痢疾志贺氏菌亚群的比较基因组学研究与进化分析

利用大肠杆菌K12MG1655株全基因组ORFs和痢疾志贺氏菌A1型Sd51197株特异性ORFs探针制备的芯片,研究了痢疾志贺氏菌13个血清型代表株的基因组组成.结果显示,该血清群成员的基因组中包含有2654个保守的源于大肠杆菌ORFs;共同缺失了219个涉及前噬菌体基因、分子伴侣、特异性O抗原合成等大肠杆菌原有的基因;并通过水平转移获得了一些特异性基因,如Ⅱ型分泌系统相关组分、铁转运相关因子等.根据基因组组成所作的进化树,发现A1,A2,A8和A10这四型菌与其他痢疾志贺氏菌亲源关系较远.研究所得结果为进一步深入探索痢疾志贺氏菌的生理过程、致病性和进化奠定了基础.     

宫颈癌组织中人乳头瘤病毒16型E5基因的变异

探讨了HPV16 E5基因突变与宫颈癌发病的关系.应用银染聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析对50份人宫颈癌活检标本进行基因突变的筛查.PCR检测显示,50例宫颈癌组织中HPV16 E5的检出率为30%(15/50),其中6例宫颈癌HPV16 E5扩增片段在行SSCP分析时发现有泳动变位,突变率为40%(6/15).可见HPV16 E5基因的突变在宫颈癌的发生过程中具有重要作用.     

志贺氏菌属鲍氏(S. boydii)亚群基因组组成与进化分析

利用比较基因组杂交法(comparative genomic hybridization, CGH)对志贺氏菌属鲍氏(S. boydii)亚群共18个血清型代表菌株的基因组结构组成进行比较分析, 结果显示, 该亚群基因组的“共有骨架”包含2552个与非致病性大肠杆菌K12同源的ORFs. 比对K12基因组, 该亚群所有菌株基因组共同缺失ORFs为199个, 主要涉及外膜蛋白编码基因和O-抗原合成相关基因, 而属于亚群特异性的ORFs主要以噬菌体基因和未知功能ORFs为主, 一些参与铁离子代 谢、运输和Ⅱ型分泌系统基因在大多数的鲍氏菌株中存在. 以比较基因组杂交法得到的进化分析显示: 鲍氏亚群18个血清型代表菌株可分为4组, 其中13型与其他菌株有较大的差异. 这种分组结果与某些代谢相关的基因分布情况存在对应关系. 通过对该亚群“共有骨架”、缺失基因和株特异基因, 以及进化分类等方面的分析, 以期探索该亚群基因组的进化规律, 并为志贺氏菌属鲍氏亚群的致病机理、疫苗研制和药物开发等方面的研究提供重要线索.     

1966~2005年中国14个省、市C群脑膜炎球菌比较基因组学分析

脑膜炎球菌是世界范围内引起细菌性脑膜炎和败血症的主要病原体, 在中国一直以A群流行为主, 未发生过B群和C群的流行. 2003年以来, 安徽省出现多次由C群脑膜炎球菌引起的流行性脑膜炎爆发, 而且在全国其他省、市也有大量病例出现. 多位点序列分型结果表明, 序列型(sequence type, ST)4821菌株主要引起了这些爆发. 在完成我国C群脑膜炎球菌的代表株053442的全基因组序列测定工作的基础上, 我们构建了全基因组DNA微阵列, 对1966~2005年分离于中国14个省、市的81株C群脑膜炎球菌进行了比较基因组杂交分析. 结果显示: 绝大部分菌株的基因组组成相似, 部分基因有一定的缺失和变异, 而且很多缺失基因是推测的保守基因.为深入了解我国C群脑膜炎球菌的基因组组成特点, 为初步揭示其遗传背景奠定了基础.     

痢疾志贺氏菌亚群的比较基因组学研究与进化分析

利用大肠杆菌K12 MG1655株全基因组ORFs和痢疾志贺氏菌A1型Sd51197株特异性ORFs探针制备的芯片, 研究了痢疾志贺氏菌13个血清型代表株的基因组组成. 结果显示, 该血清群成员的基因组中包含有2654个保守的源于大肠杆菌ORFs; 共同缺失了219个涉及前噬菌体基因、分子伴侣、特异性O抗原合成等大肠杆菌原有的基因; 并通过水平转移获得了一些特异性基因, 如Ⅱ型分泌系统相关组分、铁转运相关因子等. 根据基因组组成所作的进化树, 发现A1, A2, A8和A10这四型菌与其他痢疾志贺氏菌亲源关系较远. 研究所得结果为进一步深入探索痢疾志贺氏菌的生理过程、致病性和进化奠定了基础.