环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

分别以18Sr DNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性。利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R)。高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99%以上,获得基因注释的序列数达94%以上。3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R)。相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效。     

有害甲藻Stoeckeria algicida在辽东湾的时空分布

Stoeckeria algicida为甲藻纲胸甲球藻科,有侵噬鱼类细胞杀鱼的能力,可导致鱼类成群死亡,同时也会杀死其他海洋微藻。由于该藻个体微小、形态学鉴定困难,研究较为迟缓,我国海域几乎没有该藻的研究报道。近几年,高通量测序技术的发展极大地推动了微型/微微型浮游植物的鉴定研究,为了解我国辽东湾海域是否存在Stoeckeria algicida及其分布情况,以18S rD NA V4区作为目标基因,结合高通量测序技术,专门设计了微型/微微型浮游植物鉴定引物对V4(F/R),随后对辽东湾2014年四季海水中微型和微微型浮游植物多样性进行了检测。结果发现,Stoeckeria algicida除了春季未检出外,其他季节均有检出,温度是影响该藻繁殖的主要因素。虽然Stoeckeria algicida在整个环境样品中优势度不太明显,但其夏季密度较高(最高达2.753×10~3个/L),高值区主要分布在辽东湾东西两岸,致灾风险较高,应引起有关方面足够重视。Stoeckeria algicida在我国海域首次报道,其危害后果严峻,必须加强监测监管。     

基于环境DNA技术的辽东湾真核微藻群落结构特征

以18S rDNA V4区作为目标基因,利用自行设计的真核微藻鉴定引物V4（F/R）,结合高通量测序技术,对辽东湾2014年四季海水中真核微藻多样性进行了检测。结果发现,辽东湾海域注释到种的真核微藻有136种,41%的种类在中国海域未见报道,其中自养型占60%、异养型占10%、混合营养型占30%。研究对丰富中国海域微藻名录和外来海洋微藻背景数据库具有较大意义。     

基于高通量测序技术大亚湾肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)的食性分析

采用Illuminate高通量测序技术分析了大亚湾肥胖软箭虫(Flaccisagitta enflata)的食性。在夏季(2017年8月)和冬季(2018年1月)对大亚湾内不同站位拖网采获的四组样品中, 分别挑取毛颚类优势种肥胖软箭虫进行18S rDNA V4区扩增; 通过高通量测序得到四组样品的序列, 经过处理每组样品得到约30,000条高质量序列。分析结果表明, 大亚湾肥胖软箭虫的食物来源于16个门类生物, 主要的优势类群分别来自于3个门类的浮游动物(刺胞动物门46.16%、节肢动物门的桡足类19.16%和栉水母动物门14.22%), 真菌类的2个门类(子囊菌门14.04%和担子菌亚门4.48%), 以及少量浮游植物类群的2个门 (褐藻门0.06%和隐藻门0.03%)。另外, 还检测出少量肥胖软箭虫可能摄食的纤毛虫、线虫、住囊虫、海葵等。夏季湾内肥胖软箭虫食物中子囊菌门贡献最高 (43.3%), 这与大亚湾海水养殖等人类活动影响有关; 夏季湾口外海水带来丰富的暖水性栉水母, 占肥胖软箭虫总食物丰度的55.25%。冬季湾内肥胖软箭虫摄食哲水蚤比例达49.94%, 而湾口肉质介穗水母占比高达85.3%。分析结果可见, 肥胖软箭虫的摄食具有偏好性, 且明显存在季节和区域差异。研究探讨了大亚湾不同环境下肥胖软箭虫食性转变及其食物来源的季节和区域差异, 为深入揭示浮游动物在海湾生态系统物质与能量传递过程的作用机制提供了重要基础资料。     

东海低氧区及邻近水域浮游植物的季节变化

根据2011年5月、8月、11月在东海低氧区及邻近水域(25°00'—33°30'N,120°00'—127°30'E)进行的多学科综合调查,对东海低氧区及邻近水域浮游植物群落结构特征及季节变化进行了相关研究。经Utermhl方法初步分析共鉴定出浮游植物4门74属248种(含变种、变型,不含未定种),主要由硅藻和甲藻组成,此外还有少量的金藻和蓝藻。春季优势种主要为具齿原甲藻(Prorocentrum dentatum)、柔弱伪菱形藻(Pseudo-nitzschia delicatissim)、骨条藻(Skeletonema sp.)和具槽帕拉藻(Paralia sulcata);夏季主要是中肋骨条藻(Skeletonema costatum)和海链藻(Thalassiosira sp.);秋季主要是具槽帕拉藻、圆筛藻(Coscinodiscus sp.)和柔弱伪菱形藻。调查区浮游植物平均细胞丰度在夏季最高,达到85.002×103个/L,春季次之,秋季最低。在水平方向上,春、夏两季,表层浮游植物细胞丰度在近岸出现高值,由近岸到外海细胞丰度逐渐降低;而在秋季则相反,在调查海域的东北部出现高值,随离岸距离的增加细胞丰度逐渐增加。在垂直方向上,春、夏两季,浮游植物细胞丰度在表层出现最大值,随着深度的增加细胞丰度逐渐降低;而在秋季细胞丰度分布比较均匀,随水深变化不明显。调查区表层浮游植物ShannonWiener多样性指数和Pielou均匀度指数的平面分布基本一致,并且与细胞丰度的分布大致呈镶嵌分布。调查浮游植物群落的演替规律是:从春季的甲藻(具齿原甲藻、微小原甲藻(Prorocentrum minimum)等)为主,硅藻(柔弱伪菱形藻、骨条藻等)为辅;演替至夏季的硅藻(中肋骨条藻、海链藻等)为主,甲藻(主要是梭状角藻(Ceratium fusus)和叉状角藻(Ceratium furca))为辅,到秋季进一步演替为硅藻(具槽帕拉藻、圆筛藻、柔弱伪菱形藻等)为主,铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebaultii)为辅。浮游植物物种组成、优势种、细胞丰度及多样性指数均表现出明显的时空变化。低氧区与非低氧区浮游植物群集存在明显差异。     

海南西部近岸浮游植物的周年变化及主要关联因素

报道了2008—2009年4季度海南西部近岸浮游植物群落的周年动态并探讨其主要关联因素。165份样品经鉴定共有浮游植物4门74属155种(含5变型和2变种),周年平均丰度为(6.36±4.75)×103cells/L。硅藻在物种组成和丰度上均占绝对优势,其次为甲藻,蓝藻(束毛藻)在7月增殖。主要优势种为菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)、奇异棍形藻(Bacillaria paradoxa)、具槽帕拉藻(Paralia sulcata)、旋链角毛藻(Chaetoceros curvisetus)、笔尖根管藻(Rhizosolenia styliformis)、束毛藻(Trichodesmium spp.)、海洋原甲藻(Prorocentrum micans)等。物种组成的季节差异较大,10月浮游植物种类贫乏,1月次之,4月、7月最丰富。丰度10月最高,季节差异并不明显。束毛藻在4月、7月呈斑块状群聚分布。浮游植物周年平均丰度并不高(<1.0×104cells/L)。不同季节优势种有明显的交错和变化,菱形海线藻、奇异棍形藻、具槽帕拉藻为全年优势种。浮游植物物种多样性指数和均匀度都表现出较高的值,均匀度与多样性指数的季节变化特点基本一致,群落多样性高的季节物种均匀度也好。物种多样性指数指示调查区水体遭受污染程度低,水质状况优。调查区各季节的浮游植物丰度与温度之间无显著的相关关系,1月丰度与盐度则呈密切负相关关系。10月浮游植物丰度与无机氮(DIN)呈密切的正相关关系。7月浮游植物丰度与活性磷酸盐(PO4-P)呈密切的负相关关系。浮游动物对浮游植物的摄食压力直接影响到后者的丰度变动,并伴随着海区生态系统的相关复杂现象及生物学过程的作用。     

2006年秋季东海陆架浮游植物群集

根据2006年11月19日—12月24日在东海陆架海域（24.0°—32.0°N,120.0°—127.0 °E）进行的综合采样调查,对调查海域浮游植物的群集特征进行了研究.本次调查共发现浮游植物4门64属145种（包括未定名种）,其中硅藻是该调查海区浮游植物的主要功能群,其次为甲藻.主要的优势种为菱形海线藻、圆海链藻、丹麦细柱藻、斯氏几内亚藻、尖刺伪菱形藻和铁氏束毛藻等.浮游植物细胞丰度为0.09～5.11 cells·ml^-1,平均值为4.92 cells·ml^-1,秋季东海陆架浮游植物细胞丰度的平面分布主要由浮游硅藻刻画,其高值出现在调查区的北、东部离岸海域,细胞丰度大于30 cells·ml^-1.浮游植物及硅藻和甲藻的细胞丰度垂直变化趋势基本上都是随着水深增加,丰度逐渐减小.各个断面细胞丰度密集区主要集中在表层,个别站位的中层和底层也出现浮游植物密集区.调查区浮游植物的多样性指数平均值为2.80,其高值位于调查区东北和东南部,物种均匀度指数平均值为0.81,其高值位于调查区中部,生物多样性的分布与细胞丰度的分布一致.从Pearson相关性指数来看,亚硝酸盐、溶解态有机氮(DON)和温度显著影响调查区浮游植物的生长.     

2006年秋季东海陆架浮游植物群集

根据2006年11月19日--12月24日在东海陆架海域(24.0°--32.0°N,120.0°--127.0°E)进行的综合采样调查,对调查海域浮游植物的群集特征进行了研究.本次调查共发现浮游植物4门64属145种(包括未定名种),其中硅藻是该调查海区浮游植物的主要功能群,其次为甲藻.主要的优势种为菱形海线藻、圆海链藻、丹麦细柱藻、斯氏几内亚藻、尖刺伪菱形藻和铁氏束毛藻等.浮游植物细胞丰度为0.09～5.11 cells·ml-1,平均值为4.92 cells·ml-1,秋季东海陆架浮游植物细胞丰度的平面分布主要由浮游硅藻刻画,其高值出现在调查区的北、东部离岸海域,细胞丰度大于30 cells·ml-1.浮游植物及硅藻和甲藻的细胞丰度垂直变化趋势基本上都是随着水深增加,丰度逐渐减小.各个断面细胞丰度密集区主要集中在表层,个别站位的中层和底层也出现浮游植物密集区.调查区浮游植物的多样性指数平均值为2.80,其高值位于调查区东北和东南部,物种均匀度指数平均值为0.81,其高值位于调查区中部,生物多样性的分布与细胞丰度的分布一致.从Pearson相关性指数来看,亚硝酸盐、溶解态有机氮(DON)和温度显著影响调查区浮游植物的生长.     

抚仙湖超微型浮游藻类群落结构空间分布特征

2016年7月对抚仙湖进行采样调查,研究抚仙湖超微型浮游藻类（超微藻）的空间分布特征及关键影响因子。结果表明,抚仙湖超微藻平均丰度为（8.58±3.25）×10³个/mL,其中超微蓝藻丰度显著高于超微真核藻。超微藻丰度在沿岸带较高,敞水区相对较低,北部最深点低于南部最深点;垂直方向上,超微藻丰度在水下10 m处达到最大值,随着深度的增加丰度逐渐下降。通过方差膨胀因子分析和建模得到超微藻丰度和环境因子的相关关系,水体的浊度、pH以及总磷对超微真核藻丰度有显著影响,而超微蓝藻的丰度主要是受到总磷的影响。结合流式细胞分选和高通量测序得到了抚仙湖超微真核藻的群落结构特征,主要是金藻纲、硅藻纲、甲藻纲等,其中金藻纲占绝对优势。在空间上,不同湖区和不同深度超微真核藻的群落组成也存在差异：表层水体以金藻纲、硅藻纲、甲藻纲为主;而在深层水体中超微真核藻的多样性降低,金藻纲为优势种。超微藻作为贫营养湖泊初级生产力的主要贡献者,对其组成和分布的研究有助于更全面的认识抚仙湖生态系统结构和功能。     

云南腾冲热海两热泉菌藻席细菌多样性的研究

应用显微形态观察和变性梯度凝胶电泳(DGGE)对云南腾冲热海两热泉菌藻席的细菌多样性进行了比较分析.直接从环境样品中提取总DNA,用两套细菌通用引物进行PCR扩增,得到包含V8和V9高变区的16S rDNA片段,进行DGGE分析,结合形态观察,结果显示,热泉菌藻席中存在丰富的细菌多样性,且不同温度范围的菌藻席细菌组成差异显著.     

16S rRNA基因高变区V4和V3−V4及测序深度对油藏细菌菌群分析的影响

【背景】16S rRNA基因测序是当前研究微生物群落组成及其分布的重要手段。【目的】揭示16S rRNA基因高变区V4 (515-806)和V3-V4 (338-806)及测序深度(1-2万条和10万条)对油藏微生物细菌群落组成和多样性分析的影响。【方法】所用油水样细菌16SrRNA基因拷贝数为(6.51±0.56)×108/L,16SrRNA基因V4区测序使用IlluminaMiSeqPE250测序平台,V3-V4区测序使用MiSeqPE300测序平台。【结果】测序深度达到1-2万条时,V4和V3-V4区测序文库覆盖率均达到99.6%以上,且具有较好的可重复性;V4区测序深度为1-2万和10万时,菌群α多样性指数受测序深度影响不显著;与V4区测序相比,同样测序深度(1-2万)下,V3-V4区测序获得的菌群α多样性指数有所降低。V4测序1-2万与10万获得的菌群中几乎未出现显著性差异微生物类群;同样测序深度(1-2万)下,V4与V3-V4测序相比,优势微生物类群Epsilonproteobacteria(51.37%:64.23%)和Deltaproteobacteria (17.96%:11.40%)相对丰度表现出显著差异。【结论】测序深度达到一定水平,增加测序深度会一定程度上影响菌群α多样性指数,对菌群β多样性分析的影响十分有限;同一测序深度下,V4区与V3-V4区测序获得的细菌菌群α多样性指数明显不同,部分优势微生物类群的相对丰度值之间具有显著性差异。鉴于测序读长的提升和测序成本降低,与V4区测序相比,V3-V4区测序在更低的测序深度下文库覆盖率更高,可提供更多用于反映物种亲缘关系的16S rRNA碱基信息,本文认为V3-V4区测序可作为当下菌群分析的首选区域。     

一株滇池蓝细菌的分离及初步鉴定

为了解滇池蓝细菌生物多样性, 于2010 年6 月从滇池采集水样, 通过平板分离纯化及液体培养得到一株蓝细菌。该菌在液体培养下呈聚集状态, 显微镜镜检观察显示该菌呈丝状, 并发绿色及橙红色荧光。以该菌总DNA 为模板,用细菌16S rDNA 通用引物进行扩增, 得到长度约1.5 Kb 的序列, 将该序列连接到pMD 18-T 载体后测序。测序结果与GenBank 比对显示该菌属于颤藻目细鞘丝藻属的一个新种。     

基于高通量测序技术测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrRNA通用引物扩增V3~V4区,采用IlluminaMiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52%和25.39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33.16%,其他53种总和仅占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8)PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。     

2008年夏季南海北部浮游植物群落结构特征分析

根据2008年8月15日—2008年9月7日南海北部调查期间所获得的网采浮游植物资料,对该海域的4个断面共计13个站位的浮游植物群落结构特征进行了研究,包括种类组成、丰度、分布、多样性以及浮游植物群落结构与环境因子之间相关关系等基本状况。本次调查共鉴定出浮游植物4门53属169种(含变种和变型),主要以暖水性、广温性和广布性种为主,其中硅藻门(Bacillariophyceae)37属114种,占总种数的67.4%,甲藻门(Pyrrophyta)12属50种,占总种数的29.6%,蓝藻门(Cyanophyta)2属3种及金藻门(Chrysophyta)2属2种等。浮游植物丰度平均值为18.06×104cells/m3,其中硅藻丰度平均值为55.72×106cells/m3,甲藻丰度平均值为0.81×106cells/m3。调查区域内的优势种包括铁氏束毛藻(Trichodesmium thiebautii),洛氏角毛藻(Chaetoceros lorenzianus),柔弱菱形藻(Nitzschia delicatissima),红海束毛藻(Trichodesmium erythraeum)和菱形海线藻(Thalassionema nitzschioides)。藻类为聚类分析(UPMGA)将站点大致上分为4个生态区(珠江口生态区,吕宋海峡区,琼东上升流区和18°N断面区),结果表明,在地理位置上分布比较相近的站点具有较高的群落结构组成相似性。     

北部湾海洋原甲藻的形态特征及其系统进化分析

为探讨广西北部湾海洋原甲藻(Prorocentrum micans)的形态特征及其系统进化意义,利用光学显微镜、分子生物学方法,对海洋原甲藻BBW-01 藻株的形态特征进行了描述,并分析了其分子系统进化关系.结果表明,各地理株系的海洋原甲藻的形态特征相似,仅在细胞大小上存在差异.海洋原甲藻BBW-01 与采自于广东大亚湾的海洋原甲藻形态特征最为接近,其壳板后端的7 个呈“V”字形对称排列的大孔可作为海洋原甲藻鉴定的重要指标.18S rDNA 序列同源检索和系统进化分析表明,海洋原甲藻BBW-01 与源自中国南海的海洋原甲藻的亲缘关系最近,并与其他2 株海洋原甲藻聚成一支,属于浮游、兼性浮游类原甲藻.因此,对赤潮原因种的准确识别有助于预防和减轻赤潮对海洋环境和人类带来的危害.     

几种典型藻华生物的分子分类学分析

通过PCR克隆测序、rDNA序列分析、随机PCR引物扩增结合DGGE技术等三个层次的分子分类水平对厦门海域的典型藻华生物进行分子生物学分析。结果表明,基于DGGE检测的18S rDNA序列过于保守,分类的精确度不高;AP-PCR则是基于基因组的差异进行分析,结果较为精确和全面;而rDNA序列分析相对可靠,尤其是针对ITS的长度和全序列分析以及28S rDNA的D1、D2区的序列分析,可以提供更为准确的分类信息,并可为设计检测探针提供基础。据此对分离自厦门海域的3种典型甲藻及其相关藻株建立了系统进化树。针对23株甲藻ITS序列建立的系统进化树显示Takayama pulchella（AY764179）和Karlodinium micrum的距离最近,并能够把Akashiwo属、Karenia属、Gyrodinium属、Karlodinium属、Takayama属与Gymnodinium属等区分开。用28S rDNA序列建立的系统发育树只能把Karlodinium属、Karenia属和Takayama属区分开,但不能很好地把无纹环沟藻与Akashiwo属和Gymnodinium等的藻区分开。     

水东湾海域浮游植物潮汐分布特征及其与环境因子的关系

2014年秋、冬两季,每个季节在大潮期和小潮期对水东湾海域浮游植物群落结构和环境因子进行了调查,共鉴定出4门57属134种。其中硅藻门42属106种,占浮游植物种类数的79.1%;甲藻门13属26种,占浮游植物种类数的19.4%;蓝藻门1属1种,占浮游植物种类数的0.8%;针胞藻纲1属1种,占浮游植物种类数的0.8%。优势种15种,主要为尖布纹藻Gyrosigma aluminatum、圆海链藻Thalassiosira rotula、中肋骨条藻Skeletonema costatum、丹麦细柱藻Leptocylindrus danicus和舟形鞍链藻Campylosira cymbelliformis等。4个航次共有种类数在18—40种,Jaccard种类相似性指数范围在0.200—0.404,多样性指数和均匀度平均值分别为2.60和0.60。秋季大、小潮期多样性指数差异较显著(P0.05),冬季细胞丰度、多样性指数和均匀度大、小潮期均无明显差异。浮游植物细胞丰度变化范围为0.95×10~4个/L—28.0×10~4个/L,平均为6.86×10~4个/L,平均丰度冬季小潮期(9.46×10~4个/L)秋季小潮期(7.56×10~4个/L)冬季大潮期(5.97×10~4个/L)秋季大潮期(4.44×10~4个/L)。主成分分析(PCA)表明:盐度和营养盐可能是影响水东湾海域生态环境的主导因子。对水东湾海域浮游植物群落结构与主要环境因子进行Spearman相关性分析,细胞丰度与盐度在秋季大、小潮期为负相关,在冬季大、小潮期呈显著正相关;与无机氮和磷酸盐在冬季大、小潮期呈极显著负相关,在秋季大、小潮期均无相关性。冬季小潮期水温与多样性指数、均匀度和细胞丰度均呈正相关;从测定结果来看浮游植物细胞丰度、多样性指数和均匀度与叶绿素a含量均无统计学意义上的相关性。     

大亚湾浮游植物群落特征

于2002年冬、春、夏和秋季对大亚湾浮游植物进行采样调查,分析了浮游植物的种类组成、丰度、优势种、多样性及群落结构的季节变化特征和平面分布特征。并讨论了浮游植物与营养盐、水温及环流等环境因子之间的关系。2002年大亚湾浮游植物共鉴定出48属114种(包括变型和变种),丰度范围在5.79×104~5.37×106cells/m3之间,平均值为1.14×106cells/m3。其中硅藻共37属84种,其种数和细胞丰度都占绝对优势,平均丰度为1.08×106cells/m3,其次为甲藻,9属23种,平均丰度为9.91×104cells/m3。此外还鉴定出蓝藻和金藻。大亚湾浮游植物丰度变化呈单一周期型,春夏季高,秋冬季节低。虽然硅藻的丰度占优势,但秋季硅藻丰度降低(占总丰度75.8%)使甲藻和蓝藻所占比例上升。研究得出春夏季大亚湾浮游植物主要以沿岸暖水性种类为主,秋季和冬季除沿岸暖水种之外,广布种和大洋种也较多,尤其在冬季后者占优势。大亚湾浮游植物优势种类多,不同季节既有交叉又有演替。与以往调查资料相比,部分优势种发生变化,优势程度顺序和细胞丰度发生了一定改变,个体较大的细胞丰度优势逐渐增加。另外,受季风、潮流、地理位置及人类活动影响,大亚湾浮游植物丰度和群落结构有一定的季节和平面分布特征。大亚湾浮游植物的多样性在夏季偏低,尤其在大亚湾核电站和大鹏澳养殖区附近表现明显。大亚湾浮游植物的丰度、种数、优势种演替及群落结构等其它群落特征与营养盐尤其是氮、磷和N/P、水温、环流等环境因子密切相关。     

大亚湾澳头水域浮游植物群落结构及周年数量动态

对1997年至1998年广东省大亚湾澳头水域的浮游植物群落进行调查和分析。结果发现浮游植物65属198种;硅藻在种类组成和数量上都比甲藻占有优势,存在春季和秋季高峰,主要优势类群依次是角毛藻、骨条藻、拟菱形藻等;甲藻只存在春季高峰,代表种类有裸甲藻、原甲藻等。主要优势种类的生长与调查水域的盐度没有明显关系,但全年水温的季节性变化对优势种类的消长影响显著。Simpson多样性指数、Shannon-Weaver多样性指数、均匀度的年平均值分别是0.611、2.107、0.557,多样性指数没有明显的季节变化规律和水平分布规律。       

前沟藻18S rDNA序列克隆和分子鉴定分析

旨在扩增一株未知微藻18S rDNA,并进行序列分析和物种鉴定分析.提取该微藻总DNA,用PCR技术扩增其18S rDNA,对序列进行测序,在GenBank进行序列比对分析,用ClustalX软件构建进化树;用光学显微镜进行形态学分析.经测序其序列长度为1 736 bp,G+C为47％;同源性分析表明,与GenBank中多个强壮前沟藻种的18S rDNA基因序列同源性迭99％;与前沟藻属的其它藻种同源性均迭95％以上.而与裸甲藻属和环藻属的藻株同源性为85％左右.经光学显微镜观察,该藻具有典型的强壮前沟藻形态.结合该藻18S rDNA序列分析和粗略的形态学分析,推断该藻可能为前沟藻属的强壮前沟藻.微藻形体微小,结构简单,需借助电子显微镜才可准确地从形态学上签定其种属,鉴定工作繁琐费时;而利用分子技术,则可能使鉴定工作变得简单快捷.