江苏省不明原因轻型呼吸道传染病暴发的病因学研究

自2004年4月18日起至6月末,江苏省东台市发生以发热、咽部充血、扁桃体肿大为临床表现的原因不明的疫情暴发,发病人群以中小学生、幼儿为主,地域以许河镇、新街镇以及临近乡镇为主。疫情涉及东台市9个镇,合计报告709例,分布在75个学校,240个班级。暴发的特点为传染性强,短期内出现大量的患者,发病有班级聚集性特点,未发现成人感染。临床表现以发烧（100％）、咽部充血（91．40％）、扁桃体肿大（60．22％）、咽痛（50．00％）为主;X线检查可发现肺纹理增强（90．3％）。用Hep-2细胞从患儿20份咽拭子标本中分离到12株病毒,经PCR扩增腺病毒L3部分基因及其PCR产物的序列测定和分析,证实这12株病毒为腺病毒3型;对28份咽拭子标本直接进行DNA提取和PCR扩增,有17份标本PCR扩增L3部分基因呈阳性,经序列测定和分析,也为腺病毒3型。这29个阳性标本L3基因的1446个核苷酸的序列与GenBank上所发表的腺病毒3型序列同源性高达99,5％。双份血IgG检测：对江苏省采集10份患儿急性期和恢复期双份血清,以从患儿咽拭子分离到的腺病毒3型作为抗原,进行病毒抗体测定,6份患儿的双份血清腺病毒总IgG滴度呈4倍以上增高。患儿急性期血IgA检测：对暴发疫情34例患儿急性期血清（发病时间为1～3天）进行腺病毒IgA抗体测定,结果有9份标本为阳性,1份标本为可疑阳性,阳性率为26．47％。IgA阳性率低可能与血清采集时间过早有关,机体还未全部产生IgA。另外,还对江苏省送检的从患儿血培养基培养的细菌毒株进行了鉴定,对其16S rRNA基因进行了基因扩增及序列分析,序列测定和分析提示为A组M3型化脓性链球菌。实验研究结果并结合此次疫情的流行病学和患儿的临床表现,证实腺病毒3型是引起此次儿童不明原因轻型呼吸道传染病暴发的病原体,部分病例伴有原发或继发化脓性链球菌感染。     

浙江省2019年儿童腺病毒肺炎流行病学特征分析

为了解浙江地区腺病毒肺炎的流行病学和病原学特征,本研究统计分析了2019年1月至2019年12月浙江大学医学院附属儿童医院腺病毒肺炎患儿的基本临床资料;并前瞻性的通过聚合酶链式反应(PCR)随机对部分的腺病毒阳性的肺炎患儿咽拭子进行基因扩增、测序和分型鉴定;进而构建系统发育树分析其核苷酸序列进化情况。本研究共检测咽拭子标本19650份,其中腺病毒阳性标本有4032份,腺病毒检出率为20.5%;春季和夏季腺病毒肺炎的患病率相对较高,患儿年龄主要在1~7岁。本研究所检测的99株腺病毒阳性标本经与GenBank数据库比对均为HAdV-3,通过Hexon基因全长系统进化分析得出,所检出的HAdV-3腺病毒均为Clade2进化分支。2019年浙江地区存在儿童HAdV-3肺炎的暴发流行,该病毒株未发生大的变异,均为Clade2进化分支。1~7岁的儿童为主要的易感人群。     

辽宁省2012年至2013年呼吸道腺病毒型别鉴定

目的基于国家重大传染病防治科技重大专项项目平台,对2012年1月至2013年12月间辽宁省采集的发热伴呼吸道症状患者标本进行检测,了解腺病毒的流行情况并对其型别进行分析。方法采集具有发热伴呼吸道症状患者的咽拭标本470份,经多重PCR检测,检出阳性标本30份,选取阳性标本进行病毒分离,共获得人类腺病毒(Human Adenovirus,HAdv)毒株20株。将所得腺病毒的核酸进行巢式PCR扩增并进行测序,获得Hexon基因序列。将基因序列在NCBI进行Blast比对。结果在分离的得到的20株腺病毒毒株中包含HAdv-2型6株,HAdv-3型11株,HAdv-5型2株,HAdv-14型1株。结论2012至2013年间,辽宁省引发发热伴呼吸道症状的腺病毒型别以2型和3型为主,同时也有少量其他型别检出。     

2012年大连市流行性角结膜炎疫情的病原鉴定与基因特征分析

目的 鉴定一起大连市流行性角结膜炎疫情的病原体及型别.方法 采用荧光PCR方法针对30份眼拭标本进行检测,确定病原,并针对特定片段扩增产物测序进行分子定型.结果 21份标本荧光PCR检测结果为腺病毒阳性,核苷酸序列与人腺病毒15、29、56及其重组型高度同源,多重序列比对后构建的系统进化树上与人腺病毒56及其重组型位于同一分支.结论 本次疫情的致病病原为D亚属人腺病毒,疑为人腺病毒56型或其重组型.后续需要开展对五邻体(Penton)及纤突(Fi-ber)基因的全核苷酸序列测定及生物信息学分析最终确定型别.     

南宁市2012—2015年流行性感冒流行特征分析

目的分析南宁市2012—2015年流行性感冒(简称流感)监测结果,为流感防制策略提供依据。方法采用实时荧光RT-PCR方法对采集的流感样病例(Influenza-like Illness,ILI)咽拭子标本进行流感病毒核酸检测,并运用描述性流行病学方法对流感流行特征进行分析。结果 2012—2015年共采集ILI咽拭子标本共6 664份,经流感病毒核酸检测,阳性标本988份,阳性率为14.83%。4年中流感病毒优势株交替变化,2012年和2014年的优势毒株为甲3型,2013年优势毒株为新甲型H1N1,2015年优势毒株是甲3型和B型;0~11岁组和21~31岁组的阳性人数占阳性总数的50.30%。流感暴发疫情61起,其中59起疫情发生在中小学校。结论南宁市2012—2015年流感的流行特征有明显的季节性,主要易感人群为婴幼儿、小学生和青壮年。加强对重点人群的监测及疫苗预防接种工作,对控制流感疫情的暴发具有重要意义。     

快速获取55型腺病毒基因组序列的方法

【目的】建立快速获取55型腺病毒的全长基因组序列的方法。【方法】根据55型腺病毒的基因组特点,设计覆盖55型腺病毒基因组序列的12对引物,分别以55型腺病毒DNA为模板,扩增得到12个PCR产物,通过对12个PCR产物测序及序列拼接,获得55型腺病毒的全长基因组序列。【结果】从本院急性上呼吸道感染者咽拭子标本中分离得到一株55型腺病毒毒株SF04/SC/2016,以其DNA为模板扩增成功获得12个PCR产物,对其进行测序,并对12段序列进行拼接得到55型腺病毒的全长基因组序列,与已报到的各型腺病毒序列进行比对,采用邻位相连法构建系统发育进化树,所得序列与55型腺病毒处于同一分支,进一步确认该病原体为55型腺病毒。【结论】研究公布的序列和方法,能够实现更方便对腺病毒的快速测序,为揭示55型腺病毒的进化特点及制订疾病防控策略提供了有效手段。     

2004年冬至2005年春引起北京地区儿童肺炎的腺病毒基因特点分析

为了解北京地区腺病毒的流行毒株,从北京儿童医院收集25份儿童肺炎患者的痰洗液标本(2004年冬到2005年春),患者的年龄在2个月到2岁,临床表现以持续高热、咳喘和气促为主。对25份标本分别用Hep-2细胞进行了病毒分离培养、腺病毒属特异性引物PCR扩增以及PCR产物的序列测定分析。结果发现25份标本中有9份PCR扩增阳性,其中2份病毒培养物观察到典型的细胞病变;将9份PCR阳性产物纯化后进行序列测定,结果7份标本核苷酸序列完全一致,同源性100%,并与GenBank发表的序列相比较,发现与腺病毒7型最为接近,同源性皆为99.7%;2份与腺病毒3型最接近,同源性为99.6%。结果表明,此次病毒分离株为腺病毒B亚群。北京儿童医院2004年12月至2005年3月腺病毒引起的肺炎主要以7型和3型为主,7型占优势,与国内其它地区的情况相似。     

湖州市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒胃肠炎疫情的病原分子特征分析

鉴定湖州市2017年11月3起急性胃肠炎疫情的病原,并对病原进行基因特征研究。收集3起疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行多聚酶和衣壳蛋白部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行序列测定和分子特征分析。同时收集疫情的相关流行病学资料。3起暴发疫情中15份标本经荧光PCR检测为GII型诺如病毒核酸阳性,其中9份标本成功测序。在线分型、系统进化和重组分析判定3起均是GII.P16-GII.2型重组株引起的诺如病毒感染聚集性疫情。系统进化分析显示,本研究中检出的GII.P16-GII.2与2016年底中国各地以及德国、法国检出的GII.P16-GII.2相聚在一起并区别于2016年以前的GII.P16-GII.2形成了一个相对独立的进化分支。提示2016年新出现的GII.P16-GII.2在多聚酶区和衣壳蛋白区都各自经历了一定进化获得了在人群中广泛流行的能力,具体机制有待进一步的研究。这也是首次在本地的诺如病毒胃肠炎疫情中检出GII.P16-GII.2重组株。     

2009～2011年上海市手足口病流行病学和病原学特征

为分析2009～2011年上海地区手足口病流行病学特征和病原构成,从国家疾病监测信息报告管理系统获取上海市2009～2011年手足口病流行病学资料;采用实时荧光反转录聚合酶链反应（RT-PCR）对来自上海18个区（县）的6676例手足口病病例标本进行肠道病毒核酸检测,对其中257份标本进行病毒分离;对27份人肠道病毒71型（HEV71）毒株进行VPl基因序列全长测定和分析。结果显示,2009～2011年上海市18个区（县）均有手足口病病例报道,地区分布元显著差异;≤5岁的婴幼儿为疾病高发年龄段;4～11月为发病高峰期。HEV71和柯萨奇病毒A组16型（CAl6）为主要病原,不同地区病原构成有所不同。实时荧光RT—PCR对6676例病例标本进行核酸检测,其中肠道病毒通用核酸检测阳性率为69．61％,HEV71和CAl6阳性率分别为38．83％和21．26％。对257份HEV71核酸阳性标本进行病毒分离,获得毒株57株,分离阳性率为22．18％。对其中27株进行VPl基因全长测序,均属C4a基因亚型。     

一起旅游团中急性胃肠炎的暴发与GII. 17型诺如病毒相关

为了解2016年夏季一起发生在某赴内蒙古旅游团游客中的急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。分别采集此次胃肠炎暴发流行中两名患病游客腹泻症状发生后第3天、5天和7天的粪便标本,提取核酸后首先用荧光定量PCR扩增诺如病毒核酸进行检测,阳性标本分别用RT-PCR扩增病毒VP1基因和RdRp区域基因,通过基因测序和序列比对进行基因分型,构建进化树确定进化同源性。通过荧光定量PCR法检测到两名患者的粪便标本均为诺如病毒阳性,提示此次胃肠炎暴发流行的病原为诺如病毒,进一步的RT-PCR扩增病毒基因分析显示检测到的诺如病毒为GII.P17-GII.G17型;构建系统进化树分析显示本次与2014~2015年度广州、中国香港、中国台湾和日本等地的病毒亲缘关系更为接近;氨基酸序列分析显示该基因型与2014年以来流行的毒株同源性较近,与2014年之前流行的毒株相比变异较大,氨基酸变异主要出现在主要衣壳蛋白的P结构域。提示GII.P17-GII.G17型诺如病毒也是引起内蒙地区急性胃肠炎暴发流行的病毒病原。     

百色市2010—2014年流行性感冒监测分析

目的分析百色市2010—2014年流行性感冒(流感)监测结果,为流感防制策略提供依据。方法采用实时荧光RT-PCR方法对采集的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行流感病毒核酸检测,运用描述性流行病学方法和spss16.0软件对数据进行统计分析。结果 2010—2014年共采集ILI咽拭子标本5 204份,流感病毒核酸阳性586份,阳性率为11.26%。5年中流感优势株交替变化,2010年以甲型、乙型及甲3型为主,2011年以甲型和乙型为主,2012年以乙型为主,2013年以新甲型H1N1和乙型为主,2014年以甲3型为主。0~14岁阳性人数占阳性总数的72.53%;男女阳性率无差异;高峰主要集中在春秋季节。暴发疫情6起,其中5起发生在中小学校。结论百色市流感监测及防控重点是春秋季节及14岁以下人群,密切关注流感毒株的流行趋势。     

甘肃省瓜州县一起由埃可病毒30引致的无菌性脑炎疫情病原学分析

对2015年6~8月发生在中国甘肃省瓜州县一起病毒性脑炎疫情进行病原学诊断及其分子特征研究。采集74例病例样本132份(脑脊液14份,咽拭子25份,血清66份以及粪便27份)。对血清与脑脊液标本经ELISA IgM检测初步排除乙脑病毒、单纯疱疹病毒、流行性腮腺炎病毒和腺病毒感染之后,采用实时荧光PCR法对所有标本进行人类肠道病毒核酸检测,阳性者使用HEp-2和RD细胞进行病毒分离,并对分离株进行全长VP1区核苷酸序列测定及其分子特征分析。结果发现:132份标本中人类肠道病毒核酸检测阳性72份,71份分子定型结果为埃克病毒30(E-30);从29例病例的46份样本分离到E-30;甘肃瓜州E-30的全长VP1区核苷酸序列的同源性高达99.2%~100.0%,进化树图显示其与中国2011年以后的E-30分离株属同一个分支。E-30是引起本次甘肃省瓜州县局部地区病毒性脑炎暴发的病原,且属于中国正在流行的ECHO30进化分支中近期流行簇。     

北京地区成人呼吸道感染病人中人偏肺病毒感染情况的初步分析

目的:了解北京地区成人呼吸道感染患者中人偏肺病毒(hMPV)的感染情况、流行分布和临床表现特点。方法:采集2010年5月至2011年4月北京地区成人呼吸道感染患者鼻咽拭子标本413份,利用巢式PCR法进行hMPV筛查,对PCR阳性片段进行核酸序列测定,确定hMPV感染基因型别;同时,分析hMPV感染的流行病学特点,并对感染阳性患者进行临床表现的初步分析。结果:413份鼻咽拭子标本中检出hMPV阳性4份(0.97%),分别存在于2010年8月、10月和2011年2月、4月,其中1例合并鼻病毒感染;感染患者临床表现主要是发热、鼻塞、流涕、头痛、咳嗽,有1例出现呕吐和腹泻;hMPV阳性片段系统进化分析发现这4例感染中的3例为B2型,1例为A2b型。结论:北京地区成人呼吸道感染患者中存在hMPV感染,其基因型为B2和A2b型。     

安徽省急性胃肠炎疫情相关GⅡ.P17-GⅡ.17基因型诺如病毒分子特征研究

诺如病毒(Noroviruses,NoVs)是引起病毒性胃肠炎的重要病原体,本研究旨在对2015～2016年春季安徽部分地区暴发的急性胃肠炎(Acute gastroenteritis,AGE)疫情标本进行病原检测和分子分型,分析病原的基因特征。收集2015年3月至2016年5月9起AGE疫情流行病学信息和采集病例粪便、肛拭子样本。采用Real-time PCR检测NoVs核酸和RT-PCR扩增RdRp与VP1区基因序列,基因测序后应用BLAST比对和NoVs在线分型工具分析结果。7起疫情发生在中、小学校(77.78%,7/9),2起疫情发生在乡镇,发病人数中位数为6人,男女发病比例为1.41∶1,临床表现主要以恶心、呕吐/腹泻、腹痛为主。77份临床病例样本中检出66份NoVs核酸阳性,基因序列测定获得76条序列,39条序列为RdRp区GⅡ.P17基因型,37条序列为VP1区GⅡ.17基因型。基因进化树分析显示:2015～2016年安徽地区39条RdRp区NoVs GⅡ.P17基因型序列Cluster III进化簇III b分支,与2015年广东、海南、中国台湾地区参考毒株序列有较近的亲缘性关系,核苷酸同源性为99%～100%。37条VP1区NoVs GⅡ.17基因型序列都处在Cluster III进化簇上,其中28条序列属于III a进化分支,与山东2015年LX09株、2016年广东GZ2016-L492株、江苏zj019株、中国香港CUHK-NS-942株以及日本2015年AichiF101毒株序列有较近的亲缘性关系。新型GⅡ.P17-GⅡ.17基因型NoVs是引起2015年和2016年春季安徽部分地区AGE暴发的主要病原体,需加强病毒性胃肠炎流行病学调查与病原监测及分子分型鉴定工作。     

2011年甘肃地区急性呼吸道感染儿童患者中鼻病毒感染规律的研究

探讨人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)在甘肃地区急性呼吸道感染儿童患者中的流行特征。2011年1月至12月,从甘肃地区急性呼吸道感染儿童患者中采集咽拭子标本286份,用多重PCR方法对常见呼吸道病毒性病原体进行筛查。多重PCR结果中HRV阳性的标本再用nested-PCR分别扩增HRV的VP1和VP4/VP2结合区基因片段,阳性结果进行序列测定和基因分析。286份咽拭子标本中,27份标本多重PCR检测结果显示为HRV阳性,检出率为9.44%。本研究中,HRV感染病例的平均年龄为3岁,其中,1岁以内儿童感染比例最高,占总阳性数的44.4%(12/27);在27例HRV阳性病例中,男性占16例(16/185,8.64%),女性占11例(11/101,10.89%),两者无显著性差异;HRV感染的高峰出现在5月份(6/27,22.2%);从HRV感染的疾病构成看,普通感冒的比例最高,占12.24%(12/98);其次为肺炎,占8.50%(13/153);剩余2病例均为支气管炎。基因序列特征分析发现:A组HRV是甘肃地区2011年的优势流行基因型,占阳性病例的84.62%(22/26),其次为C组HRV,占11.54%(3/26),B组HRV仅发现1例。HRV感染在2011年甘肃地区全年均可发生,主要感染以1岁以内儿童。A组HRV是该地区2011年急性呼吸道感染儿童患者中的主要流行基因型,并存在多个基因型和多个HRV血清型共同流行的特点。     

腹泻犬中细小病毒携带情况以及VP2基因进化分析

为了解四川省部分地区腹泻犬中细小病毒的感染情况以及VP2基因的遗传变异情况。从四川省部分地区收集了50例疑似CPV感染的腹泻犬粪便,对标本采用PCR扩增VP2,并对VP2基因全序列进行测序分析。PCR检测阳性标本19份。序列分析显示,15份扩增出VP2基因全序列标本均为CPV-2a型,聚类分析显示全部序列聚类在同一分支,本次研究的四川省部分地区流行的CPV均为CPV-2a型。可推测目前四川省部分地区所常见的CPV流行株依然以CPV-2a型为主。本次试验所扩增的15份CPV阳性标本与国内外传统毒株有着极高的同源性,提示目前四川省部分地区CPV还未出现重大的变异情况。     

湖南省2009～2011年甲型H1N1流感哨点监测病原学结果及病毒基因特性分析

了解和掌握2009～2011年湖南省甲型H1N1流感流行动态和变化规律,掌握甲型H1N1流感流行株基因特性及耐药性情况。收集哨点医院采集的流感样病例咽拭子标本,通过荧光PCR法或病毒分离法对流感病毒进行检测,选取部分阳性毒株进行基因序列测定,序列使用MEGA 5.05软件完成进化分析。2009年第20周至2011年52周,共检测标本17 773份,检出流感阳性标本3 831份,检测阳性率为21.6%,其中甲型H1N1流感阳性标本1794份,占流感阳性的比例为46.8%。甲型H1N1流感共有2个流行高峰,分别出现在2009年第41～53周和2011年第1～12周。测序的23株毒株HA基因亲缘关系较近,病毒在基因进化树中基本上按照时间顺序分布。全基因组序列分析显示7株毒株的所有8个基因片段均与疫苗株同源,并未发现基因重配。23株毒株的HA氨基酸位点相对于疫苗株高度相似(同源性为98.2%～100%),但均有P83S、S203T和I321V的突变。在A/Hunan/YQ30/2009毒株中发现了可能导致病毒毒力增强的222位点突变,突变为D222E。所有检出毒株均未发现对奥斯他韦耐药性的突变。2009～2011年湖南省甲型H1N1流感流行呈双峰分布,未发现病毒基因发生大规模变异,临床上使用奥斯他韦仍然是有效的。     

北京地区成人呼吸道感染患者中 HCoV-HKU1感染的初步分析与基因型确定

目的:对北京地区成人呼吸道感染患者中人冠状病毒(HCoV)HKU1的感染状况进行初步分析,了解其流行分布、临床特点,并确定流行株的基型别.方法:2011年1月~2012年1月从北京地区成人呼吸道感染患者中收集鼻咽拭子标本559份,利用靶向棘突蛋白 S 与核心蛋白 N 的2种巢式 PCR 方法进行 HCoV-HKU1筛查,并对阳性片段进行序列测定,以确定其基型别;同时,对阳性标本进行常见呼吸道病毒的共感染筛查,进而分析 HCoV-HKU1感染的临床表现和流行病学特点.结果:559份鼻咽拭子标本中检出 HCoV-HKU1阳性9例(1.61%),其中3例合并HCoV-OC43感染;感染患者临床表现为急性呼吸道症状,以发热(88.9%)、咽痛(66.7%)、寒颤(68%)、流涕(55.6%)和咳嗽(44.4%)为主,其中1例有系统性红斑狼疮史;阳性基片段系统进化分析发现这9例感染均为 HCoV-HKU1 B型.结论:北京地区近年成人呼吸道感染患者中 HCoV-HKU1感染率较低(1.61%),其流行株基型为 B 型.     

2003～2012年北京儿童急性呼吸道感染中腺病毒监测及流行型别分析

2003~2012年连续10年对北京地区儿科急性呼吸道感染患儿腺病毒(Adenovirus,ADV)的监测,了解儿科急性呼吸道感染患儿中ADV感染状况和流行型别。收集39 214份儿科急性呼吸道感染患儿标本(包括来自住院及重症监护患儿的32 016例鼻咽分泌物标本及门诊的咽拭子标本7 198例)进行病毒分离和/或免疫荧光法进行ADV检测,对其中848份毒株和/或阳性标本提取DNA,通过两套巢式聚合酶链反应(nested-PCR)进行ADV分型。首先用3、7型2对分型引物的PCR可确定3、7型ADV,对少数扩增阴性的标本或毒株再使用2对可扩增AF各组ADV的通用引物对其DNA六邻体片段进行扩增后直接测序,并与GenBank中的序列比较以确定其型别。在39 214份呼吸道标本中,经病毒分离和/或免疫荧光法确定为ADV阳性的标本884份,总阳性率为2.25%(884/39 214),其中住院患儿ADV检测阳性率为2.08%(665/32 016),门诊患儿为3.04%(219/7 198)。以ADV年检出率统计,2003~2012年10年期间只有2010年的阳性率较高,为3.69%,其余年份均在3.0%以下。对其中848份毒株或阳性标本的分型结果显示:3型ADV占53.18%(451/848),7型ADV占36.79%(312/848),2型占3.78%(32/848),55型占2.24%(19/848),1型占2.0%(17/848),5型占0.94%(8/848),14型占0.47%(4/848),6型占0.35%(3/848),4型占0.24%(2/848)。除2012年优势型别为7型,2003年和2007年为3、7型外,占23例(88.5%)。12例诊断为扁桃体炎患儿11例为ADV3(91.7%)感染。0~3岁年龄组ADV阳性检出率高于4岁以上年龄组。男女性别比为1.9:1。近10年中ADV3和ADV7为主要的流行型别。儿童ADV重症肺炎多是由ADV7造成的。由11和14型重组的55型ADV从2006年开始在北京儿童中出现。