16S/18S/ITS扩增子高通量测序引物的生物信息学评估和改进

【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新,针对不同的环境样本的引物选择和改进仍然需要更深入的校验。【方法】本文收集了目前在微生物群落研究中被广泛采用的标记基因扩增通用引物,包括16S rRNA基因扩增常用的8对通用引物和2对古菌引物、9对真菌转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因扩增引物,以及18S rRNA基因扩增的4对真核微生物通用引物和1对真菌特异性引物。这些引物中包括了地球微生物组计划(Earth Microbiome Project,EMP)推荐的2对16S rRNA基因扩增引物、1对ITS1基因扩增引物和1对18S rRNA基因扩增引物。采用最近更新的标准数据库对这些引物进行了覆盖度和特异性评价。【结果】EMP推荐的引物依然具有较高的覆盖度,而其他引物在覆盖度及对特定环境或类群的特异性上也各有特点。此外,最近有研究对这些通用引物进行了一些改进,而我们也发现,一个碱基的变化都可能会导致评价结果或扩增产物发生明显变化,简并碱基的引入既可以覆盖更多的物种,但同时也会在一定程度上降低关注物种的特异性。【结论】研究结果为微生态研究中标记基因的引物选择提供了一个广泛的指导,但在关注具体科学问题时,引物的选择仍需数据指导与实验尝试。     

恒pH葡萄糖流加方法培养重组大肠杆菌生产人肿瘤坏死因子-α及其动力学研究

研究了一种新型的流加方法──恒pH流加葡萄糖法,用于培养重组大肠杆菌生产人肿瘤坏死因子-α。流加后培养液中菌体OD(600)达到9．0,是在LB培养基培养的15倍,而α-肿瘤坏死因子的比活保持（1．05±0．11）×105u/mg,并建立了菌体生长的动力学方程。     

高山红景天细胞悬浮培养中红景天甙生物合成代谢调控Ⅱ：真 …

考察了６种真菌诱导物对高山红景天（Ｒｈｏｄｉｏｌａ ｓａｃｈａｌｉｎｅｎｓｉｓ,Ｂｏｒ）细胞生长与红景天甙积累的影响。其中以黑曲霉诱导物效果最好。在细胞培养初期添加浓度为４０ｍｇ（ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ）Ｌ的黑曲霉诱导物能使培养细胞中红景天甙含量提高到０．９９５％。前体与诱导物调控组合运用最终使红景天甙产量达到１６７．４ｍｇ／Ｌ,是对照培养的３．８倍。另外,对真菌诱导物的作用机理也进行了探讨,真     

定向合成化学配基亲和层析纯化碱性磷酸酶

设计合成一种含有碱性磷酸酶抑制剂－对氨基苄基磷酸的化学配基并将其耦联到琼脂糖凝胶上,制备出新型的亲和层析介质,分离纯化从小牛肠中提取的碱性磷酸酶。经过对不同配基浓度吸附剂碱性酸酶吸附容量的考察,确定配基浓度为６μｍｏｌ／ｇ的吸附剂具有最高的酰选择性。     

球孢白僵菌侵染的柞蚕蛹体壁和脂肪体组织病理观察

【目的】探究球孢白僵菌Beauveria bassiana穿透柞蚕Antheraea pernyi蛹体壁和侵染其脂肪体的过程,进一步明确其对柞蚕蛹的致病机理。【方法】利用扫描电镜技术观察球孢白僵菌穿透柞蚕蛹体壁的病理变化,并运用透射电镜技术观察球孢白僵菌侵染的柞蚕蛹脂肪体的病理变化。【结果】扫描电镜观察结果显示:在球孢白僵菌侵染柞蚕蛹体表过程中,分生孢子主要侵染气门、刚毛根部和头部与胸部的节间膜等部位。分生孢子除了从气门、刺突、头部和胸部的节间膜进入体内以外,也可以直接穿透厚而坚硬的体壁进入体内。透射电镜观察结果显示,脂肪体中,球孢白僵菌首先侵染细胞器(线粒体除外),然后再侵染脂肪滴。被侵染的脂肪滴颜色变浅,表面出现许多孔洞,变形,分裂成小的脂肪滴进而完全被侵蚀。蛹僵硬时,脂肪体细胞完全被破坏,只观察到芽生孢子和菌丝。【结论】柞蚕蛹经体表侵染和注射侵染球孢白僵菌处理后,蛹的体壁和脂肪体两组织都发生了明显的病理变化。     

戊糖乳杆菌发酵培养基氮源条件的优化

对戊糖乳杆菌发酵培养基的氮源条件进行了优化。通过单因素实验及响应面分析优化利用木糖高产乳酸的戊糖乳杆菌发酵培养基的不同氮源组合。优化得到的牛肉膏与柠檬酸氢二铵复合的最佳组成为牛肉膏17.72 g/L,柠檬酸氢二铵1.91 g/L,得到乳酸实际最大产量42.37 g/L。添加玉米浆与酵母粉和无机氮源复合的最佳组成为玉米浆46.54 g/L,酵母粉21.95 g/L,柠檬酸氢二铵9.95 g/L,可得到乳酸最大产量41.06 g/L。通过响应面优化减少了有机氮源的种类。牛肉膏与柠檬酸氢二铵的复合得到了更高的乳酸产量,且减少了有机氮源用量,节约了成本。玉米浆与酵母粉的复合解决了单一玉米浆造成的木糖利用速率过低的问题,同样得到较高浓度的乳酸。     

虚拟筛选与新药发现

虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术,近年来引起了研究机构和制药公司的高度重视,并且已经成为一种与高通量筛选互补的实用化工具,加入到了创新药物研究的工作流程(pipeline)中。本文介绍国际上虚拟筛选及其在创新药物发现中应用的研究进展,特别介绍了我国这方面研究的状况。     

葛根素对帕金森病细胞模型的保护作用研究

目的:研究葛根素对帕金森病细胞模型的保护作用及其具体的作用机理.方法:用0.16mM的MPP+处理PC12细胞48h建立帕金森病细胞模型.实验分为对照组、损伤组和保护组,损伤组用MPP+(0.16mM)处理PC12细胞;保护组用葛根素提前预处理PC12细胞1h,后加MPP+.检测PC12细胞存活率、Caspase-3活性及ERβ的转录活性.结果:葛根素能够抑制caspase-3的激活,且其依赖于ERβ的表达,雌激素受体拮抗剂ICI182,780可阻断上述效应;其次葛根素可提高ERβ的转录活性.结论:葛根素对MPP+诱导损伤的PC12细胞具有抗细胞凋亡的保护作用,且具体的作用机理可能依赖于ERβ介导的经典的基因组作用模式.     

区域选择性改性的纤维素和壳聚糖衍生物及其血液相容性

通过对纤维素和壳聚糖的区域选择性改性,将内皮细胞表面硫酸乙酰肝素（ES—HS）分子结构中对其血液相容性有重要影响的官能团引入纤维素和壳聚糖的分子结构中,并将其通过离子键固定在部分阳离子化的纤维素膜上,以期模拟ES—HS的血液相容性。血小板吸附结果表明,6位改性的纤维素衍生物的吸附程度较高。在五种壳聚糖衍生物中,2位的NS03／NAc为6／4的衍生物表现出最低的血小板吸附。当保持壳聚糖2位的NS03／NAc值不变时,对6位进行完全磺酸酯化,也可有效减少血小板的吸附。