洞庭湖四种黄颡鱼基因组DNA遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖瓦氏黄颡鱼、光泽黄颡鱼、长须黄颡鱼、普通黄颡鱼的基因组DNA为材料对 4种黄颡鱼进行了遗传多样性随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。通过筛选的 90个引物对 4种黄颡鱼基因组DNA的扩增 ,获得了 36个有效引物 ,并计算出了 4种黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离 ,遗传距离最大的为普通黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼 (D =0 9895 ) ,遗传距离最小的为普通黄颡鱼和光泽黄颡鱼 (D =0 672 0 )。同时运用聚类分析 (UPGMA)的方法建立了 4种黄颡鱼的聚类图。     

瓦氏黄颡鱼线粒体全基因组序列分析及系统进化

鲿科鱼类种类繁多, 外形相似, 形态学分类较为困难。为了给鲿科鱼类乃至鲇形目鱼类的系统进化研究积累基础资料, 文章采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法, 利用16对引物对瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)线粒体全基因组进行扩增, PCR产物转化到质粒后测序, 最终获得线粒体基因组全序列, 其全长为16 527 bp, 包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个编码蛋白质基因和一个非编码控制区。瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)线粒体基因组结构和基因排列顺序与现已公布的鲇形目鱼类完全一致, 序列分析表明, 与鲇形目其他种属间具有较高的同源性, 与拟鲿属的同源性最高(91%)。利用鲇形目共4科6属9种及3个外群的线粒体全基因组序列, 从线粒体基因组水平探讨了鲿科鱼类及其在鲇形目的系统进化地位, 结果表明: 鲿科鱼类的瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)及越南拟鲿(Pseudobagrus tokiensis)构成一单系群; 拟鲿属与黄颡鱼属的关系较近; 黄颡鱼属中瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)与光泽黄颡鱼(P.nitidus)的关系近于黄颡鱼(P. fulvidraco)。     

黄颡鱼的寄生蠕虫

黄颡鱼Pseudobagrus fulvidraco(Richardson)和瓦氏黄颡鱼P.vachellii(Richardson)是我国常见的二种小鱼,栖息于河川支流和湖泊中,除西南、西北和少数地区外,均普遍存在。它们寄生有多种寄生虫,并传播寄生虫病。我们近年来在福建许多县市进行黄颡鱼复殖     

瓦氏黄颡鱼与黄颡鱼的耗氧率及窒息点

在平均水温25℃条件下,测得平均体重10.0 g的瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)及平均体重12.6g的黄颡鱼(P.fulvidraco)耗氧率分别为0.21和0.23 mg/g.h,窒息点分别为0.91和0.75 mg/L;平均体重75.8 g的瓦氏黄颡鱼及平均体重85.4 g的黄颡鱼耗氧率分别为0.16和0.12 mg/g.h,窒息点分别为0.77和0.54 mg/L。分析表明,瓦氏黄颡鱼的耗氧率和窒息点都高于黄颡鱼。     

黄颡鱼属两种鱼类的线粒体ND4基因序列变异性分析

以东亚特有种光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)和长须黄颡鱼(Pelteobagrus eupogon)为研究对象,采用PCR技术获得了这两种鱼类的部分线粒体DNA DN4基因及其3′端的tRNA基因碱基共约772个,用MEGA2.1软件分析了此片段序列,采用Kimura双参数模型计算遗传距离,以科属的大鳍(Hemibagrus macropterus)为外类群,用邻接法构建不同水系的光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼的分子系统树。不同水系的光泽黄颡鱼的遗传距离在0.000—0.012之间,长须黄颡鱼的遗传距离在0.000—0.003之间,光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼种间的遗传距离在0.099—0.108之间,从分子水平上证实了光泽黄颡鱼和长须黄颡鱼为两个有效物种。不同水系的光泽黄颡鱼遗传变异很小,除黑龙江种群外,其他水系的光泽黄颡鱼在分子系统树没有能够按水系区分开来,可能的原因为:(1)不同水系的光泽黄颡鱼之间存在频繁的基因交流;(2)东亚科鱼类的线粒体DNA的进化速率可能较小;(3)人类经济活动可能已影响到光泽黄颡鱼的种群遗传结构。     

黄颡鱼属物种的RAPD分子鉴定及杂种遗传分析

使用20个随机引物研究了4种黄颡鱼的RAPD图谱,其中6个可以用来准确鉴别4个种,分别是S1、S2、S5、S7、S8、S17。同时也分析了4种黄颡鱼之间的亲缘关系,发现种间遗传距离D值在0.5000左右波动,黄颡鱼-叉尾黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼-光泽黄颡鱼之间的D值最小,分别是0.4816和0.4017。聚类图显示,黄颡鱼和叉尾黄颡鱼属同一分支;瓦氏黄颡鱼和光泽黄颡鱼属另一分支,说明它们之间分别有更近的亲缘关系。另外,采用黄颡鱼作母本,瓦氏黄颡鱼作父本,获得了杂交F1代,对F1代进行RAPD分析,发现了杂种遗传图谱的三种变化情况:叠加、叠加-变异、叠加-弱化,表明F1代DNA多态性增强,杂合性提高,预示着杂种优势的可能性。       

基于基因组重测序的长江上游瓦氏黄颡鱼群体遗传结构

利用基因组重测序的方法获取高通量SNP标记,分析了长江上游三峡大坝-白鹤滩大坝之间8个不同江段(太平溪、巴南、合川、岷江口、宜宾、邵女坪、桧溪、冯家坪)共136尾瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)的遗传多样性和遗传分化水平,阐明了长江上游瓦氏黄颡鱼群体遗传结构。结果显示:(1)三峡库区太平溪群体和巴南群体具有较高的SNP(singlenucleotide polymorphism)数量和核苷酸多样性指数,遗传来源丰富,其遗传多样性高于其他群体;上游的岷江口、宜宾、邵女坪和冯家坪群体遗传来源单一。(2)瓦氏黄颡鱼存在3个不同的遗传分支,且不同遗传分支之间存在较大的遗传分化。(3)群体SNP数量和核苷酸多样性指数与河流坡降呈显著负相关,群体遗传分化指数与地理距离和隔离时间无显著相关性。研究结果表明,在三峡大坝-白鹤滩大坝江段,瓦氏黄颡鱼上游群体具有更低的遗传多样性,更易发生遗传漂变作用,在鱼类遗传多样性保护中需要特别关注;瓦氏黄颡鱼存在3种显著的遗传结构,应视为3个不同遗传单元进行种质资源管理。     

饲料脂肪水平对瓦氏黄颡鱼生长及脂蛋白脂酶基因表达的影响

研究采用脂肪水平分别为4.7%、7.9%、10.9%、15.4%、18.9%的五种等氮配合饲料饲喂瓦氏黄颡鱼早期幼鱼,进行了为期30d的生长实验,探讨了瓦氏黄颡鱼早期幼鱼的脂肪需求。并克隆了瓦氏黄颡鱼脂蛋白脂酶(LPL)cDNA序列片段,采用实时荧光定量PCR研究了饲料脂肪水平对肝脏LPL基因表达水平的影响。结果表明,饲料脂肪水平从4.7%增加到10.9%显著促进了瓦氏黄颡鱼早期幼鱼的生长(P<0.05)。饲料脂肪水平显著影响了实验鱼的鱼体体成分,随着饲料脂肪水平的升高,鱼体干物质和脂肪含量显著增加而蛋白含量显著下降(P<0.05)。高脂诱导了瓦氏黄颡鱼肝脏LPL基因表达,摄食15.4%、18.9%这两组较高脂肪水平的实验鱼肝脏LPLmRNA表达水平显著升高(P<0.05)。根据特定生长率通过折线回归分析得出瓦氏黄颡鱼早期幼鱼最适脂肪水平为11.2%。       

黄颡鱼与长须黄颡鱼种间的RAPD标记

黄颡鱼属(Pelteobagrus Bleeker, 1865-属鲇形目( Siluri formes), 科(Bagridae-。       

黄颡鱼性别连锁标记Pf62-Y的染色体定位简

正黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)隶属鲇形目、科、黄颡属,广泛分布于我国各大水域,是我国重要经济鱼类之一。桂建芳等[1]进行了黄颡鱼银染核型研究,沈俊宝等[2]也报道了黄颡鱼的核型,其核型为2n=52。刘汉勤等[3]利用人工雌核发育等技术开展了全雄黄颡鱼研究,认为黄颡鱼的遗传性别决定类型为XY雄性异配型,Wang,et al.在黄颡鱼中开展了性别连锁的DNA标记分离研究,     

黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”形态及性腺发育的比较

选取相同养殖条件的10月、22月和34月龄的黄颡鱼和新品种杂交黄颡鱼(黄颡鱼P. fulvidraco♀×瓦氏黄颡鱼P. vachelli♂)“黄优1号”进行形态及性腺发育的比较研究。通过形体指标测量发现“黄优1号”生长性能显著优于黄颡鱼; 在22月和34月龄黄颡鱼中, 雄性的体重是雌性的2倍左右, 雄性生长速度显著高于雌性; 而在“黄优1号”中, 两性生长异形现象被显著减弱。基于性腺解剖形态分析发现雌性“黄优1号”卵巢完全退化, 呈细线状结构且没有卵子产生, 故“黄优1号”雌鱼完全不育; 雄性“黄优1号”精巢组织呈现透明状和退化状态。精巢组织切片HE染色分析发现10月龄“黄优1号”的精小囊为空腔状几乎没有精子产生, 22月和34月龄“黄优1号”的精小囊内出现极少量精子。计算机辅助精子分析系统(CASA)分析发现, 相比于黄颡鱼, “黄优1号”精巢中精子量非常少, 有效活力低下; 经过繁殖能力测试, 22月龄“黄优1号”雄鱼不具备繁殖能力。新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”在生长性能提高上显现了杂交优势, 具有推动黄颡鱼产业发展的潜力。     

抗菌肽HBβ-C在全雄和杂交黄颡鱼对多子小瓜虫抗性差异中的作用

为研究全雄黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、瓦式黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)和杂交黄颡鱼(黄颡鱼P. fulvidraco♀×瓦氏黄颡鱼P. vachelli♂)对多子小瓜虫(Ichthyophthirius multifiliis)的抗性差异, 通过生物信息学分析黄颡鱼皮肤黏液蛋白质组, 发现其血红蛋白源抗菌肽(HBβ-C)位于血红蛋白β链HBβ的碳端, 共33个氨基酸。利用化学合成的不同浓度的HBβ-C肽段进行体外抗虫实验, 研究发现其能有效杀死滋养体、包囊体和掠食体阶段的多子小瓜虫, 其中15 μg/mL的HBβ-C能在3min内杀死所有滋养体。基因表达量分析显示, 在杂交黄颡鱼的鳃和皮肤组织中, HBβ的mRNA表达量高于全雄黄颡鱼; 但在应对小瓜虫感染的过程中, 全雄黄颡鱼的HBβ mRNA转录水平快速提升, 其表达水平和上升倍率显著高于杂交黄颡鱼。蛋白表达量分析显示, HBβ在全雄黄颡鱼鳃组织中的蛋白表达量明显高于杂交黄颡鱼。免疫荧光定位结果显示, 抗菌肽HBβ-C特异地在红细胞中表达, 可以分泌并附着在滋养体上。综上所述, 相对于杂交黄颡鱼, 全雄黄颡鱼中HBβ具有更高的翻译效率, 可以更高效地应对多子小瓜虫的感染。     

Mitochondrial DNA sequence of yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco)

Yellow catfish (Pelteobagrus fulvidraco) belongs to the family Bagridae, which is one of the most important economic freshwater aquaculture species in China. In this study, we reported the complete sequence of the mitochondrial genome of P. fulvidraco. The complete mitochondrial genome is 16,527 bp in length, including the typical structure of 22 transfer RNA genes, 13 protein-coding genes, two ribosomal RNA genes, and the non-coding control region. Both the termination-associated sequence and critical central conserved sequences (CSB-D, CSB-E, and CSB-F) was also detected.     

黄颡鱼微卫星标记的筛选及三个野生群体的遗传结构分析

为了探明长江中上游流域黄颡鱼野生群体的遗传多样性状况和遗传结构,本研究采用磁珠富集法筛选出10个黄颡鱼微卫星标记,并利用其对长江中上游流域3个黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidrac)野生群体(赤水群体、乐山群体、洞庭群体)的遗传结构进行分析。获得65个阳性克隆并测序,得到36个含有微卫星的序列,设计并合成了22对微卫星引物,经筛选得到10对多态性稳定的引物,其中高多态性位点6个,中多态位点3个。每对引物等位基因数2-9个,平均4.8。3个群体(赤水、乐山和洞庭)的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5438、0.4568和0.3965,平均有效等位基因(Ne)分别为2.9928、2.5401和2.1713,平均期望杂合度(He)分别为0.6280、0.5277和0.4757,表明这3个群体遗传多样性水平较高,其中赤水群体遗传多样性最高,洞庭群体最低。种群分化指数(Fst)和遗传距离(Ds)分析表明,洞庭群体和乐山群体之间的亲缘关系最近,而与赤水群体的亲缘关系最远。聚类分析显示,乐山群体和洞庭群体聚为一支,赤水群体单独聚为一支。     

Isolation of Y- and X-linked SCAR markers in yellow catfish and application in the production of all-male populations

Sex controls have been performed in some farmed fish species because of significant growth differences between females and males. In yellow catfish ( Pelteobagrus fulvidraco ), adult males are three times larger than female adults. In this study, six Y- and X-linked amplified fragment length polymorphism fragments were screened by sex-genotype pool bulked segregant analysis and individual screening. Interestingly, sequence analysis identified two pairs of allelic genes, Pf33 and Pf62 . Furthermore, the cloned flanking sequences revealed several Y- and X-specific polymorphisms, and four Y-linked or X-linked sequence characterized amplified region (SCAR) primer pairs were designed and converted into Y- and X-linked SCAR markers. Consequently, these markers were successfully used to identify genetic sex and YY super-males, and applied to all-male population production. Thus, we developed a novel and simple technique to help commercial production of YY super-males and all-male populations in the yellow catfish.     

Geographic Distribution of Pelteobagrus fulvidraco and Pelteobagrus vachelli in the Yangtze River Based on Mitochondrial DNA Markers

Three populations of Pelteobagrus vachelli and Pelteobagrus fulvidraco of the Yangtze River were examined by PCR-RFLP analysis of mitochondrial DNA fragments. ND5/6 and D-loop fragments were digested by 10 restriction endonucleases. Significant geographic variations between upstream and mid-downstream populations in the haplotype frequencies and restriction patterns were revealed. This suggested that the diversity of P. vachelli was high; 11 haplotypes were obtained from all the samples. The upstream population shared seven haplotypes and the middle and downstream populations shared another four haplotypes. Among all of the haplotypes, one haplotype was shared in 30 samples of the populations from middle and downstream, but it was not found in the upstream population. Any haplotype found in the upstream population was not detected in the middle and downstream populations. Genetic diversity of P. fulvidraco was low and only five haplotyes were detected from all 60 samples. Phylogenic relationships also indicated that the fishes from upstream and mid-downstream were apparently divided into two populations.     

乙炔基雌二醇(EE2)对雄性黄颡鱼GtH3个亚基基因表达的影响

为研究乙炔基雌二醇(EE2)是否能影响雄性黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)垂体中促性腺激素3个亚基基因的表达,从而干扰FSH和LH的分泌,研究采用末端快速扩增(RACE)的方法在黄颡鱼垂体中克隆了促性腺激素的2个亚基(FSH和LH)的全长cDNA,对其组织表达模式和雌雄性垂体中的季节表达模式进行了研究;另外,研究还用100 ng/L的EE2对雄性黄颡鱼(2龄)进行了28d的暴露处理。结果发现,黄颡鱼FSH cDNA全长528 bp, ORF为399 bp,编码132个氨基酸; LH全长为870 bp, ORF为417 bp,编码138个氨基酸。序列分析结果表明,黄颡鱼FSH含有一个17氨基酸的信号肽, 2个保守的N-糖基化位点和13个半胱氨酸残基,而LH含有一个18个氨基酸的信号肽, 1个N-糖基化位点和12个半胱氨酸残基,与其他鲶形目鱼类极其相似。进化分析显示,黄颡鱼FSH和LH与鲶形目的鱼类进化关系较近。组织分布结果发现,黄颡鱼3亚基均仅在垂体中表达。季节表达模式结果表明,雌雄黄颡鱼GtH和LH表达水平在5月份左右达到最高,随后降低; FSH在雌性的表达模式与GtH和LH相同,而在雄性, FSH的表达没有明显变化。半定量RT-PCR结果显示, 100 ng/L的EE2能显著抑制黄颡鱼促性腺激素3个亚基基因的表达。研究认为, EE2抑制黄颡鱼雄性垂体FSH和LH的分泌,可能阻碍其正常的精子发生、精子成熟和排精过程,从而影响其正常的繁殖和发育。