广东本地及移民学龄儿童饮食结构和肠道菌群差异分析

【目的】探究广东本地及移民学龄儿童的饮食结构及肠道菌群分布的差异。【方法】以广东深圳为采样点,随机抽样选取48名广东本地儿童和34名移民儿童,进行膳食问卷调查和晨便采集。采用Mann-Whitney U test分析本地及移民儿童饮食因子摄入频率的差异,并使用Illumina Miseq高通量测序技术对儿童的肠道菌群进行测序分析。【结果】82例儿童的膳食模式大多以米饭为主食,搭配蔬菜、优质肉类以及水果。但本地儿童在复合碳水化合物、蔬菜、海产品方面有更高的摄入量(P<0.05),而移民儿童在水果、低脂牛奶、酸奶产品方面有更高的摄入量(P<0.05)。α多样性结果显示,移民组的Chao1指数(P<0.001)和Ace指数(P<0.001)均显著高于本地组。在菌属水平,本地儿童肠道普氏菌属(P=0.027)和副拟杆菌属(P=0.040)丰度显著高于移民组。LEfSe分析同样显示菌群的组间差异主要由本地组的普氏菌科、普氏菌属等造成。RDA结果提示,蔬菜和低脂牛奶的摄入水平显著影响本地儿童肠道菌群的分布,初步提示本地儿童的饮食习惯可能影响肠道普氏菌属和副拟杆菌属的丰度。【...     

应用GSEA和WGCNA方法分析细菌性败血症宿主关键差异基因及意义

【目的】采用生物信息学方法分析公共数据库来源的细菌性败血症患者全血转录组学表达谱,探讨细菌败血症相关的宿主关键差异基因及意义。【方法】基于GEO数据库中GSE80496和GSE72829全血转录组基因数据集,采用GEO2R、基因集富集分析(GSEA)联用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选细菌性败血症患者相比健康人群显著改变的差异基因,通过R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。同时,通过String 11.0和Cytoscape分析枢纽基因,验证枢纽基因在数据集GSE72809(Health组52例,Definedsepsis组52例)全血标本中的表达情况,并探讨婴儿性别、月(胎)龄、出生体重、是否接触抗生素等因素与靶基因表达谱间的关系。【结果】分析GSE80496和GSE72829数据集分别筛选得到932个基因和319个基因,联合WGCNA枢纽模块交集得到与细菌性败血症发病相关的10个枢纽基因(MMP9、ITGAM、CSTD、GAPDH、PGLYRP1、FOLR3、OSCAR、TLR5、IL1RN和TIMP1);GSEA分析获得关键通路(氨基酸糖类-核糖代谢、PPAR信号通路、聚糖生物合成通路、自噬调控通路、补体、凝血因子级联反应、尼古丁和烟酰胺代谢、不饱和脂肪酸生物合成和阿尔兹海默症通路)及生物学过程(类固醇激素分泌、腺苷酸环化酶的激活、细胞外基质降解和金属离子运输)。【结论】本项研究通过GEO2R、GSEA联用WGCNA分析,筛选出与细菌性败血症发病相关的2个枢纽模块、10个枢纽基因以及一些关键信号通路和生物学过程,可为后续深入研究细菌性败血症致病机制奠定理论依据。     

口服微生态制剂对孕妇肠道和阴道大肠杆菌K1和B族链球菌定殖的干预

【目的】本研究主要从临床探讨口服益生菌对孕妇微生态环境(阴道和肠道)中Escherichia coli K1和B族链球菌(GBS)定殖率的影响以预防新生儿血流播散性细菌性脑膜炎。【方法】收集2011年至2017年期间在广东省范围门诊就诊的2539例妊娠健康孕妇的阴道、直肠分泌物。选择符合要求的32孕周孕妇47例随机分成两组,其中益生菌组22例,对照组25例,用荧光定量PCR检测不同组孕妇体内服药前、后的微生态环境中大肠埃希菌的变化。然后选择50例GBS筛查阳性的35孕周孕妇,随机分成益生菌组和对照组,荧光定量PCR检测不同分组孕妇体内微生态环境中GBS定量变化。同时使用荧光PCR筛查对临床收集的2539例孕晚期(35周)孕妇生殖道、直肠分泌物标本进行GBS检测并计算携带率。【结果】研究前对不同组别孕妇的基本资料进行差异分析,结果显示两组在年龄差别、经产妇比例和受教育水平3个方面比较均无差异(P0.05),证明不同组间孕妇具有可比性。然后观察上述不同组别的孕妇服用益生菌体内微生态状况,用荧光定量PCR方法进行检测,结果显示用益生菌组在服药前后,阴道和直肠分泌物中大肠杆菌数量显著下降(F=32.866,P0.001),孕妇服用益生菌后E. coli K1的数量显著低于服用益生菌前(P0.05),且益生菌组与对照组相比大肠杆菌数量显著下降(P0.05,F=41.546,P0.001);同时检查服益生菌组孕妇体内GBS的变化,荧光定量PCR检测结果显示服用益生菌前后GBS的定殖数量有降低趋势,且与对照组相比有下降趋势。最后我们用荧光定量PCR筛查孕晚期妇女B族链球菌带菌状况,其GBS携带率为8.07%。【结论】本研究结果提示本文筛查的广东省孕晚期孕妇的B族链球菌平均携带率为8.07%,GBS可能是新生儿发生细菌性脑膜炎的危险因素之一;口服益生菌疗法可能通过抑制E. coli K1在孕妇肠道和生殖道的定殖以预防血流播散性新生儿细菌性脑膜炎。