一个与非小细胞肺癌转移相关的基因――RAB5A基因

采用mRNA差异展示技术（mRNA DD）研究具有相同细胞来源,但转移能力高低不同的人肺腺癌细胞系AGZY83-a（低转移）和Anip973(高转移),分析在两个细胞系中基因差异表达的情况,发现在高转移细胞系中有RAB5A基因的表达。该基因为蛋白质入胞信号的调控者,为RAS超家族成员。为进一步证实其转录表达的调控改变情况,以及RAB5A高表达的临床意义,进一步采用RT-PCR和免疫组织化学的方法检测了50例临床非小细胞肺癌的手术标本,结果表明,RAB5A的表达有随转移发生而增强的趋势,而RAB5A的蛋白表达程度在有转移的病例中明显增强(P<0.05)。 Abstract：　Using mRNA differential display (mRNA DD)techniques, we analyzed the differences of gene expression between two human lung adenocarcinoma cell lines,AGZY83-a and Anip973. Anip973 was isolated from AGZY83-a, but manifested much higher metastatic potential than the parent line. The results showed that there were significant differences on gene expression between the two cell lines and that there was over-expression of RAB5Agene in the Anip973 cell line. The product of RAB5Agene was recognized as signal regulators of endocytotic pathway and protein trafficking at the cell surface, and belong to a member of the RAS superfamily. Furthemore, we compared to the expression of RAB5Agene and RAB5Aprotein in clinical samples of 50 cases non-small lung carcinoma and nearby lymph node by means of RT-PCR and immunohistochemistry method. The results indicated that the high expression of RAB5Ain metastatic tumor and the enhancement level of RAB5Ain metastatic tumor and the enhancement level of expression were corresponded with the increase of metastatic degree. And there were significance of difference on the expression degree of RAB5Aprotein between non-small lung carcinoma with metastasis and non- metastasis (P<0.05).     

miR-302通过下调靶基因RAB22A抑制膀胱癌进展

目的:探讨miR-302通过靶向调控RAB22A影响膀胱癌进展的分子机制。方法:采用RT-qPCR检测miR-302在HTB1和RT112膀胱癌细胞系和膀胱内皮细胞系HBdNEC中的表达;以miRNA-NC、miR-302 mimic、miR-302 inhibitor转染细胞,并分为以下几组:NC+control si RNA、miR-302 inhibitor+control si RNA、miR-302 inhibitor+RAB22A si RNA、NC+vector、miR-302 mimic+vector或miR-302 mimic+RAB22A,再通过MTT实验分析膀胱癌细胞的增殖情况,细胞侵袭实验检测细胞侵袭情况,双荧光素酶报告载体检测分析miR-302靶基因,Western blot检测RAB22A在膀胱癌细胞中的表达。结果:HTB1和RT112细胞中miR-302的表达明显低于HBdNEC细胞(P0.05)。miR-302高表达抑制膀胱癌细胞的增殖和侵袭;miR-302低表达时,膀胱癌细胞的增殖和侵袭能力上升。生物信息学和双荧光素酶报告结果显示RAB22A为miR-302的靶基因。miR-302过表达后,细胞荧光素酶活性显著下降(P0.05),RAB22A表达下调(P0.05);miR-302表达沉默后,细胞荧光素酶活性显著上升(P0.05),RAB22A表达上调(P0.01)。拯救实验显示RAB22A表达沉默可逆转miR-302表达沉默时对膀胱癌细胞增殖和侵袭能力上调的影响;而RAB22A过表达可逆转miR-302过表达对膀胱癌细胞增殖和侵袭的抑制。结论:miR-302可通过抑制靶基因RAB22A的表达,抑制膀胱癌细胞的增殖及侵袭。     

涎腺腺样囊性癌高低转移细胞系mRNA及蛋白质表达谱差异研究

转移性和侵袭性是恶性肿瘤的重要特征,与基因和蛋白质水平上一系列改变密切相关.应用mRNA抑制性消减杂交技术和双向电泳结合肽质量指纹分析技术,对涎腺腺样囊性癌高、低转移细胞系的mRNA和蛋白质表达谱的差异性进行比较研究.实验结果显示,在抑制性消减杂交中,分别以两个细胞系为测试子,共获得差异片段34个,其中高转移株细胞中高表达的基因序列有6个,低转移细胞系中有28个,其中包括两个新的表达序列标签（EST）.对这些基因序列,进一步以RNA 斑点杂交对这些基因的表达状况进行验证并排除假阳性结果,结果发现,32个基因在mRNA水平上有不同程度的表达量改变,改变趋势与消减杂交结果一致.以蛋白质等电聚焦结合SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳的双向电泳技术获得的总蛋白质分离,经PDQuest2DE软件分析结果表明, 高转移细胞系表达谱的平均蛋白质点数为(978±38), 低转移细胞系的平均蛋白质点数为(996±27).其中高转移细胞与低转移细胞相比,其蛋白质点有355个未被匹配 ,低转移细胞相比高转移细胞有222个未被匹配.对其中10个差异较明显的蛋白质点,进一步进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF-MS)测定肽质量指纹图谱,用Peptident软件对SWISS PROT数据库比较分析,结果显示,Stratifin、Symplekin和乳腺癌相关抗原NY-BR-20等蛋白质在高转移细胞中表达,在低转移中未被检测到,B7蛋白质在低转移细胞中高表达,在高转移细胞中低表达.结果表明涎腺腺样囊性癌高转移特性与多种基因、蛋白质相关,这些基因或蛋白质参与血管生成、蛋白质合成、信号传递、细胞周期调控、分子伴侣以及免疫共刺激等多种生理活动.同时在mRNA和蛋白质水平上进行表达谱分析使结果更全面,具有明显的互补性,这些结果为进一步探索腺样囊性癌肿瘤转移分子机理以及肿瘤控制和基因治疗提供了重要的依据.     

RAB5A基因对肺腺癌细胞微丝的影响

为研究RAB5A基因对肺腺癌细胞中微丝的影响,通过FITC标记的鬼笔环肽对AGZY83-a细胞骨架中的微丝特异染色,利用共聚焦激光扫描显微镜发现RAB5A过表达后微丝束变密。经Superarray肿瘤转移相关基因微芯片分析RAB5A对肿瘤转移相关基因的表达影响．发现了3个与细胞骨架调节相关基因表达发生变化,NM23H1与Rac1的表达受到抑制．同时S100A4的表达增加。以前有研究认为S100A4基因可抑制NM23H1基因表达,为验证NM23H1基因的表达降低是否由于S100肖4表达增高所致,利用RNAi沉默AGZY83-a细胞中S100A4基因的表达,发现NM23H1基因表达增高,由此推断RAB5A基因可能通过上调S100A4基因表达来抑制NM23H1基因表达。     

RAB5A基因表达改变对人肺腺癌细胞系GLC-82和SPC-a1的分化和侵袭特性影响

为探讨RAB5A基因对两种人肺腺癌细胞系GLC－82和SPC－al分化及侵袭特性的影响。利用细胞转染技术将构建的RAB5A反义RNA重组质粒（pcDNA3-AntiRAB5A)和RAB5A正义真核表达载体分别转染入低分化人肺腺癌细胞系GLC－82和低转移人肺腺癌细胞系SPC－al中,在稳定筛选后,通过裸鼠体内实验和体外人工基底膜侵袭和细胞趋化运动实验,观察观察转染后细胞分化和转移特性的改变,观察转染前后细胞,发现转染后GLC－82细胞体外侵袭重组基底膜能力及趋化运动能力降低（t检验P＜0．02）;裸鼠体内成瘤实验,瘤块切片病理观察转染后GLC－82细胞出现腺腔样及基底模样结构,分化程度增高,转染后SPC－al细胞体外趋化运动能力,侵袭重组基底膜能力均增强(t检验P＜0．02）。RAB5A基因通过影响细胞的体外趋化运动能力,侵袭重组基底膜能力等对GLC－82和SPC－al细胞的侵袭表型形成及GLC－82细胞的分性发挥重要作用。     

DLC-1基因表达对结肠癌细胞侵袭转移能力的影响

目的:研究DLC-1基因对结肠癌细胞侵袭迁移能力的影响.方法:将DLC-1 shRNA(短发夹状RNA,short hairpin RNA)序列克隆到质粒pGCsi-U6/Neo载体,采用脂质体介导的转染方法将构建的DLC-1 shRNA表达质粒转入结肠癌细胞系LoVo细胞.采用RT-PCR技术和Western Blot技术分别检测LoVo细胞中DLC-1mRNA和蛋白表达水平的变化.Transwell小室人工重组基底膜侵袭转移实验观察LoVo细胞侵袭迁移能力的改变.结果:结肠癌细胞系LoVo细胞表达DLC-1分子.所构建质粒表达载体能有效地干扰LoVo细胞DLC-1 mRNA和蛋白质表达水平;Transwell小室人工重组基底膜侵袭转移实验结果显示,转染后LoVo细胞侵袭转移能力明显增强(p＜0.05).结论:结肠癌细胞系LoVo细胞表达DLC-1基因,应用RNAi技术可特异性降低其表达.DLC-1的表达水平与结肠癌细胞侵袭转移相关.     

凋亡抑制基因livin与survivin在乳腺癌中的表达差异

目的探讨凋亡抑制基因livin在乳腺癌发生、发展中的作用及其与survivin基因的表达和乳腺癌生物学行为之间的关系。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测44例乳腺癌组织、40例癌旁正常组织及4个乳腺癌细胞系中livinmRNA和survivin mRNA的表达,并用免疫组化(IHC)EnVision法检测上述组织和细胞中livin和survivin蛋白的表达。结果livin mRNA和survivin mRNA在乳腺癌组织中的阳性表达率分别为72.7%(32/44)和61.4%(27/44),在癌旁正常组织中的阳性率分别为7.50%(3/40)和5.00%(2/40),二者在癌组织中的表达均显著高于在正常组织中的表达(P<0.01)。livin和survivin蛋白表达情况与mRNA结果相似(P<0.01)。livin和survivin在乳腺癌组织中的表达无显著相关性(P>0.05)。4个乳腺癌细胞系中均有survivin mRNA和蛋白的表达,而MCF-7及MDA-MB-435细胞系中呈阴性表达。survivin基因在伴有淋巴结转移的乳腺癌组织中的表达明显高于无淋巴结转移的乳腺癌组织(P=0.0047),livin在雌激素受体(ER)阴性或者Her2/neu阳性表达的乳腺癌中的阳性率有升高的趋势,但并无显著性差异(P>0.05)。结论livin和survivin基因在人乳腺癌组织中表达上调,提示其可能在乳腺癌发生、发展中起重要促进作用,sur-vivin和淋巴结转移的密切关系表明它的高表达可能反映患者较差的预后。livin和survivin基因一样可能成为乳腺癌治疗中的一个靶基因。     

DNA甲基化抑制鼻咽癌细胞系膜联蛋白A1基因表达

为了研究不同分化程度和转移潜能鼻咽癌(NPC)细胞系膜联蛋白A1(ANXA1)mRNA和蛋白质表达情况及其与基因甲基化的关系．培养NPC细胞系CNE1、CNE2、5-8F、6-10B和永生化非癌性人鼻咽黏膜上皮细胞NP69细胞用于实验,用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)方法检测ANXA1基因甲基化状态,同时利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测ANXA1基因的mRNA表达水平．然后用不同浓度的5-杂氮-2′-脱氧胞苷(5-aza-2dC)对NPC细胞进行去甲基化处理,MSP和RT-PCR方法检测处理组和对照组细胞ANXA1基因甲基化状况和mRNA表达水平,并用Western-blotting方法检测ANXA1基因蛋白质表达水平．结果发现,NP69细胞ANXA1基因无甲基化,4株NPC细胞系ANXA1基因都存在不同程度的甲基化,甲基化程度与细胞的分化程度和转移潜能相关．NPC细胞ANXA1基因mRNA表达水平降低,低于NP69细胞,其降低的程度与基因的甲基化程度相关．5-aza-2dC能够剂量依赖性地引起ANXA1基因去甲基化,经去甲基化处理后,NPC细胞系ANXA1基因的mRNA和蛋白质的表达水平相应提高．研究证明,NPC细胞系ANXA1基因的mRNA和蛋白质表达水平出现下调,甲基化是导致表达下调的主要原因,5-aza-2dC去甲基化处理能够恢复ANXA1基因的表达水平．     

RASSF1A对黑色素瘤A375细胞基因网络的影响

RASSF1A(Ras association domain family 1 isoform A)是定位于染色体3p21.3区域的抑瘤基因,编码一个由340个氨基酸残基构成的微管相关蛋白.该基因在包括恶性黑色素瘤在内的多种肿瘤中因启动子高甲基化而表达沉默.本研究建立了RASSF1A稳定表达的恶性黑色素瘤A375细胞系,通过全基因组表达谱基因芯片分析RASSF1A过表达对A375细胞基因表达谱的影响,发现RASSF1A引起184个基因表达上调,26个基因表达下调.通过Realtime RT-PCR对部分差异表达基因进行验证,结果表明与芯片筛选结果一致.RASSF1A影响的差异表达基因功能上归属于细胞生长与增殖、细胞周期、细胞凋亡、细胞间黏附、信号传导等生物过程.采用STRING软件构建了RASSF1A影响的差异表达基因调控网络,结果表明RASSF1A调控的差异表达基因构成一个高连接度的基因网络.其中,炎症细胞因子、转录因子位于网络中央.RASSF1A通过影响炎症细胞因子与转录因子之间的表达,影响A375细胞基因网络,调节黑色素瘤恶性生物学行为.     

丙型肝炎病毒NS5A基因在昆虫细胞中的表达及其分布研究

应用PCR方法从含有丙肝病毒全部非结构蛋白基因的质粒pBAC25中扩增出全长的NS5A基因DNA片段(约1.34kb),PCR扩增NS5A基因片段克隆到转移载体pBlueBacHisA中.重组转移质粒pBlueBacHis5A DNA与野生型杆状病毒(AcNPV)DNA共转染SF-9昆虫细胞,通过空斑纯化获得带有NS5A基因的重组病AcNS5A.对重组病毒基因组DNA进行酶切和PCR鉴定,证实HCV NS5A基因已插入重组病毒基因组中.AcNS5A感染SF-9细胞后,在细胞中表达出一条64kD的蛋白,用Western-blot分析,结果表明这种蛋白与抗HCV HS5A特异性抗体发生强烈反应,说明NS5A基因已在细胞中得到表达,应用免疫荧光技术与免疫组化技术进一步研究NS5A蛋白在昆虫细胞中不同时间的表达情况及其分布,结果表明,NS5A蛋白在AcNS5A重组病毒感染细胞24h后主要分布在细胞质膜上,而在48h后则同时分布于细胞质膜和细胞核内,在72h则完全布满整个细胞,我们认为NS5A蛋白定位于质膜和细胞核中,暗示着在病毒复制过程中NS5A蛋白可能参与病毒RNA在质膜上复制和细胞基因表达的调控.     

嗜铬颗粒蛋白A基因的反义转基因小鼠模型的建立及该基因启动子的组织特异性

构建小鼠嗜铬颗粒蛋白A（Chromogranin,A,CGA)基因的反义DNA载体pGAS1C－lacZ。用电穿孔的方法将该载体转化大鼠肾上腺髓质细胞瘤细胞系PC－12,X－Gal染色后证明位于CGA基因启动子下游的报告基因lacX已经表达。用限制性内切酶除去载体的质粒骨架后,显微注射入供体昆明小鼠的受精卵中,随后将注射过DNA的受精卵移植入假母的输卵管中,完成正常的胚胎发育。用PCR的方法筛选假母产下的小鼠,得到CGA基因反义RNA基因首建鼠14只。将首建鼠分别与正常昆明鼠交配,产生后代。取首建鼠的肾上腺进行X－Gal染色,组织用于石蜡切片,根据各鼠肾上腺切片的蓝色深浅判定转入基因量的高低,筛选到两只表达量高的首建鼠,留下它们的后代。取转基因鼠的各种组织用于X－Gal染色,发现报告基因在肾上腺、胰腺的胰岛中有表达,而在肌肉、脂肪组织中无表达,说明CGA基因的启动子具有神经内分泌组织特异性。     

A Continuous Method for Gene Flow

Most modern population genetics inference methods are based on the coalescence framework. Methods that allow estimating parameters of structured populations commonly insert migration events into the genealogies. For these methods the calculation of the coalescence probability density of a genealogy requires a product over all time periods between events. Data sets that contain populations with high rates of gene flow among them require an enormous number of calculations. A new method, transition probability-structured coalescence (TPSC), replaces the discrete migration events with probability statements. Because the speed of calculation is independent of the amount of gene flow, this method allows calculating the coalescence densities efficiently. The current implementation of TPSC uses an approximation simplifying the interaction among lineages. Simulations and coverage comparisons of TPSC vs. MIGRATE show that TPSC allows estimation of high migration rates more precisely, but because of the approximation the estimation of low migration rates is biased. The implementation of TPSC into programs that calculate quantities on phylogenetic tree structures is straightforward, so the TPSC approach will facilitate more general inferences in many computer programs.     

Comparative GO: A Web Application for Comparative Gene Ontology and Gene Ontology-Based Gene Selection in Bacteria

Availabilityhttp://turing.ersa.edu.au/BacteriaGO.     

巴斯德毕赤酵母表达系统研究进展

巴斯德毕赤酵母外源基因表达系统是近年来发展的一种优秀的真核表达系统 ,与传统的大肠杆菌和酿酒酵母表达体系相比 ,其具有的诸多优势使之研究价值及应用价值不断体现。综述了其在生物学特性、表达载体、基因整合、外源蛋白的分泌、诱导表达及发酵等方面的基础研究及新近研究进展。     

一类新的基因沉默小RNA-piRNA（piwi-interacting RNA）

piRNA是单链非编码小分子RNA,长度约26-31nt,大部分集中在29-30nt,5’端具有尿嘧啶偏向性（约86％）,能够与Argonaute蛋白家族中的Piwi亚家族蛋白相互结合而产生作用。piRNA的功能主要是维持基因组中转座子的正常沉默状态,以防止基因组中转座子爆发而引起相应基因的改变。piRNA与siRNA及miRNA均是近些年发现的非编码小RNA,它们均可通过一套相应的机制进行RNA干扰,在转录、转录后甚至翻译水平对靶基因及蛋白进行调节,它们之间既有联系又有区别。piRNA数据库的建立将对这类小分子RNA的研究有很大的促进作用。