蛋白片段互补分析方法及其应用北大核心CSCD

蛋白片段互补分析技术是近年发展起来的一种分析蛋白质-蛋白质相互作用的新方法。典型的蛋白片段互补分析技术已经成功地利用二氢叶酸还原酶,β-内酰胺酶,绿色荧光蛋白以及荧光素酶片段互补进行胞内蛋白分子相互作用研究。这一技术不仅可以动态、定位分析细胞内蛋白质分子相互作用、绘制细胞内信号传导、蛋白质生物化学网络,还可以应用到蛋白质文库、cDNA文库和高通量药物筛选等。综述了蛋白片段互补分析技术的原理、方法及其应用。     

细胞核受体LXRβ的体外酶标测活方法的建立与应用

泰国是农产品生产和出口大国,政府十分重视生物产业的发展,通过建立高层管理机构、出台优惠政策、制定发展规划,在生物农业、生物医药和生物能源等产业方面取得了较好的进展。未来泰国将更加重视政府指导作用,进一步完善法规建设,加大人才引进力度,实施产业优惠政策,加强生物资源和知识产权保护,重点发展生物农业、生物医药和生物能源产业。     

细菌极端环境受迫生存机制

英国科学家成功绘制出肺癌和皮肤癌完整的基因图谱,该图谱是国际癌症基因组协会“癌症基因图谱项目”的首批成果。     

近平滑念珠菌ERG 11基因编码区的克隆及生物信息学分析

目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法 ,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组(www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/pa-rapsilosis/)中寻找可能的ERG11基因序列(CpERG11),并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株(ATCC22019)的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。     

基于活性和基因从海洋微生物中筛选烯二炔类抗生素

【目的】高质量的海洋微生物菌种库及其天然产物库是新药开发的重要来源。在本研究中我们通过筛选新的烯二炔类抗生素来对已经构建的海洋微生物天然产物库进行质量评价。【方法】首先我们根据烯二炔类抗生素能引起DNA断裂的活性构建了活性筛选模型,并对我们的天然产物库进行筛选;其次根据合成烯二炔核心结构的独特且保守的重复I型聚酮合成酶设计了引物,通过PCR扩增的方法对海洋微生物库进行序列筛选。【结果】通过活性筛选从我们的海洋微生物天然产物库中获得一个阳性的发酵产物。对该阳性菌(LS481)的系统发育学分析表明该菌属于能产生烯二炔类化合物—Dynemicin的Micromonospora chersina,对其发酵产物TLC分析证明该菌确实产生Dynemicin类化合物。通过基因筛选得到了2个具备合成烯二炔核心结构聚酮合成酶的菌株,16S rRNA基因分析显示其中一个很可能为灰色链霉菌(MS098),另外一株菌则同Streptomyces vinaceus NBRC 13425T和Streptomyces cirratus NRRLB-3250T最相近。【结论】我们的活性筛选模型能够有效获得烯二炔类物质,结合基因筛选能够进一步获得可能产生烯二炔物质的菌株。初筛结果也再一次验证了我们海洋微生物天然产物库的质量较好。     

应用焦磷酸测序技术快速检测猪流感病毒金刚烷胺耐药性的分子标签

【目的】本研究旨在通过焦磷酸测序技术对我国分离的H1N1、H3N2、H9N2等3种基因型的10株猪流感病毒分离株进行金刚烷胺耐药性鉴定。【方法】流感病毒M2蛋白5个关键位点氨基酸残基(第26、27、30、31和34位)中的任何一个发生突变会导致抗流感病毒药物中金刚烷胺抗药性的产生。本研究利用焦磷酸测序技术对2004-2008年国内分离的10株猪流感病毒M基因金刚烷胺耐药性分子决定区进行了鉴定,并进行抗药性分析。【结果】基于M2蛋白基因保守区序列建立的焦磷酸测序技术能用于国内猪流感病毒的快速检测,且具有较好的特异性和重复性。抗药性分析表明10株猪流感病毒国内分离株中5株H1N1分离株全部耐药,主要存在M2蛋白的V27T、V27I或S31N位点的突变,而4株H3N2和1株H9N2猪流感病毒分离株在M2蛋白5个关键位点上均未出现变异,表明其对金刚烷胺敏感。【结论】基于M基因的焦磷酸测序技术可以用于我国猪流感病毒金刚烷胺耐药性快速鉴定。     

蚜虫基因组图谱绘制完成

国际蚜虫基因组联盟已成功地对农业害虫“蚜虫”进行了基因组测序。根据对蚜虫基因信息的解读,研究人员期冀将来能开发出防治蚜虫的有效方法。该研究成果发表于2010年2月23日美国《公共科学图书馆一生物学》杂志的网络版上。     

产ESBLs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌呼吸道分离株的基因分型及耐药性分析

目的了解深圳市人民医院大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌呼吸道分离株超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的基因型特点及耐药性。方法采用临床实验室标准化协会(CLSI)推荐的表型确证试验筛选出该院呼吸道分离株产ESBLs大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌共78株。应用PCR及DNA测序法分析产酶株的TEM、SHV及CTX-M3种β-内酰胺酶基因,用琼脂稀释法测定细菌最低抑菌浓度(MIC)。结果 37株产ESBLs大肠埃希菌中,28株(75.7%)检出CTX-M-14基因,4株(10.8%)检出CTX-M-9基因,其他型较少见。41株肺炎克雷伯菌中,25株(61.0%)检出SHV-12基因,4株(9.8%)检出SHV-11基因,其他SHV型较少。20株(48.8%)检出CTX-M-14基因,5株(12.2%)检出CTX-M-3基因,其他型较少。产ESBL菌株均对亚胺培南敏感,对氨苄西林/舒巴坦的耐药率最高(90%),对其他抗生素有不同程度耐药。结论深圳市人民医院呼吸道分离的产ESBLs大肠埃希菌以CTX-M-14型为主,产酶肺炎克雷伯菌以SHV-12和CTX-M-14型为最常见。     

甲基营养菌MP681基因组测序文库的构建

目的:建立甲基营养菌MP681基因组文库,用于鸟枪法测序。方法:提取MP681基因组DNA,经超声随机片段化及T4 DNA聚合酶末端修平处理后,与经SmaⅠ酶切、小牛肠碱性磷酸酶(CIP)去磷酸化处理的pUC19载体连接,电击转化大肠杆菌DH5α感受态,并通过末端双向测序对文库质量进行评价。结果:分别构建了2～4 kb和4～6 kb基因组文库,电泳结果显示插入片段长度与预期符合,文库库容均在10万以上。结论:构建了插入片段大小和库容符合要求的甲基营养菌MP681全基因组鸟枪法2～4 kb、4～6 kb测序文库。     

丙型肝炎病毒准种血清学检测技术的建立

目的:建立一种以血清学为基础的丙型肝炎病毒(HCV)准种检测技术。方法:自20份HCV血清中各挑选30个克隆进行测序比较,分析HCV准种的复杂程度;以HCV准种代表性抗原组合制备免疫芯片,用血清学检测技术分析上述20份HCV血清中的准种变异程度;比较两种方法之间的检出灵敏度和相关性。结果:测序法检出灵敏度为70.0%,血清学检测法检出灵敏度为95.0%,后者显著高于前者(P0.05);两种方法检测结果的相关性为74.7%(P0.01)。结论:血清学检测技术操作简单,且能够反映丙型肝炎患者的HCV准种变异程度,适于临床推广。