编码Ag85A基因突变体的设计与合成

自行设计和合成可转录mRNA不能翻译功能性蛋白分子的全长Ag85A编码基因突变体(Ag85A-M),克隆至真核表达载体pIRES2-EGFP,用于后续制备Ag85A-M疫苗,研究双股Ag85 DAN疫苗是否能通过RNA传感器提呈抗原信息,诱导固有和适应性免疫应答。设计Ag85A-M基因,将编码Ag85A基因(891 bp)中的第114位和230位的碱基C突变为G,使之含有TAG和TGA双重翻译终止子。合成Ag85A(M)全基因片段,利用普通PCR方法按照设计将Ag85A(M)全基因序列分别拆分成332 bp(A)、332 bp(B)、264 bp(C)三个小片段和488 bp(D)、423 bp(E)两个小片段进行扩增合成。构建pIRES2-EGFP-Ag85A(M)载体,将Ag85A(M)全长基因片段通过pIRES2-EGFP载体多克隆位点(multiple clone site, MCS)中双酶切位点EcoR I/BamH I插入载体,再经双酶切和基因测序鉴定,DC2.4中基因表达确认。结果显示,采用普通PCR法分段扩增合成获得与预先设计的长度一致的A、B、C、D和E小片段,合成的Ag85A-M的全部序列(891 bp)、突变位置和碱基正确。三片段拆分(A、B和C小片段)阳性克隆率平均值为87.67%,基因保真度为90.33%。二片段拆分(D和E小片段)阳性克隆率平均值为81.5%,基因保真度为23%。结果表明,本研究获得了可用于后续研究的含有114和230位点突变的全长Ag85A-M DNA片段,三片段基因拆分方法获得的332 bp及以下片段PCR法合成保真度显著高于二片段拆分方法获得的423 bp及以上片段。     

人TRAIL 基因原核表达载体的构建及鉴定

目的:克隆肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)基因片段(114～281氨基酸残基)并构建原核表达载体。方法:取健康人外周血提取总RNA,设计合成引物并引入EcoR I和Xho I酶切位点,RT-PCR扩增TRAIL基因的胞外区片段,克隆入原核表达载体pGEX-6P-1中,经双酶切、PCR及测序鉴定阳性克隆。结果:从外周血cDNA中扩增出501 bp的目的片段,测序结果证实成功构建重组质粒pGEX-6P-1/TRAIL。结论:成功构建TRAIL基因的原核表达载体pGEX-6P-1/TRAIL,为肿瘤细胞的凋亡研究提供理论依据。     

人TRAIL基因原核表达载体的构建及鉴定

目的：克隆肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体（TRAIL）基因片段（114～281氨基酸残基）并构建原核表达载体。方法：取健康人外周血提取总RNA,设计合成引物并引入EcoR I和Xho I酶切位点,RT-PCR扩增TRAIL基因的胞外区片段,克隆入原核表达载体pGEX-6P-1中,经双酶切、PCR及测序鉴定阳性克隆。结果：从外周血cDNA中扩增出501 bp的目的片段,测序结果证实成功构建重组质粒pGEX-6P-1/TRAIL。结论：成功构建TRAIL基因的原核表达载体pGEX-6P-1/TRAIL,为肿瘤细胞的凋亡研究提供理论依据。     

用改良消减杂交结合选择性PCR法构建老年性白内障消减cDNA文库

为构建含较多大片段的高质量的老年性白内障消减cDNA文库 ,利用生物素标记、磁珠分离的改良消减杂交法获得差异cDNA .利用选择性PCR法扩增其中大片段差异cDNA ,将其与T 载体进行T A连接并转化入大肠杆菌 ,成功构建老年性白内障消减cDNA文库 .共获得 4 0 0 0余个克隆 ,随机挑取的 2 2个克隆中 ,≥ 10 0 0bp的片段有 7个 ,占 31 8% ,≥ 75 0bp有 15个 ,占 6 8 2 % .将≥ 75 0bp的 15个克隆进行反向点杂交 ,排除其中假阳性克隆 ,阳性克隆经测序并与GenBank比较 ,得到 6个已知基因、1个新基因 ,6个已知基因中 4个为全长基因 ,说明所得cDNA片段较大 ,文库质量较高 .改良消减杂交法结合选择性PCR法可以快速有效地获得大片段高质量的消减cDNA文库 ,为进一步筛选、鉴定老年性白内障致病相关基因奠定了基础     

能源植物芒草C4H和CAD基因片段的克隆及分析

基于GenBank报道的近缘物种C4H和CAD基因cDNA序列,应用Primer Premier5.0软件设计2对PCR扩增引物。用CTAB-LiCl法提取芒草总RNA,经反转录后合成cDNA,应用RT-PCR方法成功扩增出MsC4H和MsCAD基因片段并克隆到pMD18-T载体。测序结果表明MsC4H和MsCAD基因片段长度分别为305bp和269bp,编码101个和51个氨基酸。Blast分析结果显示克隆序列与其它植物的C4H及CAD基因具高同源性。已将克隆的MsC4H和MsCAD基因cDNA序列提交至GenBank数据库,其注册号分别为JQ598686和JQ598683。     

一种小鼠可溶性Fas cDNA的克隆与表达

为获得调节鼠Fas Fas配体系统诱导凋亡的作用 ,根据GenBank中小鼠Fas基因碱基序列 ,设计扩增可溶性Fas(solubleFas ,sFas)引物 ,用RT PCR方法从幼鼠胸腺组织中克隆出与人可溶性Fas类似的新的鼠sFas (FasC)cDNA序列 .该序列缺乏Fas基因的跨膜区片段 ,但不改变其阅读框 .采用定向克隆的方法将之插入pUC19中间载体 ,DNA序列测定证实该片段序列与预期序列完全一致 .利用亚克隆的方法将鼠FasC的cDNA片段克隆到真核表达载体pCA13上 ,构建出重组载体pCA13 FasC ,通过脂质体LF2 0 0 0转染至 2 93细胞 .RT PCR和Western印迹证实 ,鼠FasC在 2 93细胞获得高效表达 .凋亡诱导实验表明 ,鼠FasC的表达可阻断Fas诱导凋亡的作用 ,证实了所转染鼠FasC的生物活性 .     

骨骼肌特异表达载体的构建与验证

目的:构建肌肉特异性表达线虫ω-3脂肪酸去饱和酶的肌肉特异性载体,证明其表达的有效性.方法:化学合成292bp的带有肌肉特异性转录因子结合位点的DNA序列,然后与线虫ω-3脂肪酸去饱和酶基因cDNA、去除CMV启动子的表达载体pcDNA3.1连接构成肌肉特异性表达载体pcDNA3.1 - SF,4w龄C57BL/6小鼠肌肉注射该重组载体,RT - PCR检测证明其表达有效性.结果:DNA测序结果证明合成的292 bp片段带有肌肉特异性表达元件;PCR鉴定显示启动子片段正确地插入到目的基因上游;RT - PCR鉴定显示肌肉内ω-3脂肪酸去饱和酶基因得到有效转录.结论:该试验为在转基因动物的肌肉中表达外源基因奠定了基础.     

蛇毒类凝血酶Calobin cDNA的设计合成与克隆

人工合成了朝鲜蝮蛇(Agkistrodon cnliginosus)类凝血酶Calobin的编码序列。在设计引物时选择大肠杆菌和酵母茵的偏爱密码子,通过相互搭桥的方式,将全长为789bp的编码序列分成14个片段,每个片段长度为78个碱基左右,采用“核心模板法”并加以改进,通过4次PCR延伸反应,得到了全长基因。经扩增后回收目的片段,双酶切后连接到克隆载体,将得到的转化子酶切鉴定后,任意选择6个克隆进行双向测序,得到了全序列正确的3个克隆。本工作为类凝血酶在大肠杆菌和酵母系统中的高效表达奠定了基础,也为长度为700-900bp片段的合成提供了帮助。     

戊型肝炎病毒基因片段开读框架3(369bp)的克隆载体及真核表达载体的构建

通过聚合酶链式反应（PCR）技术,以戊肝病毒cDNA为模板将开读框架3的基因片段扩增并克隆入载体pUC18中,再对扩增片段进行酶切鉴定及测序。结果表明此片段与膜板序列的同源性达到99%以上,将此片段克隆后通过一系列分子生物学技术装入真核胞内表达载体PPIC3及分泌性载体PPIC9中,并对载体进行酶切鉴定证实外源基因插入的正确性,最终完成表达载体的构建。     

A short primer for sequencing DNA cloned in the single-stranded phage vector M13mp2.

In this paper we describe the synthesis and cloning of a short segment of DNA complementary to the region immediately adjacent to the EcoRI insertion site in the single-stranded bacteriophage vector M13mp2. This segment is useful as a "universal" primer for DNA sequencing by the dideoxynucleotide chain termination method; the template can be any DNA species cloned in M13mp2 or its derivatives. The primer has been cloned into the tetracycline resistance gene of plasmid pBR322 as one strand of a 26 bp EcoRI/BamHI fragment. This fragment may be readily prepared from an EcoRI + BamHI restriction digest of the parent plasmid (designated pSP14) by a simple size fractionation.     

人成骨蛋白成熟肽基因在毕赤酵母中的克隆及其序列分析

采用PCR方法,根据献报道的人成骨蛋白-1（OP-1）成熟肽基因序列,设计并合一对引物,从含人成骨蛋白基因的质粒中扩增获得大小的420bp的DNA片段,连接到pGEM-T载体进行测序,证明获得人成骨蛋白成熟肽基因片段,继之以pPIC3.5k为表达载体构建重组表达质粒,并经PCR及酶切鉴定。     

DNA probes with different specificities from a cloned 23S rRNA gene of Micrococcus luteus

A 7500 bp PstI restriction fragment of chromosomal DNA from Micrococcus luteus containing a 23S rRNA gene was cloned in vector pHE3 in E. coli RR 28 (the recombinant plasmid was designated pAR1). A recombinant phage (pAR5) hybridizing to all eubacteria tested was constructed by shotgun subcloning of the PstI fragment in phage M13mp8. Further subcloning of the fragments of the 23S rRNA gene in the vectors pTZ18R and pTZ19R using selected restriction sites of the gene enabled us to select cloned fragments of the 23S rRNA gene representing different specificities. Probes specific for Micrococcus luteus-Micrococcus lylae (pAR28), for the Arthrobacter-Micrococcus group (pAR27), for eubacteria (pAR5), and for the detection of eu- and archaebacteria (the so-called universal probe pAR17) were constructed. The specificity of each probe was analysed by dot hybridization to the chromosomal DNAs of representatives of most of the main phyla of eu- and archaebacteria.     

Nonrandom DNA sequencing of exonuclease III-deleted complementary DNA

The nonrandom DNA sequence analysis procedure of Poncz et al. [Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79, 4298-4302 (1982)] was extensively modified to permit the determination of complementary DNA (cDNA) sequences containing G-C homopolymer regions. The recombinant cDNA plasmid was cleaved at a unique restriction enzyme site close to the cDNA and treated with Exonuclease III under controlled conditions to generate a set of overlapping fragments having deletions 50-1500 bases in length at the free 3' termini. After removal of single-stranded DNA regions by Bal31 and DNA polymerase I large fragment, the unique restriction enzyme site was recreated by blunt end ligation of synthetic oligonucleotides to the deleted DNA fragments and restriction enzyme digestion. The cDNA fragment was excised from the cloning vector using a second different restriction enzyme having a unique site that flanks the cDNA fragment and subsequently force-cloned into either M13 mp10 or mp11. This method should also be particularly useful for the sequencing of other types of DNA molecules with lengths 1500 bp or smaller.     

蛇神经毒素的表达和鉴定

抽提中华眼镜蛇毒腺总RNA,通过反转录PCR扩增Cobrotoxin cDNA,克隆并测序。该cDNA编码83个氨基酸,包括21个氨基酸的信号肽和62个氨基酸的成熟蛋白。该成熟蛋白的氨基酸序列和通过蛋白测序从台湾眼镜蛇鉴定的Cobrotoxin完全一致。PCR扩增编码Cobrotoxin的DNA,并亚克隆到表达载体pMAL-P₂。此外,通过合成寡核苷酸片段,拼接成完整的CM11基因,并将其克隆至pMAL-P₂。经IPTG诱导,两种神经毒素基因在大肠杆菌中都得到高效的可溶性融合表达。表达产物通过SDS-PAGE和蛋白印迹杂交加以鉴定。表达的融合蛋白经过Sepharose 6Bamylose亲和色谱和DEAESepharose FF离子交换色谱得到有效纯化。经Xa因子酶切后得到的两种重组神经毒素都具有小白鼠体内毒性。     

恶性疟原虫子孢子CS抗原融合基因的克隆

利用381-A型DNA合成仪,参照恶性疟原虫子孢子CS抗原决定簇相应氨基酸的核苷酸序列,设计了CS-Ⅰ和CS-Ⅱ两个片段。以噬菌体M13mp18质粒作为载体,将两片段进行磷酸化、退火、连接和克隆,经过原位杂交,序列分析,获得了(NANP)_(10)重复串联基因的重组质粒M13mp18-CS。再以酶切,从重组质粒中回收(NANP)_(10)次的片段,将其片段基因与CT-B基因融合,最后将融合基因CT-B-CS插入载体PMC055中,成功地得到含有(NANP)_(10)与CT-B基因融合的重组质粒pMC055-CS。     

APC11基因真核表达质粒构建及鉴定

目的克隆扩增APC11开放阅读框基因片段,构建其真核表达重组质粒,为后续研究其功能做准备。方法按照GenBank中人APC11序列设计引物,以HeLa细胞cDNA为模板,扩增出基因片段。该片段与真核表达载体pEGFP-C1连接,得到的重组质粒经双酶切和测序鉴定后用Western印迹检验表达。结果扩增片段长度为285bp,重组真核表达质粒经双酶切鉴定后测序鉴定正确。Western印迹证实pEGFP—C1-APC11在真核细胞内表达。结论成功克隆了APC11基因并构建了pEGFP—C1-APC11真核表达重组质粒,Western印迹证实其表达良好,对该基因功能的深入研究打下了坚实基础。     

Complementary-addressed elimination of E1a sequence of simian adenovirus oncogene SA7 from circular single-stranded DNA of recombinant phage M13

The G fragment of the simian adenovirus SA7 oncogene corresponding to E1a region was cloned into M13mp8 and M13mp9 phages. Single-stranded DNAs of the recombinant phages thus obtained (mp8G and mp9G) partially digested with DNAse II were used to synthesize polyalkylating derivatives capable of specific hybridisation and subsequent alkylation of complementary G sequences of corresponding phage DNAs. After incubation of complementary alkylated DNA in the presence of lysine, the preselected region (G fragment) was specifically eliminated without damaging vector sequences. The method of complementary-addressed cleavage proved to be useful for precise analysis of reactions of polyalkylating derivatives within complementary complexes.     

香蕉花叶病毒外壳蛋白基因克隆及表达载体的构建

从海南大田感染香蕉花叶病的香蕉叶片 ,获得香蕉花叶病毒 ,提纯其 RNA,在 AMV反转录酶作用下合成 c DNA第一链 ,经 PCR扩增 ,获得一约 70 0 bp的 DNA片段 ,测序结果显示所克隆的 DNA片段包含一完整的香蕉花叶病毒株系 ( CMV-BHI)外壳蛋白基因 ,长度为 6 5 7bp,然后将此 DNA片段 ,分别克隆到p BI1 2 1和 p KHG4质粒 ,构成两个含 Ca MV35 s启动子 ( 5 '-端 )、NOS终止子 ( 3'-端 )和分别含 NPT 标记基因和 NPT 及 HPT标记基因的植物表达载体 ( p TBB和 p TBK)。然后用 p AHC1 8中的 UBI promoter换下p BI1 2 1的 Ca MV35 s promoter,构成 p BIAH;再用 CMV-BHI外壳蛋白基因换下 p BIAH中 GUS基因 ,构成一含单子叶植物启动子 UBI和 NPT 标记基因的植物表达载体 ( p TBBU)。从而为 CMV-BHI外壳蛋白基因在香蕉中表达打下了基础     

脂肪储存小滴蛋白5重组腺病毒的制备

目的：利用AdEasy腺病毒表达系统构建含有小鼠脂肪储存小滴蛋白5（LSDP5）基因的重组腺病毒。方法：从小鼠肝脏cDNA克隆出LSDP5基因全长,克隆至pMD18-T载体中,酶切测序。回收酶切产物,连接到腺病毒穿梭载体pShuttle-CMV,构建pShuttle-CMV-LSDP5重组质粒,经PmeI酶切线性化后转化至含有腺病毒骨架质粒pAdEasy-1的BJ5183中。筛选阳性克隆,提取重组质粒,PacI酶切线性化并转染AD293细胞进行包装,提取病毒DNA,鉴定重组病毒并检测病毒滴度。结果：LSDP5基因克隆经测序证实与Genebank公布一致,双酶切重组pMD18-T载体得到1400 bp左右的片段。重组穿梭载体经Kpn I和Sal I双酶切后得到预期片段。PacI酶切得到30 Kb大片段和4.5 Kb小片段。转染AD293细胞后收集病毒,经PCR鉴定,获得理想的目的片段。取病毒上清反复感染AD293细胞以扩增病毒,最后所得病毒滴度为2.5×109pfu/ml。结论：成功构建了携带脂肪储存小滴蛋白5基因的重组腺病毒载体,为进一步研究LSDP5基因功能奠定基础。