辽宁省白头翁叶斑病菌的遗传多样性

白头翁叶斑病是近年来我国新报道发生的一种白头翁叶部病害,在辽宁省保护地白头翁生产中病害尤为严重.对采自辽宁省5个白头翁主产区的25株白头翁叶斑病菌(Ascochyta anemones)菌株及中国农业科学院惠赠的5个壳二孢属(Ascochyta spp.)菌株进行RAPD分析.结果表明:11条随机引物共扩增得到条带清晰并呈多态性的108条谱带,单个引物扩增DNA片段集中分布在200～ 2000 bp.采用NTSYS软件进行病原菌的聚类分析,发现供试的30株壳二孢菌的遗传相似系数为0.56～0.98,当相似系数为0.62时,30个菌株被划分为4个类群,说明辽宁省白头翁叶斑病菌具有丰富的遗传多样性.RAPD遗传聚类组群与白头翁叶斑病菌菌株的地理来源有一定的相关性,不同寄主来源的菌株之间存在明显的遗传差异.     

33株尖孢镰刀菌遗传多样性的ISSR分析

为明确尖孢镰刀菌种内各菌株间的遗传差异与亲缘关系,采用ISSR分子标记技术对33株地理来源不同的尖孢镰刀菌进行了遗传多样性分析.结果表明:利用筛选出的11条引物扩增出105条条带,其中多态性条带91条,多态性位点比例为86.7％;遗传相似性与聚类分析结果供试菌株间的遗传相似系数为0.606 ～0.962,平均0.756,当遗传相似系数为0.962时,供试的33株菌可被全部区分开.表明,尖孢镰刀菌基因组在SSR区域具有丰富的多态性.寄主来源相同的供试菌株间的遗传相似性与其地理来源有一定的相关性.     

华南瓜类疫霉的RAPD遗传多样性分析

为了解来自广东和广西的瓜类疫霉的遗传多样性,利用从180条RAPD引物中所筛选出的多态扩增性强、重复性好的12条引物,对分离自两省区的96株瓜类疫霉进行了全基因组DNA遗传多样性分析和指纹图谱构建。通过对供试菌株的RAPD-PCR扩增,共获得135条DNA标记谱带,其中124条为多态性谱带,多态检测率为91.9%。利用NTSYSpc Version2.1软件对供试菌株间的遗传距离进行聚类分析并构建系统树,以遗传相似系数0.81为阈值,将96个供试菌株划分为12个RAPD群,多数分离物之间遗传相似性较低,在DNA水平上存在显著的遗传变异,具有较丰富的遗传多样性。不同地区间菌株的遗传分化程度不同,分离自黄瓜的菌株遗传分化明显高于分离自冬瓜的菌株。RAPD群与菌株地理来源、分离寄主、致病力、交配型及甲霜灵抗性均无明显的相关性。     

瓜类保护地土壤镰孢菌种群及UP-PCR多样性分析

对采自辽宁省部分地区瓜类保护地的36份土壤样品进行镰孢菌（Fusarium）分离培养,共获得112株镰孢菌,采用传统形态学分类和现代分子生物学方法,确定属于11个种.对其中25株镰孢菌及3株对照镰孢菌进行了通用引物PCR（UP-PCR）多样性分析.结果表明：6条引物扩增出73条带,其中多态性条带66条,占总条带数的90.4%.对供试菌株进行UP-PCR聚类图谱分析,当相似系数为0.736时,可将其划分为8个类群,其中14株尖孢镰孢菌聚为一类.UP-PCR分析体现了镰孢菌菌株间的亲缘关系及差异性,可以作为镰孢菌分类的辅助方法.     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P4和P5都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P4将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P5将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

广东省水稻纹枯病菌遗传多样性与致病力分化的研究

利用随机引物扩增多态性DNA（PAPD）分子标记技术分析了来自广东省7个县市48个水稻纹枯病菌菌株的遗传多样性,以筛选出的10个随机引物对菌株进行PAPD－PCR扩增,共产生了98个PAPD分子标记,其中89．9％的片段具有多态性。48菌株间的遗传相似性系数（以Nei基因一致度表示）在0．56－0．949之间,用UPGMA和类分析可将它们分为5个RAPD遗传聚类群（A、B、C、D、E）,相同地区来源的菌株基本上聚类在同一组群内。在温室中对供试菌株进行致病性测定,结果表明所有菌株对水稻品种Tetep都有致病性,菌株间致病力差异显著（α＝0．05）,病情指数范围为0．73－18．7,平均感指病指数为5．24。试验分析结果表明水稻纹枯病菌具有丰富的遗传多样性,不同县市的菌株存在很大的遗传分化现象（FST＝0．579）,RAPD遗传聚类群的划分与菌株的地理来源有明显的相关性,但菌株的致病力差异与菌株的来源、遗传聚类组群的划分没有明显的相关性。     

东北地区小麦赤霉病菌DNA随机扩增多态性分析*

利用RAPD对我国东北地区引致小麦赤霉病的2种镰刀菌进行种群分析,并与江苏和西北的菌株进行了比较。共筛选出16个引物用于扩增反应,其扩增图谱显示供试菌株在种间和种内均具多态性。多数引物扩增出了种的特征性谱带,可用作种的鉴定。综合所有谱带系统聚类所得树状图明显地将Fusarium graminearum的34个菌株和F.avenaceum的5个菌株各聚为一类,每一类又可区分为不同组,以前者分为3组,后者分为2组差异显著,表明种内存在不同的菌系类型;组的划分与菌株致病力及其寄主品种间没有必然的相关性,但与菌株分布的大区域生态气候类型似有联系,供试的东北地区F.graminearum大多数菌株与西北的菌系有较大的遗传相似性,与江苏的菌系相距甚远。     

东北地区小麦赤霉病菌DNA随机扩增多态性分析

利用RAPD对我国东北地区引致小麦赤霉病的2种镰刀菌进行种群分析,并与江苏和西北的菌株进行了比较。共筛选出16个引物用于扩增反应,其扩增图谱显示供试菌株在种间和种内均具多态性。多数引物扩增出了种的特征性谱带,可用作种的鉴定。综合所有谱带系统聚类所得树状图明显地将Fusarium graminearum的34个菌株和F.avenaceum的5个菌株各聚为一类,每一类又可区分为不同组,以前者分为3组,后者分为2组差异显著,表明种内存在不同的菌系类型;组的划分与菌株致病力及其寄主品种间没有必然的相关性,但与菌株分布的大区域生态气候类型似有联系,供试的东北地区F.graminearum大多数菌株与西北的菌系有较大的遗传相似性,与江苏的菌系相距甚远。     

瓜类枯萎病菌遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析

尖孢镰刀菌可造成不同瓜类的枯萎病.为明确不同寄主、不同地区的瓜类枯萎病菌菌株间的遗传多样性及亲缘关系,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对来源于不同地区、不同寄主的95株尖孢镰刀菌的基因组DNA进行多态性扩增.以筛选出的19对引物共扩增出238条带,多态性比率为100%,平均每对引物扩增出12.5个位点和12.5个多态性位点;尖孢镰刀菌苦瓜专化型共扩增出166条带,其中145条为多态性条带,多态性比率为87.4%,平均每对引物扩增出8.7个位点和7.7个多态性位点,说明尖孢镰刀菌的遗传变异较为广泛.瓜类枯萎病菌株间的遗传相似系数范围为0.68～0.99,样品间的平均Nei遗传多样性指数和Shannon指数分别为0.2390和0.3718.在遗传相似系数为0.74时,可将供试的95株尖孢镰刀菌划分为苦瓜、黄瓜、西瓜、甜瓜4个专化群.在SRAP聚类树中,同一寄主的尖孢镰刀菌聚在一个分支上,其中尖孢镰刀菌苦瓜专化型菌株间的遗传相似系数范围为0.78～0.99,Nei遗传多样性指数为0.1811,平均Shannon指数为0.2750,表明尖孢镰刀菌苦瓜专化型的遗传变异较大,且菌株的聚群与地理来源存在相关性.     

东北地区小麦赤霉病菌DNA随机扩增多态性分析

利用RAPD对我国东北地区引致小麦赤霉病的2种镰刀菌进行种群分析。并与江苏和西北的菌株进行了比较,共筛选出16个引物用于扩增反应,其扩增图谱显示供试菌株在种间和种内均具多态性,多数引物扩增出了种的特征性谱带,可用作种的鉴定,综合所有谱带系统聚类所得树状图明显地将Fusarium graminearum的34个菌株和F.avenaceum的5个菌株各聚为一类,每一类又可区分为不同组,以前者分为3组,后者分为2组差异显著,表明种内存在不同的菌系类型。组的划分与菌株致病力及其寄主品种间没有必然的相关性,但与菌株分布的大区域生态气候类型似有联系,供试的东北地区F.graminearum大多数菌株与西北的菌系有较大的遗传相似性,与江苏的菌系相距甚远。     

中国主要黑芝麻品种的遗传多样性分析

利用SRAP和SSR各23对引物对20个中国主要黑芝麻品种进行了遗传多样性分析。结果显示,23对SRAP引物共扩增出DNA带672条,其中多态性带152条,比率为22.62%,平均每对引物扩增总带数和多态性条带分别为29.22条和6.61条。23对SSR多态性引物共扩增出DNA带92条,每对引物扩增出3~6条,平均4.00条;每对引物扩增出多态性带1~5条,平均3.09条,多态性带比率平均为77.17%。20个黑芝麻品种间的遗传相似系数为0.8547~0.9804,遗传距离为0.0159~0.0921,遗传多样性匮乏,遗传基础狭窄。聚类结果表明,来自主产区江西的11个品种明显聚在一起,且江西黑芝麻品种的遗传相似系数高于其他省份品种,遗传距离低于其他省份品种,与其他省份品种的差异均达到极显著水平。加强资源引进和利用是拓宽中国黑芝麻品种遗传基础的迫切要求。     

红掌品种亲缘关系SRAP分析

利用相关序列扩增多态性（SRAP）分子标记,从100对引物组合中筛选出 26对多态性高、条带清晰的SRAP引物,对33个红掌品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果如下：（1）26对引物共扩增出366条条带,其中有314条多态性条带,多态性比率为85.79%。引物组合产生的条带数在9～23之间,平均每对引物组合扩增出14.1条和12.1条多态性条带。（2）根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法进行聚类分析,33份材料的遗传相似系数在0.55～0.94之间,在遗传相似系数0.786处可将33个红掌品种分为5个类群。结果表明,供试品种遗传多样性丰富,本研究为品种鉴定和杂交育种提供了参考信息。     

冬枣×宁梨巨枣的子代SRAP鉴定及遗传多样性分析

应用SRAP分子标记方法对冬枣×宁梨巨枣的子代进行了分子鉴定及遗传多样性分析。采用构建基因池的方法对SRAP分子标记引物进行筛选,从88对引物中筛选出15对多态性好、主带清晰的引物,并对子代进行了真实性鉴定及多态性分析。结果表明:(1)15对引物共产生95个多态性条带,平均每对引物产生6.3个多态性条带,显示了较高的多态性比率。(2)80个子代中44个具有父本特征带,鉴定为真杂种。子代遗传多样性及UPGMA聚类分析表明,子代个体与亲本间的遗传相似系数在0.55~0.98之间,个体差异明显。该研究结果为枣树杂交育种提供了重要的分子证据。     

60份优质番茄自交系遗传多样性AFLP分析

本文以AFLP技术对60份优质番茄自交系的遗传多样性进行了分析。17对AFLP引物组合共扩增得到905条带,其中多态性条带251条,平均每对引物检测到约15个多态性位点,平均多态率为27.7%;仅用E7M4和E7M10两对引物组合就可以绘制60份番茄自交系的指纹图谱。60个自交系间的Jaccard遗传相似系数变幅为0.259-0.952,平均值为0.664。采用UPGMA方法聚类,遗传相似系数变幅为0.54-0.57时,60份番茄材料可以划分为7个类群。聚类结果与来源、果实大小、果形等性状未表现出明显的相关性。     

土壤中辣椒疫霉分离方法的研究与量化测定

从杭州、西安、广州及武汉等辣椒病田分别采集土样 ,室内晾干研碎后 ,用选择性培养基 ,采用土壤稀释平板法和组织诱饵法分离辣椒疫霉 (PhytophthoracapsiciLeonian) ,并对土壤中辣椒疫霉的密度进行量化处理。结果表明 ,利用选择性燕麦培养基 ,采用土壤稀释平板法可分离获得大量的辣椒疫霉菌株 ,而且辣椒连作田的辣椒疫霉菌密度高于轮作田。组织诱饵法试验结果表明 ,辣椒叶片诱集效果最好 ,其次是辣椒果实。     

BAC-derived markers converted from RFLP linked to Phytophthora capsici resistance in pepper (Capsicum annuum L.)

Phytophthora capsici Leonian, an oomycete pathogen, is a serious problem in pepper worldwide. Its resistance in pepper is controlled by quantitative trait loci (QTL). To detect QTL associated with P. capsici resistance, a molecular linkage map was constructed using 100 F(2) individuals from a cross between Capsicum annuum 'CM334' and C. annuum 'Chilsungcho'. This linkage map consisted of 202 restriction fragment length polymorphisms (RFLPs), 6 WRKYs and 1 simple sequence repeat (SSR) covering 1482.3 cM, with an average interval marker distance of 7.09 cM. QTL mapping of Phytophthora root rot and damping-off resistance was performed in F(2:3) originated from a cross between resistant Mexican landrace C. annuum 'CM334' and susceptible Korean landrace C. annuum 'Chilsungcho' using composite interval mapping (CIM) analysis. Four QTL explained 66.3% of the total phenotypic variations for root rot resistance and three 44.9% for damping-off resistance. Of these QTL loci, two were located close to RFLP markers CDI25 on chromosome 5 (P5) and CT211A on P9. A bacterial artificial chromosome (BAC) library from C. annuum 'CM334' was screened with these two RFLP probes to obtain sequence information around the RFLP marker loci for development of PCR-based markers. CDI25 and CT211 probes identified seven and eight BAC clones, respectively. Nine positive BAC clones containing probe regions were sequenced and used for cytogenetic analysis. One single-nucleotide amplified polymorphism (SNAP) for the CDI25 locus, and two SSRs and cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) for CT211 were developed using sequences of the positive BAC clones. These markers will be valuable for rapid selection of genotypes and map-based cloning for resistance genes against P. capsici.     

用RAPD和AFLP的方法对中国卤虫(Artemia)种及亲缘关系的研究

利用ＲＡＰＤ（随机扩增多态ＤＮＡ）和ＡＦＬＰ（扩增片段长度多态性）技术对不同种及种群卤虫的关系进行分析。 １０１个随机引物对４种卤虫Ａｆｒａｎｃｉｓｃａｎａ、Ａ ｕｒｍｉａｎａ、Ａ ｓｉｎｉｃａ和Ａ．ｐａｒｔｈｅｎｏｇｅｎｅｌｉｃａ基因组ＤＮＡ进行扩增,平均每个种获得７５１条带,其中４５８条带为多态性标记,每个引物提供平均７４个标记信息,聚类结果表明Ａ．ｓｉｎｉｃａ是不同于其他旧大陆两性生殖卤虫的一个独立的种。对来自 １５个种及品系的卤虫的 ＡＦＬＰ分析显示了非常好的遗传多态性,采用 １２对引物检测到 ５９４条带,其中 ４８０个为多态性标记。聚类结果表明来自西藏的两性生殖卤虫为不同于中国内陆两性生殖卤虫的新种。而孤雌生殖卤虫在进化过程中可能是多源的,中国内陆和沿海的孤雌生殖卤虫是沿着不同的途径进化的,内陆和沿海的孤雌生殖卤虫可能为不同的种。     

Evaluation of genetic diversity in Lentinula edodes strains using RAPD, ISSR and SRAP markers

Random amplified polymorphic DNA (RAPD), inter-simple sequence repeat (ISSR) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) markers were used to evaluate the genetic diversity among 23 elite Lentinula edodes strains in China. A total of 138, 77 and 144 bands were detected by 16 RAPD primers, 5 ISSR primers and 23 SRAP primer combinations, among which 58.8%, 73.5% and 56.3% was polymorphic, respectively. By UPGMA clustering, a dendrogram was constructed based on each analysis. The three dendrograms showed that 23 L. edodes strains were clustered into three or four groups. The grouping exhibited similar structure and was generally consistent with their pedigrees. Twenty-three L. edodes strains shared great similarity indicated that the low level of genetic diversity of L. edodes strains and their relationship between each other. The important source of breeding material, such as wild and exotic types, must be introduced in order to broaden genetic base and decreases genetic vulnerability of L. edodes.     

Examining genetic relationships of Chinese Pleurotus ostreatus cultivars by combined RAPD and SRAP markers

Combined randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) and sequence-related amplified polymorphism (SRAP) were used to assess the genetic diversity of Pleurotus ostreatus strains cultivated in China. For the RAPD and SRAP analyses, 479 and 282 polymorphic bands were obtained from 20 P. ostreatus strains using 20 and 13 selected primers or primer pairs, respectively. A combined RAPD/SRAP dendrogram grouped the 20 strains into five clades with a coefficient of 0.690. The comparison of RAPD and SRAP was evaluated in the present study. The combined RAPD/SRAP markers provided reliable information regarding the relationships among the P. ostreatus strains.