黄颡鱼与长须黄颡鱼种间的RAPD标记

黄颡鱼属(Pelteobagrus Bleeker, 1865-属鲇形目( Siluri formes), 科(Bagridae-。     

瓦氏黄颡鱼线粒体全基因组序列分析及系统进化

鲿科鱼类种类繁多, 外形相似, 形态学分类较为困难。为了给鲿科鱼类乃至鲇形目鱼类的系统进化研究积累基础资料, 文章采用参照近缘物种线粒体基因组设计覆盖全基因组引物的方法, 利用16对引物对瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)线粒体全基因组进行扩增, PCR产物转化到质粒后测序, 最终获得线粒体基因组全序列, 其全长为16 527 bp, 包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个编码蛋白质基因和一个非编码控制区。瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)线粒体基因组结构和基因排列顺序与现已公布的鲇形目鱼类完全一致, 序列分析表明, 与鲇形目其他种属间具有较高的同源性, 与拟鲿属的同源性最高(91%)。利用鲇形目共4科6属9种及3个外群的线粒体全基因组序列, 从线粒体基因组水平探讨了鲿科鱼类及其在鲇形目的系统进化地位, 结果表明: 鲿科鱼类的瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)、黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)、光泽黄颡鱼(Pelteobagrus nitidus)及越南拟鲿(Pseudobagrus tokiensis)构成一单系群; 拟鲿属与黄颡鱼属的关系较近; 黄颡鱼属中瓦氏黄颡鱼(P. vachelli)与光泽黄颡鱼(P.nitidus)的关系近于黄颡鱼(P. fulvidraco)。     

黄颡鱼性腺分化的组织学观察

运用组织学方法,观察黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)性腺分化过程.结果表明,在水温(20±1)℃条件下,卵巢分化时间明显早于精巢.卵巢分化最早发生于孵出后13 d左右,其主要标志为原始性腺横切面上出现一个组织突起,进而形成卵巢腔;精巢分化的最早标志为精小叶和输精管的形成,开始于孵出后55 d.在发育早期,雌性生殖细胞的活动及分化明显早于雄性生殖细胞.孵出后25 d,卵原细胞开始通过有丝分裂快速增殖,孵出后34 d左右进入成熟分裂阶段;精原细胞在孵出后55 d时才开始大量增殖,成熟分裂最早发生于孵出后64 d.     

黄颡鱼鱼苗的养殖

黄颡鱼 (Pseudobagrus fulvidraco) ,鱼危科 ,体青黄色 ,大都具有不规则褐色斑纹 ,喜欢生活在静水或江河的缓流中 ,白天趴在水底休息 ,夜晚游到水面上觅食。黄颡鱼的肉质细嫩 ,味道鲜美 ,营养价值高 ,人工养殖大有可为。从天然水域中捕捞鱼苗 ,一是数量有限 ,二是质量没有保证 ,三是天然苗养殖成活率低。人工繁殖是一条解决苗种问题的行之有效的途径 ,也是致富的新门路。1　亲鱼的选择与暂养要人工繁殖黄颡鱼苗种 ,首先需要性成熟的亲鱼 ,黄颡鱼的生长比较慢 ,在 3龄以上才能性成熟 ,雌鱼在南方地区一般 4～ 5月开始产卵 ,北方地区 6月以后…     

黄颡鱼的寄生蠕虫

黄颡鱼Pseudobagrus fulvidraco(Richardson)和瓦氏黄颡鱼P.vachellii(Richardson)是我国常见的二种小鱼,栖息于河川支流和湖泊中,除西南、西北和少数地区外,均普遍存在。它们寄生有多种寄生虫,并传播寄生虫病。我们近年来在福建许多县市进行黄颡鱼复殖     

应用DNA分子标记鉴定黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼及其杂交种的研究

为区分黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco Richardson）、瓦氏黄颡鱼（Pelteobagrus vachelli Richardson）及其杂交种,前期研究构建了一个YY超雄黄颡鱼的BAC文库并筛选到了一个包含性别连锁标记Pf62-Y的BAC克隆。研究对该BAC克隆进行测序并鉴定到了一个新基因Inad-like,而且Inad-like的外显子序列在X和Y染色体上基本一致。通过黄颡鱼Inad-like的外显子序列及序列的保守性我们设计引物在瓦氏黄颡鱼中扩增获得了其部分内含子序列。通过内含子序列比对,发现瓦氏黄颡鱼比黄颡鱼少了一个DNA片段。基于黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼的显著遗传差异,设计了一对引物,该引物在黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼基因组中分别扩增出1908和1178 bp DNA片段,而且在杂交黄颡鱼中同时扩增出这两个DNA片段。总之,这个新的遗传标记提供了一种稳定、高效识别黄颡鱼及其与瓦氏黄颡鱼杂交种的方法。     

利用微卫星标记分析东平湖黄颡鱼的遗传多样性

采用27对鲤微卫星引物对山东东平湖黄颡鱼进行全基因组扫描,结果有19对引物能获得稳定的扩增条带,其中有6个微卫星位点具有多态性。对这6个位点的扩增产物进行分析,结果显示:6个位点共检测到22个等位基因,每个位点的等位基因数从2个到6个不等;平均基因纯合率为41.67%,平均多态信息含量(PIC)为0.488,平均杂合度为0.5833。这表明东平湖黄颡鱼种群结构合理,群体遗传多样性较丰富,种质资源处于安全状态。     

黄颡鱼属物种的RAPD分子鉴定及杂种遗传分析

使用20个随机引物研究了4种黄颡鱼的RAPD图谱,其中6个可以用来准确鉴别4个种,分别是S1、S2、S5、S7、S8、S17。同时也分析了4种黄颡鱼之间的亲缘关系,发现种间遗传距离D值在0.5000左右波动,黄颡鱼-叉尾黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼-光泽黄颡鱼之间的D值最小,分别是0.4816和0.4017。聚类图显示,黄颡鱼和叉尾黄颡鱼属同一分支;瓦氏黄颡鱼和光泽黄颡鱼属另一分支,说明它们之间分别有更近的亲缘关系。另外,采用黄颡鱼作母本,瓦氏黄颡鱼作父本,获得了杂交F1代,对F1代进行RAPD分析,发现了杂种遗传图谱的三种变化情况:叠加、叠加-变异、叠加-弱化,表明F1代DNA多态性增强,杂合性提高,预示着杂种优势的可能性。     

瓦氏黄颡鱼与黄颡鱼的耗氧率及窒息点

在平均水温25℃条件下,测得平均体重10.0 g的瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)及平均体重12.6g的黄颡鱼(P.fulvidraco)耗氧率分别为0.21和0.23 mg/g.h,窒息点分别为0.91和0.75 mg/L;平均体重75.8 g的瓦氏黄颡鱼及平均体重85.4 g的黄颡鱼耗氧率分别为0.16和0.12 mg/g.h,窒息点分别为0.77和0.54 mg/L。分析表明,瓦氏黄颡鱼的耗氧率和窒息点都高于黄颡鱼。     

黄颡鱼和杂交黄颡鱼“黄优1号”形态及性腺发育的比较

选取相同养殖条件的10月、22月和34月龄的黄颡鱼和新品种杂交黄颡鱼(黄颡鱼P. fulvidraco♀×瓦氏黄颡鱼P. vachelli♂)“黄优1号”进行形态及性腺发育的比较研究。通过形体指标测量发现“黄优1号”生长性能显著优于黄颡鱼; 在22月和34月龄黄颡鱼中, 雄性的体重是雌性的2倍左右, 雄性生长速度显著高于雌性; 而在“黄优1号”中, 两性生长异形现象被显著减弱。基于性腺解剖形态分析发现雌性“黄优1号”卵巢完全退化, 呈细线状结构且没有卵子产生, 故“黄优1号”雌鱼完全不育; 雄性“黄优1号”精巢组织呈现透明状和退化状态。精巢组织切片HE染色分析发现10月龄“黄优1号”的精小囊为空腔状几乎没有精子产生, 22月和34月龄“黄优1号”的精小囊内出现极少量精子。计算机辅助精子分析系统(CASA)分析发现, 相比于黄颡鱼, “黄优1号”精巢中精子量非常少, 有效活力低下; 经过繁殖能力测试, 22月龄“黄优1号”雄鱼不具备繁殖能力。新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”在生长性能提高上显现了杂交优势, 具有推动黄颡鱼产业发展的潜力。     

几种鳄分子系统发生的探讨

百年来关于扬子鳄的分类学位置存在着很多争议,本测得扬子鳄、暹罗鳄和湾鳄的mtDNA ND4和Cytb基因,并从GenBank中获得密西西比鳄和海龟的DN4基因和Cytb基因相应片段。用Clustal X1.8进行对位排列,以海龟为外群构建分子进化系统树。结果显示,在鳄类动物中,扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系最近,两ND4基因序列碱基差异的20．68％,而Cytb基因序列碱基差异为14．43％,但扬子鳄与密西西相比与鳄的分类问题仍将有待进一步探讨。     

基于线粒体ND4基因序列的七种条纹光唇鱼系统发育及对半刺光唇鱼分类地位的质疑

光唇鱼属(Acrossocheilus)隶属于鲤形目(Cyprini-formes)鲤科(Cyprinidae)鲃亚科(Barbinae Oshima,1919), 广泛分布于东南亚和东亚, 其中包括中国南部(包含台湾和海南岛)、越南和老挝。伍献文等[1]于1977年鉴定了本属的19个种或亚种, 并将光唇鱼属划分为两个亚属:光属的19个种或亚种, 并将光唇鱼属划分为两个亚属: 光唇鱼亚属和厚唇鱼亚属(Lissochilichthys Oshima,1920)。     

洞庭湖四种黄颡鱼基因组DNA遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖瓦氏黄颡鱼、光泽黄颡鱼、长须黄颡鱼、普通黄颡鱼的基因组DNA为材料对 4种黄颡鱼进行了遗传多样性随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。通过筛选的 90个引物对 4种黄颡鱼基因组DNA的扩增 ,获得了 36个有效引物 ,并计算出了 4种黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离 ,遗传距离最大的为普通黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼 (D =0 9895 ) ,遗传距离最小的为普通黄颡鱼和光泽黄颡鱼 (D =0 672 0 )。同时运用聚类分析 (UPGMA)的方法建立了 4种黄颡鱼的聚类图。     

以ND4L和ND4基因为标记探讨黑腹果蝇种组的系统发育关系

多年来的形态学、染色体组学以及DNA序列几个方面的研究均没有很好地阐明黑腹果蝇种组内的系统发育关系。本实验测定了33个样品的ND4和31个样品的ND4L基因序列,以D．obscuroides为外群,用最大简约法和Bayesian法分别构建进化树。结果表明两种方法构建的拓扑结构一致,而且大部分支系的支持率较高。整个黑腹果蝇种组分成三大谱系：1）montium种亚组;2）ananssae种亚组;3）Oriental种亚组（melanogaster、ficsphila、eugracilis、elegans、suzukii、takahashii）。montium是最早分化的种亚组。在第三谱系中,melanogaster分化得最早;然后依次是ficsphila,eugracilis,elegans;suzukii与takahashii为姐妹种亚组,最后分化。     

Only male matrilineal relatives with Leber's hereditary optic neuropathy in a large Chinese family carrying the mitochondrial DNA G11778A mutation

We report here the characterization of a five-generation large Chinese family with Leber's hereditary optic neuropathy (LHON). Very strikingly, six affected individuals of 38 matrilineal relatives (17 females/21 males) are exclusively males in this Chinese family. These matrilineal relatives in this family exhibited late-onset/progressive visual impairment with a wide range of severity, ranging from blindness to normal vision. The age of onset in visual impairment varies from 17 to 30 years. Sequence analysis of the complete mitochondrial genome in this pedigree revealed the presence of the G11778A mutation in ND4 gene and 29 other variants. This mitochondrial genome belongs to the Southern Chinese haplogroup B5b. We showed that the G11778A mutation is present at near homoplasmy in matrilineal relatives of this Chinese family but not in 164 Chinese controls. Incomplete penetrance of LHON in this family indicates the involvement of modulatory factors in the phenotypic expression of visual dysfunction associated with the G11778A mutation. However, none of other mtDNA variants are evolutionarily conserved and implicated to have significantly functional consequence. Thus, nuclear modifier gene(s) or environmental factor(s) seem to account for the penetrance and phenotypic variability of LHON in this Chinese family carrying the G11778A mutation.     

线粒体DNA多态性在海洋动物群体遗传结构研究中的应用

线粒体DNA( mtDNA)分析在揭示物种亲缘关系、遗传比较、系统进化和遗传结构等领域的研究中得到了广泛的应用,尤其是在海洋动物的遗传结构研究中发挥了重要的作用.介绍线粒体DNA的结构特征、多态性研究方法,并对其在海洋动物群体遗传结构研究中的应用进行了综述.     

三种沼虾的COI基因序列变异及其分类地位探讨(英文)

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)和日本沼虾(M.nipponense)经在我国得到广泛的养殖,产生巨大的经济效益.祁连沼虾(M. qilianensis)是自然分布在我国甘肃省的土著虾种,因其外部形态符合沼虾属的特征,而被前人归入沼虾属.为了从分子生物学的角度理解罗氏沼虾、日本沼虾与祁连沼虾的遗传差异,为合理开发和利用沼虾资源提供理论基础,作者对这3种沼虾的线粒体COI基因序列进行研究.从甘肃、浙江等地分别采集这三种沼虾的样本各10尾,共30尾,其中祁连沼虾是野生样本,而罗氏沼虾和日本沼虾都是养殖样本.通过PCR方法扩增线粒体COI基因,并测序.通过比对,获得一致序列649 bp.在30个样本中共检测到169个变异位点,占总变异的26.04%;共检测到7种单倍型.3种沼虾的核苷酸多态性分别为:罗氏沼虾0.411%、日本沼虾0.092%、祁连沼虾0.031%.野生的祁连沼虾遗传多样性远远低于养殖的罗氏沼虾和日本沼虾.三种沼虾单倍型之间的Kimura双参数遗传距离在19.87%～23.84%,三者之间的遗传距离较大,提示三者均为有效种.为进一步确定这三种沼虾在长臂虾科的分类地位, 我们从NCBI数据库中下载了长臂虾科的其它种类的COI序列进行系统发生分析.用NJ法构建的分子系统树显示:日本沼虾和罗氏沼虾与沼虾属的其它种类聚成一枝,而祁连沼虾与同亚科的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)和长角长臂虾(Palaemon debilis)较沼虾属另10种虾的遗传距离近,即祁连沼虾与白虾属及长臂虾属聚成另一枝.凶此,COI序列的结果不支持祁连沼虾归入沼虾属.但其分类地位应该综合多方面证据重新进行分析确定.