新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18．57％。将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97．1％～100％,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74．1％-77．6％,71．6％-74．1％,73.3％～78．2％和82．8％-91.4％,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89．4％-91．4％。以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEV Ⅳ T1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82．6％-91．3％,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV Ⅳ型。     

上海部分地区戊型肝炎病毒(HEV)基因型的分析

为了解戊型肝炎病毒(HEV)在上海部分地区流行的基因型,采用RT-nPCR的方法检验35例急性散发性戊型肝炎患者中HEV RNA,并对阳性产物进行克隆测序,然后对其基因型进行分析.结果显示在35例急性散发性戊型肝炎患者中PCR阳性为9例,测序证实8例为HEV的基因序列;其中1例为HEV 1型,7例为HEV 4型.提示在上海部分地区的急性散发性戊型肝炎中以HEV 4型感染为主.     

上海部分地区戊型肝炎病毒（HEV）基因型的分析

为了解戊型肝炎病毒 (HEV)在上海部分地区流行的基因型 ,采用RT nPCR的方法检验 35例急性散发性戊型肝炎患者中HEVRNA ,并对阳性产物进行克隆测序 ,然后对其基因型进行分析。结果显示在 35例急性散发性戊型肝炎患者中PCR阳性为 9例 ,测序证实 8例为HEV的基因序列 ;其中 1例为HEV 1型 ,7例为HEV 4型。提示在上海部分地区的急性散发性戊型肝炎中以HEV 4型感染为主     

广州地区急性散发性HEV毒株基因特征和生物学性状的研究

利用RT-PCR技术对我国广州地区急性散发性戊型肝炎病毒细 胞培养分离株G93-1、G93-2、G93-3和G93-4基因组聚合酶区部分核苷酸序列(4522～4761nt)进行检测,PCR阳性产物经纯化、克隆后测序。结果G93-1、G93-3和G93-4株 病毒的 这段序列完全相同,且与我国新疆暴发流行的HEV 87A株及亚洲HEV代表株的同源性为100%; 而G93-2株与它们的差异较大,同源性只有79.9%;但是,它与1997年从厦门地区急 性戊型肝炎病人血清中检测的X-S1株同源性很高,达99.2%。并对G93-2株病毒的生物学特性进行了研究,结果与87A株一致。表明我国南方散发性HEV毒株的基因组存在差异,可能同时流行着两种不同的HEV基因型,但生物学性状是相同的。     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18.57%.将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97.1%～100%,为同一基因型;与HEV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74.1%～77.6%,71.6%～74.1%,73.3%～78.2%和82.8%～91.4%,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89.4%～91.4%.以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEVⅣT1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82.6%～91.3%,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEVⅣ型.     

南京地区戊型肝炎病毒基因型鉴定和变异分析

为了解南京地区戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因型的分布以及变异状况,本研究采用逆转录套式聚合酶反应(RT-nPCR)的方法检测南京地区40份急性散发性戊型肝炎患者的粪便标本,对PCR产物进行测序,利用生物信息学软件比较核苷酸的同源性、遗传距离,进行基因分型和变异分析.40份粪便标本中检测到14份阳性HEV、RNA,检出率为35%,基因分型均为HEV Ⅳ型,且分属2个不同的亚型;利用生物信息学软件对国内Ⅰ型和Ⅳ型毒株加以比较,发现HEV Ⅳ型毒株比Ⅰ型变异程度高,不同年份的HEV Ⅳ型毒株变异更大,有新的亚型出现,且变异有随时间推移而增大的趋势.     

猪戊型肝炎病毒swCH-GS189株ORF2基因的克隆及序列分析

为进行猪戊型肝炎病毒(HEV)ORF2基因特征研究,参照GenBank中已发表的戊型肝炎病毒(HEV)核酸序列,设计了一对扩增HEV ORF2基因的引物,利用RT-PCR等方法克隆出了一株猪戊型肝炎病毒甘肃分离株GS189的ORF2基因cDNA片段.序列测定结果表明,swCH-GS189株的ORF2基因长2 025 bp,编码674个氨基酸,与GenBank中公布的其它毒株间的核苷酸序列同源性为79.1%～91.8%,推导的氨基酸序列同源性为89.5%～98.8%.系统发育进化树结果表明,该分离株为基因IV型.     

广西14市猪戊型肝炎的分子流行病学分析

为调查广西猪戊型肝炎(HE)的感染情况,本研究应用套式RT-PCR方法对采自广西14市43个猪场的508份3月龄左右猪只粪样及市售182份猪肝扩增猪戊型肝炎病毒(HEV)ORF2基因特异序列,并进行核苷酸序列同源性分析及遗传进化分析。结果表明,在508份猪粪样中194份可以检测到HEV RNA,阳性率为38.2%;182份猪肝样本中,33份可检测到HEV RNA,阳性率为18.1%;43个猪场中检出HEV RNA的有35个,猪场阳性率为81.4%。所获取的39株广西猪HEV ORF2基因特异序列同源性为89.9%～100%,提示在所调查的广西猪场中已较普遍存在HEV感染,所获取的39株广西HEV阳性样品均属于基因Ⅳ型。本研究结果佐证了感染猪及市售带毒猪肝脏是HEV重要的储存库和传染源,应该重视其公共卫生学意义,预防粪-口途径或者食源性HEV感染。     

新疆羊粪便戊型肝炎病毒RNA的检测与序列分析

【目的】为了了解新疆地区羊群中是否存在戊型肝炎的感染,我们从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某羊场采集54份1-3岁的羊粪便,【方法】利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEVRNA,其中6份为阳性,阳性率11.11%。【结果】将PCR扩增产物克隆,测序并进行序列分析,结果表明,6株羊源HEV检测株在HEV ORF2 189bp 99.38%-100%,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型的同源性分别为78.67%-85.33%、81.33%-82.67%、78.67%-84.00%和84.67%-95.36%,与Ⅳ型最高同源性达94.04%-95.36%。以该189bp片段绘制进化树,发现与新疆牛源分离株、中国大陆猪源分离株(FJ610232)和中国大陆人源分离株(AJ272108)在同一分枝上,同属基因Ⅳ型;【结论】提示新疆羊群中可能存在HEV感染,并且羊可能是人类HEV传染源中除猪之外的新宿主。     

东北地区戊型肝炎病毒基因特征分析

为探索东北地区戊型肝炎病毒(HEV)流行背景和特征,本实验用抗-HEV抗体酶联免疫试剂盒检测了不同样品血清中的抗体;对样品用RT-PCR检测HEV RNA,对PCR阳性产物进行克隆测序,然后对序列进行分析。对49个呈RNA阳性的样品进行了序列测定,结果显示HEV分离株之间核苷酸同源性为82.2%~100.0%;同时,还与其它四种基因型戊型肝炎病毒进行了核苷酸序列同源性比对,分别在75.6%~81.6%、77.7%~80.9%、73.6%~81.0%和80.9%~95.7%之间。本实验还针对吉林省内的动物源HEV与人源HEV的序列进行了比对,结果其同源性在86.2%~100.0%之间,其中有5对序列完全相同。本研究获得的44个核酸片段结合HEV基因Ⅳ型中已知亚型的12个基因序列进行了亚型分类。结果 44个核酸片段对应3个分支,包括Ⅳa、Ⅳb亚型及另一支独立分支,表明本实验所获得的独立分支里包含的病毒分离株可形成新的亚型,本实验中将其命名为Ⅳh亚型。中国东北地区主要流行的HEV基因型为Ⅳ型,并且人源HEV与动物源HEV有极高的同源性,同时,还发现中国东北地区流行着国内已有报道的Ⅳa、Ⅳb亚型外,存在着一个新的亚型。