基于rDNAITS序列分析Alternaria与相似属的关系及A.leucanthemi的分类地位

对Alternaria,Stemphylium,Ulocladium,Nimbya,Embellisia等五个形态相似属的代表性种进行了5.8S/ITS区段序列测定,连同从GenBank下载的相关有性型Pleospora,Lewia的同项资料,由Neighbor-joining方法构建系统发育树。序列对比结果显示,所有参试的菌株/种的5.8SrDNA序列保守程度较高,ITS序列变化较大,ITS1比ITS2变化更大。由5.8S/ITS构建的系统发育树可以足够将供试菌区分到属;系统发育树显示Alternaria,Ulocladium,Nimbya和Embellisia系统学关系较近,又存在一定的分化;Stemphylium聚在相对较远的分支上,与上述四属关系较远,相对独立进化;有性型的Pleospora与无性型的Stemphylium被聚到一个分支,这种不同阶段菌株在遗传基础上的一致,充分证明所用方法及所选测序的rDNA区段对本类群真菌的分类很有价值。Alternarialeucanthemi位于系统发育树的外侧,较为独立进化,与Alternaria的其它种亲缘关系较远,却与Stemphyliumspp.和Bipolarisspp.关系较近,对其目前的分类地位提出质疑。     

突脐孢属Brn1基因核苷酸序列比较及系统发育研究

对所有供试突脐孢菌株的Brn1基因 (1, 3, 8 -三羟基萘还原酶基因) 扩增均获得PCR产物。序列比较表明:在种内各菌株间没有核苷酸序列长度变化,存在核苷酸序列简单代换;在种间核苷酸序列长度有变化,核苷酸的缺失或插入发生在内含子区;所有菌株编码区核苷酸序列长度相同;在种内水平氨基酸序列没有差别,显示出高度的保守性。利用最大简约法(Maximum Parsimony)和邻近结合法(Neighbor-joining)构建系统发育树,两个系统发育树的拓扑结构相似,不同种在不同的分支上。Brn1基因适合突脐孢属种级水平的分子系统学研究。     

木霉属Trichoderma组和Pachybasium组的分子系统学研究*

对来源不同的木霉及其有性型Longibrachiatum组、Trichoderma 组和Pachybasium组的81个菌株进行了ITS序列测定,并对ITS1序列用PHYLIP程序包中的DNAPARS程序进行系统发育分析。结果表明Trichoderma 组和Pachybasium组的所有菌株可分成两个群(A,B),B群进一步分为4个分支(B1,B2,B3,B4);A群由Trichoderma 组的H. aureoviridis和未鉴定到种的3个Hypocrea菌株构成;B1,B2,B4群均由Pachybasium组菌株构成;B3群由Pachybasium组的T. hamatum、T. strigosum和Trichoderma 组的T. asperellum、T. atroviride、T. koningii、T. viride和Hypocrea菌株T261构成。2个组相互交叉,组间没有明确的区分,进一步证明Pachybasium组是多系的。建议将Trichoderma 组中的T. viride aggr.、T. atroviride、T. koningii归并入Pachybasium组,对Trichoder…     

6种累枝虫(Epistylis)rRNA基因18S-ITS1序列及其分子系统发育关系

建立了由采自自然界中的样品、不经实验室培养而直接用于大核DNA提取和PCR反应的原位(in situ)方法; 在此基础上, 测定并比较了6种累枝虫(Epistylis wenrichi, E. urceolata, E. chrysemydis, E. plicatilis, E. hentscheli, E. galea)的18S-ITS1序列, 结果显示: E. wenrichi, E. urceolata, E. chrysemydis, E. plicatilis和E. hentscheli间18S和ITS1区序列的碱基相似性很高, 而它们与E. galea间碱基变异位点在18S区和ITS1区均高达33个以上, 遗传变异度分别大于15%和23%. 以多态喇叭虫(Stentor polymorphus)为外类群, 利用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了它们的系统发育树.分析指出: E. galea和其他5种累枝虫分属为两个类群, 与其他5种累枝虫相比, E. galea可能较早从祖先种中分化出来; 相比其他特征, 大核和口围区可能与累枝虫进化的关系更为密切, 是重要的系统发育特征.     

产蓝色素放线菌细胞化学组分及16SrDNA序列分析*

对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomycessp .进行了细胞化学组分及 1 6SrDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL DAP及甘氨酸 ,全细胞水解物含葡萄糖及核糖 ,全细胞脂肪酸组分主要为 1 4～ 1 7碳的脂肪酸 ,其中anteiso 1 5和iso 1 6为主要组分 ,应归入链霉菌属。基于 1 6SrDNA序列的聚类结果表明所选菌株基本分成 9个分支 ,能够产生可溶性蓝色素的菌株聚成其中两个分支 ,即以S .coeli     

海绵Pachychalina sp.体内细菌多样性的研究

通过非分离培养分析方法,直接从海绵体内提取细菌总DNA。以样品总DNA为模板进行PCR扩增获得细菌16S rDNA。用16S rDNA限制性酶切片段长度多态性（ARDRA）和测序方法对南海湛江海域海绵Pachychalina sp.体内的细菌多样性进行了研究。在细菌16S rDNA的ARDRA图谱中,大多数克隆的酶切带谱间存在差异;随机挑选22个克隆进行测序得到它们的16S rDNA部分序列,大部分序列属于γproteobacterium和αproteobacterium,但有少数克隆序列与RDP数据库中收录的16S rDNA序列间的相似性极小,不参与系统发育树的构建。研究结果表明海绵Pachychalina sp.体内细菌组成具有丰富的多样性。     

根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。     

基于细胞色素b基因片段序列研究中国近海石斑鱼类系统进化关系

石斑鱼的分类一直是鱼类系统分类学中的一个难题. 为探讨中国近海石斑鱼类系统进化关系, 通过PCR扩增获得了石斑鱼亚科(Epinephelinae)6属28个种类的线粒体细胞色素b基因片段序列. 采用多个生物软件对序列变异和碱基组成进行分析, 计算了Kimura 2-parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数, 并结合GenBank上石斑鱼属的同源序列, 以东洋鲈(Niphon spinosus)、真鲷(Pagrus major)等为外群构建NJ, MP, ML和ME系统树. 从分子系统学的角度并结合形态学特征得出了如下结果: (i) 鳃棘鲈属(Plectropomus)最先分化, 是石斑鱼亚科中原始的类群; (ii) 侧牙鲈属(Variola)与九棘鲈属(Cephalopholis)具有较近的亲缘关系; (iii) 九棘鲈属是一个单系群, 并且较石斑鱼属(Epinephelus)原始; (iv) 宽额鲈(Promicrops lanceolatus)和驼背鲈(Cromileptes altivelis)可以归入石斑鱼属; (v) 石斑鱼属内部存在两个平行进化的姐妹分支.     

中国链格孢属的研究I．

本文报道链格孢属的2个新种：寄生在苦术科(Simaroubaceae)臭椿[Ailanthus altissima(Mill)Swingle]上的臭椿链格孢(Alternaria ailanthi sp nov),寄生在桦术科(Betulaceae)黑桦(Betuladahurica Pall)上的桦术链格孢(A. betulae sp nov.),2个新组合：豆链格孢[A．Azulaae (Hara)comb．Nov],蔷薇生链格孢[A. rosicola(Rao) comb. Nov]和1个新名称红花链格孢(A．Carthami-tinctoriinom nov．)。文中为新种提供了拉丁文简介、描述和图。模式标本保藏在山东农业大学植物病理标本室(HSAUP)．     

基于β-微管蛋白基因部分序列探讨灵芝属菌株的亲缘关系

PCR分别扩增了38个灵芝属菌株的β-微管蛋白基因片段,并对PCR产物进行序列测定,得到419bp的一段核苷酸系列。根据MEGA2.1软件中的neighbour-joiningmethods对上述序列进行聚类分析,结果所有供试菌株被分成9个聚类组。中国栽培灵芝菌株分布于6个聚类组,其中树舌亚属、紫芝组的菌株各自聚成一组,灵芝组的菌株分成四组,但大部分灵芝组菌株均聚于同一组,这表明树舌亚属、紫芝组和灵芝组间的遗传差异较大,灵芝组内虽然存在着一定的遗传差异,但总体上亲缘关系比较近,遗传多样性并不丰富。同时,序列分析的结果显示,β-tubulin基因序列在第三位密码子和内含子部位有高的碱基替换率,这些变异提供了丰富的系统发育信息,提示β-tubulin基因适合于灵芝属菌株的亲缘关系研究。     

中国单格孢属分类研究

匍柄霉属1个新种和1个新记录种。新种是矩卵单格孢Ulocladium oblongo-obovoideum,新记录种是倒卵单格孢U. obovoideum。新种的模式标本和新记录种的标本保存于山东农业大学植物病理系标本室(HSAUP)。     

青藏高原黄绿蜜环菌纯培养菌种的分离培养及分子鉴定

首次从采自青藏高原、与高原牧草嵩草属Kobresia草本植物形成外生菌根的黄绿蜜环菌Armillarialuteo-virens子实体中分离获得一组织分离菌株,运用rDNA-ITS和rDNA-IGS-1测序技术对该组织分离菌株是否为黄绿蜜环菌的纯培养菌种进行分子鉴定,并基于黄绿蜜环菌的5.8S/ITS和IGS-1序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对、构建系统发育树。结果表明,本研究获得的黄绿蜜环菌子实体组织分离菌株即为其纯培养菌种。基于ITS的系统发育分析表明黄绿蜜环菌与口蘑科内其它属间物种的系统发育关系较远;基于IGS-1的系统发育分析表明黄绿蜜环菌与蜜环菌属内的其它种序列差异较大,系统发育关系较远,而与Lepiota属内的部分种具有较近的系统发育关系。本研究首次基于分子手段对我国青藏高原的黄绿蜜环菌种进行了分离培养、分子鉴定和系统发育分析,为黄绿蜜环菌的科学分类提供了分子依据。     

基于ITS序列分析豹子花属与5种百合的亲缘关系

以滇蜀豹子花和多斑豹子花为材料,采用PCR直接测序法测定其ITS序列,结合GenBank中其它3种豹子花和5种百合的ITS序列,构建了这10种植物的系统发育树.结果表明:(1)10种植物的ITS序列长度在625bp～627 bp之间,总G C含量在60.38%～61.12%之间,5.8S的G C含量除大理百合为45.4%外,其余9种植物为55.01%或54.60%,说明ITS序列在进化上保守性较强,同属不同种甚至不同属间的长度差异不明显;(2)NJ、MP、ME聚类树的分支趋势一致,都是豹子花属植物先聚在一起再和5种百合相聚,滇西豹子花和豹子花在3种聚类树中都以99%以上的支持率聚成一支,说明这2个种的亲缘关系最近;(3)在10种植物中,形态相似且分布海拔和区域重叠的种类先相聚,说明这些物种的亲缘关系密切.     

志贺氏菌属鲍氏(S. boydii)亚群基因组组成与进化分析

利用比较基因组杂交法(comparative genomic hybridization, CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S. boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析, 结果显示, 该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs. 比对K12基因组, 该亚群所有菌株基因组共同缺失ORFs为199个, 主要涉及外膜蛋白编码基因和O-抗原合成相关基因, 而属于亚群特异性的ORFs主要以噬菌体基因和未知功能ORFs为主, 一些参与铁离子代 谢、运输和Ⅱ型分泌系统基因在大多数的鲍氏菌株中存在. 以比较基因组杂交法得到的进化分析显示: 鲍氏亚群18个血清型代表菌株可分为4组, 其中13型与其他菌株有较大的差异. 这种分组结果与某些代谢相关的基因分布情况存在对应关系. 通过对该亚群“共有骨架”、缺失基因和株特异基因, 以及进化分类等方面的分析, 以期探索该亚群基因组的进化规律, 并为志贺氏菌属鲍氏亚群的致病机理、疫苗研制和药物开发等方面的研究提供重要线索.     

广义虫草属二新记录种

【背景】广义虫草属是一类重要的虫生真菌资源。【目的】对我国西南地区虫生真菌及其相关真菌资源进行调查。【方法】在贵州省习水县和花溪区进行标本采集,采用含双抗的PDA培养基分离目的菌株;基于形态学特征和ITS rDNA序列系统发育分析相结合的方法进行菌株鉴定。【结果】从采集到的标本中分离获得5个菌株,菌株GY1113、GY90809和GY90810在形态特征上与马拉维白僵菌模式菌株非常相近;系统发育树中二者以高持率(ML/BI为99/1)聚成一个分支。菌株A1997在形态特征上与鳞翅目虫草模式菌株非常吻合;系统发育树中二者以较高支持率(ML/BI为78/0.95)聚成一个分支。菌株A1972在形态上与苏格兰白僵菌模式菌株的形态特征非常相近;系统发育树中二者以高支持率(ML/BI为99/1)聚成一个分支。因此分别鉴定为马拉维白僵菌、鳞翅目虫草及苏格兰白僵菌。【结论】马拉维白僵菌和鳞翅目虫草为中国新记录种。     

一株高毒力致病杆菌CB6的鉴定

从北京郊区果园采集的小卷蛾斯氏线虫（Steinernema carpocapsae）肠道内分离到一株具有较强杀虫和抑菌活性的致病杆菌菌株CB6。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB6菌株与致病杆菌属（Xenorhabdus）中的嗜线虫致病杆菌（X. nematophila）种的特征基本一致。测定了该菌株的16S rRNA序列并根据16S rRNA序列构建了系统发育树;在系统发育树中,CB6菌株与嗜线虫致病杆菌其他4个菌株形成一个类群,序列同源性大于99%。但CB6菌株的酪氨酸酶、脂酶（蛋黄）的产生、核糖产酸等生化特征与嗜线虫致病杆菌种内的其他菌株存在一定的差异,且具有更强的杀虫和抑菌活性。因此认为CB6菌株是嗜线虫致病杆菌的一个变种,命名为嗜线虫致病杆菌北京变种（X. nematophila var. pekingensis）。     

四株糖单孢菌分离株的分类学研究

从广西地区的土样中,分离到4株细胞壁Ⅳ型,糖型A, 无枝菌酸的假诺卡氏菌科的放线菌菌株,编号分别为191、221、202、和212。根据4株 菌的形态学特征和细胞化学特征,将其归入糖单孢菌属。与该属5个已知种的7个代表株进行 的rDNA的BamHI酶切片段长度类型分析(Ribotyping)的结果表明：191为青绿色糖单孢菌(S.viridis),202为青灰色糖单孢菌(S.caesia),221和212为相同的与青绿色糖单孢菌(S .viridis)的亲缘关系最近的种,但不同于已知的任何一个种。     

枇杷属内栽培种和部分野生种ITS序列分析

对不同栽培区的25种普通枇杷品种以及7种枇杷属野生种的ITS序列进行扩增并测序,采用邻接法和最大简约法进行系统发育树的构建并对枇杷属内不同种间的遗传关系进行了分析。结果表明:枇杷属植物ITS序列ITS1+5.8S rDNA+ITS2总长度为592 bp或594 bp,长度变化发生在ITS2。所有样本的ITS1和5.8S rDNA长度一样,都是223 bp和168 bp;而ITS2为201 bp或203 bp。5种枇杷属野生种的ITS序列长度为594 bp,包括栎叶枇杷、大渡河枇杷、南亚枇杷、南亚枇杷窄叶变种和大瑶山枇杷;其余2种枇杷属野生种(麻栗坡枇杷、小叶枇杷)和普通枇杷栽培种的ITS序列长度都为592 bp。所有样本ITS序列的GC含量为64.2%~64.5%,其中ITS1为64.1%~65.5%,ITS2为68.1%~72.6%。对所有样本的ITS序列比对产生44个可变位点,其中38个为简约信息位点,其中11个位于ITS1,5个位于5.8S rDNA,22个位于ITS2。最大的种间序列差异为7.7%,最小的种间差异发生在麻栗坡枇杷和小叶枇杷之间,仅为0.2%。普通枇杷种内的ITS序列差异很低,25种普通枇杷栽培种之间的序列差异为0~1.5%。所研究的枇杷属植物可分为3个分支。分支Ⅰ包括所有普通枇杷品种,分支Ⅱ包含5种野生枇杷种,包括栎叶枇杷、大渡河枇杷、南亚枇杷、南亚枇杷窄叶变种和大瑶山枇杷;分支Ⅲ由2个野生枇杷种(麻栗坡枇杷、小叶枇杷)组成。该研究结果表明ITS序列对枇杷种间鉴定和系统发育分析具有一定意义,但对普通枇杷栽培种间的鉴定作用不大。     

类大麦属高分子量谷蛋白基因Kx的序列测定及表达

利用SDS_PAGE检测了2份类大麦属(Crithopsisdelileana)材料的高分子量谷蛋白亚基组成,并对其中1份材料的x型亚基进行了克隆和测序。结果表明,2份材料具有完全相同的蛋白电泳图谱。在小麦的高分子量区域仅检测到一条蛋白质带,与小麦y型亚基的迁移率接近,但克隆测序表明其为x型高分子量谷蛋白亚基,其编码基因命名为Kx。Kx基因编码区序列长度为2 0 5 2bp ,编码长度为6 6 1个氨基酸残基的蛋白质,其序列具有典型的x型高分子量谷蛋白亚基的特征。Kx基因能在原核表达系统内正确表达,其表达蛋白与来源于种子中的Kx亚基的迁移率完全一致。Kx亚基与小麦属A、B和D ,山羊草属C和U以及黑麦属R染色体组编码的高分子量谷蛋白亚基氨基酸序列非常相似,但在N和C保守区的氨基酸组成以及重复区长度上与它们存在明显差异。聚类分析可将Kx与Ax1聚类为平行的分支。由此可见,来源于C .delileana的Kx基因为一新的x型高分子量谷蛋白亚基基因。     

两个黄芪根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA序列分析

对黄芪根瘤菌两个新类群中心菌株CA8561和JL84进行了16S rDNA全序列测定,并进行了系统发育学分析。结果表明,CA8561位于Rhizobium分支中,JL84位于Sinorhizobium分支中。