SSR 在琼海和三亚两普通野生稻居群中的遗传变异

通过分析37个SSR座位在琼海与三亚两普通野生稻(Oryza rufipogon)居群中的遗传变异, 结果表明, SSR座位在三亚普通野生稻居群中的变异高于其在琼海普通野生稻居群中的变异。根据遗传相似性和遗传距离公式得到琼海与三亚普通野生稻居群间的遗传相似性为0.6385, 遗传距离为0.4486 cM。Wright的FST检验结果表明, 这37个SSR座位在两居群之间存在着中等程度的遗传分化, FST=0.3909。此分化结果主要是由两居群间弱的基因漂移导致的(Nm=0.3895)。     

广东高州7个普通野生稻居群遗传结构的SSR分析

利用32对SSR引物对来自全部7个自然居群的217份广东高州普通野生稻（简称＂高野＂）材料进行遗传结构、多样性和遗传聚类分析。结果表明,高野各居群因遗传结构存在差异而相对独立,但各居群之间由于存在基因渗透又具有一定的相似性。高野总体多样性指数（Ht）为0.65,居群内的多样性（HS=0.431）略大于居群间的多样性（DS=0.392）,二者差异并不显著。居群间的遗传分化系数（GST）为0.611,说明高野群体的遗传差异是由居群内和居群间的遗传分化共同作用的结果。其中A、B、E居群间,D、F、G居群间遗传相似性较高,C居群与其它居群之间存在较大差异。根据7个居群的遗传结构,结合其地理分布状况,认为遗传多样性最大的B和E居群以及遗传分化最小的C居群应作为重点对象进行保护。     

广东高州7个普通野生稻居群遗传结构的SSR分析

利用32对SSR引物对来自全部7个自然居群的217份广东高州普通野生稻(简称“高野”)材料进行遗传结构、多样性和遗传聚类分析。结果表明, 高野各居群因遗传结构存在差异而相对独立, 但各居群之间由于存在基因渗透又具有一定的相似性。高野总体多样性指数(Ht)为0.65, 居群内的多样性(HS=0.431)略大于居群间的多样性(DS=0.392), 二者差异并不显著。居群间的遗传分化系数(GST)为0.611, 说明高野群体的遗传差异是由居群内和居群间的遗传分化共同作用的结果。其中A、B、E居群间, D、F、G居群间遗传相似性较高, C居群与其它居群之间存在较大差异。根据7个居群的遗传结构, 结合其地理分布状况, 认为遗传多样性最大的B和E居群以及遗传分化最小的C居群应作为重点对象进行保护。     

普通野生稻保护和未保护居群遗传多样性的比较

为了评价普通野生稻自然居群遗传多样性,用24对SSR引物对5个保护居群（江西东乡庵家山JXD、湖南茶陵HNC、湖南江永HNJ、广东高州大岭GDD、海南儋州HND）和3个未保护居群（广西武宣GXW、广西来宾GXL、广东高州朋山GDP）,共计356个单株进行了遗传多样性分析。24个位点均表现为多态,其中18个位点表现杂合子不足,RM339位点观察杂合度最高,RM336位点预期杂合度最高。SSR分析结果表明,8个居群的遗传多样性都较高,其中5个保护居群的Ae变幅为1．780（JXD）～2．504（HNJ）,肌变幅为0．397（JXD）～0．555（HNJ）;3个未保护居群Ae变幅为2、153（GDP）～3．226（GXL）．He变幅为0．492（GDP）～0．640（GXL）。5个保护居群与3个未保护居群之间的遗传距离较大（0．6585）。这说明虽然有些居群得到了保护,但未保护居群的保护、收集价值仍然很大。居群间遗传分化明显（Fst=0．399）,居群间遗传距离最小的HNJ居群与GXL居群的相似系数也只有0．43。F一统计显示所用居群都偏离了Hardy—Weinbery平衡（Fis=0．147）,其中GDD、GDP、HND居群Fis〈0,表现为杂合子过剩;居群JXD的Fis为0．109,表现轻微的杂合子缺乏;HNC、HNJ、GXW、GXL的F括〉0,Fis值变幅为0．315（GXW）～0．473（HNJ）,说明这4个居群中杂合子不足,可能与这些居群自交比例高有关。     

我国北回归线区域普通野生稻遗传多样性和遗传结构研究

选择分布于水稻染色体组的26对SSR引物,对集中分布于广西来宾市北回归线附近的13个普通野生稻居群的342份材料进行遗传多样性和遗传结构研究。结果表明,该地区的野生稻无论在种内(A=9.154,Ae=4.446,I=1.547,He=0.671)还是居群水平上(P=95%,A=4.219,Ae=2.394,I=0.905,He=0.476)遗传多样性都十分丰富,高于同类研究水平。供试居群的遗传分化系数Gst为0.30,表明30%的遗传变异存在于居群间,大部分遗传变异存在于居群内。居群间的遗传一致度变化范围为0.332~0.903,且居群间地理距离越近,遗传一致度越高,说明北回归线附近的普通野生稻居群符合"隔离-距离"模型。综合上述研究结果和我国野生稻保护现状,建议对居群G13和G06实施优先保护。     

用EST-SSR标记分析中国北部和中部地区天蓝苜蓿的遗传多样性和遗传结构

天蓝苜蓿（Medicago lupulina）隶属于苜蓿属,是一年生或越年生、广布的草本植物。通常认为它是自交种,但也有些研究报道它具有异交或者混合交配的繁育系统。为了了解它的居群遗传变异、基因流、繁育方式及其遗传背景,我们用9个EST—SSR标记分析了中国新疆、内蒙古、甘肃、北京、山西、陕西、湖北7个省区的17个天蓝苜蓿野生居群。结果表明：（1）EST—SSR的多态位点百分率（PPL）为71．9％;每个SSR位点的等位基因数似）为4-11（平均为7．333）;遗传多样性（HE）最高的居群是新疆那拉提（0．388）,最低的为陕西西安（0．042）。自交率达93．8％。（2）居群间的遗传分化水平高（FST=0．528;RST=0．499）,AMOVA分析结果显示遗传变异主要存在于居群问,占总变异的59．02％。（3）Mantel检验发现遗传距离和地理距离有显著的相关性（r=0．4141,P≤0．0003）。根据Nei’s遗传距离（Da）得出的Neighbor-joining树显示,地理距离近的居群聚在一起,这进一步验证了Mantel检验的结果。由此推测,天蓝苜蓿中等水平的遗传多样性和高度的居群间遗传分化主要受它的自交特性和分布方式影响。上述结果有助于初步了解天蓝苜蓿的种群动态和遗传结构,同时对苜蓿属种质资源的保护和遗传育种有重要意义。     

利用SSR标记分析海南普通野生稻的遗传多样性

选用平均分布于水稻基因组的28对SSR引物,对海南不同纬度5个普通野生稻居群的163份材料进行遗传多样性和遗传结构研究。结果表明:(1)海南普通野生稻具有较高的遗传多样性,28个位点共检测到227个等位变异,平均等位变异数A=8.1071,有效等位变异数Ae=4.4190,平均期望杂合度He=0.4004,实际观察杂合度Ho=0.7062,香农指数I=1.6048;(2)居群的遗传分化系数较大,总的遗传变异中有46.40%存在于居群间(Fst=0.4640);(3)居群内杂合体较高(F is=-0.7069),根据固定指数(F=0.0588)计算出的异交率t=0.8889,说明海南普通野生稻的繁育系统属于一种较高的异交混合交配类型。     

广西武宣濠江流域普通野生稻居群遗传多样性及保护研究

选用平均分布于水稻基因组的24对SSR引物,对沿河分布最长的广西武宣濠江流域的12个普通野生稻居群343份材料的遗传结构进行研究.结果表明:(1)该地普通野生稻遗传多样性丰富.24个位点共检测到206个等位变异,平均等位变异数A＝8.7083,有效等位变异数Ae＝3.7117;(2)该地普通野生稻居群具有较高的遗传分化和一定频率的基因流.群体遗传分化系数Gst＝0.2659,基因流Nm＝0.6901,表明26.59%的遗传变异存在于居群间;(3)SSR标记使普通野生稻居群中一些稀有等位变异得以显现.206个等位变异中,65个等位变异仅出现在1个或2个居群中,且频率较低,其中12个等位变异只出现在居群B中;(4)通过聚类分析和主坐标分析(PCO),下游居群A和B遗传关系较近,中游居群C比较独特,单独成为一类,中游居群D、E、F和G遗传关系较近,中游居群H、I和J及上游居群K和L遗传关系较近.根据上述分析结果,建议对濠江下游和中游具有代表性的居群(即居群B、D和H)的普通野生稻进行重点保护.     

云南元江普通野生稻(Oryza urfipogon Griff)遗传多样性分析及保护策略研究

用SSR方法对云南元江普通野生稻3个自然居群进行30个位点的遗传多样性分析.结果表明,元江普通野生稻具有较高的遗传变异水平(Ap＝2.6,Hs=0.77),且群体遗传分化系数较大,GST为41.08%,即在遗传变异总量中41.08%存在于居群间.本文还通过对云南元江普通野生稻遗传多样性特点的分析,提出了保护策略.     

滇东南硬叶兜兰核心种质区群体遗传结构

本研究选取国内主要种质采集区-滇东南石灰岩地区7个不同干扰居群为研究对象,旨在对其居群内和居群间遗传变异进行比较研究,以期对其保护措施的提出提供理论依据。通过利用SRAP标记对167个体的遗传多样性和遗传结构研究,结果表明：10对SRAP引物共扩增出288个位点,多态位点比率（PPB）达81.25%,香侬指数（I）为0.3709,在种水平上的具有较高遗传多样性;而居群水平上的多态位点比率仅为47.92%, 香侬指数为0.2348, 居群间平均Nei’s遗传距离为0.1268。经分子遗传变异方差分析（AMOVA）表明,有66.27%的遗传变异来源于居群内,居群间变异占总变异33.73%,此结果与遗传分化系数（Gst=0.3568）结果吻合,居群间基因流（Nm）为0.902, 不同地区间硬叶兜兰居群存在较高的遗传分化; 7个居群的UPGMA聚类在遗传相似性系数达0.863,聚为两支;经Mantel检测（r =0.298, P＞0.05）,表明居群间遗传距离与地理距离无显著相关性。居群当前较高的遗传分化与其交配系统有关,其次,外在因素：人为采集、生境破坏和片断化造成居群内遗传多样性的丧失,加剧居群间的遗传分化,再次,遗传漂变也是另一重要影响因素;此外,适应性进化亦可能加剧了居群间的遗传分化,而基因流对遗传分化的影响不大。     

河北省大豆地方品种遗传基础

以50份河北省大豆地方品种为材料,通过两年对12个农艺性状鉴定和30个SSR位点的分析,结果表明,地方品种农艺性状平均多样性指数为0．83,数量性状平均变异系数为20．15％,30个SSR位点平均等位变异数5．03,平均多样性指数为0．61,参试材料遗传距离平均0．869。利用Bayesian模型将参试材料分为4组。分析结果表明,河北省地方品种的遗传多样性与地理来源或不同熟期类型间没有显著相关。     

忍冬属植物的遗传多样性及其种间关系研究

应用RAPD标记技术对甘肃省境内的23种忍冬属(Lonicera Linn．)植物的遗传多样性及其种间关系进行了探讨。从34个随机引物中共选出9个多态性和重复性较好且谱带清晰的引物,这9个引物扩增出的DNA片段大多在300～3000bp之间,所形成的多态性位点数差距较大。POPGENE 1．31软件分析结果表明：甘肃省忍冬属植物具有较为丰富的遗传多样性,其多态性比率为71．93％,Shannon多样性指数与Nei指数分别为0．3230和0．2086。Nei‘s遗传距离和UPGMA分析结果显示,23种忍冬明显地聚为2大类,其下又有较多分支,即隶属于同一亚组或相近亚组的不同种基本归为一类,其种间关系与传统的形态学分类结果基本一致。但也有个别种的归属及种间关系稍有变化,如形态学上差异较大的毛药忍冬和毛花忍冬在本研究中聚在一起。这可能与不同的分类水平有关。     

遗传标记及其在家禽遗传育种中应用的研究进展

概述了现代分子生物学所发展的各类遗传标记的发展和现状及其在家禽遗传育种中的应用,同时也探讨了数量与质量性状基因定位在动物遗传育种中的应用。     

Natural variants suppress mutations in hundreds of essential genes

The consequence of a mutation can be influenced by the context in which it operates. For example, loss of gene function may be tolerated in one genetic background, and lethal in another. The extent to which mutant phenotypes are malleable, the architecture of modifiers and the identities of causal genes remain largely unknown. Here, we measure the fitness effects of ~ 1,100 temperature‐sensitive alleles of yeast essential genes in the context of variation from ten different natural genetic backgrounds and map the modifiers for 19 combinations. Altogether, fitness defects for 149 of the 580 tested genes (26%) could be suppressed by genetic variation in at least one yeast strain. Suppression was generally driven by gain‐of‐function of a single, strong modifier gene, and involved both genes encoding complex or pathway partners suppressing specific temperature‐sensitive alleles, as well as general modifiers altering the effect of many alleles. The emerging frequency of suppression and range of possible mechanisms suggest that a substantial fraction of monogenic diseases could be managed by modulating other gene products.     

Strategies for genetic conservation of trees in the Peruvian Amazon

Forestry practices and high rates of land clearance for agriculture are causing genetic erosion of valuable tree species in the Peruvian Amazon, thereby endangering the economic sustainability of rural communities and limiting Peru's opportunities for the development of new timber and non-timber forest products. The potential utility and limitations of six low-input interventions to help forestall further genetic erosion in the region are discussed, with a focus on local community involvement. Improved agroforestry systems may help reduce deforestation by increasing farm productivity, although methods to increase the currently low adoption rate of these technologies need to be developed. Use of strategic tree domestication techniques can also improve farm productivity and prevent inadvertent genetic drift and inbreeding associated with traditional domestication practices, although to have a major impact, current programs need to be extended across the region. Woodlot forestry could supplant selective extraction of timber and offers an attractive opportunity for poverty alleviation if appropriate credit and land tenure policies can be developed. However, it may also result in increased deforestation if activities on public land cannot be controlled. The implementation of improved seed collection systems and simple seed transfer guidelines would help to reduce the collection of seed of poor quality and low genetic diversity, and avoid maladapted plantings, although such programs are difficult to monitor and seed costs may increase. Strategic identification and design of in situ conservation areas would help to ensure the viability of conserved populations, but requires the forfeiture of significant revenue from timber concessions.     

中国地方黄牛的遗传多样性*

中国黄牛起源复杂,我国地方黄牛群体不同品种在毛色、形态外貌、细胞遗传学、血液蛋白座位分析均表现出多样性。计算我国黄牛群体6个毛色座位平均杂合度和6个血液蛋白座位平均杂合度分别为0.3144和0.4873,表明我国地方黄牛群体的遗传多样性非常丰富。计算我国黄牛群体的6个毛色座位和6个血液蛋白座位的基因分化系数分别为0.3404和0.095,表明我国黄牛群体毛色差异中有34.04％是由品种间的差异造成的。血液蛋白的多态性有9.5％是由品种间的差异造成的。我国黄牛群体的遗传多样性主要来自品种内的遗传多样性。保存我国黄牛品种资源多样性不仅要从整个中国黄牛群体上考虑,而且要针对每个品种（或类群）进行保种。     

Using clonal replicates to explore genetic variation in a perennial plant species

Summary An experimental design is presented for estimating genetic parameters using a family structure with clonally replicated individuals. This experimental design provides a technique to quantify genetic variation in a population, with partial separation of additive, dominance and epistatic gene action. Our method is offered as an alternative to techniques for estimating epistatic gene action that require several generations and/or inbreeding. Such methods are not particularly useful for long-lived perennials with long generation cycles. An example of the analysis is given with a forest tree species, Populus deltoides Bartr., and parameter estimates are presented for traits measured over 8 years.     

野古草种群克隆的遗传变异和遗传结构

用酶电泳法和同工酶分析对东北松嫩草原西北部野古草种群克隆遗传变异性和种群遗传结构做了探讨。讨论了遗传多样性、地理距离和遗传距离之间的关系、大种群和小种群的遗传变异性和种群间的基因流 ;种群间 ,包括大种群和小种群间基因流、遗传和地理距离对遗传多样性的影响、昆虫和风传粉、种群籽苗的补充、遗传多样性的发生和保持 ,自交不亲和性和无性繁殖及体细胞突变     

DNA polymorphisms detect ancient barriers to gene flow in Basques

This work features the first district-by-district analysis of all provinces in the Iberian Peninsula with an autochthonous Basque population, and indicates the existence of genetic heterogeneity. The populations cluster in three groups arising from processes of genetic drift which probably occurred in pre-Mesolithic times, and were probably those which repopulated the southern areas of the Basque Country after the Last Glacial Maximum. It seems that from that period onwards, the population settled in three major groups (West Basques, Central Basques, and East Basques), along geographical axes which appear substantial in the maintaining of each population unit. This genetic structure is probably reflected in other aspects such as the existence of ancient tribes and the dialects of the Basque language, the boundaries of which may be related at origin and which are quite similar to those detected in this work. Our results indicate that the populations of the Basque Country are genetically close to other neighboring populations, such as that of Aragon, which may indicate an outgoing gene flow from the Basque area down the River Ebro towards the Mediterranean seaboard. While our short tandem repeat data suggest that population structure within the Basques dates back to the Mesolithic, our findings are also consistent with the hypothesis that patterns of modern European genetic diversity have been shaped mainly during the Neolithic.