陆封型和洄游型香鱼体肾组织的蛋白质组学分析

香鱼（Plecoglossusaltivelis）是典型的降海洄游鱼类,由于地理原因,一些香鱼在繁殖季无法回到海中产卵,形成陆封型香鱼。陆封型和洄游型香鱼相比,其体型明显偏小。鱼类的体肾组织可以调控渗透压,从而影响生长,因此我们采用蛋白质组学的方法研究陆封型和洄游型香鱼体肾组织蛋白质组的差异。双向电泳（2一DE）分析筛选到25个差异表达蛋白点,质谱分析成功鉴定出21个蛋白。与洄游型香鱼相比,陆封型香鱼体肾组织中NADH脱氢酶、异柠檬酸脱氢酶、Or．．微管蛋白、热适应相关蛋白65（Wap65）、热休克蛋白60（HSP60）、丙酮酸脱氢酶（E1）、碳酸酐酶、烯醇酶和乳酸脱氢酶表达量较高。同时陆封型香鱼的B一肌动蛋白、铁蛋白、氨基酰化酶、甲硫氨酸腺苷转移酶、过氧化物酶、丙氨酸乙醛酸转移酶和磷酸烯醇丙酮酸羧激酶则表达量较低。它们主要参与能量代谢、应激反应、氨基酸代谢等过程。由于wap65、HSP60和E13种蛋白在蛋白质组学结果中表达改变,且与应激和能量代谢有关,可能影响鱼类生长,因此采用荧光定量PCR（RT—PCR）验证陆封型和洄游型香鱼体肾wap65、HSP60和E1基因mR-NA表达差异,结果表明这3个基因mRNA表达均在陆封型香鱼体肾中较高,与蛋白质组学结果一致。综上,陆封型香鱼的几个糖酵解相关酶和应激蛋白表达量比洄游型香鱼高,而蛋白代谢相关酶表达量较低,揭示陆封型和洄游型香鱼在环境应激和能量代谢等层面有明显的差异。     

香鱼镉胁迫相关基因UraD的特征和表达分析

2-氧-4-羟基-4-羧基-5-脲基咪唑啉脱羧酶(UraD)是嘌呤代谢反应酶,目前鱼类UraD基因仅在斑马鱼等少数物种得到克隆分析。从香鱼克隆获得UraD的cDNA序列,全长为967 bp,编码一个由174 aa组成的分子量为19.6kDa的蛋白,等电点为5.42。系统进化树分析显示香鱼UraD位于鱼类UraD簇中,与爬行类和哺乳类的亲缘关系较远,香鱼与斑马鱼UraD的蛋白序列相似性最高达70%。香鱼UraD表达经过反转录PCR(RT-PCR)检测发现在香鱼肝、心和肠中具有较高表达。香鱼肝组织中UraD表达量经过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,发现镉胁迫下显著减少,香鱼UraD表达在盐度胁迫和鳗利斯顿氏菌感染下表达量保持不变。上述结果揭示香鱼UraD基因的基本特征,说明香鱼UraD基因表达与镉胁迫密切相关。     

关于中国香鱼分类地位的线粒体DNA基因序列分析

测定了辽宁和广东香鱼的Cytb基因序列,与GenBank中日本和韩国香鱼分子数据合并比较。结果表明11尾香鱼402个碱基序列中变异位点8个,信息简约位点有2个,A+T与G+C含量分别为51.4%和48.6%,转换/颠换比为4.9。运用Kimura-2parameter模型,采用邻接法构建的分子系统树,发现中国香鱼与日本和韩国香鱼聚类在一起,不同地理种群的香鱼均未单独分群,表明中国和日、韩香鱼亲缘关系相当近。根据日、韩香鱼的地理分布,推测所分析的辽宁和广东种群可能亦为香鱼指名亚种,但该推论尚需与琉球香鱼亚种的序列进行比较后才能确定。研究虽未发现辽宁香鱼和广东香鱼间存在明显的种群结构差异,但由于中国海域辽阔,生境多样,中国沿海是否会有其它种下群体发生,则需要采用进化速度适中的线粒体和核基因标记,对中国香鱼不同的地理种群进行广泛的大样本分析来确定。     

香鱼巨噬细胞炎性蛋白-2基因的克隆、序列分析及表达

巨噬细胞炎性蛋白-2(MIP-2)是一种重要的趋化因子,可趋化中性粒细胞到炎症部位,从而消除炎症反应。从香鱼巨噬细胞转录组测序中获得MIP-2基因,阅读框序列长为318个核苷酸,编码一个由105个氨基酸组成、相对分子质量为11.6kD的前体蛋白。N端19个氨基酸为信号肽序列。氨基酸序列分析表明,香鱼MIP-2与白斑狗鱼MIP-2的氨基酸同源性最高,为54%。健康香鱼MIP-2基因mRNA主要在脾、肾、脑、鳃中表达,在肝、心、肌肉、肠中表达量次之。实时荧光定量PCR结果显示,鳗利斯顿氏菌侵染香鱼后,各组织中MIP-2基因mRNA表达量均呈上调趋势。尤其以肾组织和肌肉组织中变化最显著。以上结果表明,香鱼MIP-2基因表达与鳗利斯顿氏菌的侵染密切相关,揭示了MIP-2可能在香鱼抗菌免疫反应中具有重要的作用。     

香鱼hepcidin基因的克隆、序列分析及组织表达特征

Hepcidin是一类富含半胱氨酸的抗菌肽,在鱼类非特异性免疫中起重要作用,具有调节铁代谢的功能。该研究克隆了香鱼hepcidin基因cDNA序列,全长763个核苷酸,包含一个完整的开放阅读框,推测编码一个由85个氨基酸组成的相对分子质量为9.7k的多肽,N端24个氨基酸是信号肽序列。香鱼hepcidin的成熟肽序列由25个氨基酸组成,含有8个半胱氨酸,可形成4个分子内二硫键结构。系统进化树分析表明,hepcidin的物种进化关系与目前接受的物种分类关系基本一致,香鱼hepcidin位于鱼类hepcidin簇中,与大西洋鲑hepcidin的亲缘关系最近,达60%。香鱼hepcidin在肝脏中表达量最大,在脾、肾、心脏和肌肉中也有表达。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明,鳗利斯顿氏菌(Listonella anguillarum)感染以后香鱼肝组织中hepcidin基因mRNA表达量显著增加,在12h增加了8.26倍。hepcidin基因可能在香鱼抗外界病原物感染过程中起重要作用。     

香鱼凝血因子X基因表达与鳗利斯顿氏菌感染的相关性

凝血途径的关键因子——凝血因子X(coagulation factor X,FX),是一种与免疫调控密切相关的维生素K依赖型丝氨酸蛋白酶.该研究克隆了香鱼(Plecoglossus altivelis) FX基因全长cDNA序列,它由1817个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,编码一个由453个氨基酸组成的相对分子质量为5.07×104的蛋白.香鱼FX与已知的哺乳动物FX的结构相似,N端24个残基为信号肽序列.序列比较表明,香鱼FX与斑马鱼FX的氨基酸同一性最高,为53％.在健康香鱼中,FX基因mRNA主要在肝组织中表达,脑和鳃中也有少量表达.实时荧光定量PCR分析揭示,鳗利斯顿氏菌感染后香鱼肝组织中FX基因mRNA表达显著上调,16h时达到5.43倍.通过原核表达系统表达了香鱼FX丝氨酸蛋白酶结构域,并制备了抗血清.Western blotting分析显示,鳗利斯顿氏菌感染后香鱼血清中FX含量显著增加,并随着时间延长上调倍数不断增大,在36h时达到3.68倍.据此,FX基因mRNA及蛋白的表达与鳗利斯顿氏菌感染香鱼的过程紧密相关,揭示它可能在鱼类抗细菌感染的免疫反应中起重要作用.     

辽宁碧流河香鱼资源的初步调查

香鱼(Plecoglossus altivelis T.& S.)是鲑形目香鱼科(Plecoglossidae)的鱼类(图1)。本科只有此一属一种。这是一种小形鱼类,一般体长20—30厘米,碧流河所产者生长良好,大的约重250克,小的也有100克。香鱼因栖息环境的不同,其成长情况亦有差别。如碧流河主流所产者就较支流葛鲁河所产者体形较大。香鱼喜生活在沿海较小的水质较清的河流里,分     

香鱼肌肉与免疫器官6种同工酶的表达

采用聚丙烯酰胺电泳方法,对香鱼(Plecoglossus altivelis)肌肉和肝脏、脾脏及肾脏3种免疫器官的6种与防御机能相关的同工酶的表达进行研究,共分析了SOD、POD、ACP、ALP、CAT、EST等6种同工酶的表达模式。结果表明,香鱼已经具有了完善的机体防御系统,肝脏和肾脏在香鱼的防御系统中发挥着十分重要的作用。本研究能为筛选具有较强抗病力和适应性的香鱼良种提供有价值的理论参考。     

香鱼精氨酸酶Ⅱ基因的cDNA克隆及其表达与鳗弧菌感染的相关性

精氨酸酶II(arginase II,Arg-II)是精氨酸酶的一种,不仅可以参与机体尿素循环,还与机体病理过程密切相关。通过香鱼(Plecoglossus altivelis)单核/巨噬细胞转录组测序获得香鱼Arg-II基因全长c DNA序列,结果表明,Arg-II基因由4 707个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,编码348个氨基酸,预测分子量为38.09 k D,等电点为6.15。氨基酸序列多重比对结果显示,香鱼Arg-Ⅱ具有典型的Arg-Ⅱ结构特征,与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Arg-Ⅱ同源性最高,为85.3%;系统进化树分析表明,鱼类Arg-Ⅱ形成一个大簇,香鱼Arg-Ⅱ与虹鳟Arg-Ⅱ进行相关性最高。实时荧光定量PCR(quantitive real-time PCR,q RTPCR)结果显示,香鱼Arg-Ⅱ基因m RNA主要在健康香鱼肝、脑、头肾和单核/巨噬细胞中表达;鳗弧菌(Vibrio anguillarum)感染后,香鱼肝、脑、头肾和单核/巨噬细胞Arg-Ⅱ基因m RNA的表达量显著上调。综上,香鱼Arg-Ⅱ基因的表达与鳗弧菌感染紧密相关,揭示其可能在鱼类抗感染免疫应答中发挥重要作用。     

香鱼RBP基因的克隆、组织表达特征及其与盐度应激相关的表达分析

血浆视黄醇结合蛋白(Retinol binding protein,RBP)是体内将视黄醇从肝脏转运至靶组织的特异载体蛋白。最近研究发现在盐度升高时肾脏RBP蛋白表达量下降。为了进一步研究香鱼RBP基因mRNA和蛋白表达与盐度应激相关性,从香鱼、肝脏cDNA文库中获得RBP基因cDNA序列。香鱼RBP基因mRNA在肝脏中表达量最高,肾、肠、脑和鳃中表达次之。实时荧光定量RT-PCR结果显示,盐度升高时,RBP基因mRNA表达在不同组织中呈不同下降趋势,其中渗透压调节相关组织鳃、肾中,表达量下降最显著。Western blot实验证实,盐度升高时,香鱼血清RBP蛋白表达量也显著下降。揭示了RBP可能在香鱼盐度适应中有重要作用。     

基于eDNA技术的长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区重庆段鱼类多样性研究

利用环境DNA宏条形码(environmental DNA metabarcoding;eDNA metabarcoding)检测长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区重庆段鱼类多样性,探索适用于长江鱼类多样性监测和保护的新方法,为后期长江"十年禁渔"效果评估提供一定的基础资料.研究于2021年3月在保护区重庆段共设置6...     

汉江中下游水文特点与渔业资源状况

通过对汉江中下游水文特点和渔业资源状况的研究,分析了该区域水文与饵料生物、渔业资源的关系。结果表明:汉江中下游中段的水文变化趋势适宜于产漂流性卵鱼类的繁殖;由于水文状况,汉江中下游的鱼类生长与繁殖季节晚于长江干流;4—6月的水文状况适宜下游江段饵料生物的生长;汉江中下游的饵料生物丰富,为鱼类的生长与繁殖提供了良好条件;汉江下游主要经济鱼类年龄组成简单,种群中以小型鱼类为主。     

长江江豚野外健康状况的调查

对铜陵江段捕获的7头长江江豚（Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)进行了体征与血液学分析。结果表明,健康的个体有2头,2头个体有明显的病变,余者营养不良,患不同程度的贫血症。这可能与长江渔业资源日趋枯竭有关。     

MOTU analysis of ichthyoplankton biodiversity in the upper Yangtze River,China

Identification of ichthyoplankton is difficult because fish during early life stages often lack stable morphological characteristics; such difficulty in species identification can be a major hindrance in conducting ichthyoplankton surveys for fish biodiversity investigations. Here, we evaluated the feasibility of a molecular operational taxonomic unit (MOTU) approach for ichthyoplankton investigations, and describe fish biodiversity in the Jinshajiang section of the upper Yangtze River, China. The MOTUs were established by grouping specimens diverging less than 1.00% Kimura two‐parameter (K2P) distance units from their nearest neighbor within the same MOTU, based on previous work on between‐species divergences of the mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I (COI) gene. Taxonomic assignment of the MOTUs was performed by comparing the MOTU sequences with the COI sequences of taxonomic species. Sixty‐eight MOTUs were inferred from 818 COI sequences of ichthyoplankton in the Jinshajiang river section. Among those, one MOTU was composed of two identified taxonomic species, and each of the other MOTUs was linked to a single, identified taxonomic species. Only 26 MOTUs were successfully identified to taxonomic species due to the limited reference database. Our results demonstrate that the MOTU approach can be applied successfully for analyzing biodiversity and identifying species of freshwater ichthyoplankton. Compared with previous ichthyoplankton investigations the richness of ichthyoplankton was very high. High diversity of ichthyoplankton noted in our study suggests that the Jinshajiang section should be an important target for fish biodiversity conservation in the Yangtze River.     

基于水声学频差技术的镇江长江豚类省级自然保护区鱼类资源时空特征

为掌握镇江长江豚类省级自然保护区鱼类资源现状,于2020年春季(4月)和秋季(9月)利用水声学频差技术和网具调查方法同步开展鱼类资源调查,评估调查江段鱼类资源时空特征。水声学调查结果表明,调查江段鱼类资源密度均值为(0.094±0.183)尾/m²,鱼类单体目标强度(Target strength, TS)均值为–(57.33±5.69) dB,主要分布在–62.5—–50.5 dB,随着水深的增加, TS逐渐增大;网具调查结果表明,调查江段共采集鱼类758尾、53.53 kg,鉴定鱼类种类达48种,其中以鲤形目(Cypriniformes)鱼类占优,中上层鱼类群体数量和质量占比分别为36.15%和66.12%,长江江豚饵料鱼类(体长小于20 cm、体高小于6 cm、体重小于100 g的中上层鱼类)数量和质量占比分别为23.22%和8.72%。在时间特征上, 4月和9月鱼类资源密度差异不显著(P>0.05), 4月鱼类TS均值小于9月,且4月鱼类平均规格小于9月。在空间特征上,鱼类资源主要分布于和畅洲北汊和焦北滩附近水域,中上层鱼类资源相对较多,且4月鱼类资...     

长江中游宜昌江段鱼类早期资源现状及水文影响条件

为了解长江中游鱼类的早期资源现状, 2017年和2018年5—7月在长江干流宜都断面开展鱼类早期资源调查, 采样网具包括弶网和圆锥网。调查期间共采集鱼卵21120粒和仔鱼2123尾。利用形态学和分子生物学等方法, 鉴定鱼类5目9科37种。其中, 鱼卵有29种, 仔鱼有27种。2017年和2018年通过宜都断面的鱼卵径流量分别为124.45×108粒和101.07×108粒, 优势种为四大家鱼和贝氏?(Hemiculter bleekeri); 仔鱼径流量分别为16.43×108尾和8.29×108尾, 优势种为贝氏?和寡鳞飘鱼(Pseudolanbuca engraulis)。根据发育期和流速分析, 四大家鱼鱼卵来源于三峡大坝下游至宜都断面之间的产卵场, 仔鱼来源于三峡大坝以上的产卵场。与2009—2010年相比, 2017—2018年通过宜都断面的鱼卵径流量增大了85.3%, 尤其是四大家鱼的鱼卵径流量与2005—2012年相比增加了约13倍。冗余分析(Redundancy Analysis, RDA)结果显示, 流量和流量日变化对产漂流性鱼卵密度有影响。研究结果表明, 2017—2018年仍有大量的鱼卵和仔鱼补充到长江中游江段。与历史数据相比, 三峡大坝下游宜昌江段鱼类产卵规模有明显的增加, 可能与长江中游四大家鱼亲鱼增殖放流和生态调度等保护措施的实施有关。为了更加有效地保护长江中游的鱼类资源, 建议除了已经逐步实施的长江全面禁渔措施之外, 还应恢复江湖连通, 保护和修复长江中游河漫滩生境, 继续开展重要经济鱼类亲本放流, 以及开展生态调度。     

长江上游特有种长鳍吻鮈种群数量和资源利用评估

长鳍吻鮈(Rhinogobio ventralis)为长江上游特有种, 由于过度捕捞和大坝建设, 其种群生存受到极大威胁。为了解三峡工程蓄水后、金沙江一期工程蓄水前该物种的种群动态, 作者利用2007-2009年长江上游江津和宜宾江段调查获取的体长频率数据, 评估了其生长和死亡参数、种群数量及资源利用情况。结果表明, 长江上游长鳍吻鮈渔获群体体长范围为52-250 mm, 体重范围为2.7-307.2 g, 平均体长为150.8 ± 40.7 mm, 平均体重为72.3 ± 49.7 g。江津江段长鳍吻鮈平均体长(168.6 ± 29.5 mm)显著大于宜宾江段(125.6 ± 41.2 mm)。长鳍吻鮈体长-体重关系为: W = 6.06 × 10^-6L^3.20 (R² = 0.98, P < 0.01, n = 436)。由体长频率法拟合出渐近体长(L_∞)为338 mm, 生长系数(k)为0.24/yr。由Pauly公式、Gunderson和Dygert公式、Jensen公式等3种方法估算出其平均自然死亡系数为0.43。由长度转渔获物曲线估算出江津和宜宾江段长鳍吻鮈的总死亡系数分别为2.26和2.09。江津和宜宾江段长鳍吻鮈资源开发率分别为0.81和0.79, 已超过由Beverton-Holt动态综合模型估算出的最大开发率0.57和0.62。由体长实际种群分析估算出2007、2008和2009年江津江段长鳍吻鮈种群数量分别为68,247、67,432和176,266尾, 平均为103,982尾; 宜宾江段种群数量分别为22,953尾、46,340尾和34,021尾, 平均为34,438尾, 表明江津江段种群数量高于宜宾江段。长鳍吻鮈资源已被过度开发, 建议加强种群动态监测, 延长禁渔期及开展栖息地修复等措施保护这一特有物种。     

利用耳石日轮技术研究长江中游草鱼幼鱼的孵化期及生长

根据耳石日轮对2004年采自洞庭湖和新滩口江段的草鱼幼鱼进行日龄(D)鉴定,孵化时间推算以及生长的研究。草鱼幼鱼所有样品体长(BL,mm)生长方程为BL=-53.4195 3.1650D,体重(W,g)生长方程为W=0.9816 e0.0633D,体长体重相关方程为W=0.00001BL3.1003。孵化时间最早为5月14日,最晚为7月11日,主要集中在5月下旬和6月份。研究发现三峡大坝在139m水位运行后长江中游仍有草鱼产卵,最早繁殖时间稍晚于历史记录。     

长江湖口段春夏季仔稚鱼群落结构研究

湖口江段连通长江与鄱阳湖, 是诸多鱼类的洄游通道, 在长江鱼类的繁衍生息中发挥重要功能。研究于2016年5月—8月在长江中下游鱼类繁殖期内对湖口江段系统开展鱼类仔稚鱼资源的调查, 研究分析了该江段仔稚鱼群落组成、优势种、密度变化、时间空间分布及其与环境因子的关系。结果表明:88d连续采样共鉴定出隶属于8目12科39个仔稚鱼类群, 其中37个类群鉴定到种, 1个类群鉴定到亚科, 1个类群鉴定到科。贝氏?(Hemiculter bleekeri)为该江段仔稚鱼的第一优势种, 其余优势种有虾虎鱼科(Gobiidae)、鳊(Parabramis pekinensis)和飘鱼(Pseudolaubuca sinensis)。仔稚鱼密度在7月1日达到峰值, 峰值为1230.77 ind./100 m3; 7月1日至8月15日仔稚鱼密度整体呈波动性下降的趋势。时间尺度的聚类将6个时期分为5月下旬—7月上旬与7月下旬—8月上旬2个群组, 贝氏?、翘嘴鲌和刀鲚等在6月下旬达到峰值; 鳊、四大家鱼和鳜等在7月上旬达到峰值。江段断面上南北近岸采样点仔稚鱼密度高于断面中心。使用冗余分析方法(RDA)分析了仔稚鱼密度与环境因子的关系, 发现水温、透明度、流量均为影响仔稚鱼群落结构的主要环境因子。水位与仔稚鱼密度相关性分析表明, 两者呈极显著相关(P<0.01)。研究表明, 湖口江段鱼类早期资源较为丰富, 仔稚鱼群落结构主要以中小型鱼类为主, 且江湖洄游性鱼类占比较高; 仔稚鱼对各环境条件有着不同适应特点, 仔稚鱼与水温、透明度、流量均呈现出不同程度的相关关系。研究结果补充了湖口江段鱼类早期资源的基础资料, 为长江中下游鱼类资源保护策略的制定提供了科学依据。     

基于鱼类物种状况的长江生态环境质量评估

鱼类是水域生态系统的重要组成部分, 也是水域生态环境良好的指示类群。为合理评估长江生态环境的现状和变化趋势, 文章提出将土著鱼类物种数和珍稀特有鱼类物种数作为评价指标, 并建立了相关的评价基准和等级划分标准。以2010年和2020年为评价年, 评估了长江干流及代表性重点水域的生态环境质量。结果显示, 当前长江上游干流和下游干流的生态环境质量优于中游; 支流赤水河的生态环境质量良好, 大型湖泊鄱阳湖的生态环境质量中等。从时间上看, 随着长江十年禁渔等一系列保护措施的实施, 长江干流的生态环境质量有不同程度地好转。在此基础上, 提出了进一步改善长江生态环境的对策与建议。