乳腺肿瘤组织标本库与数据库的建立及信息化管理

目的:随着基础和临床研究的深入开展,拥有完整基因信息的组织标本成为了肿瘤研究工作的基础.建立电子信息化管理的乳腺肿瘤组织标本库和数据库,为临床和科研收集、保存和管理标本资源.方法:标准化收集手术切除的乳腺肿瘤组织、正常腺体组织,以及患者血液标本,预处理后保存于-80℃冰箱中.每3个月从标本库中随机抽取5例标本,提取标本的总RNA,琼脂糖凝胶电泳验证总RNA质量;运用免疫组织化学法(Immunohistochemistry,IHC)检测标本中人表皮生长因子-2(Human epidermal growth factor receptor,HER-2 or c-erbB-2)和Ki67的表达,并与术后免疫组化结果进行比较.同时利用Epidata软件管理乳腺肿瘤组织标本库.结果:收集恶性肿瘤507例,良性肿瘤212例,血液标本9347份,并建立了一套高效的信息化管理系统.总RNA电泳结果显示28 S和18S亚基条带清晰明亮,5S条带很弱,表明标本中的RNA质量较高,无降解.免疫组化结果显示标本中的HER-2和Ki67的表达与术后免疫组化结果情况吻合,存储的标本质量良好.结论:建立的实验标本收集、储存流程是有效可行的,收集的标本质量是可靠的,管理方法是高效实用的,为乳腺肿瘤基础和临床研究提供质量可靠的标本来源,可为乳腺肿瘤研究提供良好的服务平台.     

利用SCoT分析柳枝稷遗传资源的多样性

本研究利用SCoT标记对96份柳枝稷种质的亲缘关系和遗传变异进行了研究。筛选出20条引物对96份供试材料进行PCR扩增,共获得445条带,其中多态性条带402条,平均多态性条带比率(PPB)达90.31%,多态性信息含量(PIC)为0.166~0.410,平均值为0.332,标记指数(MI)为10.20。遗传相似系数(GS)为0.498~0.912,平均值为0.688。表明SCoT标记能够揭示柳枝稷种质间的遗传变异。通过UPGMA分析表明,96份种质资源聚为高地型和低地型两大类。经POPGENE1.32软件分析结果显示:96份柳枝稷基因多样性指数(H)为0.285,Shannon指数(I)为0.431,表明供试的种质间遗传多样性丰富,遗传多样性水平高。经AMOVA 1.55方差分析揭示:96份柳枝稷生态型内的遗传变异占总变异的72.85%,生态型间遗传变异占总变异的27.15%,结果表明ScoT可用于柳枝稷遗传多样性研究,该研究结果可为柳枝稷种质资源的进一步开发利用提供重要信息。     

神木地区耐旱灌木和草本豆科植物根瘤菌遗传多样性

豆科植物具有抗逆性强、耐瘠薄的特性,许多豆科植物是荒漠地区的先锋植物,在生态环境保护中起重要作用.以神木地区主要的灌木和草本豆科植物-根瘤菌共生体系为材料,采用16S rRNA PCR-RFLP和序列分析等方法,对分离得到的55株菌进行多样性分析,其中,30株菌分离自灌木豆科植物紫穗槐和柠条,25株菌分离自草本豆科植物斜茎黄芪、苜蓿、草木樨黄芪等.结果表明: 这些菌株共有11种16S rRNA PCR-RFLP遗传图谱类型,分离自草本豆科植物的菌株主要归属于中慢生根瘤菌属、剑菌属、根瘤菌属、叶瘤杆菌属和土壤杆菌属5个属,分别与华癸中慢生根瘤菌、地中海中慢生根瘤菌、刺槐中慢生根瘤菌、费氏剑菌、草木樨剑菌、木兰根瘤菌、放射根瘤菌、突尼斯叶杆菌和根癌土壤杆菌系统发育关系最近.分离自灌木豆科植物的菌株仅归属于中慢生根瘤菌属,分别与华癸中慢生根瘤菌和地中海中慢生根瘤菌系统发育关系最近.华癸中慢生根瘤菌和地中海中慢生根瘤菌是两类豆科植物的共生菌种,表明在干旱地区,根瘤菌对两种类型豆科植物的选择共生存在差异,这与豆科植物种类有关,还可能与其所处生态环境有关.     

陕西部分地区胡枝子和草木樨根瘤菌的数值分类研究

选用寄主为胡枝子、草木樨的51株未知菌株与34株模式参比菌株进行数值分类研究,结果表明：不同菌株在碳源、氮源利用、抗生素抗性和耐盐碱性等方面存在着差异。采用UPGMA法对105项表型性状进行聚类分析,从聚类图潜可以看出：在86％的相似性水平上,未知菌株构成四个表观群。群Ⅰ有17株菌,中心菌株为NWYCH155;群Ⅱ有15株菌,中心菌株为NWNL178;群Ⅲ有9株菌,中心菌株为NWYL167;群Ⅳ有3株菌,中心菌株为NWZL200。     

牛鞭草品种EST-SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

为探讨牛鞭草(Hemarthria spp.)品种间的遗传多样性,从86对EST-SSR引物中筛选出8对引物对牛鞭草属6个品种进行指纹图谱的构建及遗传多样性分析。结果表明,8对EST-SSR引物对牛鞭草属6个品种共扩增出193条清晰条带,多态性条带161条,多态性比例为83.4%。每条引物的多态信息含量(PIC)为0.480~0.695,平均为0.602。UPGMA聚类分析表明,牛鞭草属6个品种在相似系数为0.652处可分为两大类群。8对EST-SSR引物均能将6个品种完全区分开,以3对EST-SSR引物扩增的电泳图谱为基础,建立了牛鞭草属6个品种的指纹图谱标准模式图,每个品种都有唯一的指纹图谱。牛鞭草属6个品种的平均Nei’s基因多样性指数为0.333,平均Shannon信息指数为0.496,品种间的相似系数介于0.399~0.782之间。可见,牛鞭草属植物品种的遗传多样性较丰富,种间差异明显。     

血清miR-92a在胰腺癌诊断及预后评估中的临床意义研究

目的:探讨血清miR-92a在胰腺癌诊断和预后分析中的价值,为胰腺癌早诊断以及预后评估提供潜在的分子标志物。方法:回顾性分析我院及重庆医科大学附属第一、第二医院2014年8月~2016年12月收治的30例胰腺癌未转移患者、30例胰腺癌转移患者和30例慢性胰腺炎患者的临床资料,另选择同期在我院进行健康体检的30例健康人作为健康组。收集血清,应用定量PCR法检测各组血清miR-92a的表达水平,利用化学发光法检测各组血清中的糖蛋白抗原19-9(CA-19-9)含量。以ROC分析比较血清miR-92a与CA 19-9在胰腺癌诊断中的特异度、敏感性。结果:胰腺癌未转移组患者和胰腺癌转移组患者血清中miR-92a水平显著高于健康组和慢性胰腺炎组(P0.05),胰腺癌转移组患者血清中miR-92a水平显著高于胰腺癌未转移组患者(P0.05)。胰腺癌未转移组患者和胰腺癌转移组患者血清中CA19-9水平显著高于健康组和慢性胰腺炎组(P0.05)。miR-92a诊断胰腺癌的敏感度高于CA19-9和miR-92a+CA 19-9,而miR-92a+CA 19-9诊断胰腺癌的特异度显著高于miR-92a和CA19-9(P0.05),且有较高的胰腺癌转移预测应用价值。结论:血清miR-92a联合CA 19-9检测能够诊断胰腺癌,具有良好的敏感度和特异度,miR-92a还具有较好的胰腺癌转移预测价值,可作为胰腺癌早期无创筛查方法加以应用。     

NME1在皮肤黑色素瘤中的表达及其与临床预后的相关性分析

为探讨非转移性细胞1(NME1)基因在皮肤黑色素瘤（SKCM）中的表达及其与临床预后的相关性，通过GEPIA数据库及UALCAN数据库分析NME1在SKCM组织中的表达；通过GSCA数据库、GEPIA数据库和TIMER数据库分析NME1表达水平与SKCM患者总生存率的相关性；通过cBioPortal数据库分析SKCM患者中NME1基因的突变情况及其与患者总生存率的相关性；通过STRING数据库分析可能与NME1相互作用的蛋白，并利用Metascape数据库对其进行功能富集分析；通过TIMER数据库分析SKCM中NME1的表达水平与免疫细胞浸润水平的相关性。结果显示：NME1在SKCM组织中表达水平明显高于正常组织；NME1的高表达与转移性SKCM患者较低的总生存率显著相关；NME1基因变异与SKCM患者总生存率无明显相关性；NME1及其相互作用蛋白主要参与ARF6运输通路、嘌呤代谢、细胞发育的调节、DNA代谢等生物学过程；转移性SKCM中NME1的高表达与CD4+T细胞、CD8+T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞较低的免疫浸润水平相关。本研究表明，在转移性SKCM患者中，NME1...