甘薯品种的SRAP遗传多样性分析

利用分子标记SRAP技术,对36个甘薯品种进行了DNA多态性分析。选取6对引物扩增甘薯基因组DNA,共获得112条带,其中110条为多态性条带,平均每对引物提供18个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了36个品种间的遗传关系。相似系数在0.62~0.92之间,品种间有较高的遗传相似性;在聚类树中,亚洲品种和美洲品种之间没有明显的遗传分化,表明甘薯品种间没有明显的地理差异;近缘野生种与育成品种聚在一起,没有明显的遗传分化,这意味着它们之间有较高的遗传相似度;中国育成品种聚在一起,表明它们之间的遗传相似度很高。     

莲品种资源的SRAP遗传多样性分析

利用分子标记SRAP技术对国内广泛栽培以及新近育成的39个莲品种进行了DNA多态性分析。选取5对引物扩增基因组DNA,共获得101条带,其中88条为多态性条带,每对引物平均提供20个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了39个品种间的遗传关系,结果表明:花莲、籽莲和藕莲三大类群有明显的界限,花莲和籽莲的遗传距离较近,藕莲与它们的遗传距离较远。分子方差分析结果表明:莲品种间和品种内均存在遗传变异,藕莲品种内的遗传变异略低于品种间的遗传变异,而诱变籽莲、诱变花莲和常规籽莲品种内遗传变异均大于品种间的遗传变异,尤其是诱变籽莲、诱变花莲品种内遗传变异占总变异的分量分别超过了70%和60%,这种品种内的遗传变异,一方面对于莲的高产稳产具有重要的意义,另一方面也说明了从这些国内广泛栽培的品种以及新近育成的莲品种中可以直接进一步选育出更优良的新品种。     

美洲黑杨遗传差异的SRAP和EST-SSR分析

采用SRAP和EST-SSR分子标记对美洲黑杨I-69及与其有亲缘关系的4个美洲黑杨品种进行遗传差异分析,比较两种分子标记在遗传差异性分析中的适用性,为美洲黑杨的鉴别提供准确的分子技术依据。结果表明:(1)以SRAP标记筛选出21对引物组合,共扩增出287条谱带,多态性条带209条,多态性比率72.8%,遗传相似系数为0.548 1~0.769 2。(2)以EST-SSR标记筛选出17对引物,共扩增出86条谱带,多态性条带69条,多态性比率80.2%,遗传相似系数为0.444 4~0.717 2。(3)对SRAP和EST-SSR以及两者混合数据形成的3个遗传相似矩阵进行相关性分析结果显示,SRAP和EST-SSR分别同综合数据之间呈显著相关(r=0.844 2,r=0.830 8)。(4)聚类分析发现,两种分子标记的聚类结果有一定差异,SRAP聚类结果同综合数据分析的结果一致,说明SRAP标记更适用于杨树亲缘关系较近材料的遗传差异分析。     

基于EST-SSR标记的莲属种质资源遗传多样性分析

利用EST-SSR分子标记对30个亚洲莲、6个美洲莲及14个亚美杂交莲品种(野生居群)进行遗传多样性分析,结果表明:从123对EST-SSR引物中筛选出52对(42.3%)扩增稳定、具有多态性的引物;利用这52对引物对50个不同类型代表的莲属品种进行扩增,共获得177条多态性条带,引物的等位基因数和多态性信息量(PIC)的范围分别为2~8个和0.63(NNFB-1059)-0.91(NNFB-750),平均为3.4个和0.79。利用NTSYS-pc2.11软件对扩增结果进行Jaccard相似性系数分析,50个荷花品种材料遗传相似系数为0.24~0.86;通过UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数0.37处供试荷花材料可分为4大类群:亚洲莲品种均聚类在I、II类群中,III类群绝大部分为亚美杂交莲品种,IV类群为美洲莲,亚美杂交莲品种与亚洲莲品种的亲缘关系相对较近,与传统分类及前人研究结果相一致。     

新型标记SRAP在棉花F2分离群体及遗传多样性评价中的适用性分析

将新型分子标记SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)应用于棉花的遗传研究,并建立了完整的PCR反应体系,此体系稳定可靠、扩增效果好、可重复性强。采用30个SRAP引物组合对海岛棉品种“Pima90”和陆地棉品种“邯郸208”进行比较扩增,29个引物组合可以获得多态性扩增,显示了较高的多态性。对上述两个品种的F2群体进行检测,共产生149个多态性条带,平均每个组合产生5．14个,单引物组合最多可产生13个多态性条带。用SRAP标记对11份陆地棉材料进行遗传多样性检测,30个引物组合中15个组合有多态性,得到22个多态性条带,显示了较高的多态性比率。研究结果表明,SRAP标记可在棉花分子生物学领域中广泛应用。     

不同类型莲资源的RAPD聚类分析

利用17个随机引物对32份莲属(Nelumbo)品种资源进行RA PD分析.扩增形成207条谱带,其中多态带193条,占93.23%,显示该属植物在我国具有丰富的遗传多样性.结果还表明:(1)莲属种质资源可分为3个品种群:花莲、子莲和藕莲,与传统的园艺学分类相吻合.(2)美洲黄莲与中国莲的花莲之间在DNA水平上差异不大,遗传背景与花莲更相似.(3)藕莲、子莲和花莲可能由不同遗传背景的野莲演化而来.     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

应用SRAP标记分析金丝瓜（Cucubitapepo L.）种质资源遗传多样性与亲缘关系

本研究应用SRAP分子标记技术对56份金丝瓜和32份南瓜属（包括西葫芦美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜）种质资源遗传多样性与亲缘关系进行分析。结果表明：（1）从285对SRAP引物中共筛选出50对多态性引物对供试品种基因组DNA进行PCR扩增,获得713条清晰可辨的标记,其中多态性条带634条,多态性比率达88.92%,说明出南瓜属种间遗传多样性较丰富;（2）在56份金丝瓜品种中,共扩增出586条清晰可辨条带,多态性条带350条,多态性比率为59.73%,说明金丝瓜品种间的遗传相似性较高;（3）通过分子聚类分析可将供试金丝瓜品种划分为5个亚类群。金丝瓜与西葫芦美洲南瓜的亲缘关系较近,与中国南瓜的亲缘关系较远,而与印度南瓜的亲缘关系最远;根据分子聚类分析结果证实初步鉴定应可以明确将金丝瓜划归为南瓜属中西葫芦美洲南瓜的一个变亚种。     

冬枣×宁梨巨枣的子代SRAP鉴定及遗传多样性分析

应用SRAP分子标记方法对冬枣×宁梨巨枣的子代进行了分子鉴定及遗传多样性分析。采用构建基因池的方法对SRAP分子标记引物进行筛选,从88对引物中筛选出15对多态性好、主带清晰的引物,并对子代进行了真实性鉴定及多态性分析。结果表明:(1)15对引物共产生95个多态性条带,平均每对引物产生6.3个多态性条带,显示了较高的多态性比率。(2)80个子代中44个具有父本特征带,鉴定为真杂种。子代遗传多样性及UPGMA聚类分析表明,子代个体与亲本间的遗传相似系数在0.55~0.98之间,个体差异明显。该研究结果为枣树杂交育种提供了重要的分子证据。     

甘薯SRAP指纹图谱构建及遗传多样性分析

[目的]利用分子标记SRAP技术,构建22个甘薯品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。[方法]从49对SRAP引物中筛选了11对引物进行PCR扩增。[结果]共扩增出98条带,多态性条带74条,多态性比率为75.5%,平均每对引物扩增8.91条带。利用引物Me2-em3和Me3-em7,构建了22个甘薯品种的指纹图谱。聚类结果显示,在阈值为15.5时可将22个甘薯品种被分为7类。[结论]地理来源相同的甘薯品种和具有同一亲本的甘薯品种聚在了一起。     

花莲种质资源的遗传多样性及品种间亲缘关系的探讨

利用17个随机引物对来自中国和美国的29份花莲种质资源材料进行了RAPD分析。扩增形成207条谱带,多态带122条,多态率为58．94％。说明中国花莲具有较丰富的遗传多样性。结果还显示：（1）花莲种质资源可被分为2个品种群：品种群Ⅰ以大花型为主,少量小花型。品种群Ⅰ以中小型花为主。又在欧氏遗传距离11．01处分为7个亚品种群。（2）美洲黄莲与中国莲的花莲之间在DNA水平上没有显著差异,与中小型花关系更近。     

RAPD Analysis of Germplasm in Ancient

By using 40 random primers and 8 anchor-SSR primers, RAPD and microsatellite DNA (SSR) polymorphism were detected in the ancient "Taizi lotus" and the modem Chinese red flower lotus (Nelumbo nucifera Gaertn. ) from Hebei, Harbin (wild population), Jiangxi and Hunan (cultivar). The polymorphism information could be provided with 13 random primers and 2 SSR primers. Total 135 loci were amplified, 71 loci of these were polymorphic (53%). Agarose electrophoresis showed high genetic identity without any genetic variation whithin "Taizi" and Harbin lotus by using the above-mentioned 15 primers. However, there were different extent of differentiation within Hebei, Jiangxi and Hunan lotus. According to the UPGMA analysis of MEGA program, "Taizi", Harbin and Hebei lotus were gathered to a branch in the dendrogram. The genetic distance of "Taizi" and Hebei lotus were very close (0.05). They shared a common ancestry. Comparing with the modem Chinese lotus ( N. nucifera ), the ancient "Taizi" lotus only lacked one locusOPM06-300, so it still belonged to N. nucifera. Hunan and Jiangxi lotus were close to gather and could be grouped in another branch. Their genetic distances from the ancient "Taizi" lotus were farthest (0.67).     

Analyses of genetic relationships in Nelumbo nucifera using nuclear ribosomal ITS sequence data,ISSR and RAPD markers

Despite the economic importance of Nelumbo nucifera, there have been no molecular studies on genetic relationships among cultivars in the species. In the present study 38 accessions were sampled including 37 accessions of N. nucifera or hybrids between N. nucifera and Nelumbo lutea and a single accession of N. lutea. In the ITS analyses, Chinese and Japanese lotus comprise a single cluster with a moderate bootstrap support 68% indicating there is very high similarity between them. Moreover, these ISSR and RAPD results also indicate that there is very close genetic relationship between Chinese and Japanese lotus. In the ISSR and RAPD analyses, although 38 accessions all are distinctly separately into two groups, viz. N. nucifera and N. lutea, there is a high Jaccard similarity coefficient (0.785 and 0.656) between the two species. In N. nucifera the two different groups of the species, viz. flower lotus and rhizome lotus accessions show clear genetic variations. Seed lotus accessions do not form a distinct cluster but are interspersed among the flower accessions indicating that seed lotus is phylogenetically close to flower lotus and they might originate from close wild lotus in genetic relationship. In flower lotus, big-flower type accessions and medium-small type accessions have obvious genetic variation, indicating height is an important criterion in the classification system of flower lotus.     

基于SRAP和TRAP标记的河北野生狗牙根种质遗传多样性分析

以SRAP和TRAP 2种标记技术对36份狗牙根材料的遗传多样性及亲缘关系进行了分析,其中包含34份河北省野生狗牙根种质资源。分别由238对SRAP和85对TRAP引物组合中筛选获得具有多态性的SRAP和TRAP引物组合各10对,PCR扩增总条带分别为186和161条,多态性条带156和132条,平均每对引物扩增出多态性条带各15.6和13.2条,多态性位点比率分别为83.4%和81.0%。2种标记合并进行聚类分析,所有供试的36份狗牙根材料遗传相似系数GS=0.519~0.983,平均为0.7。当GS=0.68时,可将36份供试材料分为4个类群。本研究结果表明河北野生狗牙根种质资源存在较丰富的遗传多样性,可为种质资源保护和选育优良狗牙根新品种提供科学依据。     

Genetic Diversity Analysis of Nelumbo Accessions Based on EST SSR Markers

EST-SSR markers were applied to estimate the genetic diversity for 30 accessions of Nelumbo nucifera, 6 accessions of Nelumbo lutea and 14 hybrids between these two species. The 52 of 123 EST SSR markers (423%) were screened and then applied to amplify the 50 Nelumbo accessions. A total of 177 alleles were identified, and the number of alleles per locus and Polymorphic Information Content (PIC) value varied from 2 to 8 with an average of 34 alleles and from 063 (NNFB 1059) to 091 (NNFB 750) with an average value of 079, respectively. Jaccard similarity coefficients of the amplification results were analyzed by NTSYS pc2.11 software and the genetic similarity coefficient was from 024 to 086. The clustering dendrogram constructed by UPGMA method indicated that 50 accessions of Nelumbo could be divided into four major groups at the similarity coefficient of 037. Group I and group II included Nnucifera; group III included the majority of Asian American lotus hybrids; and group IV included Nlutea. In addition, the Asian American hybrids were closer to Nnucifera based on genetic relationship, which is consistent with the traditional classification result and the previous reports.     

基于SSR标记的荷花品种遗传多样性及群体结构分析

采用SSR标记技术对42个荷花品种( Nelumbo spp.)的基因组DNA进行扩增,在此基础上,对供试品种进行UPGMA聚类分析、群体结构分析和主坐标分析( PCoA)。结果表明：采用17对SSR引物从42个荷花品种的基因组DNA中扩增出77个位点,多态性位点百分率为88.31%;每对引物可扩增出1~9个多态性位点。根据Nei's遗传距离,供试的42个荷花品种可被分成Ⅰ和Ⅱ两组,分别包含3和39个品种;在Nei's遗传距离0.150处,Ⅱ组被进一步分成Ⅱa、Ⅱb和Ⅱc 3个亚组,分别包含3、16和20个品种。群体结构分析结果表明：组分概率高于等于0.80时,供试的42个荷花品种被分成Pop1、Pop2和混合群3个亚群,分别包含17、16和9个品种。 PCoA分析结果表明：在F1水平上,供试的42个荷花品种被分成2个部分;其中,Pop1亚群的品种均分布在第二和第三象限,而Pop2亚群的品种则分布在第一和第四象限。总体来看,聚类分析、群体结构分析和PCoA分析的结果基本一致。综合分析结果表明：玉组包含美洲黄莲( N. lutea Pers.)品种‘艾江南',且与传统中国莲( N. nucifera Gaertn.)品种的亲缘关系最远,故认为该组为美洲黄莲;Ⅱ组为中国莲,其中,Ⅱc亚组以传统中国莲品种为主,而Ⅱb亚组则偏重于美洲黄莲。总体上看,供试的42个荷花品种主要被分为中国莲和美洲黄莲两组,而中美杂交莲并没有独立成组,其成因有待进一步研究。     

茄子耐盐种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,研究了14份耐盐茄子种质资源的遗传多样性,结果表明,2种标记均能揭示材料间较高的遗传多样性,其中ISSR标记多态性略高于SRAP标记。在SRAP分析中,每对引物组合可扩增出8-15条DNA片段,平均为12．12条：26对SRAP引物组合共扩增出315条DNA片段,其中263条具有多态性,多态性比率为83．49％;材料间遗传相似系数变化范围为0．212～0．923,平均值为0．755。在ISSR分析中,每个引物可获得5～16条DNA片段,平均为10．87条;15个ISSR引物共扩增出163条DNA片段,其中141条具有多态性,多态性比率为86．50％;材料间遗传相似系数变幅为0．333-0．957,平均值为0．736。聚类分析表明,2种标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有一定的相似性,但也存在明显差异。Mantel相关分析表明,SRAP分析与ISSR分析的相关性达到极显著性水平（r=0．904,P〈0．01）。     

莲SRAP-PCR反应体系的优化与建立

以中国古代莲(Nelumbo nucifera)和美洲黄莲(N.lutea)为材料,利用单因素分析法对影响莲SRAP-PCR扩增效果的模板、Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物浓度进行了探索和研究.获得了能稳定扩增莲基因组的SRAP-PCR最佳10 μL反应体系:模板DNA浓度为50 ng、1μL10×Buffer、MgCl2浓度为2 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度为0.75 U、正反向引物浓度均为0.8μmol/L.为检测该优化体系的稳定性,进一步选取16对引物组合对88份花莲核心种质进行PCR扩增,获得了183条清晰的谱带,其中165条具有多态性,比率为90％,说明建立的莲SRAP反应体系是稳定可靠的.莲SRAP-PCR反应体系的优化和建立,为利用SRAP标记技术深入开展莲的遗传多样性评价、遗传连锁图构建和分子辅助育种等研究提供成熟的技术体系支撑.