蚜虫基因组图谱绘制完成

国际蚜虫基因组联盟已成功地对农业害虫“蚜虫”进行了基因组测序。根据对蚜虫基因信息的解读,研究人员期冀将来能开发出防治蚜虫的有效方法。该研究成果发表于2010年2月23日美国《公共科学图书馆一生物学》杂志的网络版上。     

大肠埃希菌基因组研究

大肠埃希菌是最早启动全基因组测序的细菌之一,但是对于大肠埃希菌作为共生菌存在于人类和动物肠内的生物学本质尚不清楚。目前,研究人员正在对大肠埃希菌基因组中每个必需基因的功能进行研究,以期能进一步了解大肠埃希菌的生物学特性。本文就大肠埃希菌基因组研究现状、研究方法及其后基因组研究等方面进行综述。     

细菌中优化冷激启动子的高通量筛选方法的建立

为了优化冷激启动子,分别利用卡那霉素抗性基因kan和荧光蛋白(EGFP)基因为报告基因建立了两种高通量筛选方法。抗性筛选方法是通过观察菌落形态变化判断启动子强弱,适用于筛选强启动子。荧光筛选方法中,对转化子进行平板诱导,使用荧光显微镜拍摄菌落荧光,Matlab软件计算每一个菌落的亮度,实现高通量筛选,操作简单,精确度较好。     

454测序法在环境微生物生态研究中的应用

传统的Sanger测序技术虽已成熟,但其速度和成本的限制满足不了大规模测序的要求。第二代高通量测序技术结合了乳胶微粒和皮升级反应的454焦磷酸测序法,作为一种高通量测序技术,具有分析结果准确、高速、高灵敏度和高自动化的特点。对454测序法的技术原理和操作步骤进行了介绍,对近年来运用该方法在环境微生物生态研究领域的进展进行了综述。     

杂草稻nrDNA ITS序列的测序分析

杂草稻nrDNAITS序列的直接测序和克隆测序比较结果表明直接测序和克隆测序均能得到准确的杂草稻nrD-NAITS序列。尽管直接测序方便和经济,但它的峰图差,有叠峰出现。杂草稻的ITS序列在587-589bp之间,其中ITS1长度为193-194bp,ITS2的长度为230-232bp,而5.8S均为164bp。与已公布的部分稻属的ITS进行多重比较,该序列蕴含了大量的系统学信息,可在分子水平为杂草稻的发生机理提供证据。     

致病性大肠杆菌全基因组测序及毒力基因分析

为了研究导致致病性大肠杆菌致病力差异的主要因素,本试验以分离自仔猪腹泻样的五株致病性大肠杆菌(P211、P555、P32、P444和P111)和两株参考大肠杆菌(S10670、E24190)为实验材料,通过小鼠感染试验鉴别菌株的致病力,并对菌株进行全基因组测序,分析菌株基因组。结果显示,强毒株S10670和E24190病死率为100%,中等毒株P211和P555为40%,弱毒株P32、P444和P111为20%。七株菌基因组拼接后长度为46 Mbp～53 Mbp之间,COG注释到3183～3483个功能基因,VFDB注释到38～126个毒力基因。菌株间毒力基因分析发现,强毒株S10670含有志贺毒素(Stx),溶血素(hlyA,hlyB,hlyC,hlyD,hlyE/A),紧密黏附素(eae,tir)强毒素基因以及大量铁转运吸收系统和分泌系统相关基因。强毒株E24190含有肠毒素基因(LT)、溶血素基因(hlyA)、CFA/I菌毛基因(cfaA,cfaB,cfaC,cfaD,cfaE)。中等毒株P211也有CFA/I菌毛基因,此外还含有P菌毛基因(papA,papC,papD,papH)和铁摄取系统基因(sitA,sitB,sitC,sitD);P555含有12个VI分泌系统基因(aec15～aec19,aec22～aec32)。弱毒株P32、P444和P111含有少部分与毒力有关的基因(如黏附素Fim、侵袭素Ibe等)在其他菌株中均存在。综上,可以认为菌株间毒力基因的差异是导致大肠杆菌致病力差异的重要原因,该结果为大肠杆菌病导致的腹泻等疾病的防治提供理论依据。     

细菌极端环境受迫生存机制

英国科学家成功绘制出肺癌和皮肤癌完整的基因图谱,该图谱是国际癌症基因组协会“癌症基因图谱项目”的首批成果。     

近平滑念珠菌ERG 11基因编码区的克隆及生物信息学分析

目的克隆、测序近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列并进行生物信息学分析。方法运用生物信息学的方法 ,通过与白念珠菌ERG11基因碱基序列同源性比对,在近平滑念珠菌基因组(www.sanger.ac.uk/sequencing/Candida/pa-rapsilosis/)中寻找可能的ERG11基因序列(CpERG11),并据此序列设计引物,经PCR扩增近平滑念珠菌标准株(ATCC22019)的ERG11基因片段,产物经电泳、纯化、克隆到质粒prG-AMAI-NotI中,转染DH10B大肠杆菌细胞,并酶切鉴定筛选阳性克隆测序分析。结果近平滑念珠菌ERG11编码区由1569个碱基组成,编码一段含522个氨基酸的多肽。近平滑念珠菌ERG11的编码区序列与白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、酿酒酵母菌ERG11基因的同源性分别为74%、75%、65%、64%。该近平滑念珠菌ERG11的编码区为唑类药物作用靶酶基因。结论成功克隆、测序、并生物信息学分析近平滑念珠菌ERG11基因的编码区序列,为进一步的功能研究奠定基础。     

细胞核受体LXRβ的体外酶标测活方法的建立与应用

泰国是农产品生产和出口大国,政府十分重视生物产业的发展,通过建立高层管理机构、出台优惠政策、制定发展规划,在生物农业、生物医药和生物能源等产业方面取得了较好的进展。未来泰国将更加重视政府指导作用,进一步完善法规建设,加大人才引进力度,实施产业优惠政策,加强生物资源和知识产权保护,重点发展生物农业、生物医药和生物能源产业。     

适用于高通量筛选的脂肪酶表达系统

突变库容量和高通量筛选方法是影响酶分子定向进化的两个决定因素,虽然巴斯德毕赤酵母pPIC9K表达系统已被广泛使用[1],但由于外源基因可通过单插入整合入基因组,产生多拷贝突变基因,从而干扰后续重组子的筛选;另一方面,pPIC9K表达系统需要甲醇诱导,需要每日补加甲醇来诱