细胞质雄性不育花椰菜保持系特异分子标记的鉴定及序列分析

以花椰菜细胞质雄性不育系NK-6和相应保持系NK-6B为材料进行RAPD分析,筛选了406条RAPD引物,共获得了2160条清晰可辨的条带,平均每个引物产生5-10条。其中引物S2121在两系的扩增中表现出多态性,在保持系中特异扩增出一条934bp的片段。克隆、测序,根据测序结果设计特异性引物,将RAPD标记转化成特异PCR标记,命名为S2121900。经Southern点杂交分析及对单株和多份候选材料的检测证实该标记为花椰菜保持系所特有,可用于候选保持系的早期筛查。序列分析表明该片段与油菜、拟南芥线粒体上的序列有较高相似性,因此推测该片段亦可能来源于线粒体基因组。本研究为从另一角度解释花椰菜细胞质雄性不育的分子机制提供了新线索。     

黄瓜霜霉病抗病基因的RAPD及SCAR标记

以感霜霉病黄瓜L18-10-2和抗霜霉病黄瓜129为亲本构建F2代分离群体,以F3代植株霜霉病抗性鉴定表示F2代各单株抗病性并得以区分各单株杂合或纯合感病性,采用RAPD技术和转SCAR的方法筛选黄瓜抗霜霉病基因分子标记.结果显示,在318条RAPD引物中有18条引物表现出两亲本间多态性,其中引物P18的SB-SP18561扩增片段与霜霉病抗病基因之间紧密连锁,根据交换率和Kosambi函数公式计算其遗传距离为7.85 cM.回收SBSP18561片段并克隆和测序,其准确长度为561 bp.将该RAPD标记转换为SCAR标记,长度为494 bp,命名为SSBSP18494.     

5种杂交粳稻亲本SCAR标记的建立及其在真伪纯度鉴定中的应用

选用36个随机引物对"寒丰A"、"寒丰B"、"8204A"、"8204B"、"R161"等5份杂交粳稻亲本材料进行RAPD扩增,对其中特异RAPD标记片段进行克隆和测序.根据获得的特异DNA序列设计序列特征扩增区(SCAR)特异的引物,将18个RAPD标记转化成6个稳定的SCAR标记.用这些SCAR标记对亲本和杂种F1代单株进行检测,实验室检测种子纯度的结果与海南田间种植的结果基本一致.此外,应用水稻细胞质雄性不育特异的1对PCR引物,分辨出2对不育系/保持系亲本:"寒丰A"与"寒丰B"、"8204A"与"8204B".     

SCAR标记在茶树种质资源鉴定中的应用

SCAR标记是一种在RAPD技术的基础上发展起来的新型分子标记技术,提高了分子标记辅助选择育种的效率,在茶树种质资源的合理开发与利用中具有广阔的应用前景.运用优化后的RAPD反应体系对10个茶树品种的基因组DNA进行遗传差异分析,随机引物S89、S4分别在白毫早和福云6号中扩增得到长度为498 bp、1 622 bp的差异片段,命名为BHZ498、FY1622.根据它们的测序结果分别设计了一对特异引物,BHZ498的特异引物为SB1/SB2;FY1622的特异引物为SC1/SC2,用这两对特异引物对10个茶树品种的基因组DNA进行扩增.引物SB1/SB2和SC1/SC2分别在白毫早和福云6号中扩增出唯一的一条扩增带,而这两对引物在其他供试茶树材料中均无相应的扩增带,结果表明已将BHZ498、FY1622标记成功转化成SCAR标记.     

红鲫C1HD近交系RAPD标记的建立

目的建立红鲫C1HD近交系的RAPD标记。方法从80条随机引物中筛选出20条扩增效果和多态性较好的引物,对8尾红鲫C1HD近交系和8尾普通红鲫基因组DNA进行RAPD扩增。结果S333引物扩增出一条特异性条带,大小约为2.1 kb。结论S333引物扩增出的特异性条带可以作为区分普通红鲫与红鲫C1HD近交系的分子遗传标记。     

亚麻抗锈病基因M4的特异分子标记

用520个10碱基随机引物对含有亚麻抗锈病基因M4的近等基因系材料NM4及其轮回亲本Bison进行RAPD分析,其中OPA18引物在NM4材料中稳定地扩增出特异的DNA片段。用Bison与NM4杂交产生的F2分离群体进行的遗传连锁性分析表明,RAPD标记OPA18432与M4基因紧密连锁,二者之间的遗传距离为2.1cM。将OPA18432片段回收,克隆和测序,成功地将其转化为SCAR标记。对不同抗源材料的扩增分析表明,该标记是M4基因的特异标记。目前这一标记已成功地应用于亚麻抗锈病基因M4的分子标记辅助选择育种。     

BALB/c小鼠遗传质量检测的新方法

目的比较随即扩增多态性方法（RAPD）、微卫星方法（STR）与生化标记方法对近交系小鼠遗传质量检测的差异,为近交系动物遗传质量控制提供一种分子生物学方法。方法提取近交系小鼠BALB/c基因组DNA,用6条RAPD引物和20对STR引物对其进行PCR扩增,用生化标记法检测13个位点。结果在6条RAPD引物中,引物2（p2）、引物3（p3）、引物5（p5）和引物6（p6）这四条引物扩增的条带出现差异,表现为不同的RAPD图谱;在20对STR引物中,引物2、4、10和11,这四对引物扩增的条带出现差异,表现为不同的STR图谱;13个生化标记位点中,过氧化氢酶-2（Ce-2）等6个生化位点发现杂合基因。结论RAPD和STR可用于验证生化标记方法的实验结果,并用于保证近交系动物的遗传质量。     

小麦品种Triticum spelta album中抗条锈病基因Yr5的RAPD标记

共用520个10碱基随机引物对小麦抗条锈基因Yr5的近等基因系进行了RAPD分析,发现了3个特异性DNA片段S1496、S14181950与Yr5基因连锁,其中S1496761与Yr5基因紧密连锁,遗传距离为2．7cM。经对特异性DNA片段S1496 761进行克隆,测序,设计了PCR扩增用专化引物SC－S1496 761a和SC－S149676b,用该引物可扩增出与原RAPD引物扩增出的相似的特异DNA片段,由于该引物还可扩增出迁移率极为相近的另1条非特异带,在琼脂糖凝胶上难以分辨,需用聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染进行检测,经用F2分离群体及部分相关品种材料检测,已证明该标记的可靠性。     

谭清苏铁性别连锁的RAPD和SCAR分子标记

利用RAPD(Random amplified polymorphicDNA)分子标记技术,寻找谭清苏铁(Cycas tanqingii)中与性别相关的分子标记,筛选了160个10bp的随机引物,产生了2500多个RAPD条带。只有引物S0465(CCCCGGTAAC)产生了一条大约500bp的雌性特异RAPD标记,该分子标记出现在所有的供试雌性植株中,而所有的供试雄性植株都不具有该标记。对该特异片段进行了克隆和序列测定,并根据序列分析结果将RAPD标记转化为重复性和特异性更好的特异特征序列扩增区域(SCAR)分子标记,并命名为STQC-S465-483。分子标记的建立可用于谭清苏铁幼苗性别的早期鉴定,为谭清苏铁就地保护和迁地保护提供技术支持。     

耐盐绒毛白蜡特异性SCAR分子标记的鉴定

该研究以耐盐型和盐敏感型绒毛白蜡及其F1代为材料,采用混合品系分析法进行RAPD分析。结果显示:在随机选取的150个10碱基随机引物中,仅有引物S20在耐盐基因池和盐敏感基因池间扩增出特异而可重复的592bp的多态性片段,命名为S20-592。获得的RAPD标记S20-592经克隆、测序、重新设计一对特异性引物转化成更稳定的SCAR标记。通过F1代个体验证,耐盐型个体均能扩增出此差异条带而盐敏感型个体中不能扩增出此差异条带,证明该SCAR标记的特异引物可用于耐盐绒毛白蜡物种的快速分子鉴定。     

羊肚菌栽培菌株遗传多样性分析及种特异性RAPD-SCAR标记开发

近年来中国的羊肚菌Morchella spp.栽培技术取得了长足进步,但基础研究薄弱影响其稳产和高产,国内外尚无羊肚菌栽培菌株种质资源遗传多样性的研究报道。本文对来自全国12省份的36个羊肚菌栽培菌株进行了ITS系统发育分析,并采用RAPD进行了遗传多样性评价。结果表明,结合有效的参考菌株序列,通过ITS序列分析可以将供试菌株进行区分和鉴定,在36个菌株中,26个菌株属于梯棱羊肚菌Morchella importuna,其他10个菌株属于六妹羊肚菌M. sextelata;将自40条RAPD引物中筛选出的14条用于供试菌株遗传多样性分析,共扩增出124条多态性条带;UPGMA聚类可将供试菌株分为两大类群,分别对应于ITS系统发育分析中的梯棱羊肚菌和六妹羊肚菌两个物种,梯棱羊肚菌种内菌株多态性高于六妹羊肚菌。OPA17引物和OPA18引物分别在AA02和AA15菌株中扩增出具有唯一性的特征条带,对两个特征条带进行回收测序后,设计出两个特异性SCAR的引物,它们能有效地从36个供试菌株群体中将菌株AA02和AA15鉴别出来。本文首次全面系统地采用ITS分析鉴别了我国羊肚菌栽培菌株的种性,采用RAPD分子标记系统地评价了羊肚菌栽培菌株的遗传多样性,并验证了RAPD分子标记转化为菌株特征性SCAR标记的可行性。     

鸢尾属部分植物种质资源的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术,从100个随机引物中筛选出多态性强、重复性好且稳定性高的引物18个,对38份野生鸢尾属材料进行扩增,共扩增出409条带,其中多态性带405条,多态性比率为99.0%,表明野生鸢尾属植物种间有丰富的遗传多态性;根据DNA谱带计算物种间遗传距离,聚类分析结果将鸢尾属38份材料划分为6组,其结果与传统生物学特性划分的6个亚属的分类结果基本一致;物种特有RAPD标记分析表明,利用18个引物可以较好地将鸢尾属38种植物区分开,其中9个材料得到了单一标记的扩增带,表明运用RAPD分子标记对研究鸢尾属植物特异性基因及标记的筛选等有一定的理论和实际应用价值。     

葡萄感霜霉病基因的分子标记(英文)

 在葡萄抗病育种中 ,幼苗期排除感霜霉病的后代具有特别重要的意义 .用 BSA,RAPD和SCAR方法研究了葡萄感霜霉病基因的分子标记 .分析了两个种间杂交组合 [毛葡萄 (抗病 )×欧洲葡萄 (感病 ) ]88- 1 1 0和 88- 84与 88- 1 1 0的 F1代自交或互交所得的 3个 F2 代 ,以及欧洲葡萄品种和中国野生葡萄种 .共筛选了 2 80个随机引物 .引物 OPO1 0产生了一个 RAPD标记 OPO1 0 - 80 0与葡萄感霜霉病主效基因紧密联锁 .将该 DNA片段克隆并测序 .OPO1 0 - 80 0的实际长度为 835bp,所以 OPO1 0 - 80 0应为 OPO1 0 - 835.据其两端序列 ,设计了一对长度为 2 6bp和 2 8bp的特异引物分别扩增上述试材 ,获得了与该 RAPD标记相同大小的一条带 ,将 RAPD标记转化为 SCAR标记SCO1 0 - 835.并证实了此 SCAR标记的通用性 ,该 SCAR标记可用于葡萄抗病育种中杂种后代对霜霉病的抗病与感病性鉴定 .     

与苹果Co基因紧密连锁的RAPD标记的筛选及其SCAR标记转换

以短枝富士(Spur Fuji)X舞姿(Telamon)的105株F1群体为试材,利用RAPD技术,结合集群分类分析法(BSA)进行了苹果柱型基因(Co)分子标记的研究。通过对300条随机引物的筛选,获得一个与Co基因紧密连锁的RAPD标记S1142682,连锁距离为2．86cM。对该标记片段进行序列测定,然后根据序列特点设计了4条特异引物(其中正向引物与反向引物各两条)。PCR结果显示,这4条引物的4种组合都可以扩增出柱型性状的特征带。选其中之一进行群体上的分析,结果表明该SCAR标记特征带与柱型性状的共分离行为与原RAPD标记表现一致。可见,此组合的引物可以作为该SCAR标记的特异引物。通过对S1142682标记片段序列分析发现,在 45～ 251区域含有一个可编码68个氨基酸残基的ORF。     

水稻抗褐飞虱基因SCAR标记的获得

采用282个随机引物对药用野生稻1665和栽培稻桂99远缘杂交的抗褐飞虱近等基因系B3F4分离群体的不抗池DNA和抗池DNA进行了特异性RAPD标记筛选,从中筛选到一个具有明显的特异性扩增带谱的RAPD标记S1159,序列分析表明,S1159序列长度为1408bp,与基因库中已报道的水稻第四号染色体的BAC克隆(编号OSJNBa0070O11)序列(67114-69100)有51.86%的同源性。为了提高所找到的RAPD标记S1159在应用上的稳定性,将RAPD标记转化为SCAR标记检测近等基因系群体,结果表明与RAPD标记结果一致,说明该研究得到的RAPD标记具有较好的稳定性和重复性,为进一步的研究打下了良好的基础。     

Detection of section-specific random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers in Lilium

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers were utilized for the identification of Lilium species and inter-specific hybrids. The optimum annealing temperature of the polymerase chain reaction (PCR) for the RAPD assay in Lilium was 54 °C, which is relatively higher than the temperature used for other genera reported by previous researchers. Among 76 primers used to amplify genomic DNA by PCR, 18 primers (24%) generated polymorphic DNA fragments in Lilium species and hybrids. Cultivars were also identified by RAPD markers. Some amplified fragments were unique to species of each section and to hybrids derived from these species; that is, they were the section-specific DNA markers. Sections, Sinomartagon, Leucolirion b, Leucolirion a and Archelirion could be identified by 6 section-specific markers amplified with five primers. Seven inter-section hybrids showed the section-specific bands of both parental sections, indicating that these markers would be useful for identifying the parental sections of inter-section hybrids.     

A novel specific DNA marker in Saccharomyces bayanus for species identification of the Saccharomyces sensu stricto complex

This study was based on RAPD fingerprinting for species identification of the Saccharomyces sensu stricto complex. 40 random primers were used for RAPD analysis. The results showed that one of these primers, OPT-18, produced a 974 bp species-specific band, which was only found in the tested S. bayanus. Afterward this specific fragment was isolated from agarose gel and ligated into vector for DNA sequencing. A pair of primer SpeOPT18Sbay-F2 and SpeOPT18Sbay-R2 were designed according to the cloned species-specific sequence, which was employed for PCR with the template DNA of the S. sensu stricto strains, single 779 bp species-specific band was only found in S. bayanus. Therefore, we conclude that our novel species DNA marker could be used to rapidly and accurately identify the species of S. bayanus from S. sensu stricto complex by direct PCR.     

甘蔗种质间亲缘关系及特异标记的RAPD分析

采用RAPD技术分析甘蔗种质问的亲缘关系及特异标记。筛选出25个扩增多态性较强的随机引物,构建了41份甘蔗种质的RAPD指纹图谱,并对RAPD数据进行UPGMA聚类分析。甘蔗栽培品种之间、栽培品种与近缘种之间以及近缘种相互间的遗传相似系数变异范围为0．56～0．92,表明所研究的甘蔗种质之间的亲缘关系较近。此外,发现某些甘蔗亲本种质具有特异RAPD标记带。