林麝及马麝SRY基因片段克隆及其在系统进化分析中的应用

根据已报道的偶蹄目动物并参照人和狗SRY基因碱基序列设计一对简并引物,以林麝(Moschus berezovskii)及马麝(M．chrysogaster)基因组DNA为模板,通过PCR扩增出SRY基因CDS区。克隆的林麝及马麝SRY基因片段经测序,其长度为684bp。从父亲遗传角度出发,利用GenBank中收录的18种偶蹄目SRY基因,用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)分别构建了鹿科、牛科和麝科的系统进化树。聚类树显示麝形成一个单系,支持麝作为独立一科的观点。     

原麝和林麝冬夏两季粪便真菌菌群多样性

肠道微生物群对宿主健康的影响取决于饮食环境和宿主等因素.本研究通过Illumina MiSeq平台对冬、夏两季林麝和原麝粪便真菌ITS1区段进行测序,探究原麝和林麝肠道真菌菌群结构特性及季节因素对其多样性的影响.结果 表明,林麝和原麝肠道真菌组成中子囊菌门Ascomycota均为优势菌门,它们的相对丰度随物种和季节因素...     

陕西凤县林麝的冬、春季食性的初步研究

利用粪便显微组织分析法对陕西凤县野生林麝冬季和春季的食性进行了研究.结果表明:林麝冬季主要取食常绿或半常绿灌木和乔木的落叶,经检验确认的有14科16种;春季主要以当年生枝条以及非禾草类草本植物为食,共确认17科18种.其中黄瑞香Daphne giraldii和色木槭Acer mono分别为冬季和春季主要食物,分别占该季食物的20.51%和11.16%.另外,林麝也取食禾草类植物,取食量从冬季的3.01%上升至春季的9.02%.     

四川盆地西北缘林麝种群密度及保护与利用

1986年10月-1987年5月在四川盆地西北缘,利用粪堆计数法,对保护区和非保护区的4种不同生境及不同海拔区间林麝种群密度进行了调查研究。得到保护地区原生林、次生乔木林、次生灌木林、人工林4种生境中林麝种群密度(M±SE)分别为3.94±1.57、1.55±0.23、0.61±0.22、0.00头/平方公里,其中最佳生境林麝密度为9.88头/平方公里;非保护地区次生乔木林中林麝种群密度(M±SE)为0.15±0.09头/平方公里,非常显著地低于保护地区次生乔木林(P<0.005),此区已丧失了利用价值。按年平均增长率49.80%计算,在无任何人为猎取的情况下,要恢复到1.5-2.5头/平方公里(正常栖息密度),约需6-7年。而后,可按每年自然繁殖总量的60%或总数量的20%猎取。同时得到决定林麝水平分布的关键因子是植被类型、乔灌木密度及基底硬度;决定林麝垂直分布的主要因子是植被垂直分布和人为干扰程度。     

健康与腹泻林麝肠道菌群的多态性

目的分析圈养状态下正常林麝和腹泻林麝粪便菌群的组成差异,找到能够影响肠道总菌群稳态的标志菌,为减少林麝腹泻提供防治新策略。方法测序分析54只健康林麝(正常组)和18只有腹泻症状的林麝(腹泻组)肠道菌群总DNA中16S rRNA基因V3-V4区,注释微生物种类和数量。计算Chao1、Ace、Shannon和Simpson等多样性指数,进行聚类分析。结果正常组和腹泻组之间共有的可操作分类单元(OTUs)2 366个,正常组特有的OTUs 409个,腹泻组特有的OTUs 150个。按组计算α多样性指数,结果表明腹泻组Chao1指数(1 352.766±75.497,t=10.798 7,P0.000 1)、Ace指数(1 381.480±75.937,t=11.037 5,P0.000 1)均高于正常组(1 126.655±81.090,1 149.175±81.370),Shannon指数(6.839±0.546,t=1.810 3,P=0.053 0)、Simpson指数(0.937±0.041,t=3.644 4,P0.000 1)均低正常组(7.097±0.448,0.974±0.025)。通过Wilcoxon秩和检验,MRPP分析计算比较值A为0.072 4,组间差异大于组内差异(Significance=0.01),差异有统计学意义。2组门水平上比较,找到5个差异物种,分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、放线菌门(Actinobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)和黑水仙菌门(Melainabacteria)。属分类水平上,找到差异物种23个,其中有代表性的物种为拟杆菌属(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)、不动杆菌属(Agathobacter)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、根瘤菌属(Rhizobiaceae)和黄金杆菌属(Chryseobacterium)。结论腹泻发生时,林麝的肠道菌群丰富度和多样性有所下降,菌群总量显著增加。拟杆菌门物种丰富度极显著性减少的同时,作为潜在致病菌标志的变形菌门(Proteobacteria)比例上升,Chryseobacterium数量极显著升高,研究结果丰富了对林麝腹泻基于肠道菌群变化的认识。     

陕西省林麝mtDNA D-loop区序列结构和种群遗传多样性

林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调查了陕西省林麝1个圈养种群3个野生种群线粒体DNA(mt DNA)D-Loop 632 bp片段的遗传多样性和种群结构。在69个个体中其碱基组成为A+T的平均含量63.2%高于G+C含量36.8%,共检测到变异位点171个(约占总位点数的27.05%)。核苷酸多样性(Pi)为0.04424,平均核苷酸差异数(K)为19.908。69个个体分属32个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.070。32个单倍型构建的NJ系统树聚为3个分支,4个林麝群体中的单倍型是随机分布的。4个群体的平均遗传距离为0.043(标准误SE为0.005),凤县养殖场群体与留坝和陇县群体的亲缘关系较远。单倍型间的平均遗传距离为0.043,可见其遗传分化尚未达到种群分化的水平。结果表明,陕西省林麝群体mt DNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,凤县野生群体和凤县养殖场群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,养殖场种群没有出现近亲繁殖及遗传多样性下降的情况。凤县野生群体和凤县养殖场群体两者遗传分化较小,存在着较高的基因流水平。     

林麝复合微生物制剂的研制

本研究采用林麝肠道分离的3株乳酸菌研制一种复合微生态制剂,对复合微生态制剂进行了不同配比的选择、昆明小鼠安全性试验、活菌数的监测和林麝的应用。结果显示:作为最优配比的复合微生态制剂C(S2∶S3∶MRS2-2=1∶1∶2),安全性试验结果显示其未引起小白鼠机体的不良反应;在14 d时,储存温度为-20℃下复合微生态制剂的活菌数降至1.43E+08 CFU/m L;用复合微生态制剂C治疗林麝肠道致病性大肠杆菌感染的昆明小鼠,结果显示微生态制剂组肠道乳酸菌显著大于空白组和感染组(P0.05),复合微生态制剂治疗腹泻林麝,治愈率为50%。本试验首次研制了一种林麝复合微生态制剂,对于提高林麝人工养殖的存活率有指导意义。     

林麝肺源致病性大肠杆菌O因子血清型鉴定及部分耐药基因的PCR检测

为调查林麝肺源致病性大肠杆菌O因子血清型以及相关耐药基因的流行状况,本试验采用玻板凝集反应法进行O因子血清型鉴定;同时用PCR方法检测耐药基因。结果显示:O血清型定型的有16株菌,分别属于9个不同的血清型,其中O78为优势血清型,占定型菌株的43.75%(7/16)。同时,29株菌皆携带多种耐药基因,其中磺胺类耐药基因sul1、sul2、sul3,喹诺酮类耐药基因aac(6')-Ib、qnrB,β-内酰胺酶类耐药基因blaTEM、blaCTX-M,氨基糖苷类耐药基因aac(3)-IIa、ant(3″)-Ia和四环素类耐药基因tet(B)检出率较高,检出率分别为100%、96.55%、96.55%、100%、86.21%、100%、65.52%、100%、96.55%和58.62%。本试验结果对林麝临床科学合理用药有重要指导意义。     

林麝及其近缘物种编码区微卫星分布规律及功能分析

麝科和鹿科动物均属于偶蹄反刍类动物,具有重要的经济价值。通过系统的微卫星序列 (Simple sequences repeats, SSRs) 从基因组水平揭示物种间的系统进化关系,探索微卫星序列的基因功能及其富集的信号通路,目前仍缺乏相关研究。随着林麝 (Moschus berezovskii)、原麝 (Moschus moschiferus)、小麂 (Muntiacus reevesi)、赤麂 (Muntiacus vaginalis) 和马鹿 (Cervus elaphus) 基因组测序的完成,本文利用生物信息学方法提取了这些动物蛋白质编码区 (coding sequences, CDS) 序列,统计和分析了其CDS区微卫星序列分布规律及其生物学功能,探索了含SSR 基因富集的信号通路及其与疾病的关联性。结果表明,林麝、原麝、小麂、赤麂和马鹿蛋白质编码区含SSR序列的基因所占比例分别为6.96% (1 696个)、7.18% (2 359个)、7.29% (3 005个)、7.36% (1 916个) 和7.48% (1 924个),并且这5种动物CDS区SSRs分布模式具有相似性,均是三倍体核苷酸 (即三核苷酸和六核苷酸) SSRs最多,分别为96.85%、94.87%、65.44%、64.23%和88.04%。GO功能富集表明,林麝与其他4种动物蛋白质编码区SSR序列在分子功能、细胞组成和生物学过程3个方面具有较多共同显著富集的功能,包括DNA结合、染色质和生长发育等。KEGG 通路分析表明,林麝及其他4种动物蛋白质编码区SSR序列具有7个共同显著富集的KEGG通路,包括遗传信息调控蛋白家族、转录因子、染色体及相关蛋白、剪接体、转录机制和Notch信号通路和成体糖尿病。通过对林麝编码区含SSR关键免疫基因及其相关联的KEGG通路进行分析,发现10个含SSR的关键免疫基因对应的KEGG通路与疾病密切相关。     

圈养林麝脓肿病病原菌分离鉴定及药敏分析

目的 确定林麝化脓性疾病的主要病原菌,寻找有效的治疗措施(药物).方法 采用3种培养基对28个人工饲养的发病林麝脓灶进行病原菌的分离培养、细菌革兰氏染色、镜检,然后对分离病原菌进行16S rRNA 基因PCR扩增及测序分析鉴定,再进一步用BIOLOG自动微生物鉴定系统对3种可疑菌进行生理生化鉴定,用昆明小鼠分组进行系列病理实验,最后用纸片扩散法测定病原菌对22种抗生素的敏感性.结果 脓灶中共分离到12种细菌,其中化脓隐秘杆菌Arcanobacterium pyogenes、绿脓杆菌Pseudomonas aeruginosa、蜡状芽孢杆菌Bacillus cereus的检出率分别为100.0%、21.4%、14.3%,其他菌的检出率较低.用BIOLOG自动微生物鉴定系统鉴定结果与16S rRNA鉴定结果完全一致;小鼠致病性实验中进行了脓液培养后注射,分离到单菌鉴定后进一步分别注射,剖检后进行接种划线鉴定并得到与注射前相同的病菌,确定了这几种菌均具有较强的致病性;药敏实验最终确定针对化脓隐秘杆菌的有效药物为环丙沙星,对这3种病菌的有效药物为克林霉素、环丙沙星.结论 初步确定林麝脓肿病主要是由于化脓隐秘杆菌原发感染,进而引起其他病菌的继发感染和混合感染,最终导致病重死亡;环丙沙星等为敏感药物.