进行区间作图,除SSC2外,其余5条染色体共有14个QTL影响脂肪沉积,其中SSC7上4个QTL有印记效应存在,平均背膘厚QTL定位于SSC1,4和7,SSC4平均背膘厚QTL达染色体极显著水平（P＜0．01）,SSC1和7上平均背膘厚STL与多个文献报道结果一致,可能是家猪中普遍存在的QTL,花油率QTL定位于SSC6,内脂率QTL定位于SSC7,肥肉率等其他4项脂肪性状定位在SSC3,4和7。     

猪部分内脏器官性状和乳头数的QTL检测

对内脏器官重量性状的QTL定位研究,所见报道不多;对于猪的繁殖性状,尚需做进一步的探讨。本研究在总共214头(180头F2个体)组成的资源家系中,在猪的SSC4、SSC6、SSC7、SSC8 和 SSC13上共选取39个微卫星标记,检测了8种内脏器官的重量性状:心重 (HW)、肺重 (LW)、肝 胆重 (LGW)、脾重 (SPW)、胃重 (STW)、小肠重(SIW)、大肠重(LIW) 和肾重(KW);其他一些胴体性状:胴体长性状1(自第一颈椎,CL1)、胴体长性状2(自第一胸椎,CL2)、肋骨数(RNS)和繁殖性状乳头数(TNS)的QTL定位。结果表明,检测到3个染色体极显著水平的QTL(P≤0.01),它们是HW QTL定位在SSC6上30 cM处,RNS QTL定位在SSC7上115 cM处和TNS QTL定位在SSC7上 110 cM处;另外6个染色体显著水平的QTL(P≤0.05)是:LW(SSC13上119 cM处)、LGW(SSC6上94 cM处)、SPW(SSC8上106 cM处)、SIW(SSC 4上0 cM处)、LIW(SSC 4上170 cM 处)和TNS(SSC 6上95 cM处)。上述QTL解释的表型变异从 0.04% 到 14.06%,有些位点的 QTL 可以解释表型变异的 10%以上,如 HW 的 QTL 解释表型变异的9.52%、SIW的QTL解释表型变异的13.47%、定位在SSC6上的TNS QTL解释表型变异的14.06%,而定位在 SSC7上的TNS QTL解释表型变异的11.30%。多数内脏器官重量性状的QTL定位结果未见报道。胴体长未见显著水平的QTL,而在SSC7上定位染色体极显著水平的肋骨数QTL。     

猪重要胴体性状的遗传定位

为了寻找影响猪重要胴体性状主基因在染色体的位置,我们以大白猪和梅山猪为父母本建立了F2资源家系。随机选留81头F2代个体,经屠宰获得猪胴体性状数据。结合家系个体的48个微卫星标记基因型,用线性模型最小二乘法对各胴体性状进行数量性状基因座（QTL）的区间定位。定位结果表明位于猪染色体（SSC）4号的瘦肉率和瘦肉量QTL达到基因组极显著水平;SSC1、2和4上眼肌面积QTL达到染色体显著水平;位于SSC1和4上的眼肌高度QTL与眼肌面积QTL在同一染色体区域;而眼肌宽度QTL位于SSC6;位于SSC7同一标记区间的皮重、皮率、骨重和骨率QTL表现出很好的一致性,均达到染色体显著水平。SSC6和7的体长QTL达到染色体显著水平。 Abstract: To detect quantitative trait loci (QTL) for body composition traits in pigs, a resource family with three-generation was developed by using Large White grand sires and Meishan grand dams. A total of 81 F2 progenies were phenotyped for body composition. All animals were genotyped for microsatellite markers. The main results are as follows:, the strongest linkages at genome-wise level of lean meat percentage and total meat content were detected on SSC1 and 4. QTLs for loin eye area were located on SSC1, 2 and 4, QTLs for loin eye height on SSC 1 and 4, and QTLs for loin eye width on SSC 6. The best positions estimated for QTLs of skin percentage and of skin weight were in the same marker interval. Two QTLs significant at genome-wise level or highly significant at chromosome-wide level for carcass length were located on SSC6 and 7.     

大白×梅山猪资源家系生长性状QTL的检测

以大白猪和梅山猪为父母本建立F2 资源家系 ,在 2 0 0 0年 ,随机选留 6 6头F2 代个体 ,获得出生重、6 0日龄体重、出生至 6 0日龄平均日增重及 6 0日龄至屠宰前平均日增重的表型数据。结合 4 8个微卫星标记构建的猪 1、2、3、4、6和 7号染色体遗传连锁图谱 ,用线性模型最小二乘法对各数量性状进行QTL区间作图 ,利用置换法(permutation)确定显著性阈值。研究发现 ,猪 4号染色体上有一个染色体水平极显著 (P <0 0 1)的QTL影响 6 0日龄至屠宰前平均日增重 ,并达到基因组显著水平 (P <0 0 5 )。在染色体水平 ,出生至 6 0日龄平均日增重QTL位于 2号染色体 ,6 0日龄体重QTL位于 1号染色体。 6号染色体的出生至 6 0日龄平均日增重QTL达到建议显著水平     

猪UCP3基因部分编码区序列分析及其单核苷酸多态与胴体、肉质性状的遗传效应

以猪解耦联蛋白基因 3(UCP3)作为控制猪胴体与肉质性状主基因的候选基因。利用直接测序法对 4个品种猪骨骼肌中UCP3基因的部分编码区序列 (第 4外显子部分及第 5、6、7外显子全部片段 )进行比较分析 ,发现3个cSNP位点 ,其中ORF中第 84 2碱基的突变可导致相应编码氨基酸序列的改变 :甲硫氨酸→苏氨酸 ,选取此位点作为猪UCP3基因的多态位点。用PCR SSCP检测方法在 3个品种猪中进行该cSNP位点多态性片段的基因型分型 ,结果显示在 3个猪群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB) ,χ2 独立性检验结果表明 3种基因型在各品种间分布不一致 ,梅山猪同大白、长白猪分别比较差异极显著 (P <0 0 1) ;对大白×梅山资源家系F2 代 139头个体进行了该多态片段的基因型鉴定 ,并对其基因型与所检测个体相应的胴体、肉质性状采用GLM分析进行遗传效应研究 ,结果表明 :该基因对一些胴体、肉质性状有显著性影响 ,并且该基因以加性效应为主 (如 ,眼肌高度、背最长肌色值、系水力的加性效应都达显著水平 )。因此 ,推测UCP3基因可能是影响猪胴体及肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因 ,并且能够在分子标记辅助选择中用于对猪胴体、肉质性状的遗传改良及固定     

微卫星标记对资源猪群的遗传分析和连锁图谱构建

在猪数量性状位点的定位研究中,标记的使用和图谱的构建是很重要的。本研究从猪的第4、6、7、8和13染色体上选取39个微卫星标记,在来源于约克夏和梅山214头猪组成的资源群中,分析了遗传特征并构建了图谱。研究表明,平均等位基因数、平均观察杂合度(Ho)和平均多态信息含量(PIC)在F1和F2代中分别为:3.2,0.528,0.463和3.2,0.496,0.447。结果表明大多数微卫星标记位点表现为中高度杂合性。在资源群体中,平均有信息减数分裂数是217.4(44-316),而各染色体上两性平均图谱的长度分别是:172.3cM(SSC4),168.7cM(SSC6),191.7cM(SSC7),197.3cM(SSC8),178.3cM(SSC13)。与USDA-MARC的参考图谱相比,标记位点的顺序相同,但长度均较长。雌雄两性图谱相比,第4和第6染色体上雌性图谱长于雄性图谱;而在另外3条染色体上,则雄性图谱长于雌性图谱。结果显示了标记位点在资源猪群的遗传特征和遗传关系,其连锁图谱可用于今后的QTL定位。     

水稻外观品质的数量性状基因位点分析

利用由98个家系组成的Nipponbare(粳)／Kasalath(秒)∥Nipponbare回交重组自交系(backcross inbred lines,BILs)群体(BC1F9)及其分子连锁图谱,采用复合区间作图的方法,在2个不同年份对粒长、粒宽、粒形、垩白率、垩白大小、垩白度和透明度等7个稻米外观品质性状的数量性状基因位点(Quantiative trait loci,QTL)进行了定位分析。共定位到33个四QTLs,单个性状QTL数目在4-7个之间,以垩白率最多,为7个;粒长和垩白大小次之,为5个;其他性状均为4个,表明该组合外观品质是由多基因控制的数量性状。单个QTL对性状变异解释率粒长为6．2％-15．2％,粒宽为8．3％-32．5％,长宽比为6．8％-19．8％,垩白率为6．4％-28．5％,垩白大小为6．1％-16．9％,垩白度为9．3％-17．2％,透明度为5．6％-25．2％．QTL在染色体上成集中分布的特点,第3染色体C1488-C563、第5染色体R830-R3166和R1436-R2289、第6染色体R2147-R2171均有3个以上的QTLs分布。比较2年的检测结果表明,外观品质性状的QTL定位都受环境影响,但不同性状受影响的程度差异很大。粒长和粒形的QTL定位受环境影响很小,垩白率、垩白大小和垩白度的QTL定位受环境影响很大。     

玉米优异早熟种质单330开花相关性状的QTL分析

玉米开花相关性状与玉米的成熟期和产量有密切的联系。通过对玉米CN165×单330(早熟种质)群体的130个F2:3家系开花相关性状在3个环境下进行分子鉴定和数量性状位点(QTL)分析,结果表明,在3个环境中检测到控制抽雄天数的10个QTL,分别位于第2、3、4、5、7、8染色体上,在第8染色体上同一区域在3种环境下都检测到了QTL;检测到控制散粉天数的10个QTL,分别位于第1、2、3、5、7、8染色体上,在第8染色体上同一区域在2种环境下都检测到了QTL;检测到控制吐丝天数的4个QTL,分别位于第4、5、8染色体上,在第8染色体不同环境下都检测到了2个QTL;仅仅在一个环境中检测到控制ASI的2个QTL,分别位于第6、9染色体上。这些QTL的基因效应以部分显性和超显性为主。研究表明,第8染色体上ph i060-um c2401区域(8.03~8.04)是一个研究开花相关性状的重要基因组区段,涉及到的标记可以作为分子标记辅助选择的重要候选标记。     

猪2号染色体遗传连锁图谱的构建与QTL定位分析

构建了猪2号染色体的遗传连锁图谱,并进一步进行了重要生产性状数量性状位点的定位,结果表明,7个微卫星位点均为中高度多态性位点,多态信息含量为0．40182－0．58477,可以满足遗传连锁图谱构建的要求,构建的资源家系遗传连锁图谱总长152．9cM,位点的排列顺序与USDA结果一致,但除了Sw2516与Sw1201标记区间外,所有标记区间距离均大于USDA图谱,将连锁图谱与性状记忆结合起来,进一步进行了猪数量性状位点定位的研究,在2号染色体发现了显著影响活体估测瘦肉率等活体估测性状的QTLs,此外还发现眼肌高度和背最长肌大理石纹的QTLs,其中影响活体估测瘦肉率的QTL达到了染色体显著的水平（P＜0．01）,且解释性状的表型变异达21．55％,影响眼肌高度和背最长肌大理石纹的QTLs分别可以解释10．12％和10．97％的表型变异,影响活体估测性状的QTLs加性效应与显性效应作用方向相反,影响眼肌高度的QTL加性效应与显性效应相同,在大白猪中具有增效等位基因,定位的QTLs效应较大,为在群体中开展分子标记辅助育种奠定了理论基础。     

在猪12号染色体上定位数量性状位点

为了找出猪１２号染色体上的数量性状位点,在２个家系中测定了１０个遗传标记,并记录了５１个重要经济性状。该２家系,一个由欧洲野猪与皮特兰杂交而成,另一个由梅山与皮特兰杂交建成。应用最小二乘法进行了数量性状位点定位,同时进行了生长激素基因型与性状间的相关分析。应用最小二乘法并未发现数量性状位点,而应用相关分析发现生长激素基因型与某些膘情性状高度相关。带有基因型Ｃ１Ａ２／Ｃ４Ａ２的猪比带有基因型Ｃ２Ａ２     

猪的肉质性状基因定位研究进展

随着生活水平的提高,猪肉的肉质问题已引起消费者和生产者的重视。遗传 因素是改善肉质品质的关键。对猪的肉质性状进行数量性状位点(QTL)定位是当前国际畜禽遗传育种的一个热点。本文较全面地介绍了有关肉质基因定位的情况,包括基本明确的主效基因:氟烷基因和酸肉基因;肌内脂肪的统计分析、候选基因及基因扫描定位结果:以及肌纤维、嫩度、多汁性、失水率、pH值和肉色的定位。同时论讨了肉质检验和基因定位面临的问题。 Abstract:People tend to be interested in meat quality when the standand of living has been increased.Location of quantitative trait loci(QTL)affecting meat quality were performed in many countries.The objective of this review is to provide a detailed introduction of meat quality mapping in pig.It included halothane gene,acid meat gene,intramuscular fat,firmness,fruice,drop loss,pH value and meat color.It also discussed the problems of meat quality testing and QTL mapping.     

玉米5个农艺性状的QTL定位

利用“豫玉22”构建的266个玉米F2：3家系为材料,通过一年两点的随机区组田间试验和分子标记分析,研究了玉米穗位高、雄穗分支数、茎粗、抽雄期、吐丝期5个重要农艺性状。相关分析表明,穗位高、雄穗分支数、茎粗与单株产量显著正相关,抽雄期与吐丝期高度正相关,雄穗分支数与茎粗显著正相关。采用复合区间作图法,通过500次排列测验分别确定各性状的LOD阈值,在武汉和襄樊两地共定位了7个穗位高QTL、9个雄穗分支数QTL、8个茎粗QTL、9个抽雄期QTL和7个吐丝期QTL;这些QTL在染色体上分布不均匀,具有集中分布的特点。研究表明,数量性状间的表型相关可能源于控制数量性状的QTL位点间的相关。     

亚麻主要农艺与品质相关性状的QTL定位

为了全面了解亚麻产量和品质相关性状的遗传基础,为亚麻基因克隆和分子标记辅助育种提供理论依据,在已构建SNP连锁遗传图谱的基础上,以LH-89为父本,R43为母本构建F2:3家系QTL定位群体,用R/QTL软件采用复合区间作图法对13个农艺和品质性状进行QTL定位。结果表明:(1)该研究共检测出35个QTL位点,与粗脂肪及其组成成分相关的QTL有20个,与农艺性状相关的QTL有15个;其中:亚油酸和粗脂肪各5个,亚麻酸、千粒重各4个,棕榈酸、株高、工艺长度各3个,硬脂酸、分枝数各2个,单株果数、果粒数、单株粒重、油酸各1个。(2)共有18个QTL的表型贡献率超10%(主效基因),其中农艺性状定位8个主效基因,品质性状定位10个主效基因。     

中国对虾抗WSSV及其它经济性状的QTL定位初步研究

以中国对虾抗WSSV选育群体第四代雌虾和野生中国对虾雄虾为亲本,采用人工精荚移植方式产生F1代家系,家系内个体姊妹交获得R家系材料,42尾R家系个体采用口饲法进行WSSV（White Spot Syndrome Virus）攻毒实验,获得个体抗WSSV及其它相关数据。构建了中国对虾的AFLP（Amphfied Fragment Length Polymorphism）分子标记遗传连锁图谱。利用MAPMAKER／QTL1．1软件进行了中国对虾体长、全长、体重及抗WSSV性状的QTL（Quantitative TraitsLoci）定位分析,首次实现了中国对虾重要经济性状的QTL定位。在LOD值大于2．0的条件下,共检测到和体长相关的QTL位点1个,与全长相关的QTL位点2个,与体重相关的QTL位点2个,与抗WSSV性状相关的位点2个,分别位于3个连锁群上,位点变异解释率从26．6％-66．9％不等。在其中的1个连锁群上检测到了体重、全长和抗WSSV性状相关的三个QTL位点,1个连锁群上检测到了体重和抗WSSV性状相关的两个QTL位点,1个连锁群上检测到了全长和体长相关的两个QTL位点。表明在中国对虾在此生长阶段,抗WSSV性状和个体大小存在一定程度的正相关关系[动物学报54（6）：1075-1081,2008]。     

玉米种质资源H21和Mo17抗亚洲玉米螟的QTL分析

本研究以H2 1×Mo17的F2 :3 群体 (12 0个家系 )为作图材料 ,利用SSR和AFLP标记对玉米资源H2 1的亚洲玉米螟抗性进行了数量性状位点 (QTL)分析。结果表明 ,基于叶片侵食度性状 ,检测到 3个QTL ,分别位于染色体 1、5、8上 ;基于茎秆虫孔数性状 ,检测到 3个QTL ,分别位于染色体 4和 10 (2个 )上 ;基于茎秆隧道长度性状 ,检测到 2个QTL ,位于染色体 4和 8上 ;以隧道长度 /虫孔数为鉴定性状 ,检测到 1个QTL ,位于染色体 4上。这些QTL所能解释的表型变异在 7 7%～5 1 8%之间。超显性是QTL作用的主要方式。     

粳型超级稻品种'沈农265'穗部和穗颈维管束性状的QTL剖析

采用粳型超级稻品种'沈农265'和普通品种'丽江新团黑谷'的176株F2群体分析24个穗部和穗颈维管束数量性状位点(QTL)的结果显示,共检测到37个QTL,它们分布在水稻的第1、2、3、4、5、6、7,8,9和12号染色体上,单个QTL对性状表型贡献率在11.0%-65.0%之间,其中大于20%的有15个.这些QTL,分别在第3、4、6、9和12号染色体上.以6个QTL簇(QCR)的形式存在.QCR-3和QCR-12控制穗部和穗颈维管束性状,QCR-4a、QCR-4b、QCR-6和QCR-9控制穗部性状.在这些区域已经定位了多个控制穗部性状的QTL,说明紧密连锁或成簇分布是穗颈维管束性状和穗部性状高度相关的遗传学基础之一.     

利用水稻重组自交系群体定位谷粒外观性状的数量性状基因

用区间作图和混合线性模型的复合区间作图两种方法,对水稻（Oryza sativa L）珍汕97和明恢63组合的重组自交系群体的谷粒外观性状－粒长,粒宽和粒形进行了数量性状基因（QTL）定位,用区间作图法在LOD≥2．4水平上（近拟于a=0.005),1998年对粒长,粒宽和粒形分别检测到6,2放2个QTLs,1999年对以上3个性状分别检测到3,2和2个QTLs,其中7个QTLs在两年均检测到,位于第3染色体RG393－C1087区间的QTL效应大,同时影响粒长和粒形,两年贡献分别为57．5％,61．4％和26．7％,29．9％,位于第5染色体RG360－C734B区间的QTL效应大,同时影响粒宽和粒形,两年贡献率分别为44．2％,53．2％和32．1％和36．0％,用混合线性模型的复合区间作图法在P＝0．005水平上,对粒长,粒宽和粒形分别检测到8,5和5个QTLs,共解释各自性状变异的58．81％,44．75％和57．47％,只检测到1个QTL与环境之间存在的显互作。     

基于F—2群体的鸡重要生长性状遗传分析

采用F-2设计,以丝羽乌骨鸡(C系)为一亲本,分别与农大褐蛋鸡(B系),及法国明星肉鸡(A系)进行正反交,产生了包含A×C,C×A;B×C,C×B4个杂交组合的F2代群体,建立了可用于定位产肉及产蛋等性状QTL的资源群体.基于这一F-2群体,对体重及日增重等性状表型值进行分析,结果显示,亲本间均值差异显著,分离群体变异大,这组性状间有中等或较高的相关,各性状潜在的QTL座位数不超过10,所建资源家系能够满足QTL定位所需的样本数量,达到了预期的效果.     

不同发育时期小麦粒重性状QTL的动态分析

利用6044×01-35构建的重组自交系(RIL)群体为试验材料,对小麦粒重性状进行发育动态QTL分析。结果表明,在小麦花后子粒灌浆的7个不同时期,两个试验点共检测到16个与粒重性状相关的QTL。其中开花后20d检测到的单穗粒重QTL位于2A染色体上,解释率达12%,遗传效应超过10;两环境下控制千粒重QTL在7个时期均被检测到。花后的各个时期均能在Xgwm448-Xgpw7399标记区间定位到千粒重QTL。其中花后10d检测到1个千粒重QTL,位于2A染色体的Xgwm448-Xgpw7399标记区间,解释较大的表型变异,达到18%。Qtl8、Qtl13和Qtl14均定位在Xgwm448-Xgpw7399标记区间的同一位置,共同解释11%的表型变异。花后20d和花后25d均检测到1个QTL,位于2A染色体的Xgwm372-Xgwm95标记区间的不同位点,均能解释4%的表型变异。花后40d检测到1个QTL,位于1D染色体的Xwmc93-Xgpw2224标记区间,解释1%的表型变异。从连锁群的位置上看,控制千粒重的QTL主要集中在2A染色体的Xgwm448-Xgpw7399标记区间,这是一个控制千粒重QTL的富集区域,以期进行精细定位和图位克隆。     

家畜抗性等级性状的QTL定位方法

在广义线性模型的框架内模拟研究了家畜抗性等级性状的QTL定位方法,QTL参数的估计采用最大似然方法,比较了阈模型方法与一般线性方法的QTL定位效率,并对影响等级性状QTL定位效率的主要因素（QTL效应、性状的遗传力）进行了模拟研究,实验设计为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。研究结果表明：在QTL位置参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有一定的优势,对抗性等级性状QTL定位的功效也高于线性方法。另外,性状遗传力和QTL效应的大小对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力QTL效应的