应用GSEA和WGCNA方法分析细菌性败血症宿主关键差异基因及意义

【目的】采用生物信息学方法分析公共数据库来源的细菌性败血症患者全血转录组学表达谱,探讨细菌败血症相关的宿主关键差异基因及意义。【方法】基于GEO数据库中GSE80496和GSE72829全血转录组基因数据集,采用GEO2R、基因集富集分析(GSEA)联用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选细菌性败血症患者相比健康人群显著改变的差异基因,通过R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。同时,通过String 11.0和Cytoscape分析枢纽基因,验证枢纽基因在数据集GSE72809(Health组52例,Definedsepsis组52例)全血标本中的表达情况,并探讨婴儿性别、月(胎)龄、出生体重、是否接触抗生素等因素与靶基因表达谱间的关系。【结果】分析GSE80496和GSE72829数据集分别筛选得到932个基因和319个基因,联合WGCNA枢纽模块交集得到与细菌性败血症发病相关的10个枢纽基因(MMP9、ITGAM、CSTD、GAPDH、PGLYRP1、FOLR3、OSCAR、TLR5、IL1RN和TIMP1);GSEA分析获得关键通路(氨基酸糖类-核糖代谢、PPAR信号通路、聚糖生物合成通路、自噬调控通路、补体、凝血因子级联反应、尼古丁和烟酰胺代谢、不饱和脂肪酸生物合成和阿尔兹海默症通路)及生物学过程(类固醇激素分泌、腺苷酸环化酶的激活、细胞外基质降解和金属离子运输)。【结论】本项研究通过GEO2R、GSEA联用WGCNA分析,筛选出与细菌性败血症发病相关的2个枢纽模块、10个枢纽基因以及一些关键信号通路和生物学过程,可为后续深入研究细菌性败血症致病机制奠定理论依据。     

生物膜电压门控离子通道的结构和功能性构象

生物膜离子通道具有多种重要的生理功能.近年,已分离、纯化了电压门控的Na~+、Ca~(2+)和K~+通道的蛋白质组分.Na~+和Ca~(2+)通道分别由一个构成离子孔洞的主要亚单位和数目不同的其他亚单位组成,K~+通道是单一的多肽.对Na~+、Ca~(2+)通道主要亚单位和K~+通道的氨基酸序列的测定表明,它们之间有许多相似性.已分别给出了三种通道跨膜排列的二级结构图象.考虑了Na~+通道的功能特性,包括电压敏感性、通道开放动力学、门控电流、神经毒素的作用等,已提出几种Na~+通道功能性构象模型.     

呼吸道感染常见致病菌耐药趋势分析

目的：调查我院临床常见的G-致病菌在院内呼吸道感染病人的分布,并检测常用抗生素的种类对致病菌的效价情况,为呼吸道感染病人合理选用抗生素提供依据。方法：对来源于院内呼吸道感染病人的样本300个进行分离培养,用microscan au-toscan4（美国德灵半自动细菌分析仪）菌种鉴定及抗生素的药敏实验,回顾性分析肺部感染患者的痰细菌培养及药物敏感性测定结果。结果：从样本中分离获得825株主要致病菌,其中G＋致病菌389株,占47.2%,G-致病菌380株,占46.1%,真菌46株,占6.7%。G＋致病菌对检测10种抗生素的药敏性主要表现为传统的抗生素的疗效普遍偏低;而G-致病菌对检测的抗生素10种的药敏性情况表现出多元化态势。结论：院内呼吸道感染常见致病菌以革兰阴性菌为主,耐药性高,临床实践应重视病原学的监测,了解细菌的种类分布和耐药趋势,合理使用抗生素。     

生物膜电压门控离子通道的结构和功能性构象

生物膜离子通道具有多种重要的生理功能.近年,已分离、纯化了电压门控的Na~+、Ca~(2+)和K~+通道的蛋白质组分.Na~+和Ca~(2+)通道分别由一个构成离子孔洞的主要亚单位和数目不同的其他亚单位组成,K~+通道是单一的多肽.对Na~+、Ca~(2+)通道主要亚单位和K~+通道的氨基酸序列的测定表明,它们之间有许多相似性.已分别给出了三种通道跨膜排列的二级结构图象.考虑了Na~+通道的功能特性,包括电压敏感性、通道开放动力学、门控电流、神经毒素的作用等,已提出几种Na~+通道功能性构象模型.     

呼吸道感染常见致病菌耐药趋势分析

目的:调查我院临床常见的G-致病菌在院内呼吸道感染病人的分布,并检测常用抗生素的种类对致病菌的效价情况,为呼吸道感染病人合理选用抗生素提供依据。方法:对来源于院内呼吸道感染病人的样本300个进行分离培养,用microscan au-toscan4(美国德灵半自动细菌分析仪)菌种鉴定及抗生素的药敏实验,回顾性分析肺部感染患者的痰细菌培养及药物敏感性测定结果。结果:从样本中分离获得825株主要致病菌,其中G+致病菌389株,占47.2%,G-致病菌380株,占46.1%,真菌46株,占6.7%。G+致病菌对检测10种抗生素的药敏性主要表现为传统的抗生素的疗效普遍偏低;而G-致病菌对检测的抗生素10种的药敏性情况表现出多元化态势。结论:院内呼吸道感染常见致病菌以革兰阴性菌为主,耐药性高,临床实践应重视病原学的监测,了解细菌的种类分布和耐药趋势,合理使用抗生素。