肺癌中LncRNA的表达及其与预后的相关性

[目的]筛选出在肺癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA),并探讨其在肺癌中的表达水平与患者预后的相关性。[方法]从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载肺癌临床病理和基因表达谱信息。以|Fold Change|>2和校正后的P值(FDR)<0.05为标准筛选差异表达的lncRNA。对差异表达显著的FOXD3-AS1进行RNA结合蛋白(RBP)预测,并用关联矩阵法构建差异表达的lncRNA-RBP-mRNA共表达网络,继而对共表达mRNA进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析;通过Kaplan-Meier Plotter方法研究FOXD3-AS1与预后相关性。[结果]共筛选出1 362个在肺癌中差异表达的lncRNA,其中表达上调的1 184个,表达下调的178个。与FOXD3-AS1具有共表达关系的mRNA共有11个。KEGG分析这些共表达的mRNA主要富集在黏着连接、结肠直肠癌和松弛素信号通路,RBP预测发现FOXD3-AS1可以与人丝氨酸/精氨酸富有剪接因子SRSF1结合。FOXD3-AS1与肺癌患者生存曲线具有极显著相关性(P<0.01)。[结论]SRSF1居于lncRNA-RBP-mRNA共表达网络的核心位置,在肺癌的发生、发展中起到重要的调控作用,有望成为肺癌免疫治疗的分子靶标。差异表达的FOXD3-AS1可以很好地判断肺癌患者的预后,因此,可以作为潜在的肺癌检测分子标志物。     

黄芪多糖对C3H10T1/2细胞棕色脂肪分化中长链非编码RNA表达谱的影响

本试验旨在探究黄芪多糖(APS)对小鼠间充质干细胞C3H10T1/2细胞棕色脂肪化过程中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。试验以C3H10T1/2细胞为研究对象,在成脂诱导分化培养液中添加0.4 g/L的APS,以诱导分化1.5 d的细胞构建文库后测序,筛选差异m RNAs和差异lncRNAs,并对差异m RNAs和差异lncRNAs的顺式及共表达作用预测的靶基因进行了功能分析。通过荧光定量PCR随机分析了3个lncRNAs和3个m RNAs的表达水平,验证了测序结果的准确性。研究结果表明,本次测序共得到13 450个lncRNAs和57 776个m RNAs。通过对其表达量、长度、外显子个数和成对重复性检验分析证明了测序数据的可靠性较好。筛选共得到153个差异表达的lncRNAs和1 238个差异表达的m RNAs。结果表明,差异m RNAs主要基因本体(GO)注释富集在53个功能分类中,京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析富集在343条通路中。差异lncRNAs顺式及共表达作用预测的靶基因GO注释分别富集在34和33个功能分类中,在分子功能中条目一致。KEGG分析显示,多个基因富集在脂肪代谢和脂肪分化的信号通路中,尤其在胰高血糖素及cAMP信号通路中富集显著。综上表明,APS导致了C3H10T1/2细胞成脂分化中lncRNA表达谱的变化。本研究结果可为进一步解析APS对干细胞的分化调节提供科学依据。     

肺腺癌诊断标志物筛选及免疫细胞浸润分析

用生物信息学方法筛选肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)的诊断生物标志物,并分析肺腺癌中免疫细胞浸润情况。从GEO和TCGA数据库下载肺腺癌的表达数据集,利用R软件筛选肺腺癌与正常肺组织间的差异表达基因(DEGs),使用DAVID网站对DEGs进行GO及KEGG富集分析,使用STRING及Cytoscape等工具对DEGs构建蛋白相互作用网络并筛选hub基因;利用Kaplan-Meier法对DEGs进行生存分析,并对hub基因进行ROC分析筛选诊断生物标志物,利用GSEA预测有预后价值的基因参与的信号通路;并用Cibersort软件反卷积算法分析肺腺癌中免疫细胞浸润情况。共得到肺腺癌的234个DEGs,这些基因主要参与信号转导、物质代谢、免疫反应等相关信号通路;构建PPI网络筛选出的20个hub基因中8个存在预后价值(CCNA2、DLGAP5、HMMR、MMP1、MMP9、MMP13、SPP1、TOP2A),ROC分析中DLGAP5、SPP1值分别是0.703、0.706;DLGAP5、SPP1基因表达水平与肺腺癌组织浆细胞、未活化的CD4⁺记忆细胞、调节T细胞、巨噬细胞M0、M1、M2及中性粒细胞浸润密切相关(P＜0.05)。肺腺癌中DLGAP5、SPP1具有较高诊断价值且参与肺腺癌组织免疫细胞浸润;DLGAP5、SPP1基因可作为肺腺癌诊断的生物标志物,可为肺腺癌的靶向治疗研究提供新思路。     

基于生物数据挖掘分析PTX3在非小细胞肺癌中的表达及其与预后的关系

摘要 目的：探讨正五聚素蛋白 3（PTX3）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的表达及预后意义。方法：运用 Oncomine、GEPIA分析PTX3在NSCLC组织中的表达情况，通过GEPIA分析PTX3表达与NSCLC患者生存期的相关性，利用CCLE分析 PTX3在 NSCLC细胞系中的表达水平，从CCLE下载NSCLC相关基因芯片并用 R语言筛选 PTX3共表达基因，利用基因本体（GO）和KEGG信号通路分析对 PTX3 相关共表达基因进行功能注释。结果：Oncomine和GEPIA 数据库中分析显示 PTX3 基因在NSCLC组织中显著低表达（P＜0.05）；利用GEPIA数据库生存分析功能发现，PTX3高表达与NSCLC预后呈负相关（P＜0.05）；在CCLE数据库里利用 R 软件共筛选出 105个NSCLC中与PTX3共表达的基因，GO功能富集分析表明，PTX3相关性蛋白主要定位于黏着斑、细胞-基质黏着连接及细胞间连接等，主要参与细胞外基质、细胞外结缔组织、细胞-基质粘附及上皮细胞发育等生物过程。KEGG分析显示PTX3共表达基因主要参与紧密连接、调节肌动蛋白骨架及JAK-STAT信号通路等。结论：PTX3基因在NSCLC组织中低表达，PTX3表达与NSCLC患者预后相关，可能作为NSCLC患者预后评估的分子标志物之一。     

催乳素处理的乳腺癌T-47D细胞lncRNA和mRNA表达谱差异分析

目的:观察催乳素处理引起乳腺癌T-47D细胞中长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱的变化。方法:利用转录组测序技术检测催乳素处理前后乳腺癌T-47D细胞中lncRNA和mRNA的表达谱;通过数据库KEGG、GO富集对有差异表达且具有统计学意义的mRNA进行通路分析,得到mRNA参与的生物学途径;运用荧光定量PCR(q RT-PCR)技术对部分差异表达的lncRNA(lnc-AK4-2、XLOC_075541、XLOC_093371、XLOC_081110、XLOC_047068、XLOC_006637、XLOC_064063、XLOC_086865、XLOC_099517、XLOC_106798、lnc-ZNF639-1)进行验证,并利用生物信息学方法预测其靶基因,通过数据库KEGG、GO富集对差异lncRNA的靶基因进行通路分析。结果:分析得到3564个差异lncRNA和477个差异mRNA(差异倍数2,P0.05),差异表达的mRNA主要富集在134条不同的信号通路,其中包括催乳素/催乳素受体信号通路相关的MAPK信号通路、p53信号通路和JAK-STAT信号通路;选取的11条lncRNA的变化趋势(XLOC_093371、XLOC_006637、XLOC_064063、XLOC_086865、lnc-ZNF639-1表达上调,lncAK4-2、XLOC_075541、XLOC_081110、XLOC_047068、XLOC_099517、XLOC_106798表达下调)经q RT-PCR技术得到验证;lncRNA靶基因富集的信号通路同样包括MAPK信号通路。结论:催乳素处理前后T-47D细胞中lncRNA的表达存在明显差异,为进一步研究与乳腺癌发病机制相关的关键lncRNA分子提供了基础,并为寻找乳腺癌潜在的诊疗方法提供理论支持。     

lncRNA CCAT2调控SIRT1蛋白表达激活Wnt/β-catenin通路影响非小细胞肺癌细胞增殖和转移

该文旨在分析长链非编码RNA(lncRNA) CCAT2通过调控SIRT1蛋白的表达激活Wnt/β-catenin信号通路进而影响非小细胞肺癌细胞增殖和转移的机制。采用qRT-PCR检测肺癌组织及肺癌细胞株中lncRNA CCAT2的表达。利用卡方检验分析lncRNA CCAT2表达与肺癌患者临床病理特征的关系。CCK-8实验、划痕实验及Transwell实验观察敲低lncRNA CCAT2表达对肺癌细胞增殖、迁移及浸润能力的影响。Western blot检测敲低lncRNA CCAT2表达对H1975细胞株中SIRT1蛋白及Wnt/β-catenin信号通路蛋白表达的影响;以及敲低或过表达SIRT1对Wnt/β-catenin信号通路蛋白表达的影响。利用RNA免疫共沉淀(RIP)及RNA pull-down实验验证lncRNA CCAT2与SIRT1之间的相互作用。该研究得出,癌组织及肺癌细胞株中lncRNA CCAT2表达显著较高(P0.05),敲低lncRNA CCAT2表达能够抑制H1975细胞的增殖、迁移及浸润。敲低lncRNA CCAT2表达后,H1975细胞株中SIRT1、β-catenin、Cyclin D1、myc蛋白的表达降低;敲低SIRT1后,细胞核β-catenin蛋白、Cyclin D1、myc蛋白的表达均降低。与非特异性抗体比较,SIRT1抗体呈明显的lncRNA CCAT2富集;lncRNA CCAT2的截短突变组细胞中SIRT1相对表达量明显低于lncRNA CCAT2组。lncRNA CCAT2通过调控SIRT1蛋白表达激活Wnt/β-catenin信号通路进而促进肺癌细胞增殖、迁移及浸润,有望成为新的肿瘤标志物。     

系统型硬化症尿液lncRNA-mRNA差异表达基因筛选及生物信息学分析

为探讨系统性硬化症(SSc)患者尿液样本中的长链非编码RNA(lncRNA)、信使RNA(mRNA)的表达谱和生物学功能。选取6名SSc患者和3名健康对照者(HC),采集样本为中段晨尿,应用mRNA和lncRNA微阵列检测总RNA表达变异,SSc组与HC组相比。检测尿液lncRNA和mRNA表达,Gene ontology (GO)分析Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)信号通路分析差异表达的lncRNA功能分布;STRING在线网站和Cytoscape软件网络应用分析构建蛋白质相互作用网络(PPI)并筛选出核心基因(Hub Gene)。结果发现：与HC相比,SSc患者尿液中共有645个(上调546,下调99)mRNA和1 888个(上调1 647,下调241)lncRNA差异表达(Fold Change绝对值≥2,且P≤0.05)。KEGG通路结果显示富集TGF-β信号通路、氧化磷酸化、磷酸戊糖通路。SSc的GO分析显示与转录调控、DNA去甲基化、白介素6反应等相关;PPI网络分析表明主要富集在氧化磷酸化、细胞凋亡、自噬途径通路...     

基因芯片筛选新疆维吾尔妇女宫颈癌差异表达基因

新疆南部维吾尔族聚居区是宫颈癌高发区. 本文旨在利用基因芯片技术筛选与维吾尔族妇女宫颈癌发生相关的基因. 首先,分别提取5例新疆维吾尔妇女宫颈癌和5例子宫肌瘤组织(对照)的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记子宫肌瘤组织的cDNA,用Cy5 dUTP标记宫颈癌组织的cDNA,制成芯片杂交探针.为筛选出宫颈癌组织中差异表达的基因,上述标记探针分别与含有20 000条人类基因的Affymetrix基因芯片进行杂交,杂交信号用GeneChip Scanner 3000扫描仪扫描,并用芯片图像分析软件(SAM software)分析扫描结果.筛选出的差异表达基因经GO(Gene Ontology)分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）信号通路分析,确定其在宫颈癌中的作用.基因芯片筛选结果显示,在宫颈癌组织中发现2 758个差异表达基因,其中1 326个上调基因,1 432个下调基因.GO分析和KEGG信号通路分析表明,表达差异在两倍以上的基因涉及168个信号通路,包括细胞粘附分子、细胞周期以及MAPK和mTOR信号通路等.上述结果表明,基因芯片技术筛选出大量与宫颈癌发生相关的基因,其中表达差异显著的基因涉及细胞粘附分子、细胞周期和mTOR等信号通路.     

小儿脓毒症休克相关基因的筛选及网络构建

为探究脓毒症休克与SIRS的差异表达基因及网络的构建,筛选潜在的核心基因,从GEO数据库下载相关基因表达谱GSE26378,数据分为脓毒症休克与SIRS各29个样本,通过在线软件GCBI对其进行标准化及差异基因筛选;对差异基因进行GO分析;基于KEGG进行功能通路分析以及基因信号网络分析;差异基因共表达网络分析。结果表明:两组中总共有1 456个基因被识别为差异基因(P0.05),与SIRS组相比,脓毒症休克组中有条859条下调基因,597条上调基因。GO功能富集分析显示差异基因主要参与了细胞周期、细胞免疫、细胞代谢。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了MAPK信号通路、P53信号通路、wnt信号通路、细胞凋亡信号通路,细胞周期受体信号通路等。共表达分析发现基因CCNB1、NUSAP1、OIP5、SHCBP1、ZWINT、TOP2A、DLGAP5等位于网络中央部位,而基因信号网络分析发现基因PLCB1、PIK3CA、STAT3、CAMK2D、PRKCB、CREB1位于网络核心。基因芯片分析有助于发现脓毒症休克与SIRS患儿外周血单核细胞在转录组学上的改变,而生物信息学网络分析有助于发现潜在的靶点。     

HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号通路的生物信息学挖掘

为探究乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染后肝细胞基因表达和信号通路的改变情况,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载了HBV感染者肝细胞样本制作的基因表达谱数据集GSE83148,进行质量检测、数据标准化后筛选出差异表达基因,进一步做GO和KEGG富集分析以及基因网络相互作用分析,筛选关键基因和信号通路。从HBV感染样本中筛选出fold change≥2,p-value0. 05的上调差异表达基因44个,GO分析获得关键基因BAK1和TP63,差异表达基因网络互作获得5个位于枢纽位置的基因:NDUFS1、NDUFS2、COX7B、ATP5B、OPA1。KEGG分析获得关键信号通路有:乙型肝炎信号通路、病毒癌变信号通路、Fox O信号通路、PI3K-Akt信号通路。本研究筛选出的多数基因与线粒体和氧化呼吸链有关,造成这一现象的具体机制还需进一步探究。     

LAMB3在头颈鳞癌中的表达及预后价值分析

摘要 目的：研究层黏连蛋白亚基β3（LAMB3）在头颈鳞癌（HNSCC）中的表达、预后价值、免疫相关性及作用机制。方法：利用基于癌症基因组图谱（TCGA）的多个在线数据库,分析LAMB3在HNSCC肿瘤组织中的差异表达、预后价值以及对免疫细胞浸润的影响;通过基因共表达及蛋白-蛋白相互作用网络分析,探究LAMB3参与HNSCC的生物过程以及相关信号通路;预测调控LAMB3基因的上游靶miRNA。结果：LAMB3在HNSCC中高表达,LAMB3表达水平与年龄分布、肿瘤病理分级、淋巴结转移状态和HPV病毒感染状态相关;预后分析显示LAMB3在HNSCC中高表达预示患者不良预后,在肿瘤分期为Stage3、白色人种、肿瘤病理分期为Grade1和Grade2以及肿瘤新生抗原高表达HNSCC患者中总生存期更短;LAMB3表达水平影响HNSCC肿瘤微环境,LAMB3高表达能够降低B细胞、CD8⁺T 细胞浸润程度,升高CD4⁺T细胞浸润程度;基因共表达和功能相关分析表明,LAMB3高表达与基底膜形成、细胞连接、细胞迁移等生物过程有关;LAMB3潜在靶miRNA是hsa-miR-24-3p。结论：LAMB3在 HNSCC中高表达与免疫细胞浸润和患者不良预后相关,可作为HNSCC发病风险和预后指标。     

应用GSEA和WGCNA方法分析细菌性败血症宿主关键差异基因及意义

【目的】采用生物信息学方法分析公共数据库来源的细菌性败血症患者全血转录组学表达谱,探讨细菌败血症相关的宿主关键差异基因及意义。【方法】基于GEO数据库中GSE80496和GSE72829全血转录组基因数据集,采用GEO2R、基因集富集分析(GSEA)联用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选细菌性败血症患者相比健康人群显著改变的差异基因,通过R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。同时,通过String 11.0和Cytoscape分析枢纽基因,验证枢纽基因在数据集GSE72809(Health组52例,Definedsepsis组52例)全血标本中的表达情况,并探讨婴儿性别、月(胎)龄、出生体重、是否接触抗生素等因素与靶基因表达谱间的关系。【结果】分析GSE80496和GSE72829数据集分别筛选得到932个基因和319个基因,联合WGCNA枢纽模块交集得到与细菌性败血症发病相关的10个枢纽基因(MMP9、ITGAM、CSTD、GAPDH、PGLYRP1、FOLR3、OSCAR、TLR5、IL1RN和TIMP1);GSEA分析获得关键通路(氨基酸糖类-核糖代谢、PPAR信号通路、聚糖生物合成通路、自噬调控通路、补体、凝血因子级联反应、尼古丁和烟酰胺代谢、不饱和脂肪酸生物合成和阿尔兹海默症通路)及生物学过程(类固醇激素分泌、腺苷酸环化酶的激活、细胞外基质降解和金属离子运输)。【结论】本项研究通过GEO2R、GSEA联用WGCNA分析,筛选出与细菌性败血症发病相关的2个枢纽模块、10个枢纽基因以及一些关键信号通路和生物学过程,可为后续深入研究细菌性败血症致病机制奠定理论依据。     

SPP1在头颈部鳞状细胞癌的免疫浸润及临床相关性分析

探讨分泌型磷蛋白1 (Secreted Phosphoprotein 1,SPP1)在头颈部鳞状细胞癌(Head and neck squamous cell carcinoma, HNSC)中与免疫浸润及临床的相关性,明确SPP1在HNSC预后和个体化治疗中的潜在价值。使用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)HNSC数据分析SPP1表达。使用来自TCGA的临床生存数据评估SPP1的临床预后价值。使用R语言的clusterProfiler 包进行SPP1相关的富集分析。使用R语言的CIBERSORT函数评估22种肿瘤浸润免疫细胞在HNSC中的浸润情况,分析肿瘤浸润免疫细胞与SPP1表达之间的关联。差异表达分析发现SPP1在HNSC中高表达(P<0.001),临床相关性分析发现SPP1表达与T分期(P=0.001)、临床分期(P=0.013)相关,SPP1高表达患者的总生存期明显短于低表达患者(P=0.020 4)。基因富集分析发现SPP1在HNSC中与免疫学功能及免疫相关通路有关联。肿瘤浸润免疫细胞分析发现在高SPP1表达组中,M2巨噬细胞(P=0.001 1)、未活化树突状细胞(P=0.005 5)、活化肥大细胞(P=0.048 8)浸润比例增加,而活化记忆性CD4+ T淋巴细胞(P<0.001)、浆细胞(P=0.026 6)、未活化肥大细胞(P=0.038 6)浸润比例减少。研究表明 SPP1在HNSC中充当致癌基因,并与患者的临床结果相关,SPP1在肿瘤免疫微环境中起重要作用,可能成为HNSC中有价值的预后生物标志物及免疫治疗生物靶标。     

CD39的临床意义及其与肝癌浸润T细胞耗竭的相关性分析

摘要 目的：探索CD39分子（编码基因ENTPD1）在原发性肝细胞肝癌（Hepatocellular carcinoma, HCC）中的表达、临床意义及其与HCC中免疫浸润和T细胞耗竭的相关性。方法：TIMER、GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、TCGA等数据库分析CD39在肝癌中的差异性表达、与免疫浸润的关系、相关基因的表达及其与肝癌患者预后的关系。免疫荧光染色、细胞测序和流式检测验证临床HCC患者的癌及癌旁组织中CD39的差异性表达及其和CD8⁺T细胞耗竭特性的相关性。结果：（1）生物信息学分析结果显示：CD39在多种肿瘤组织中表达上调（包括HCC）（P＜0.05）；且其表达水平与HCC的临床预后等显著相关（P＜0.05）；与CD39低表达组相比，HCC中CD39高表达组患者无复发生存期（relapse-free survival, RFS）（P=0.025）和无进展生存期（progression-free survival, PFS）（P=0.026）较短；CD39与HCC肿瘤微环境中CD8⁺T、CD4⁺T、巨噬细胞等免疫细胞浸润水平均有明显正相关。（2）临床HCC样本验证：免疫荧光和流式结果显示CD39在癌组织中的表达水平高于癌旁正常组织，与耗竭相关分子LAYN、TIM3、CTLA4等共表达，且在耗竭CD8⁺T细胞中表达比例显著高于非耗竭细胞。结论：CD39在HCC肿瘤组织及浸润的CD8⁺T细胞中高表达，与HCC的RFS、PFS、免疫细胞浸润等紧密相关，且参与CD8⁺T细胞耗竭。     

基于生物信息学探讨疏肝降脂颗粒调节铁死亡治疗非酒精性脂肪性肝病的作用

本研究旨在运用生物信息学方法探讨疏肝降脂颗粒调节铁死亡治疗非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)的潜在分子机制。通过网络药理学方法获取“疏肝降脂颗粒-铁死亡”潜在的交集靶点,基于GSE89632数据集筛选“疏肝降脂颗粒-NAFLD-铁死亡”交集靶点的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并运用R4.2.2软件进行相关性分析、富集分析和免疫浸润分析。对GSE89632数据集的样本进行共识聚类,构建机器学习模型,筛选关键DEGs,构建列线图模型并验证;对关键基因进行临床相关性分析。共获得18个“疏肝降脂颗粒-NAFLD-铁死亡”DEGs,富集在Th17细胞分化、甲状腺激素信号通路、 ErbB信号通路、 IL-17信号通路等方面。随机森林(random forest, RF)模型为最优机器学习模型,AURKA、SREBF1、HMOX1、MYC和JUN是RF模型中重要性排名前五的基因,HMOX1、JUN与体重指数(body mass index, BMI)呈正相关。列线图模型可以...     

铜死亡相关LncRNA预测胃癌的预后及免疫反应

基于生物信息学分析构建预后相关的预测模型,探讨铜死亡相关LncRNA与胃癌（GC）在免疫和预后方面的关系。从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载胃癌患者的RNA测序和临床数据,基于共表达分析筛选出铜死亡相关LncRNA,通过LASSO回归和多因素Cox回归分析构建出与胃癌预后密切相关的铜死亡相关LncRNA风险预测模型,并计算所有胃癌患者样本的风险评分。通过Kaplan-Meier生存分析、回归分析和受试者工作特征（ROC）曲线等证实模型的预后预测性能,并分析风险评分与通路富集分析、免疫浸润细胞、免疫检查点基因、体细胞基因突变及抗癌药物敏感性的相关性。差异表达分析结果表明,LncRNA HAGLR在肿瘤组织中的表达上调。通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测LncRNA HAGLR在69例行根治性手术胃癌患者的癌组织及癌旁组织的表达。结果表明,相比于癌旁组织,胃癌组织中HAGLR表达上调,且与肿瘤大小、浸润深度、肿瘤TNM分期、分化程度及淋巴结转移成明显相关性（P<0.05）。本研究构建的铜死亡相关LncRNA预后模型具有较高的预测价值,并且与免疫细胞浸润异质性明显相关,在...     

NME1在皮肤黑色素瘤中的表达及其与临床预后的相关性分析

为探讨非转移性细胞1(NME1)基因在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达及其与临床预后的相关性，通过GEPIA数据库及UALCAN数据库分析NME1在SKCM组织中的表达；通过GSCA数据库、GEPIA数据库和TIMER数据库分析NME1表达水平与SKCM患者总生存率的相关性；通过cBioPortal数据库分析SKCM患者中NME1基因的突变情况及其与患者总生存率的相关性；通过STRING数据库分析可能与NME1相互作用的蛋白，并利用Metascape数据库对其进行功能富集分析；通过TIMER数据库分析SKCM中NME1的表达水平与免疫细胞浸润水平的相关性。结果显示：NME1在SKCM组织中表达水平明显高于正常组织；NME1的高表达与转移性SKCM患者较低的总生存率显著相关；NME1基因变异与SKCM患者总生存率无明显相关性；NME1及其相互作用蛋白主要参与ARF6运输通路、嘌呤代谢、细胞发育的调节、DNA代谢等生物学过程；转移性SKCM中NME1的高表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞较低的免疫浸润水平相关。本研究表明，在转移性SKCM患者中，NME1...     

鼻咽癌组织中基因差异表达及蛋白互作网络分析

目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。     

肾透明细胞癌Caki-1细胞系差异表达基因的生物信息学分析

目的比较肾透明细胞癌Caki-1细胞系与正常肾上皮细胞系ASE-5063中的差异表达基因（DEGs）,寻找潜在的肾透明细胞癌特异性分子标志物。 方法利用GEO数据库自带的GEO2R在线分析工具分析基因芯片GSE78179,将筛选出的DEGs分别导入Metascape、STRING以及Cytoscape进行综合分析并筛选出核心基因。最后使用FunRich等软件对筛选出的核心基因进行GO和KEGG富集分析。 结果共筛选出562个DEGs,其中上调基因345个,下调基因217个。进一步使用MCODE筛选出36个关键基因,GO功能分析发现这些基因与细胞粘附分子活性、趋化因子活性、细胞通讯和信号转导等密切相关;KEGG通路富集结果则表明差异基因主要集中在趋化因子信号通路、TNF信号通路以及NF-κB信号通路等多种与肿瘤相关的通路上。 结论运用生物信息学方法筛选出肾透明细胞癌Caki-1细胞系中DEGs,其中数个核心基因广泛参与多种肿瘤的病理进程,但尚未在肾透明细胞癌有相关研究报道,提示其可能是治疗肾透明细胞癌的潜在靶点。     

髓母细胞瘤基因表达谱芯片关键基因的生物信息学分析

筛选髓母细胞瘤(medulloblastoma, MB)发生发展的关键基因,可为MB分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。本文通过下载GEO (Gene Expression Omnibus)数据库GSE50161原始数据,利用R语言对正常脑组织与髓母细胞瘤组织中差异表达的基因进行分析;通过生物信息学分析工具(DAVID、STRING和Cytoscape)对差异基因进行生物学功能和蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)分析,并通过PPI筛选互作调控的关键基因。结果显示,总共筛选出999个差异表达的基因,鉴定了CCNB1、AURKB、MAD2L1、CENPE、KIF2C、BUB1、BUB1B、NDC80、CENPF、CDC20十个关键基因。差异基因生物学功能主要富集于有丝分裂的核分裂、染色体分离、微管蛋白结合、RAGE受体结合等生物过程。KEGG信号通路分析结果显示差异基因主要富集于细胞周期、NF-κB、IL-17和T细胞受体等信号通路。10个关键基因的生物学功能和信号通路主要富集于细胞有丝分裂和细胞周期通路。因此,细胞周期通路对MB的增殖和分裂起着关键性的作用,相关的分子机制值得进一步深入研究。