基于三代测序的食蟹猴Mafa-B等位基因共表达与进化分析

【背景】主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)的多态性在很大程度上会影响生物医学实验的结果,而且特定的MHC-B等位基因与多种疾病的发展进程密切相关。食蟹猴(Macaca fascicularis,Mafa)是一种开展生物医学研究的重要实验动物,与人类相比,目前尚缺乏对食蟹猴Mafa-B等位基因的综合表征。【目的】获得全面的食蟹猴Mafa-B等位基因信息,鉴定Mafa-B等位基因共表达与进化关系。【方法】基于三代测序获得的食蟹猴MHC-B基因组信息,设计特异性引物扩增33只越南食蟹猴群体中的Mafa-B序列,并结合多种生物信息学方法进行分析。【结果】基于92个Mafa-B等位基因信息,鉴定了65个新的Mafa-B等位基因。其中,8个Mafa-B等位基因与其他地理来源的食蟹猴群体中已报道的序列相同,32个Mafa-B等位基因与其他猕猴物种中已报道的序列相同。此外,鉴定了7个高频Mafa-B谱系和7对共表达的Mafa-B等位基因,并检测到了一个潜在的重组事件。进化分析表明不同地理来源的食蟹猴群体Mafa-B序列具有很高的相似性。【结论】越南食蟹猴群体中共表达的Mafa-B等位基因经历了某些抗原的选择,不同地理来源的食蟹猴群体可能微调其Mafa-B序列以适应病原体的选择压力,本文为食蟹猴MHC遗传背景研究奠定了基础。     

白灵侧耳栽培过程中胞外酶和呼吸酶活及离子流速的研究

研究了白灵侧耳Pleurotus nebrodensis栽培过程中生长发育各阶段的漆酶、羧甲基纤维素酶（CMC酶）、半纤维素酶和淀粉酶等4种胞外酶及苹果酸脱氢酶、葡萄糖-6-脱氢酶和6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶等3种呼吸酶的活性变化,同时测定了菌丝表面H+、K+、Ca2+离子流速。结果表明,整个生育期的胞外酶活性变化具有明显的阶段性。漆酶酶活在菌丝生长阶段第28天时达到最大值,纤维素酶和半纤维素酶酶活在子实体生长阶段第107天时达到最大值,子实体收获后活性下降,而淀粉酶活性在各时期均比较低,说明白灵侧耳对木质素类物质利用最早。苹果酸脱氢酶、葡萄糖-6-脱氢酶和6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶酶活在后熟期、温差刺激及子实体生长期出现3个峰值。整个栽培周期的菌丝表面H+、K+、Ca2+离子流速各个阶段有不同的变化规律,Ca2+在菌丝生长阶段内流,从后熟期开始外排,K+和H+在整个周期外排;C/N和温度对离子的流速有一定的影响。     

白灵侧耳漆酶分离纯化及其酶学性质研究

为了探索白灵侧耳Pleurotus eryngii var.tuoliensis漆酶性质,以白灵侧耳菌株00485为试验材料,从发酵液中分离纯化得到胞外漆酶并对其酶学性质进行测定。纯化流程依次为DEAE-Cellulose阴离子交换层析,CM-Cellulose阳离子交换层析,SP-Sepharose强阳离子交换层析以及Superdex 75凝胶过滤层析,获得胞外白灵侧耳漆酶(Pn Lac)。SDS-PAGE检测结果表明Pn Lac为65k Da的单一蛋白。Pn Lac经过胰蛋白酶水解得到3种肽段,经过NBCI-BLAST后发现它们与糙皮侧耳、环柄韧伞、刺芹侧耳等的漆酶具有同源性。底物为2,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS)时该种漆酶的最适反应温度和p H分别为50℃和3.0,Ca2+和Hg2+能够抑制它的活性,相反地Cu2+和Mn2+能够提高它的活性,米氏常数Km和Vmax分别是0.17mmol/L和1.76OD/min/U。     

食用菌SSR序列开发策略研究进展

SSR序列开发策略主要有3大类:传统的基因文库筛选法、GenBank筛选法和富集文库筛选法。文中在对传统的基因文库筛选法、GenBank筛选法的优缺点及在食用菌SSR分子标记的开发应用进行综述的基础上,重点综述了富集文库筛选法,即基于RAPD技术的SSR开发策略、SSR兼并引物法、序列标签法构建SSR富集文库、vectorette PCR染色体步移法分离SSR位点、Suppression PCR染色体步移法分离SSR位点、引物延伸法构建SSR富集文库以及SSR杂交捕获法构建SSR富集文库的具体设计原理和步骤,并提出食用菌中SSR分子标识的开发现状和展望。     

黄伞胞外多糖抗自由基作用的研究

目的:以乙醇沉淀的黄伞发酵浓缩液得到的胞外多糖为研究对象,检验其对自由基的清除作用。方法:采用电子顺磁共振(EPR)波谱仪检测黄伞胞外多糖清除羟自由基OH.和超氧阴离子自由基O2-.的作用。结果:在样品浓度均为100mg/mL的条件下,利用Fenton反应体系,黄伞胞外多糖对羟自由基OH.的清除率仅为38.5%;而利用次黄嘌呤-黄嘌呤氧化酶体系,黄伞胞外多糖对超氧阴离子自由基O2-.的清除率可达到80.6%。结论:黄伞胞外多糖在体外对自由基有一定的清除作用且其对超氧阴离子自由基O2-.的清除作用明显优于对羟自由基OH.的清除作用。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析1

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P₄和P₅都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P₄将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P₅将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析1

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P₄和P₅都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P₄将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P₅将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P4和P5都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P4将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P5将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。     

不同培养条件下杏鲍菇对硒的耐受性与硒形态分析

为了明确不同培养条件下杏鲍菇对外源硒的耐受性,分别在固体培养基、液体发酵培养基和栽培基质中添加不同量的亚硒酸钠,并检测杏鲍菇子实体中富集硒的存在形态。结果表明：固体培养条件下,硒浓度低于160 mg/L时,对菌丝的生长没有显著影响;液体培养条件下,4 mg/L的硒元素即可对杏鲍菇菌丝体的生长产生显著抑制;栽培模式下,基质中补充10~600 mg/kg的硒元素,不会影响杏鲍菇菌丝体的生长,且子实体中的硒含量会随基质中硒浓度的增加而增加。子实体硒形态分析表明,富集硒以硒代蛋氨酸、甲基硒代半胱氨酸、硒代胱氨酸和亚硒酸盐［Se（IV）］四种形式存在,其中硒代蛋氨酸是硒与氨基酸的主要结合形式。