南京地区戊型肝炎病毒基因型鉴定和变异分析

为了解南京地区戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因型的分布以及变异状况,本研究采用逆转录套式聚合酶反应(RT-nPCR)的方法检测南京地区40份急性散发性戊型肝炎患者的粪便标本,对PCR产物进行测序,利用生物信息学软件比较核苷酸的同源性、遗传距离,进行基因分型和变异分析.40份粪便标本中检测到14份阳性HEV、RNA,检出率为35%,基因分型均为HEV Ⅳ型,且分属2个不同的亚型;利用生物信息学软件对国内Ⅰ型和Ⅳ型毒株加以比较,发现HEV Ⅳ型毒株比Ⅰ型变异程度高,不同年份的HEV Ⅳ型毒株变异更大,有新的亚型出现,且变异有随时间推移而增大的趋势.     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18．57％。将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97．1％～100％,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74．1％-77．6％,71．6％-74．1％,73.3％～78．2％和82．8％-91.4％,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89．4％-91．4％。以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEV Ⅳ T1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82．6％-91．3％,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV Ⅳ型。     

检测猪粪便中基因4型戊型肝炎病毒的实时荧光定量RT-PCR方法的建立

针对基因4型戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因组ORF3设计特异性引物和探针,建立了一套TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法。评价了该方法的准确性和灵敏性,同时与常规RT-PCR和巢式RT-PCR方法进行了对比分析。结果表明,生成的标准曲线显示各浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数(r2)为0.994,斜率为-3.312,PCR效率为100%。组内和组间重复性试验相同稀释度标准质粒Ct值之间差异均不显著,并且能够准确的从HEV阳性猪粪便样品中检测到基因4型HEV RNA,具有较好准确性。可检测到戊型肝炎病毒数量为(1.7×101)copies,比普通RT-PCR的灵敏度高100倍,比Nested RT-PCR高10倍。     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18.57%.将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97.1%～100%,为同一基因型;与HEV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74.1%～77.6%,71.6%～74.1%,73.3%～78.2%和82.8%～91.4%,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89.4%～91.4%.以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEVⅣT1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82.6%～91.3%,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEVⅣ型.     

福建省2000～2003年戊型肝炎病毒分离株的分子流行病学研究

为研究福建省2000～2003年急性散发性戊型肝炎病毒（HEV）分离株的分子流行病学特征,采用RT—PCR方法扩增HEV ORF2的基因片段,经纯化、克隆、测序后,对其序列用Neighbor-Joining法和Bootstrap法进行基因进化分析。从158例急性散发性戊型肝炎的血清标本中扩增出72份HEV RNA,经基因进化树分析,这72株HEV均属于HEV基因Ⅳ型,且被明显地分为A、B、C、D共4个组群。A群的同源性最高,群内同源性为93．3％～100％;D群的同源性最低,群内同源性在86．6％～100％之间。A群和B群流行株所占比例没有差异;C群流行株所占比例由2002年的7．1％逐渐增加到2003年的26．3％（x^2=10．553,P=0．014）;D群则由85．7％逐渐减少到44．7％（x^2=8．136,P=0．043）。引起福建地区急性散发性戊型肝炎流行的HEV均属于HEV基因Ⅳ型,基因型内存在不同的组群,其中D群的变异较大。     

不同基因型戊型肝炎病毒存在多种类型抗原表位

以戊型肝炎病毒(HEV)ORF2重组蛋白p166Us为免疫原制备单克隆抗体(McAbs),采用间接ELISA和免疫印迹法,检测McAbs与不同基因型和亚型HEV重组蛋白p166Bur(Ⅰa型)、p166Pak(Ⅰb型)、p166Mor(Ⅰc型)、p166Mex(Ⅱ型)、p166Us(Ⅲ型)、p166Nz(猪HEV,Ⅲ型)和p166Chn(Ⅳ型)的反应性,采用抗原或抗体竞争ELISA分析p166蛋白与天然HEV颗粒之间抗原表位的关系。结果获得4D3、2E3、11E11、12H5、3A3和1F16株稳定分泌McAbs的杂交瘤细胞株。4D3分泌的McAb与7种p166均发生反应,其与免疫原p166Us的结合可被Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ或Ⅳ型天然HEV颗粒或病人血清竞争抑制。2E3、11E11和12H5分泌的McAbs只与p166Us、p166Nz和p166Chn发生反应,它们与p166Us的结合仅能被Ⅲ和IV型病毒或血清所抑制。3A3分泌的McAb只与p166Us及p166Nz结合,1F1分泌的McAb只与p166Us结合,两者均能被Ⅲ型美国株竞争抑制,而Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ型不能抑制它们与p166Us的结合。由此可见,不同基因型和亚型HEV ORF2编码蛋白p166上存在多种类型抗原表位,其中包括Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ基因型共同的,Ⅲ、Ⅳ基因型共有的和第Ⅲ基因型特异的等,这些表位与天然HEV颗粒上的抗原表位具有相同的免疫学特征。     

戊型肝炎病毒通用性PCR引物的设计及其基因分型的研究

针对戊型肝炎病毒(HEV)基因分型尚无统一标准的现状,本研究通过分析GenBank中现有的82株HEV基因组全序列,设计一组HEV通用性PCR引物(HEVuPrimer)用于扩增不同基因型HEV可测序长片段,分别基于全基因序列、HEVuPrimer扩增序列和较常用的MXJ引物扩增序列对82株HEV进行基因分型,再以HEVuPrimer扩增1～4型HEV参考株和HEVIg M抗体阳性的临床标本,进行HEV基因分型的研究。研究结果表明HE-VuPrimer扩增区段与全基因序列对82株HEV的基因分型结果完全一致;HEVuPrimer与HEV序列的匹配程度明显高于MXJ引物,且HEVuPrimer区段的基因分型结果较MXJ区段的更为准确。HEVuPrimer可同时扩增出不同基因型HEV基因片段。124份临床标本中,60份测出特异性HEV RNA,阳性率为48.4%,基因分型结果均为4型HEV,但分属于4个不同的基因亚型,核苷酸同源性为80.0%～99.9%,其中有6例近期分离的HEV毒株形成一新的基因亚型。因此,基于HEVuPrimer扩增区段的HEV基因分型方法具有较高的可靠性和可信度,为建立统一、可行的HEV基...     

戊型肝炎病毒IV型衣壳蛋白缺失突变体原核表达与性质

采用PCR技术扩增基因IV型HEV(Hepatitis E Virus,HEV)开放阅读框2(Open Reading Frame 2,ORF2)的缺失突变体(aa384-606),亚克隆到表达载体后,转化到大肠杆菌中进行诱导表达,表达蛋白命名为rP24。SDS-PAGE和免疫印迹实验表明,rP24获得了高效表达,且和单克隆抗体15B2具有强的反应活性。rP24经过包涵体洗涤、溶解复性、离子交换层析和分子筛层析纯化后,免疫印迹实验表明,纯化rP24能与抗HEV ORF2中和单克隆抗体8C11以及HE(Hepatitis E,HE)阳性血清发生很强的免疫反应性,说明rP24上具有构象型中和表位,模拟了HEV衣壳蛋白的空间结构。动态光散色测量结果表明,rP24的平均水化半径为7.48 nm;纯化rP24免疫动物实验表明,rP24具有强的抗原性,小鼠阳转周期短,抗体持续时间长;纯化rP24作为包被抗原检测HE阳性血清和阴性血清,结果显示rP24对HE阳性血清和阴性血清检出率与北京万泰公司的抗HEV-IgG检测试剂盒的检出率一致。这些实验结果说明,具有较好免疫反应性和免疫原性的rP24获得了高效表达,该蛋白模拟了天然病毒衣壳蛋白的中和表位,为进一步研究基因I型和基因IV型HEV感染不同宿主细胞差异的分子机制奠定了基础。     

广西14市猪戊型肝炎的分子流行病学分析

为调查广西猪戊型肝炎(HE)的感染情况,本研究应用套式RT-PCR方法对采自广西14市43个猪场的508份3月龄左右猪只粪样及市售182份猪肝扩增猪戊型肝炎病毒(HEV)ORF2基因特异序列,并进行核苷酸序列同源性分析及遗传进化分析。结果表明,在508份猪粪样中194份可以检测到HEV RNA,阳性率为38.2%;182份猪肝样本中,33份可检测到HEV RNA,阳性率为18.1%;43个猪场中检出HEV RNA的有35个,猪场阳性率为81.4%。所获取的39株广西猪HEV ORF2基因特异序列同源性为89.9%～100%,提示在所调查的广西猪场中已较普遍存在HEV感染,所获取的39株广西HEV阳性样品均属于基因Ⅳ型。本研究结果佐证了感染猪及市售带毒猪肝脏是HEV重要的储存库和传染源,应该重视其公共卫生学意义,预防粪-口途径或者食源性HEV感染。     

新疆羊粪便戊型肝炎病毒RNA的检测与序列分析

【目的】为了了解新疆地区羊群中是否存在戊型肝炎的感染,我们从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某羊场采集54份1-3岁的羊粪便,【方法】利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEVRNA,其中6份为阳性,阳性率11.11%。【结果】将PCR扩增产物克隆,测序并进行序列分析,结果表明,6株羊源HEV检测株在HEV ORF2 189bp 99.38%-100%,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型的同源性分别为78.67%-85.33%、81.33%-82.67%、78.67%-84.00%和84.67%-95.36%,与Ⅳ型最高同源性达94.04%-95.36%。以该189bp片段绘制进化树,发现与新疆牛源分离株、中国大陆猪源分离株(FJ610232)和中国大陆人源分离株(AJ272108)在同一分枝上,同属基因Ⅳ型;【结论】提示新疆羊群中可能存在HEV感染,并且羊可能是人类HEV传染源中除猪之外的新宿主。     

南京地区戊型肝炎病毒基因型鉴定和变异分析

为了解南京地区戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因型的分布以及变异状况,本研究采用逆转录套式聚合酶反应(RT-nPCR)的方法检测南京地区40份急性散发性戊型肝炎患者的粪便标本,对PCR产物进行测序,利用生物信息学软件比较核苷酸的同源性、遗传距离,进行基因分型和变异分析。40份粪便标本中检测到14份阳性HEV、RNA,检出率为35%,基因分型均为HEV IV型,且分属2个不同的亚型;利用生物信息学软件对国内I型和IV型毒株加以比较,发现HEV IV型毒株比I型变异程度高,不同年份的HEV IV型毒株变异更大,有新的亚型出现,且变异有随时间推移而增大的趋势。     

大肠杆菌重组颗粒性戊型肝炎疫苗对恒河猴的免疫保护

大肠杆菌表达的戊型肝炎病毒(HEV)衣壳蛋白ORF2片段HEV 239重组蛋白颗粒,经铝佐剂吸附后,分别以5μg、10μg和20μg剂量免疫恒河猴,28天时以相同剂量加强免疫1次,3周后分别以不同病毒滴度的基因Ⅰ型或基因Ⅳ型HEV静脉攻击.结果,加强后3周,3个免疫剂量组猴的抗体几何平均滴度分别为1∶27175、1∶34409、1∶41607,以世界卫生组织参比血清定量,则分别为1098IU/ml,1357IU/ml、1724IU/ml.每个剂量免疫组及对照组各有3只猴接受107病毒滴度基因Ⅰ型HEV感染,对照组3只猴均被成功感染,2只出现肝炎;20μg免疫组3只猴均未被感染;10μg和5μg免疫组各有2只猴未被感染,另1只猴出现短暂感染,免疫猴均未出现肝炎.3个剂量免疫组及对照组另外3只猴,接受104病毒滴度基因Ⅰ型HEV感染,对照组3只猴均被感染,1只出现肝炎;而免疫猴均未被感染,也未出现肝炎.3只10μg免疫猴和3只对照猴分别接受107病毒滴度基因Ⅳ型HEV感染,对照组均被感染并出现肝炎,而免疫组均未出现肝炎,有2只未被感染,另1只被短暂感染.另有3只10μg免疫猴和3只对照猴分别接受104病毒滴度基因Ⅳ型HEV感染,对照组均被感染,而免疫组均未被感染.这些结果表明:HEV239疫苗可以完全预防HEV导致的肝炎,并保护大多数恒河猴不被HEV感染.另外,疫苗对基因Ⅳ型HEV的保护性与基因Ⅰ型HEV相近.     

大学新生戊型肝炎病毒现／近期隐性感染的筛查

为了解大学新生戊型肝炎病毒(HEV)现／近期隐性感染的状况,探讨引起隐性感染与急性戊型肝炎(HE)的HEV毒株间有无差异,本实验利用ELISA一步法检测了正常大学新生血清标本中抗—HEV IgM,对抗—HEV IgM阳性者检测抗—HEV IgG,并进行HEV逆转录一巢式PCR（RT-nPCR)。结果 2223份血清中抗—HEV IgM阳性18份,阳性率0．8％,P/N值在2．0—3．0之间。17份标本抗—HEV IgM、IgG同时阳性,1份抗—HEV IgM单独阳性,但用RT-nPCR检测抗—HEV IgM阳性标本,HEV RNA均阴性。提示正常大学新生中存在HEV现/近期隐性感染,应注意感染者作为传染源的可能性;HEV隐性感染时,产生的抗体滴度或亲和力较低,病毒血症时间短,病毒滴度低,或毒株的基因序列与引起急性HE的毒株的序列有一定差异。     

基于多聚化重组抗原的检测戊型肝炎病毒IgM与IgG抗体的ELISA的建立及初步评估

建立并评估分别检测戊型肝炎（戊肝）病毒IgM与IgG抗体的捕获法及间接法ELISA。以原核表达的多聚化重组HEV蛋白为抗原,建立戊肝捕获法IgM ELISA(E2-IgM)和间接法IgG ELISA(E2-IgG).利用29只实验感染猴系列血清及多份临床急性肝炎血清、正常人血清以及单克隆抗体评估所建立的方法的敏感法与特异性,并与商品化试剂（Genelabs公司抗－HEV IgG和IgM试剂,GL－IgM/GL-IgM)进行比较。29只恒河猴E2－IgM和E2－IgG的阳转率均为100％,其中75％在感染后4周内阳转,均早于ALT异常时间。E2－IgM持续2－14周,平均6周;E2－IgG在70周时仍无一阴转。GL－IgG阳转率为79．3％（23／29）,多数晚于ALT异常时间,平均持续约18周,但最长为1只在感染后70周时仍为阳性。用E2－IgM试剂盒检测928份正常人血清,仅2份OD值略高于0．2。检测510份临床急性肝炎血清,可明显将其区分为2个部分,一个部分OD值小于0．2,其OD值分布与正常人相似;另一个部分OD值大于0．4,共131份,其中109份大于1．0。可能分别对应于急性肝炎中的非戊肝患者和戊肝患者。119份非甲－丙急性肝炎中,E2－IgM阳性57份,GL－IgM阳性29份（E2－IgM均阳性）。5060份普通人群血清的E2－IgG OD值在0．2以下,形成一个近似对数正态峰,均值为0．022,在OD值0．4以上则分布均匀。用E2－IgG试剂检测200份临床急性肝炎血清,结果OD值0．2以下也形成一个与普通人群类似的近似对数正态峰,但OD值在大于1．0－4．0间形成另一个尖峰（峰值在OD2．5处）,其中多数E2－IgM阳性。抗－HEV单抗可明显阻断E2－IgM及E2－IgG,单抗Fab段的阻断效果与完整抗体类似,提示这种阻断是表位特异的。建立的戊肝IgM试剂和IgG试剂具有良好的敏感性与特异性。IgM试剂适用于临床戊肝诊断,IgG试剂适用于既往戊肝感染诊断。     

逆转录聚合酶链反应检测Ⅱ型登革病毒基因

本文应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测Ⅱ型登革病毒基因。所设计引物在E基因区,引物1位于碱基序列的1566—1586,引物2位于1437—1458。引物在黄病毒属中为Ⅱ型登革病毒特有,它是Ⅱ型各株保守区。反应产物为150bp,内含一个HindⅢ酶位点,酶切后有111bP和39bp两个片段。使用本法对一系列稀释的培养液进行检测,可检出少至5TCID_(50)的病毒RNA。此外还检测了10份经病毒分离与免疫萤光分型证实为Ⅱ型登革热病人的血清和14份疑似Ⅱ型登革热病人但病毒分离阴性的急性期血清。证明本法敏感性明显高于病毒分离。     

不同戊肝抗原检测抗—HEV IgM反庆性研究

目的 比较不同戊肝抗原检测抗－HEV IgM反应性,方法 用HEV E30、E42、E33合成肽和HEV ORF－2重组抗原建立酶免疫试验（EIA）检测肝病患者和健康人群中抗－HEV IgM。结果60份抗－HEV阳性血清中,用E30、E42、E33及重组抗原包被检测抗－HEV IgM,阳性率分别为76.6%,26.6%,18.3%,66.7%。用E30抗原进一步检测肝急性期及恢复期血清,抗HEV IgM阳性率为90％及3.3%。结论 以HEV E30为抗原的EIA特异性强、灵敏度高,是戊型肝炎早期诊断实用可靠的方法。     

新疆奶牛戊型肝炎病毒RNA检测及序列分析

从新疆两个奶牛场的戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)抗体检测阳性的奶牛中分别采集牛粪便或肛拭子样品,利用反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)检测所采集样品中的HEV RNA,结果来自第一个奶牛场的7份牛粪便样品为阳性,阳性率11.67%,来自第二奶牛场的1份肛拭子样品为阳性,阳性率为3.23%。将PCR扩增产物克隆、测序并进行序列分析,结果表明,对应于HEV ORF2 189bp核苷酸序列的8个牛源HEV基因组扩增片段的同源性为96.3%~100.0%,应当属于相同的基因型;它们与HEV 1、2、3和4型ORF2 189bp核苷酸平均同源性分别为78.5%~86.4%,81.7%~83.8%,79.1%~85.3%和84.3%~95.8%,与4型的同源性最高达93.2%~95.8%。基于这些已测序核酸片段绘制的基因进化树显示:本研究中的8株牛源HEV ORF2 189bp核苷酸序列与HEV 4型人源C5株、猪源swC3与swXJ株位于同一进化枝上,同属HEV基因4型,提示新疆奶牛中可能存在HEV感染,并且奶牛可能是人类HEV传染源中除猪之外的新宿主。     

鸽Ⅰ型副粘病毒F基因序列的扩增、序列测定及同源性分析

目的根据NDV的F基因保守区设计1对引物．用RT-PCR方法扩增出鸽Ⅰ型副粘病毒JS株融合蛋白基因(F基因)的部分片段,并测序。结果表明,JS株与现今国际上已发表的NDV的LaSota株F基因的同源性为96．6％,与F48E9株F基因的同源性为94．0%。     

猪戊型肝炎病毒swCH-GS189株ORF2基因的克隆及序列分析

为进行猪戊型肝炎病毒(HEV)ORF2基因特征研究,参照GenBank中已发表的戊型肝炎病毒(HEV)核酸序列,设计了一对扩增HEV ORF2基因的引物,利用RT-PCR等方法克隆出了一株猪戊型肝炎病毒甘肃分离株GS189的ORF2基因cDNA片段.序列测定结果表明,swCH-GS189株的ORF2基因长2 025 bp,编码674个氨基酸,与GenBank中公布的其它毒株间的核苷酸序列同源性为79.1%～91.8%,推导的氨基酸序列同源性为89.5%～98.8%.系统发育进化树结果表明,该分离株为基因IV型.     

逆转录套式PCR检测粪便样本中的SARS冠状病毒

为了观察SARS冠状病毒在SARS患者粪便中的存在规律,建立了检测SARS冠状病毒RNA的逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并应用该方法检测了241份SARS患者粪便样本。部分PCR产物应用测序技术进行验证。RT-PCR的灵敏度为10^-10稀释度的病毒原液(原液为10^8TCID50／ml)。241份粪便样本的总体检出率为24．1％(58／241),其中发病后的前10d和20d的检出率均为50．0％。随着发病时间的延长,阳性检出率呈下降趋势。应用RT-PCR从粪便中检测SARS冠状病毒是可行的,在发病50d以后仍有17．0％左右的阳性检出率,提示SARS恢复期患者具有排毒的可能性,给后续的卫生防疫措施提供了一定的参考数据。