人Xp11.2区4.3MbYAC重叠群：大尺度限制图与CpG岛分析

人Ｘｐ１１．２区域具有重要的医学遗传学和基础遗传学价值,它包含很多遗传疾病基因,且至少包含一个逃避Ｘ染色体失活的位点,非常规的基化多态也有发现。我们利用这一区域已知的一系列ＤＮＡ位标,从我们构建的ＹＡＣ库中筛选出一系列ＹＡＣ克隆。     

人Xp21．1－p21．3上3．5MbYAC重叠群构建及物理图谱分析

用Ａｌｕ－ＰＣＲ指纹图谱法分析了人Ｘｐ２１．１－ｐ２１．３上一系列的酵母人工染色体（ｙｅａｓｔａｒｔｉｆｉｃｉａｌｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ,ＹＡＣ）克隆,发现其中的两个ＹＡＣ克隆构成包含ＤＸＳ１６６位点的重叠群,而且这一重叠群与以前构建的包含ＤＭＤ基因全序列的ＹＡＣ重叠群相连接,ＹＡＣ克隆末端探针交叉杂交证实了这一重叠,使这一ＹＡＣ重叠群至少延伸至ＤＸＳ１６６位点,形成一个跨度为３．５Ｍｂ的ＹＡＣ重叠群。基于这些重叠的ＹＡＣ克隆绘制了这一区域的大尺度限制酶切图谱,并在这一图谱上定位了ＤＸＳ１６６位点,从而确定了ＤＸＳ１６６位点与ＤＭＤ基因的物理关系。这一工作为ＤＭＤ基因的５＇远端调控作用研究及该区域未知基因的克隆奠定了基础。     

人类X染色体Xp11.3—21.3区部分YAC重叠群构建及大尺度物理图谱分析

人类Ｘ染色体短臂１１．３－２１．３区是含有视网膜色素奕性等种遗传基因位点的区域。我们对这个具有重要医学生物学意义的区段进行了ＹＡＣ重叠群构建及大尺度物理作图。用这一区域已知的探讨（ＯＴＣ２ｂＡ３、ＤＭＤｃＤＮＡ），以ＹＡＣ菌落原杂交法及ＰＣＲ法进行了ＹＡＣ的筛选；也采用了法国ＣＥＰＨ和英国ＩＣＲＦ的部分ＹＡＣ，总共得到了７７个阳性ＹＡＣ。对上述ＹＡＣ进行了长度测定。２６对微卫星ＳＴＳ图谱分析，单拷     

水稻Xa21基因在水稻和玉米中的比较物理定位

比较基因组分析证明,禾本科不同种基因组间存在广泛的同线性和共线性。对水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）这一模式植物与其它禾本科植物基因的原位杂交比较定位可以揭示禾本科植物基因组结构的共同特点和进化规律。利用含Ｘａ２１基因的ｐＢ８２２作探针筛选水稻的细菌人工染色体（ＢＡＣ）文库,建立了一个包含３个ＢＡＣ克隆的重叠群。用生物素标记其中一个ＢＡＣ克隆,对水稻“广陆矮４号”和玉米自交系黄早四进行了染色体荧光原位杂交。同时,用ｐＢ８２２也作了原位杂交检测。在水稻第１１染色体长臂中间检出了杂交信号,信号与着丝粒的百分距离约为２４。在玉米的第１、３和第８染色体长臂观察到杂交信号,表明玉米基因组中具有三个Ｘａ２１的同源序列座位。ＢＡＣＦＩＳＨ的信号检出率达在４０％以上,大大高于质粒探针ｐＢ８２２的检出率（１５％）,而且可在同源染色体和姊妹染色单体上同时检出杂交信号的比例较高,证明了利用ＢＡＣ克隆荧光原位杂交进行比较物理定位的可行性和优越性。在ＢＡＣＦＩＳＨ中必须用相应基因组的ＣｏｔⅠＤＮＡ封阻,以排除重复序列的干扰。     

优良水稻品种“明恢63”BAC文库的构建

“明恢６３”是我国许多重要的水稻杂交组合中的恢复系。为了对其进行深入的遗传学研究以及克隆控制重要农艺性状的基因,以细菌人工染色体（ｐＢｅｌｏＢＡＣ１１）为载体,克隆经限制性内切酶消化后部分收集的“明恢６３”基因组ＤＮＡ,将连接混合物转化细菌ＤＨ１０Ｂ,构建了细菌人工染色体（ＢＡＣ）文库。该文库共有２６０００个转化子,插入片段为９０～２４０ｋｂ,平均大小为１５０ｋｂ。经计算该文库覆盖９倍水稻基因组。该文库正在用于构建几个基因所在区段的物理图谱,为图位克隆打下基础     

人vigilin基因5'端调控区域的研究

在克隆了人基因组全长ｖｉｇｉｌｉｎ基因的基础上,对其５端转录调控区域再克隆,获得Ｖｉｇ－ＣＧ５－７Ｅ克隆,再用限制酶ＡｐａⅠ和ＥｃｏＲⅠ切除３端约４ｋｂ部分,得到Ｖｉｇ－ＣＧ５－７Ｅ３ＡＥ克隆,并对该克隆进行双向测序分析．结果表明：克隆Ｖｉｇ－ＣＧ５－７Ｅ用ＡｐａⅠ酶消化后,用ｃＤＮＡ上游开始的２０个碱基组成的寡聚核苷酸做探针进行分子杂交,可见一条小于０．１ｋｂ杂交带,根据物理图谱分析,位于Ｖｉｇ－ＣＧ５－７Ｅ３ＡＥ克隆的ＡｐａⅠ端,从而推断该克隆含有转录调控元件,５端序列分析得到二个ＴＡＴＡ盒,一个ＣＡＡＴ盒和一个ＧＣ盒以及二个可能的Ａｐ－１和Ａｐ－２结合位点．认为ＧＣ盒可能为人ｖｉｇｉｌｉｎ基因启动子的组成部分     

破伤风霉素C片段基因克隆,重组表达及免疫原性研究

应用ＰＣＲ技术从破伤风梭状芽孢杆菌ＤＮＡ中扩增出１．４ｋｂ ＤＮＡ基因,将其克隆到ｐＣＵ１８质粒中,经测序证明该ＤＮＡ片段为破伤风片段Ｃ的基因,并将此基因片段亚克隆到时ｐＧＥＸ－４５－２,构建成表达质粒ｐＧＥＸ－ＴＣ,在Ｅ．ｃｏｌｉ中进行表达。     

p53基因对人胃癌细胞系恶性生长的影响

以ｐ５３ｃＤＮＡ为探针,用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹法对人胃癌细胞系ＢＧＣ８２３进行了检测,发现该细胞中ｐ５３基因存在异常,将可在真核细胞表达的重组野生型Ｐ５３质粒ｐＣ５３－ＳＮ３和突变型ｐ５３质粒ｐＣ５３－ＳＣＸ３,用指质体介导法,分别导入ＢＣＧ８２３细胞,获得了较长时间受Ｇ４１８的多个阳性克隆。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ抑迹法证实阳性克隆细胞中有外源性ｐ５３基因存在。     

拟南芥LFYcDNA的克隆及转化菊花的研究

以野生型拟南芥（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ（Ｌ．）Ｈｅｙｎｈ．）为材料,克隆并测序了Ｌｅａｆｙ（ＬＦＹ）基因的全长ｃＤＮＡ;同时构建了ＬＦＹｃＤＮＡ以ＣａＭＶ３５Ｓ为启动子的植物表达载体,并转化菊花（Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ（Ｒａｍａｔ．）Ｔｚｖｅｌ．）。该ｃＤＮＡ全长１２６３ｂｐ,共编码４２０个氨基酸残基,Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交结果表明,ＬＦＹｃＤＮＡ整合到菊花染色体组中。跟正常植株相比,转基因植株中有３株分别提早６５、６７、７０ｄ开花,２株分别推迟７８、９０ｄ开花。     

猪生长激素基因在杆状病毒载体系统中的表达

通过对猪生长激素（ｐＧＨ）基因的ｃＤＮＡ进行测序,得到ｐＧＨｃＤＮＡ的全序列,并与Ｓｅｅｂｕｒｇ等报道的序列进行了比较和讨论。然后利用具人工合成启动子和多角体蛋白ＸＩＶ启动子的转移载体质粒ｐＳＸＩＶＶＩ＾＋Ｘ３／４构建出含ｐＧＨ基因的重组质粒ｐＸ３／４－ｐＧＨ。将ｐＸ３／４－ｐＧＨ与致死缺失型线性化ＡｃＭＮＰＶ－ＯＣＣ＾－ＤＮＡ共转染Ｓｆ９细胞,构建出既能形成多角体又能表达ｐＧＨ基因的苜蓿丫纹夜蛾     

黑曲霉糖化酶基因表达调控的研究：Ⅱ.A.niger T21和3.795glaA基因 …

对糖化酶高产菌株Ａ．ｎｉｇｅｒＴ２１和原始菌株Ａ．ｎｉｇｅｒ３．７９５和ｇｌａＡ５′上游区的序列分析证明,两者在１．５ｋｂ的区域内有９个部位的碱基不同。为考察这些碱基差异是否是引起Ｔ２１ｇｌａＡ基因转录水平提高的原因,构建了以Ｔ２１和３．７９５ａｌａＡ基因转录调控区及Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ ｔｒｐＣ基因终止子为表达元件的Ｅ．ｃｏｌｉ ｈｐｈ基因表达载体（ｐＸＨ１２和ｐＧＨ１）,用ｐＸＨ２和ｐＧＨ１分     

用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒（ＣＡＶ）环形基因组ＤＮＡ（全长２．３ｋｂ）的ＥｃｏＲＩ位点和ＢａｍＨＩ位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用ＰＣＲ技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的ＣＡＶ感染的ＭＤＣＣＲＰ１细胞基因组ＤＮＡ中,分别扩增出包含ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ分割开的病毒基因组两部分（１．５ｋｂ和０．８ｋｂ）约１．５ｋｂ和约１．２５ｋｂ的两个片段。再将其中相应序列拼接克隆进ｐＵＣ１８载体,获得包含ＣＡＶ全基因组序列ＤＮＡ片段的克隆质粒ｐＣＡＶ２．４。酶切分析表明,该质粒具有预期的ＢａｍＨＩ位点、ＰｓｔＩ位点、ＨｉｎｄⅢ位点,而预期的ＥｃｏＲＩ位点消失。重组质粒插入ＤＮＡ片段的两端序列分析表明,质粒ｐＣＡＶ２．４是包含ＣＡＶ全基因组序列的重组质粒,插入ＤＮＡ片段序列中的ＥｃｏＲＩ位点序列发生了一个碱基突变。     

枯草杆菌启动子—信号肽序列的克隆及序列分析

利用含红霉素抗生基因和缺启动子－信号肽序列的氨苄青霉素抗性基因的双功能质粒ｐＧＰＢ１４为探针载体,克隆了枯草杆菌的启动子－信号肽序列并对克隆的片段进行序列分析。枯草杆菌染色体ＤＮＡ经Ｓａｕ３Ａ酶解后与ＢａｎＨＩ酶切的质粒ｐＧＰＢ１４连接,转化大肠杆菌Ｃ６００,筛选抗氨苄青霉素及抗红霉素的转化子,从双抗性转化子中提取重组质粒并经酶切分析,显示克隆的ＤＮＡ片段在０．２７－１．５ｋｂ之间。用Ｓａｎｇｅｒ     

黑麦B染色体端粒相关序列的克隆

利用显微切割技术,分离了黑麦（ＳｅｃａｌｅｃｅｒｅａｌＬ．）１０个Ｂ染色体短臂端部片段,并利用寡核苷酸引物（ＣＣＣＴＡＡＡ）３及新建立的二级单引物序列ＰＣＲ扩增法,扩增了黑麦Ｂ染色体端粒相关序列。染色体原位杂交实验将ＰＣＲ产物定位于Ｂ染色体短臂末端,多数Ａ染色体末端也显示清晰的杂交信号。部分ＰＣＲ产物克隆到ｐＵＣ１９载体中,对其中一个克隆子ｐｐ３的序列分析结果表明,它与玉米亚端部克隆子ｐＢＦ２６６部分区域的同源性为９２％。就目前资料检索,黑麦、玉米端粒相关序列具有高度同源性还未见报道。对这一实验设计在构建高密度ＲＦＬＰ图谱中的应用进行了探讨     

CD3ε和PMA对fas基因转录调控作用的研究

研究了ＣＤ３ε和ＰＭＡ对细胞凋亡基因ｆａｓ的转录调控作用．根据已知的人ｆａｓ基因５＇上游序列设计引物,用ＰＣＲ法从人胸腺细胞基因组ＤＮＡ中扩增出ｆａｓ５＇上游长为４４６ｂｐ的启动子片段．将此片段定向克隆到以虫荧光素酶为报告基因的真核细胞表达载体ｐＸＰ２中．经限制性内切酶酶切鉴定及序列测定分析表明此重组表达质粒ＤＮＡ的结构和序列正确．用此质粒（ｐＸＰ２－ｆａｓｕｐ）瞬时转染人ＪｕｒｋａｔＴ淋巴细胞,分析报告基因的表达水平．结果表明ｆａｓ基因上游－５０６到－６０的区域有弱启动子活性,约是阴性对照的１．５倍．抗ＣＤ３ε抗体和ＰＭＡ处理均可增强ｆａｓ启动子的活性,促进报告基因的表达,其虫荧光素酶活性分别是未经处理的ｐＸＰ２－ｆａｓｕｐ转染细胞的１．７倍和３．３倍,但二者没有协同作用．ＰＫＣ的抑制剂ｓｔａｕｒｏｓｐｏｒｉｎｅ和ＰＴＫ的抑制剂ｈｅｒｂｉｍｙｃｉｎＡ可抑制ＰＭＡ诱导的ｆａｓ基因转录,使虫荧光素酶基因的表达降至未用ＰＭＡ处理的水平．但ＰＴＫ的另一种抑制剂ｇｅｎｉｓｔｅｉｎ可与ＰＭＡ发挥协同作用,上调ｆａｓ基因的转录,使虫荧光素酶活性增加到５倍．这些结果为阐明ＣＤ３ε及ＰＭＡ介导Ｔ淋巴细胞激活和凋亡的分子机制     

黄瓜线粒体DNA类质粒pC1的性质和核酸序列研究

津研四号黄瓜线粒体中除主环ＤＮＡ外,还有４种ＤＮＡ类质粒：ｐＣ１、ｐＣ２、ｐＣ３、ｐＣ４。将环形类质粒ｐＣ１ｌｐｋ ｇｃ ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ位点上,克隆至Ｅ．ｃｏｌｉ ＪＭ１０９中。以克隆的ｐＣ１为探针,进行同源性检测,ｐＣ１与津研四号黄瓜的核基因组、叶绿体基因组、线粒体基因组和线粒体中其他类质粒不同源。对ｐＣ１进行序列测定和分析,ｐＣ１长度２ ８８９ｂｐ,含有多个正向和反向重复序列,有３个８     

CS3纤毛抗原表达调控机理的研究

ＣＳ３是某些肠毒素大肠杆菌菌体表面上的多聚物,它能使病原菌粘附于宿主的小肠上皮细胞上,是致病的重要因素．为了探索ＣＳ３菌毛抗原基因的表达调控机制,根据ＣＳ３亚基结构基因的核苷酸序列分析表明,在其翻译起始位点的上游存在着ｒｂｓ位点及原核启动子的－１０区和－３５区ＤＮＡ序列．采用基因重组技术将ＣＳ３结构基因上游１２０ｂｐ的ＤＮＡ片段亚克隆进缺乏启动子而只含报告基因ｌａｃＺ的质粒ｐＣＢ２６７中．凝胶滞留和启动报告基因表达的实验证明了ＣＳ３亚基结构基因具有自身的启动子（Ｐｓ）．将该启动子上游区域不同长度的核苷酸片段克隆进ｐＣＢ２６７中,报告基因表达结果表明ＣＳ３结构基因的表达受其上游区域的抑制．核苷酸序列分析发现,在Ｐｓ－３５区上游５５０ｂｐ和８４０ｂｐ处各存在一个富Ａ－Ｔ簇．结合原核启动子的一般作用规律推知,ＣＳ３的表达可能受ＤＮＡ结合蛋白型的正向调节因子的作用．用ＣＦＡ／１菌毛抗原基因的正向调节基因ｃｆａＤ对ＣＳ３基因进行的互补表达试验表明ｃｆａＤ基因不仅可消除上游区对Ｐｓ的抑制,而且可大幅度地提高Ｐｓ的启动能力．在分析表达调控的基础上获得ＣＳ３重组高效表达．同时提出了其表达调控模型．     

YAC修饰和原生质体融合法转移进哺乳动物细胞

应用ＤＮＡ同源重组的方法对酵母人工染色体（ＹＡＣ）进行修饰,用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交和ＰＣＲ等方法证实ｎｅｏ基因整合于ＹＡＣ上,通过ＰＥＧ介导的原生质体融合法将一个３３０ｋｂＹＡＣ导入Ｌ９２９细胞,得到Ｇ４１８抗性克隆。     

变铅青链霉菌66中对噬菌ΦHAU3显示抗性的基因（ψHAU3￣R）的核苷酸定序和分析

杂合质粒ｐＩＪ８３１０是链霉菌低拷贝质粒ｐＩＪ９２２１携带了１０．８ｋｂ来自变铅青链霉菌ＪＴ４６菌株,编码对噬菌体ΦＨＡＵ３抗性的ＤＮＡ片段。已知Ｔｎ４５６０插到该克隆中３ｋｂ的ＥｃｏＲＩ或３．３ｋｂ的ＢａｍＨＩ片段（这两个片段之间有２．５ｋｂ的重叠区）上,中断了ΦＨＡＵ３抗性基因的表达。已将３．０ｋｂ的ＢｃｏＡＩ片段分别以两种不同的取向克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＳＫ（＋）上。核苷酸序列分析揭示出一个１．３ｋｂ的ＯＲＦ的存在,其所编码的４７８个氨基酸组成的蛋白与λ噬菌体的ｅａ５９基因所编码的氨基酸序列显示了高度的同源性,其氨基酸序列的同一性高达３７％,相似性达５８％,而λ噬菌体的ｅａ５９基因是编码赖ＡＴＰ和单键ＤＮＡ的核酸内切酶Ｉ的,该区域与λ的复制无关。此外,这段具有高度同源性的ＤＮＡ区域的Ｇ＋Ｃ％只有６０％,低于变铅青霉菌ＤＮＡＧ＋Ｃ％的平均值（７４％）。     

大豆单染色体的显微分离及体外扩增

采用玻璃针分离法,通过显微操作器成功地分离到大豆（ＧｌｙｃｉｎｅｍａｘＬ．）单染色体。将分离到的两条大豆染色体分别放入两个０．５ｍＬＥｐｐｅｎｄｏｒｆ管中,经Ｓａｕ３Ａ酶切,并在染色体ＤＮＡ片段两端加上Ｓａｕ３Ａ人工接头后,进行两轮ＰＣＲ扩增,得到０．３～３ｋｂ之间的ＤＮＡ片段。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交表明,这些大豆单染色体扩增片段与大豆基因组ＤＮＡ之间有同源性,从而证明两条单染色体ＤＮＡ确实已被成功地扩增了,同时表明两条不同的大豆单染色体扩增产物存在一定的差异。在常规的倒置显微镜下对小型染色体进行了显微分离,为小型单染色体ＤＮＡ的体外扩增及微克隆奠定了基础。