基于 DArT 标记的三疣梭子蟹地理种群遗传多样性分析

三疣梭子蟹是中国重要的水产养殖动物。目前,其养殖业的蟹苗主要还是依靠野生资源,但种质（生长速度、肌肉品质和抗病性）退化现象严重,因此迫切需要了解个体、种群和物种遗传多样性。报道了一种检测三疣梭子蟹多样性芯片技术（diversityarraystechnology,DART）。DArT技术采用芯片可同时检测数百个基因座,即使没有基因组DNA序列信息也可以分析遗传多态性。采用了风tL／TaqI复杂性降低方法,多态性效率为12．5％。利用多样性芯片杂交获得313个DArT标记。这些DArT标记用于点制多态性富集芯片,DArT标记具有较高的多态性信息含量（polymorphisminformationcontent,PIC）。最后根据0／1矩阵获得UPGMA系统进化树,结果表明样品间的遗传多样性与文献报道一致。芯片质量检测中包括赋值重复性为99．1％,同一样品不同个体间的差异不显著,其差异介于0．7％～1．6％。研究表明,DArT技术具有高通量和低成本的显著特点,该技术可为三疣梭子蟹资源保护和良种选育提供支持。     

梅氏新贝尼登虫热休克蛋白60基因的克隆、序列分析及应激表达分析

热休克蛋白60(HSP60)是一种维持线粒体蛋白正常结构和功能的分子伴侣。该文克隆了梅氏新贝尼登虫HSP60基因cDNA序列(NmHSP60),并采用荧光定量RT-PCR和Western blot研究其在不同温度和盐度下的表达变化。以25℃为参照,18℃时,NmHSP60在虫卵和成虫中均表达下调;而32℃时,在成虫中表达上调。以盐度24为参照,盐度18时,NmHSP60在成虫中表达下调;盐度30时,在虫卵中表达上调。该结果揭示NmHSP60可能在梅氏新贝尼登虫应对环境应激中起重要作用。     

花鲈Wap65-2基因的克隆、理化性质及其表达与哈维氏弧菌感染的相关性

Wap65-2(warm temperature acclimation related 65 kDa protein-2)是鱼类中发现的一种血浆糖蛋白,与细菌感染性免疫应激紧密相关。该研究首次克隆了花鲈Wap65-2基因全长cDNA序列。它由1601个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,预期编码一个由436个氨基酸组成、相对分子质量为4.87×104的前体蛋白,N端19个残基为信号肽序列。序列和系统进化树分析表明,花鲈Wap65-2与欧洲海鲈进化关系最近,两者氨基酸同源性高达80.7%。健康花鲈Wap65-2基因mRNA主要在肝中表达,心和肌肉中少量表达。qRT-PCR分析揭示,哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)感染感染12h后,花鲈肝中Wap65-2基因mRNA表达显著上调,24h时达到峰值,为健康对照的6.89倍。原核表达花鲈Wap65-2并制备抗血清。Western blot分析表明,哈维氏弧菌感染12h后,花鲈血清中Wap65-2含量显著增加,36h时达到最大值,为健康对照的5.33倍。综上所述,花鲈Wap65-2基因的表达与其细菌感染性免疫应激紧密相关。     

香鱼巨噬细胞炎性蛋白-2基因的克隆、序列分析及表达

巨噬细胞炎性蛋白-2(MIP-2)是一种重要的趋化因子,可趋化中性粒细胞到炎症部位,从而消除炎症反应。从香鱼巨噬细胞转录组测序中获得MIP-2基因,阅读框序列长为318个核苷酸,编码一个由105个氨基酸组成、相对分子质量为11.6kD的前体蛋白。N端19个氨基酸为信号肽序列。氨基酸序列分析表明,香鱼MIP-2与白斑狗鱼MIP-2的氨基酸同源性最高,为54%。健康香鱼MIP-2基因mRNA主要在脾、肾、脑、鳃中表达,在肝、心、肌肉、肠中表达量次之。实时荧光定量PCR结果显示,鳗利斯顿氏菌侵染香鱼后,各组织中MIP-2基因mRNA表达量均呈上调趋势。尤其以肾组织和肌肉组织中变化最显著。以上结果表明,香鱼MIP-2基因表达与鳗利斯顿氏菌的侵染密切相关,揭示了MIP-2可能在香鱼抗菌免疫反应中具有重要的作用。     

虹鳟LECT2的酵母表达、纯化及生物活性分析

白细胞衍生趋化因子2 (leukocyte cell-derived chemotaxin 2,LECT2)是一个参与多种生理和病理过程的分泌型细胞因子.该文采用毕赤酵母表达体系分泌表达虹鳟LECT2,用阳离子交换柱结合分子筛层析方法分离纯化目的蛋白,并获得纯度为96％,得率为120 mg/L的重组虹鳟(Oncorhynchus mykiss)LECT2酵母培养物.生物学活性验证表明该重组蛋白能趋化虹鳟头肾来源的巨噬细胞,增强其呼吸爆发和杀菌能力,并改变其细胞因子等基因的表达.综上,该实验建立了一种快速有效的虹鳟LECT2活性重组蛋白的制备方法,为后续相关蛋白的功能研究奠定了基础.     

香鱼RBP基因的克隆、组织表达特征及其与盐度应激相关的表达分析

血浆视黄醇结合蛋白(Retinol binding protein,RBP)是体内将视黄醇从肝脏转运至靶组织的特异载体蛋白。最近研究发现在盐度升高时肾脏RBP蛋白表达量下降。为了进一步研究香鱼RBP基因mRNA和蛋白表达与盐度应激相关性,从香鱼、肝脏cDNA文库中获得RBP基因cDNA序列。香鱼RBP基因mRNA在肝脏中表达量最高,肾、肠、脑和鳃中表达次之。实时荧光定量RT-PCR结果显示,盐度升高时,RBP基因mRNA表达在不同组织中呈不同下降趋势,其中渗透压调节相关组织鳃、肾中,表达量下降最显著。Western blot实验证实,盐度升高时,香鱼血清RBP蛋白表达量也显著下降。揭示了RBP可能在香鱼盐度适应中有重要作用。     

香鱼镉胁迫相关基因UraD的特征和表达分析

2-氧-4-羟基-4-羧基-5-脲基咪唑啉脱羧酶(UraD)是嘌呤代谢反应酶,目前鱼类UraD基因仅在斑马鱼等少数物种得到克隆分析。从香鱼克隆获得UraD的cDNA序列,全长为967 bp,编码一个由174 aa组成的分子量为19.6kDa的蛋白,等电点为5.42。系统进化树分析显示香鱼UraD位于鱼类UraD簇中,与爬行类和哺乳类的亲缘关系较远,香鱼与斑马鱼UraD的蛋白序列相似性最高达70%。香鱼UraD表达经过反转录PCR(RT-PCR)检测发现在香鱼肝、心和肠中具有较高表达。香鱼肝组织中UraD表达量经过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测,发现镉胁迫下显著减少,香鱼UraD表达在盐度胁迫和鳗利斯顿氏菌感染下表达量保持不变。上述结果揭示香鱼UraD基因的基本特征,说明香鱼UraD基因表达与镉胁迫密切相关。     

宁海地区香鱼弧菌病病原菌鉴定

摘要：【目的】香鱼弧菌病对中国沿海地区的香鱼养殖业造成了巨大的危害,然而,病原不明导致了防治上的许多问题。本文鉴定了引起宁海地区香鱼爆发性弧菌病的病原。【方法】采用TCBS平板分离优势菌;采用回归感染试验确认病原菌,采用改进的寇氏法计算LD50;采用形态学观察、生理生化特征测定、细菌特异性引物PCR扩增检测及细菌16S rRNA和金属蛋白酶（MP）基因序列分析鉴定细菌;采用药敏实验测定它对部分抗生素的敏感性。【结果】分离并鉴定优势菌株ayu-H080701为宁海地区香鱼弧菌病的病原菌,它对香鱼的半致死量为1.2×104 CFU。形态学观察和生理生化特征测定表明,ayu-H080701与鳗利斯顿氏菌最为接近。PCR扩增检测表明,细菌16S rRNA 基因通用引物和鳗利斯顿氏菌MP基因特异引物均能扩增到预期大小的特异性条带。ayu-H080701与鳗利斯顿氏菌16S rRNA基因核苷酸序列同源性最高,为99.4%～99.5%,与同属的海弧菌和美人鱼发光杆菌分别为94.3%和91.9%;ayu-H080701与鳗利斯顿氏菌MP氨基酸序列同源性高达97.6%～98.8 %,与其它弧菌科成员则低于75.6 %,系统进化树分析也揭示ayu-H080701与鳗利斯顿氏菌进化相关性最高。【结论】引起宁海地区香鱼弧菌病的菌株ayu-H080701被鉴定为鳗利斯顿氏菌。     

香鱼 HMGB1克隆、序列分析及表达特征

高迁移率族蛋白B1（High mobility group box protein 1, HMGB1）属于晚期细胞因子,与炎症反应相关。为研究香鱼HMGB1在鳗利斯顿氏菌感染引起的炎症反应中的作用,采用随机测序从肝脏组织cDNA文库中获得HMGB1基因,全长1233 bp,编码一个由204个氨基酸组成的23.3 kDa的蛋白。分析表明,该蛋白与胡瓜鱼HMGB1蛋白同源性最高。健康香鱼HMGB1基因在肌肉、脑和肝脏组织中表达量最高,而在鳃和肠中几乎不表达。 qRT-PCR表明,鳗利斯顿氏菌感染过程中,香鱼肌肉、脑和肝脏组织中HMGB1基因表达显著上调,分别在72、48 h达到峰值。原核表达香鱼HMGB1重组蛋白并制备抗血清,Western blot显示,抗血清能与目的蛋白起特异性反应,能用于研究HMGB1蛋白表达变化,进一步揭示HMGB1基因与鳗利斯顿氏菌感染引起的炎症晚期反应相关性。     

香鱼TGF-β1基因的克隆及其表达与鳗利斯顿氏菌感染的相关性

通过转录组测序的方法,获得香鱼的TGF-β1基因序列,由1134个核苷酸组成,包括一个大的开放阅读框,编码成377个氨基酸组成的前体蛋白,分子量大小为43 kDa,等电点为8.72。N端前19个氨基酸为信号肽,成熟肽由C末端112个氨基酸组成,分子量大小为12.5 kDa。序列比对表明香鱼与虹鳟同源性最高,前导肽为72%,成熟肽为93%。在健康香鱼中,TGF-β1基因在肝、脾、肾、脑、肌、肠、鳃、心组织中均有表达,在肾组织中表达量最高。鳗利斯顿氏菌侵染香鱼组织后,各组织中的TGF-β1基因mRNA表达量均显著上调,肾组织中变化最为显著,注射12h时为对照组的14.5倍。构建了原核表达质粒pET-28a-TGF-β1,并制备了多克隆抗血清,能与目的蛋白TGF-β1起特异性反应,但不与细菌蛋白自身反应。以上结果表明,香鱼TGF-β1基因表达变化与鳗利斯顿氏菌的侵染相关,揭示了TGF-β1可能在鱼类抗细菌的急性期免疫应答过程中发挥作用。