针对多效蛋白基因的小干扰RNA的设计及其稳定表达载体的构建

目的:设计多效蛋白基因特异性的小干扰RNA(siRNA),并构建一系列能在哺乳动物细胞内稳定表达这些siRNA的表达质粒,以便为在体外研究多效蛋白基因的功能打下基础。方法:设计并合成具有多效蛋白基因特异性的一组寡核苷酸片段,并克隆到pSilencer3.1-H1hygro载体;用脂质体LipofectAMINE2000转染和潮霉素筛选等方法建立能稳定表达相应siRNA的一组Pten-/-细胞克隆;利用Northern印迹检测这些细胞内多效蛋白基因的表达情况。结果:设计并构建了3个针对多效蛋白基因的siRNA表达质粒,并证明其中的1种质粒能在Pten-/-细胞内稳定表达相应的siRNA,并显著地抑制了该细胞多效蛋白基因的表达。结论:设计并构建出的针对多效蛋白基因的siRNA表达载体所表达的siRNA具有较强的RNA干涉功能,为多效蛋白基因的功能研究奠定了实验基础。     

基于蛋白组学的脓毒症补体凝血级联通路及标志物KLKB1研究

摘要 目的：通过蛋白质组学方法鉴定脓毒症关键通路及诊断标志物。方法：选取2019年1月至12月西南医科大学附属医院急诊科收治的56例脓毒症患者（脓毒症组）,另取同期50名健康体检志愿者（对照组）。采用随机抽样法分别选取两组中12名脓毒症患者和8名健康体检志愿者,利用非数据依赖模式（DIA）进行血清蛋白数据采集,将数据上传至iDEP在线平台分析脓毒症患者外周血中差异表达蛋白,进一步对这些差异蛋白进行生物信息学分析,包括主成分分析（PCA）、基因本体富集分析（GO）、通路富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）分析,进而筛选出脓毒症关键蛋白。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）对脓毒症组、对照组进行关键蛋白表达验证分析。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析关键蛋白对脓毒症的诊断效能。结果：蛋白质组学分析共鉴定出690个蛋白,筛选出171个差异表达蛋白（DEPs）,其中39个蛋白显著下调,132个蛋白显著上调。DEPs富集的核心通路为补体和凝血级联通路。该条通路中的血清激肽释放酶 1（KLKB1）在脓毒症组的表达水平为（121.80±55.63 ng/mL）,显著高于对照组的（68.30±57.11 ng/mL）,差异具有统计学意义（t=4.881,P=0.000）。根据ELISA结果进行脓毒症诊断ROC曲线分析得出,KLKB1蛋白诊断脓毒症的 AUC（95%CI）为0.759（0.594～0.923）。结论：补体和凝血级联通路为脓毒症免疫途径的重要通路,KLKB1具有较好的脓毒症诊断特性,可能是脓毒症潜在的诊断生物标志物。     

“电子”cDNA文库筛选指导基因的全长cDNA克隆

“电子”ｃＤＮＡ库筛选主要是指通过采用生物信息学的方法延伸表达序列标签（ＥＳＴ）序列,以获得基因的部分及至全长ｃＤＮＡ序列,避免或部分避免构建与筛选ｃＤＮＡ库等烦琐的实验室工作。该方法具体体现了ＥＳＴ数据库的迅速扩张已导致识别与克隆新基因的策略发生革命性的变化。ＥＳＴ序列ＺＡ７３为本实验室克隆到的可能参与辐射致气管上皮细胞恶性转化过程的基因片段,本研究采用“电子”ｃＤＮＡ库筛选的方法对其可能     

α粒子诱导人支气管上皮细胞转化相关基因的mRNA差别显示技术研究

根据1993年UNSCEAR报道,人类所受的天然辐射剂量中近50％来自氡及其子体。流行病学研究表明,接触高水平氡及其子体的铀矿工人肺癌发病率增高。由于大部分人类癌症起     

RNA干涉技术

RNA干涉(RNAi)技术是利用一些小的双链RNA来高效、特异地阻断体内特定基因的表达,并促使mRNA降解,从而诱使细胞表现出特定基因缺失的表型。本从RNAi技术的历史、作用机制、研究策略、研究现状及应用前景等几个方面进行了综述,预测RNAi将会给基因治疗的发展带来新的希望。     

多效生长因子（Pleiotrophin）基因沉默后的基因表达谱初步分析

多效生长因子（pleiotrophin,PTN指蛋白,Ptn指基因）是一种可同肝素结合的分泌性的生长/分化因子,具有刺激细胞粘附、迁移、存活、生长和分化等功能.我们前期研究发现,Ptn稳定沉默可以显著降低细胞的生长及成瘤能力.为进一步了解Ptn表达沉默后小鼠基因转录谱的变化,用小鼠表达谱芯片比较了对照及Ptn沉默细胞的基因表达差异.在检测的24 000个基因中,Ptn沉默后上调2倍以上的基因有240个,下调2倍以上的基因有129个.值得引起注意的是,在Ptn沉默的MEFs细胞中,同DDK综合症相关的基因家族,schlafen（Slfn）家族的Slfn 2、Slfn 3、Slfn 4以及基质金属蛋白酶（matrix metalloproteinase,MMP）家族的Mmp 3、Mmp 10、Mmp 13表达均显著上调;而可促进内皮细胞运动,参与血管发生的基因angiomotin(Amot)表达显著下调.通过研究,获得了一系列Ptn沉默后表达变化的基因信息.     

Smad7基因在细胞恶性转化过程中的促增殖作用

用基因转染的方法,建立稳定表达Smad7基因的永生化及恶性化人支气管上皮细胞系,用MIT法检测Smad7基因过表达对细胞生长、增殖的影响及对RFD-β1介导的生长抑制效应的影响。结果表明在永生化和恶性化人支气管上皮细胞系BEP2D和BERP2D和BERP35T2中各筛选到2个稳定表达SMAD7蛋白的克隆,命名为BS7-1、BS7-2(来源于BEP20),RS7-1、RS7-2(来源于BERP35T2)。这些细胞系细胞的生长、增殖能力均强于转染空载体的对照细胞系,同时TG-β1对这些细胞系的生长抑制能力明显减弱。提示Smad7基因通过降低细胞对形TGF-β的应答来促进细胞的生长、增殖能力。     

Smad7对Smad2、Smad3、Smad4核转位的抑制作用

研究人永生化支气管上皮BEP2D细胞中,作为Smad蛋白家族的抑制分子,Smad7对TGF-β信号通路中Smad2、Smad3、Smad4核转位的抑制作用.培养BEP2D细胞,瞬时转染Smad7真核表达载体pCISmad7.neo,TGF-β刺激,提取细胞核蛋白及总蛋白,用Western blot方法比较瞬时转染Smad7基因前后细胞核中Smad2、Smad3、Smad4蛋白表达的差异.结果,Smad3在TGF-b作用下有明显的核转位;转染Smad7后Smad3、Smad4的核转位显受到抑制.表明在BEP2D细胞中,Smad7对TGF-β/Smads信号通路的拮抗作用主要通过抑制Smad3的活化、Smad3/Smad4异源复合物的形成及核转位,从而拮抗TGF-β对细胞的生长抑制效应.     

Smad7基因对胞外信号调节激酶磷酸化水平的调控

研究在BEP2D细胞中,作为Smads蛋白家族的抑制分子,Smad7对胞外信号调节的蛋白激酶(ERK1／2或p44／42)磷酸化水平的调控。将Smad7真核表达载体或人工合成的Smad7-siRNA转染BEP2D细胞,TGF—β刺激,通过Western印迹检测Smad7对p44／42蛋白磷酸化的影响。结果在永生化BEP2D细胞中,TGF-β1刺激后5min开始,可以检测到磷酸化的p44／42;到60min达到高峰,之后逐渐降低。细胞转染Smad7,TGF-β作用60rain后,p44／42磷酸化水平明显增高;而转染Smad7-SiRNA,TGF-β作用60min后,p44／42磷酸化水平显降低。p44／42蛋白水平基本上不受TGF—β1刺激及Smad7表达水平的影响。以上结果说明,在BEP2D细胞中,Smad7可参与TGF—β对ERK／MAPK通路的活化作用。     

小儿脓毒症休克相关基因的筛选及网络构建

为探究脓毒症休克与SIRS的差异表达基因及网络的构建,筛选潜在的核心基因,从GEO数据库下载相关基因表达谱GSE26378,数据分为脓毒症休克与SIRS各29个样本,通过在线软件GCBI对其进行标准化及差异基因筛选;对差异基因进行GO分析;基于KEGG进行功能通路分析以及基因信号网络分析;差异基因共表达网络分析。结果表明:两组中总共有1 456个基因被识别为差异基因(P0.05),与SIRS组相比,脓毒症休克组中有条859条下调基因,597条上调基因。GO功能富集分析显示差异基因主要参与了细胞周期、细胞免疫、细胞代谢。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了MAPK信号通路、P53信号通路、wnt信号通路、细胞凋亡信号通路,细胞周期受体信号通路等。共表达分析发现基因CCNB1、NUSAP1、OIP5、SHCBP1、ZWINT、TOP2A、DLGAP5等位于网络中央部位,而基因信号网络分析发现基因PLCB1、PIK3CA、STAT3、CAMK2D、PRKCB、CREB1位于网络核心。基因芯片分析有助于发现脓毒症休克与SIRS患儿外周血单核细胞在转录组学上的改变,而生物信息学网络分析有助于发现潜在的靶点。