应用SRAP标记绘制88份南瓜属种质资源DNA指纹图谱

为了给南瓜属种质资源鉴定和分类提供分子生物学依据,本研究采用SRAP分子标记技术与DNAMAN指纹图谱绘制软件对88份南瓜属种质资源(包含美洲南瓜、中国南瓜、印度南瓜)进行分子指纹图谱绘制。结果表明:35对SRAP多态性引物共扩增出499条清晰条带,其中多态性条带438条,多态性条带比率高达87.8%。根据扩增出的条带成功绘制出88份南瓜属种质资源的DNA指纹图谱,每一份种质都具有其独特的分子身份证,使得每份种质均可被区别开来。其中,多态性最好的引物是E5EM8,可以同时绘制72份南瓜属种质资源的指纹图谱。所有供试材料用5对多态性SRAP引物即可全部区别开来。研究表明,SRAP分子标记技术可成功地绘制南瓜属种质资源DNA指纹图谱。本研究对南瓜属种质资源鉴别、分子数据库构建及品种权保护具有较重要的意义。     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

美洲黑杨遗传差异的SRAP和EST-SSR分析

采用SRAP和EST-SSR分子标记对美洲黑杨I-69及与其有亲缘关系的4个美洲黑杨品种进行遗传差异分析,比较两种分子标记在遗传差异性分析中的适用性,为美洲黑杨的鉴别提供准确的分子技术依据。结果表明:(1)以SRAP标记筛选出21对引物组合,共扩增出287条谱带,多态性条带209条,多态性比率72.8%,遗传相似系数为0.548 1~0.769 2。(2)以EST-SSR标记筛选出17对引物,共扩增出86条谱带,多态性条带69条,多态性比率80.2%,遗传相似系数为0.444 4~0.717 2。(3)对SRAP和EST-SSR以及两者混合数据形成的3个遗传相似矩阵进行相关性分析结果显示,SRAP和EST-SSR分别同综合数据之间呈显著相关(r=0.844 2,r=0.830 8)。(4)聚类分析发现,两种分子标记的聚类结果有一定差异,SRAP聚类结果同综合数据分析的结果一致,说明SRAP标记更适用于杨树亲缘关系较近材料的遗传差异分析。     

南瓜属植物RAPD-PCR反应体系的建立与应用

采用混合DNA样品池,利用正交法对南瓜属植物RAPD反应条件进行了探讨,并利用建立起来的优化体系,从35条引物中筛选出7条引物,对供试中国南瓜、印度南瓜和黑籽南瓜3个栽培种的7个品种进行了RAPD分析,结果均获得了较多的多态性位点。RAPD-PeR反应扩增结果还显示,日本南瓜兼有中国南瓜和印度南瓜的特征带,聚类分析的结果则表明,它与中国南瓜的亲缘关系更近。     

番木瓜基因型遗传关系的SRAP分析

利用SRAP标记对中国22个番木瓜主要栽培品种（系）进行亲缘关系和遗传多样性研究。结果表明:（1）筛选出的20对SRAP引物共扩增249条谱带,其中多态性条带110条,多态性比率为43.20%,平均每对引物扩增的条带数和多态性条带数分别为12.45条和5.50条。（2）引物多态性信息含量（PIC）值变化范围为0.15～0.79,平均值为0.49。（3）聚类分析和主坐标分析显示,供试材料间的遗传相似系数为0.72～0.96,遗传多样性水平较低,在相似性系数为0.87时,可将所有试材分为3个类群。该研究结果有效地揭示了中国番木瓜主要栽培品种（系）资源的遗传背景和亲缘关系,可为番木瓜种质资源的分类、保护和有效利用以及新品种选育提供理论依据。     

利用SRAP标记分析海南旱稻地方品种的遗传多样性及其分子身份证的构建

利用SRAP标记对来自海南省的28份旱稻种质进行了亲缘关系分析。从255对引物组合中筛选出46对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,并选用其中的18对引物组合对28份材料进行SRAP扩增,共扩增出180个条带,其中多态性条带160条,多态性比率为87.75%,平均每对引物组合产生10个条带和8.9个多态性条带。并且,运用UPMGA方法进行的聚类分析结果表明,供试旱稻种质的遗传相似系数范围为0.687 0-0.921 2,在遗传相似系数0.687 0处分为两大类群,第I类群全部为海南山栏稻种质,第Ⅱ类群为海南地方旱稻坡压和本研究组自育旱稻品种。对海南旱稻地方品种的划分表明,山栏稻种质间亲缘关系较近,海南地方旱稻坡压可能与籼型水稻种质具有一定的遗传相似性。此外,还构建了28份海南省旱稻种质的SRAP标记分子身份证,可为山栏稻种质的遗传亲缘关系,种质鉴定及新品种选育等方面提供依据。     

基于SRAP和TRAP标记的河北野生狗牙根种质遗传多样性分析

以SRAP和TRAP 2种标记技术对36份狗牙根材料的遗传多样性及亲缘关系进行了分析,其中包含34份河北省野生狗牙根种质资源。分别由238对SRAP和85对TRAP引物组合中筛选获得具有多态性的SRAP和TRAP引物组合各10对,PCR扩增总条带分别为186和161条,多态性条带156和132条,平均每对引物扩增出多态性条带各15.6和13.2条,多态性位点比率分别为83.4%和81.0%。2种标记合并进行聚类分析,所有供试的36份狗牙根材料遗传相似系数GS=0.519~0.983,平均为0.7。当GS=0.68时,可将36份供试材料分为4个类群。本研究结果表明河北野生狗牙根种质资源存在较丰富的遗传多样性,可为种质资源保护和选育优良狗牙根新品种提供科学依据。     

应用SRAP标记对莲藕资源的聚类分析

利用一种新的分子标记SRAP技术对17个莲藕品种进行了DNA多态性分析。选取7对引物扩增基因组DNA,共获得168条带,其中159条为多态性条带,每对引物平均提供24个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了17个品种间的遗传关系:(1)亚洲莲与美洲莲之间有明显的差异;(2)在亚洲莲内部,藕莲和花莲有明显的遗传分化,在花莲内部亚洲莲与美洲莲的杂交后代和其它花莲品种之间存在明显的差异;(3)SRAP标记是作分子图谱的好标记,但很难区分遗传关系较近的品种。     

利用SRAP标记分析河南小麦栽培品种的遗传多样性

利用小麦SRAP标记对22个河南省小麦品种进行了遗传多样性分析,10对引物组合扩增获得169个条带,其中70个条带具有多态性,多态条带百分率为41.42％,每对引物平均产生7个多态性条带。22个供试材料的带型按照条带的有,无分别记录为1,0后,采用Nei 72方法计算不同品种的遗传距离,利用NTSYS软件进行非加权成组法（UPGMA）进行了聚类分析。结果表明SRAP标记技术能较真实地反映小麦品种间的亲缘关系,可以用于小麦品种遗传多样性的研究。     

中国灌木辣椒种质遗传多样性的SRAP和SSR分析

应用SRAP和SSR分子标记对8份辣椒种质进行了遗传多样性分析,结果表明,15对SRAP引物组合共扩增出321条带,平均每对引物扩增出21.40条,多态性位点比率为72.90%;18对SSR引物共扩增出109条带,平均每对引物扩增出6.06条,多态性位点比率为98.17%。与SRAP比较,SSR检测到的Shannon多样性指数(I)、观测等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)等遗传多样性参数都较大,说明SSR有更高的多态性检测效率。基于SRAP的聚类与基于SSR的聚类之间存在极显著正相关,且都能将中国灌木辣椒种质与美洲灌木辣椒种质及一年生辣椒种质有效区分。     

油莎豆SRAP指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用SRAP分子标记构建了14份不同地理来源、表型具有差异的油莎豆品系的分子指纹图谱并进行遗传多样性分析。结果表明100对引物中共有多态性引物42对,扩增出多态性带328条,平均每对引物7.8条。28对引物在12个品系上具有特征谱带,除品系4和14外,均可用1对引物进行鉴定;采用引物组合法仅用Me2/Em6和Me8/Em11这2对引物就可将14份材料区分开,并利用这2对引物构建了上述品系的数字指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,所有参试材料间的遗传距离在0.12～0.75之间,平均为0.42,表明我国不同地理来源的油莎豆品系遗传差异较大,具有较为丰富的遗传多样性。     

中国南瓜海南农家品种间的遗传特异性分析和DNA指纹图谱构建

在收集中国南瓜海南农家品种的基础上,本研究应用ISSR和SRAP标记技术对28份海南农家品种间的遗传特异性进行了分析,并构建指纹图谱,为中国南瓜海南农家品种鉴定、评价、保护和利用提供科学依据。结果表明,所供试的品种间存在显著的遗传特异性,具有特殊的遗传基础或背景,所筛选的6个ISSR引物和11对SRAP引物共产生了10个特异标记和11条唯一缺失带;应用ISSR引物组合UBC807/UBC814/UBC844/UBC868和UBC808/UBC814/UBC844/UBC868,以及SRAP引物组合Me1/Em2 Me1/Em10 Me2/Em3和Me1/Em1 Me1/Em10 Me8/Em3分别绘制了四张28份中国南瓜海南农家品种的DNA指纹图谱,所构建的DNA指纹图谱直观、简单。ISSR标记和SRAP标记技术可有效应用于中国南瓜海南农家品种DNA指纹图谱的构建和遗传特异性鉴定。     

新疆甜瓜地方种质资源遗传多样性的SRAP分析

为研究我国新疆甜瓜地方种质资源亲缘关系及其分类,充分高效的利用种质资源,利用SRAP(sequence-related amplified polymorphism technique)标记对117份中国新疆甜瓜地方品种和28份国内外对照材料进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明,20对SRAP引物共扩增出224个带,其中多态性谱带216个,多态性比率达96%,平均每对引物扩增的带数和多态性带数分别为11.2个和10.8个,每对引物的多态性信息含量PIC值为0.73~0.94,平均为0.85;不同生态区域供试材料的Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)分别为0.1075~0.2560和0.1569~0.4061,中国新疆的南疆、东疆和北疆均高于其他生态区域供试材料,且以南疆最高,具有非常丰富的遗传多样性;不同生态区域甜瓜种质资源的遗传一致度和遗传距离分别为0.6384~0.9919和0.0081~0.4488,其中南疆、东疆和北疆两两之间的遗传一致度均在0.95以上,遗传距离均在0.04以下,三者之间遗传分化较小;中国新疆甜瓜与印度、西亚、西班牙的甜瓜种质资源亲缘关系较近,与韩国、日本、美国和前苏联的甜瓜种质资源亲缘关系较远。聚类分析结果表明,以遗传相似系数0.548为阈值,145份种质材料可分为3大类群;厚皮甜瓜与薄皮甜瓜间在分子水平上没有严格的界限,两者之间亲缘关系的远近在不同的种质材料间差异很大;117份中国新疆甜瓜地方种质资源可分为A(Ⅰ-1)、B(Ⅰ-2、Ⅰ-3、Ⅰ-5)、C(Ⅰ-6)、D(Ⅱ)等4大类6个亚类群,与传统4个变种10个品种群分类结果不同,但在每个大类或亚类群中属于同一变种或品种群的材料倾向于聚在一起。     

利用SRAP标记研究四川高原青稞育成品种的遗传多样性

利用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)分子标记技术, 对25份来自四川高原的青稞育成品种进行了遗传多样性研究。结果表明: 64对引物组合共检测出999条清晰条带, 62对可以获得多态性条带, 多态性引物组合占96.9%, 共产生225条多态性条带, 占总条带数的22.5%。64对引物组合共扩增出333种等位变异, 平均每个引物组合检测到5.20种等位变异。遗传多样性在0(me9/em14, me9/em15)~0.8928(me6/em18)之间, 平均为0.5126。聚类分析结果表明, 25份材料可分成A、B、C 3大类, 材料聚类与其来源地有明显的相关性。25份材料间的平均遗传距离较小(0.3240), 平均遗传多样性较低(0.5126), 遗传基础较为狭窄。     

茄子耐盐种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,研究了14份耐盐茄子种质资源的遗传多样性,结果表明,2种标记均能揭示材料间较高的遗传多样性,其中ISSR标记多态性略高于SRAP标记。在SRAP分析中,每对引物组合可扩增出8-15条DNA片段,平均为12．12条：26对SRAP引物组合共扩增出315条DNA片段,其中263条具有多态性,多态性比率为83．49％;材料间遗传相似系数变化范围为0．212～0．923,平均值为0．755。在ISSR分析中,每个引物可获得5～16条DNA片段,平均为10．87条;15个ISSR引物共扩增出163条DNA片段,其中141条具有多态性,多态性比率为86．50％;材料间遗传相似系数变幅为0．333-0．957,平均值为0．736。聚类分析表明,2种标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有一定的相似性,但也存在明显差异。Mantel相关分析表明,SRAP分析与ISSR分析的相关性达到极显著性水平（r=0．904,P〈0．01）。     

鸭茅种质资源遗传多样性的SRAP研究

利用SRAP(Sequence-related amplified polymorphism)标记对来自国内外的45份鸭茅（Dactylis glomerata L.）种质资源进行遗传多样性研究。21对引物扩增出438个条带,多态性条带为363条,多态性条带比率为82.08%,每对引物组合的多态性带数平均为17.29条。GS值范围在0.6248-0.9686间,平均GS值为0.7958,显示来源广泛的鸭茅种质资源间存在着丰富的遗传变异。聚类分析及主成分分析能将所有材料聚为4类,能较准确的反映材料的来源分布情况及供试材料的染色体倍性差异,表明鸭茅的遗传多样性与染色体倍性及地理分布密切相关。同时清楚的揭示出国产鸭茅品种遗传基础较为狭窄。本研究为育种和探讨鸭茅种质资源遗传变异奠定了较好的理论基础。     

野生狗牙根种质遗传多样性的SRAP研究

采用SRAP分子标记技术, 对采自中国四川、重庆、贵州、西藏四省区的32份野生狗牙根(Cynodon dactylon)材料进行遗传多样性分析, 获得下述结果：(1)用14对引物组合共得到132条多态性条带, 平均每对引物扩增出9.4条多态带, 多态性位点百分率为79.8%, 材料间的遗传相似系数范围在0.591到0.957之间, 平均GS值为0.759, 这些结果说明, 供试野生狗牙根具有较为丰富的遗传多样性; (2)对所有材料进行聚类分析, 可聚为4类, 大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类, 表明供试材料的聚类和其生态地理环境间有一定的相关性; (3)基于Shannon多样性指数估算了6个狗牙根生态地理类群内和类群间的遗传分化, 发现类群内遗传变异占总变异的65.56%, 而类群间遗传变异占总变异的34.44%; (4)对各生态地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度的聚类分析表明, 各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。