三种鱼mtDNA的限制性内切酶分析

鱼类线粒体DNA(mtDNA)的限制性酶切图谱分析,对于探讨鱼类的起源和演化等方面均有十分重要的意义。但是目前有关鱼类mtDNA酶切图谱的研究较少,这主要是受方法学的限制。为此我们改良了一种鱼类mtDNA的提取法,对鲤科的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)和鳙鱼(Aristi-chthys nobilis)的mtDNA进行了限制性内切酶酶切分析。     

鱼肝线粒体DNA的简易提纯方法

本文报道一种简易分离纯化线粒体DNA(mtDNA)的方法。即以差速离心或蔗糖梯度离心制得线粒体后,用RNase除去RNA,可得纯mtDNA,或用凝胶过滤、或低熔点琼脂糖法纯化之。所获纯mtDNA可用于限制性酶切图谱的组建和其片段的克隆。此法可避开冗长的昂贵的超速离心,故可为普通实验室所采用。文中还讨论了mtDNA纯化和得率的因素。     

小麦印度腥黑粉菌线粒体DNA提取及其ATP6基因在真菌遗传发育分析中的应用

小麦印度腥黑粉菌(Tilletia indica Mitra)是一种世界范围的重要检疫性有害真菌,该病原菌和近似种之间冬孢子的形态特征极为相似,遗传关系非常相近。为了从分子水平上探讨小麦印度腥黑粉菌和近似种之间线粒体基因序列的差异,从新鲜菌丝中提取总DNA,经两次氯化铯密度梯度超速离心分离线粒体DNA(mtDNA),提取的mtDNA纯度较高,可用于克隆、酶切分析和PCR扩增等分析。选取基因ATP(adenosine triphosphate)6的序列,并结合GenBank中相关种类的ATP6基因DNA序列进行了系统发育分析。结果表明,线粒体基因ATP6可用于科属水平的分类鉴定。     

玉米黑粉菌mt DNA的研究 Ⅰ.DNA克隆和基因图谱

本文对玉米黑粉菌mtDNA进行了如下研究:(1)将mt DNA的Bam HⅠ和Pss Ⅰ两套酶切片段分别克隆到pBR322的相应位点上,共克隆到占其基因组总长度89.3%的序列。(2)以植物或真菌来源的线粒体基因作探针,用低严紧度DNA分子杂交法鉴定出了玉米黑粉菌线粒体中的7个基因,并对照另文发表的限制性内切酶图谱,初步得出了这些基因在mt DNA上排列分布的基因图谱。它们排列的次序为:—COB—OⅫ—S—rRNA—OⅩⅢ—L—rRNA—ATPase6—OⅪ—。(3)对已鉴定出的3个含线粒体基因的克隆质粒,用E.coli极大细胞系统作了表达研究,但没见到线粒体基因的编码产物。     

人工雌核发育草鱼近交F1代线粒体DNA限制性内切酶分析

结合差速离心法、饱和酚／氯仿／异戊醇抽提等技术．提取并纯化了雌核发育草鱼近交F．代的线粒体DNA(mtDNA)．用8种限制性内切酶对mtDNA酶切分析．结果表明：雌核发育草鱼近交Fl代mtDNA分子大小为16、77kb,除无sail酶切位点外,其余7种酶EcoRI、BalI、。YbaI、BarnHI、PstI、XhoI各产生4、4、3、3、3、2、2个切点。与已报道的普通草鱼一致．雌核发育草鱼近交F1代与普通草鱼间未检测出限制性片断长度多态性差异、这表明,雌核发育草鱼F。代与普通草鱼mtDNA遗传结构具有同一性、     

洱海四种鲤鱼线粒体DNA遗传相似性的初步研究

用6种限制性内切酶对洱海的四种鲤鱼－洱海鲤（C.barbatus)、春鲤（C.longipectoralis)、大眼鲤（C.megalophthalmus)和杞麓鲤（C.carpio chila),其中前三种为洱海特有,进行了线粒体DNA(mtDNA)的限制性片段长度多态（RFLP）分析,构建了它们的mtDNA限制性内切酶图谱。结果表明,这四种鲤鱼在种内和种间均缺乏mtDNA RFLP。这种现象在鱼类种间的mtDNA的RFLP研究中是罕见的。分析这一现象的原因,可能在于这些物种是同域形成物种,并且其分化时间还相当短。     

武昌鱼肝线粒体DNA限制性内切酶酶解图谱与12SrRNA基因的初步定位

武昌鱼肝线粒体(mt)DNA经六种限制性内切酶BamHI,BgⅢ,BgⅡ,EcoRI,HindⅡHpall单酶完全酶解分別得到2,2,3,3,3和7个片段。用琼脂糖凝胶电泳测得各个酶解片段的长度和分子量,经计算该mtDNA长约16.6kb,分子量10.2×10~6道尔顿(dalton)。用七对限制酶双酶全酶解,构建出五种限制性内切酶图谱。以酵母线粒体15SrRNA基因为探针对武昌鱼肝mtDNA中的12SrRNA基因进行初步定位。     

长江中游水系鲢和草鱼群体mtDNA遗传变异的研究

采用PCR技术进行了长江中游鲢和草鱼四个地理群体的线粒体DNA（mtDNA)限制性片段长度多态性（RFLP）的研究。四个地理群体包括长江中游的湖北嘉鱼和江西瑞昌两个地理群体,长江中游的两大支流江汉和湘江群体。PCR技术扩增出mtDNA ND5-ND6基因,选用10种限制性内切酶对PCR产物进行酶切。从鲢中共检出18种单倍型,在草鱼中没有发现多态现象,只有一种单倍型存在。进一步地证实了长江鲢的遗传多样性比草鱼的要丰富得多,与这两种鱼类在长江现有生物量成反比的反常现象。     

高等植物线粒体DNA的制备方法

自从六十年代发现线粒体DNA(mtDNA)以来,mtDNA在遗传上的功能引起了广泛的重视。由于线粒体具有自已的基因组,能够自我复制,又能编码一些酶,比如生物氧化链上的一部分酶的亚基就是由线粒体基因编码的,可以推测生物的某些性状的表达可能与mt-DNA有关;另外由于实现线粒体基因组的复制与表达所需的许多酶又是由核基因编码的(如DNA聚合酶,RNA聚合酶、DNA连接酶等),可以推测     

林氏果蝇线粒体DNA分析

本文对Tamura(1988)提纯mtDNA的方法进行改进,建立了林氏果蝇Drosophila lini 线粒体DNA大量制备的方法;对采自原产地台湾省的单雌晶系TAW3146.1的线粒体DNA用10种限制性内切酶进行了酶切,得出了林氏果蝇mtDNA的分子量大小为16.3kb;用双酶切法制作了林氏果蝇线粒体DNA酶切图谱,并与属于同一复合种组的D.Kikkawai的酶切图谱进行比较。所用的内切酶有XbaI、AvaI、EcoRV、ScaI、SacI、EcoR I、HindIII、PvuⅡ、BamHI、PstⅡ。     

饲料氧化鱼油对草鱼肝胰脏结构和功能的损伤

为了探讨饲料氧化鱼油对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肝胰脏组织结构及其功能的影响, 研究以豆油、鱼油及氧化鱼油作为饲料脂肪源, 分别设计鱼油组(6F)、豆油组(6S)、2%氧化鱼油(4S2OF)、4%氧化鱼油(2S4OF)及6%氧化鱼油(6OF)5组等氮、等能的半纯化饲料, 在池塘网箱中养殖72d。结果显示: 氧化鱼油显著增加草鱼血清ALB、GLB、MDA和GSH含量(P0.05), 显著降低肝胰脏GSH和SOD含量(P0.05); 氧化鱼油会显著增加草鱼肝胰脏指数及肝胰脏脂肪含量(P0.05), 且草鱼血清TG含量显著上升(P0.05), HDL/LDL显著下降(P0.05); 氧化鱼油使血清及肝胰脏TC含量显著增加(P0.05), 血清TBA显著下降(P0.05), 肝胰脏TBA显著上升(P0.05); 氧化鱼油会引起草鱼脂肪肝, 损伤肝胰脏细胞线粒体, 并导致肝胰脏细胞纤维化和组织萎缩。结果表明: 饲料添加氧化鱼油会引起草鱼氧化应激, 并降低草鱼肝胰脏抗氧化能力; 扰乱草鱼肝胰脏脂肪代谢, 引起脂肪肝; 影响胆汁酸肝肠循环, 使胆汁酸在肝胰脏中堆积, 并损伤肝胰脏细胞线粒体, 最终增加草鱼肝胰脏脂肪性肝炎发生率。     

草鱼雌核发育后代不同群体的微卫星遗传分析及指纹识别

以紫外线灭活的团头鲂精子激活草鱼卵子,冷休克抑制第二极体排出的方法诱导出长江水系优良F2代草鱼减数雌核发育子代。在后代中不仅存在雌核发育后代,还存在草鲂杂交后代,雌核发育后代的体型与草鱼一致,而草鲂杂交后代的体型介于草鱼与团头鲂之间。Partec CyFlow倍性分析仪测定结果显示:普通草鱼与雌核发育草鱼的相对DNA含量分别为23.01和22.72,二者的DNA含量接近;而高体型子代的相对DNA含量为25.38,介于草鱼与团头鲂（DNA含量28.21）之间,属于草鲂杂交后代。选取17个微卫星标记对草鱼群体、雌核发育草鱼群体和草鲂杂交后代的遗传多样性进行了检测,共检测出59个等位基因,其中43.18个有效等位基因。草鱼对照群体、草鲂杂交后代和雌核发育草鱼群体的平均等位基因依次为3.57、2.86和2.79,平均有效等位基因依次为2.93、2.37和1.96,平均期望杂合度在依次为0.6502、0.5573和0.3775,多态信息含量（PIC）平均值依次为0.5738、0.4649和0.3791。与草鱼对照群体相比,雌核发育草鱼群体的遗传多样性显著下降,表明通过减数雌核发育方法可获得纯合性较高的草鱼个体。构建了草鱼后代不同群体的DNA指纹模式图,筛选到不同群体的9个特异微卫星标记,为草鱼优良群体的选育提供了基础资料。     

一株草鱼呼肠孤病毒弱毒株的分离、鉴定及免疫原性初步分析

从江西南昌患出血病草鱼体内分离出的草鱼病毒(暂命名为JX09-01)能使草鱼肾脏细胞(CIK)、草鱼肝细胞(L8824)、草鱼吻端成纤维细胞(PSF)产生明显的细胞病变效应(CPE)。感染CIK 细胞固定后经电镜观察,发现细胞质内有大量病毒聚集, 形态和排列方式与已报道的草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus, GCRV)相似。针对GCRV 873 株S6 基因设计的简并引物可以从病料组织和感染细胞中扩增出目的条带, 而针对GCRVHZ08 株S6 基因设计特异性引物未能扩增出目的条带。对JX09-01 株的S6 全基因进行序列分析表明, 其核苷酸序列同GCRV 873 株和HZ08 株的同源性分别是99.3%和30.4%, 推导出的氨基酸序列同源性分别是98.6%和30%, 说明草鱼病毒JX09-01 株为草鱼呼肠孤病毒。用JX09-01 株接种当年8-10 cm左右的草鱼, 没有明显的临床症状, 不能致草鱼死亡。用传代至15 代的CIK 细胞病毒液进行免疫保护试验, 结果显示其对强毒株的免疫保护率达到86.7%。实验结果初步显示, 新分离到的JX09-01 为草鱼呼肠孤病毒弱毒株, 可作为弱毒疫苗的候选毒株。       

长江水系钱草鱼遗传结构及变异性的RAPD研究

采用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对长江中游的湖北嘉鱼与江西瑞昌两个地理群体和中游的汉江和湘江两大水系的鲢和草鱼的群体进行了遗传学研究。发现长江水系链的遗传变异要高于草鱼,与现今生物量成反比的反常现象。鲢遗传多样性从大到小的分布是嘉鱼→湘江→瑞昌→汉江。草鱼遗传多样性从大到小的分布是瑞昌→汉江→湘江→嘉鱼,鲢和草鱼的遗传多样性地理分布并不一致。遗传分化指数Gst分别为12.3%和17.5%,表明鲢和草鱼的四个地理群体的遗传分化度较低,可能与地理较近和基因交流频繁有关。     

草鱼和鲤群体遗传变异的RAPD指纹分析

利用随机扩增多态ＤＮＡ技术对革鱼,兴国红鲤,野鲤的种群内,种群间以及种间的遗传变异亏待进行了定量分析。结果表明;草鱼与鲤的ＲＡＰＤ指纹图谱带型差异显著,草鱼与红鲤和鲤种间的平均带纹相似系数分别为０．２５８３和０．２３９４,遗传距离分别达到０．９３６２和１．２２７７。     

Evidence for recombination of mitochondrial DNA in triploid crucian carp

In this study, we report the complete mitochondrial DNA (mtDNA) sequences of the allotetraploid and triploid crucian carp and compare the complete mtDNA sequences between the triploid crucian carp and its female parent Japanese crucian carp and between the triploid crucian carp and its male parent allotetraploid. Our results indicate that the complete mtDNA nucleotide identity (98%) between the triploid crucian carp and its male parent allotetraploid was higher than that (93%) between the triploid crucian carp and its female parent Japanese crucian carp. Moreover, the presence of a pattern of identity and difference at synonymous sites of mitochondrial genomes between the triploid crucian carp and its parents provides direct evidence that triploid crucian carp possessed the recombination mtDNA fragment (12,759 bp) derived from the paternal fish. These results suggest that mtDNA recombination was derived from the fusion of the maternal and paternal mtDNAs. Compared with the haploid egg with one set of genome from the Japanese crucian carp, the diploid sperm with two sets of genomes from the allotetraploid could more easily make its mtDNA fuse with the mtDNA of the haploid egg. In addition, the triple hybrid nature of the triploid crucian carp probably allowed its better mtDNA recombination. In summary, our results provide the first evidence of mtDNA combination in polyploid fish.     

饲料蛋白质和小麦淀粉水平对中大规格草鱼生长性能及肝脏组织结构的影响

草鱼(Ctenopharyngodon idella)对碳水化合物的利用能力显著优于脂肪, 因此研究碳水化合物与蛋白的相互作用关系是解决草鱼配方策略的重要途径。实验探讨了中规格(460 g)草鱼和大规格(1970 g)草鱼饲料中蛋白与碳水化合物的相互作用关系。实验采用2×4的双因子实验设计, 实验一: 中规格草鱼饲料的2个淀粉梯度为25%和35%, 4个蛋白梯度为22%、24%、26%和28%, 共8个处理; 实验二: 大规格草鱼饲料的2个淀粉梯度为30%和40%, 4个蛋白梯度为18%、20%、22%和24%, 共8个处理。在56d的等量投喂后, 实验结果显示: 中规格草鱼的生长性能随着饲料蛋白水平的升高显著上升, 在28%蛋白水平组达到最高(P<0.05), 且小麦淀粉水平35%组的生长性能显著高于25%组(P<0.05); 大规格草鱼的生长性能也随着饲料蛋白水平的升高显著上升, 在蛋白水平大于20%之后差异不显著(P>0.05), 且小麦淀粉水平40%组的生长性能显著高于30%组(P<0.05)。同时, 中规格和大规格草鱼饲料分别添加35%和40%小麦淀粉时不会对草鱼的肝脏组织造成明显的负面影响。由此可见, 在实验条件下, 中规格和大规格草鱼分别在饲料小麦淀粉水平35%和40%以内时, 可以有效地利用淀粉节约饲料蛋白而不造成肝脏组织损伤。     

长江中下游鲢鳙草青四大家鱼线粒体DNA多样性分析

对长江中、下游湖北石首、江西九江、安徽芜湖三江段鲢、鳙、草鱼、青鱼天然群体共３６５尾鱼的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）的ＮＤ５／６、Ｃｙｔｂ基因和Ｄ－Ｌｏｏｐ区片段进行了限制性内切酶酶切片段长度多态（ＲＦＬＰ）分析。结果表明：（１）长江中、下游鲢、鳙和青鱼的遗传多样性丰富，草鱼不甚丰富。发现鲢、鳙和青鱼的ｍｔＤＮＡ基因型分别有２８、１９、２７种，草鱼ｍｔＤＮＡ基因型仅见７种；鲢、鳙和青鱼的基因型多样性     

草鱼Noxa基因克隆及其应答GCRV入侵的表达响应

研究通过获得草鱼Noxa基因(Cinoxa)全长cDNA, 进行序列分析和进化树构建, 使用定量PCR (qPCR)的方法研究其在GCRV刺激下的表达模式。研究发现, 草鱼Noxa基因的蛋白序列与斑马鱼Noxa基因具有高度相似性。通过分析草鱼和斑马鱼的Noxa基因的蛋白三维结构(3D)模型, 研究发现两者具有高度一致的蛋白三维结构模式, 该模型与高等哺乳类中的Bcl-2家族蛋白中C端结构域同源。对Cinoxa在GCRV刺激下的表达模式的研究表明, Cinoxa在GCRV感染后中肾、脾脏和头肾中表达发生显著性变化, 攻毒后24h和120h出现显著上调表达。研究表明草鱼Noxa为斑马鱼Noxa的同源基因, 并且参与了草鱼对GCRV入侵的应答反应, 为深入研究鱼类Noxa应答病毒入侵的功能和转录调控机制奠定了基础。     

草鱼出血病细胞培养灭活疫苗的研究:疫苗的稳定性及佐剂和加强免疫对草鱼免疫应答的影响

CFRV 疫苗具有较好的稳定性。4℃保存8个月,其免疫保护力仍为83.6%,草鱼免疫后的血清中和抗体效价为119.2±8.8(2),与保存开始时相比,没有显著的差别。28℃保存8d,其免疫原性也基本上保持在原来的水平。CFRV 疫苗在此两温度下的免疫有效期分别为8个月和8d。不完全弗氏佐剂对 CFRV 疫苗有明显的增效作用;用 CFRV 疫苗对草鱼进行加强免疫,可明显地增强草鱼对该疫苗的免疫应答,由此证明草鱼具有免疫回忆反应。