多耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药基因检测及指标聚类分析

目的调查多耐药肺炎克雷伯菌中65种获得性耐药基因和7种可移动遗传元件遗传标记基因的存在状况,以及获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记基因的相关性。方法收集绍兴地区六家医院分离的肺炎克雷伯菌共20株,采用PCR的方法分析65种β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和7种转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因,并用指标聚类分析(SPSS法)分析β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类获得性耐药基因与整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因的相关性。结果 20株肺炎克雷伯菌共检测到14种获得性耐药基因(包括6种β-酰胺类获得性耐药基因、6种氨基糖苷类获得性耐药基因、2种喹诺酮类获得性耐药基因)和6种可移动遗传元件遗传标记基因(包括1种整合子遗传标记基因、3种转座子和插入序列基因遗传标记基因、2种接合性质粒遗传标记基因),其余52种基因均未检测到。SPSS法将上述阳性检出基因分成两大簇群。结论绍兴地区六家医院的多耐药肺炎克雷伯菌菌株对抗菌药物的耐药表型与获得性耐药基因相关,且可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播。获得性耐药基因与可移动遗传元件遗传标记基因的指标聚类分析显示:OXA-1、aac(6’)-Ⅰb、qnrB、IMP、aadA5、VEB、KPC、qnrS等基因与接合性质粒遗传标记traA相关,提示这些基因在F接合性质粒上;DHA、aph(3′)-Ⅰ等基因与转座子遗传标记tnpU、tnp513相关,提示它们位于转座子上;TEM-1、aac(3)-Ⅱ、qacE△1与接合性质粒遗传标记trbC相关,提示TEM-1、aac(3)-Ⅱ等基因和Ⅰ类整合子可能位于宽范围接合性质粒上;ant(3″)-Ⅰ、rmtB等基因与ISEcp1较为相关,提示这些基因位于插入序列上。     

耐多药鲍曼不动杆菌耐药基因检测结果的样本聚类分析

目的 调查一组耐药鲍曼不动杆菌菌株间的亲缘关系.方法 收集2010年1月至2010年12月浙江某医院ICU患者痰液标本中分离的耐药鲍曼不动杆菌共20株,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析3种与耐药相关的看家基因(carO、gyrA、parC)和55种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因以及12种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记,再对检测结果作样本聚类分析.结果 20株耐药鲍曼不动杆菌共检出3种与耐药相关的看家基因carO、gyrA、parC,4种获得性β-内酰胺类耐药基因(TEM-1、ADC-30、ADC-60、OXA-23),5种获得性氨基糖苷类耐药基因[aac(3)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ b、ant(3”)-Ⅰ、aph(3’)-Ⅰ、armA],2种抗菌制剂外排泵基因(adeB、qacE△1),5种可移动遗传元件的遗传标记(int Ⅰ 1、tnpU、tnp513、IS26、ISaba1).样本聚类分析提示,20株耐药鲍曼不动杆菌可分为A与B二个簇,A簇群均为多耐药(MDR)株;A簇群又可分为A1(ADC-60阳性)与A2簇群(ADC-30阳性),均为克隆传播.B簇群均为泛耐药(PDR)株,除8号株外为克隆传播.结论 MDR和PDR菌株中均存在克隆传播.获得菌株之间的亲缘关系对院内感染实时监测和控制院内感染意义重大.     

1株多重耐药肺炎克雷伯菌耐药基因和整合子、转座子遗传标记研究

目的 了解多重耐药肺炎克雷伯菌的耐药基因存在状况和遗传学背景。方法 聚合酶链反应(RCR)法对多重耐药的肺炎克雷伯菌进行β-内酰胺酶基因、氨基糖苷类修饰酶基因、质粒AmpC酶基因、qacEΔ1-sull耐消毒剂和磺胺基因、整合子遗传标记(整合酶基因)、Tn21/Tn501转座子遗传标记(汞离子还原酶基因)检测。结果 TEM、SHV型β-内酰胺酶基因, DHA型质粒AmpC酶基因,aac(6′)-1型氮基糖苷类修饰酶基因,qacEΔ1-sul1耐消毒剂和磺胺基因,整合子遗传标记(intI1整合酶基因),Tn21/Tn501转座子遗传标记(merA汞离子还原酶基因)检测阳性。结论 多重耐药肺炎克雷伯菌存在多种耐药基因和Ⅰ类整合子、Tn21/Tn501转座子。     

从耐药产气肠杆菌中首次发现DNA旋转酶A亚单位基因gyrA新的变异型

目的 全面了解2株耐药产气肠杆菌对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类的耐药机制.方法 2株耐药产气肠杆菌:zjm001株和zjm002株,分离自2012年3月一家三级甲等医院住院患者送检的血液标本,做gyrA和parC基因扩增、测序、GenBank比对确认菌种,再用PCR法分析39种β-内酰胺类药物获得性耐药基因、14种氨基糖苷类药物获得性耐药基因、7种喹诺酮类耐药相关基因、11种可移动遗传元件标记.结果 zjm001株的β-内酰胺类耐药基因检出CTX-M-3,氨基糖苷类耐药基因检出ant(3”)-Ⅰ,喹诺酮类耐药基因检出gyrA突变,可移动遗传元件检出int Ⅰ 1、ISEcp1、IS26、IS903;zjm002株的β-内酰胺类耐药基因检出ACT-1、CMY-2,喹诺酮类耐药基因检出gyrA突变.2株耐药产气肠杆菌的gyrA基因序列均为新变异型,GenBank登录号分别为:JX268598,JX273641.结论 2株耐药产气肠杆菌的耐药基因与耐药表型相符.在耐药产气肠杆菌中发现DNA旋转酶A亚单位基因gyrA新变异型是国内首次报道.     

肺炎克雷伯菌基因组可移动遗传元件的研究进展

肺炎克雷伯菌是目前临床上最主要的耐药致病菌之一,对人类健康造成了很大威胁。近年来,细菌耐药成为治疗肺炎克雷伯菌感染的主要难题,尤其是高毒力、高耐药性肺炎克雷伯菌的出现对临床工作造成了巨大挑战,而研究表明其耐药基因和毒力基因主要由可移动遗传元件携带而传播。因此,为了更好地认识及防控肺炎克雷伯菌感染,本文对肺炎克雷伯菌基因组中几种常见可移动元件(包括质粒、前噬菌体、插入序列等)及其与肺炎克雷伯菌耐药性和致病性之间的关系进行了综述,并阐述了其在耐药基因和毒力基因传播过程中的作用机制。     

泛耐药鲍氏不动杆菌看家基因和水平转移基因样本聚类分析

目的了解20株泛耐药鲍氏不动杆菌的菌株亲缘性。方法完成该组泛耐药鲍氏不动杆菌2种与耐药相关的看家基因和54种水平转移获得与β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类耐药相关基因以及13种接合性质粒、转座子、插入序列、整合子等可移动遗传元件遗传标记检测,并对检测结果作样本聚类分析。结果20株泛耐药鲍氏不动杆菌已经发生演化,并存在2个克隆传播：1-4—6号菌株和2—5—7—8—9—10—11—12—13—14—15-16—17—18-19号菌株。结论与耐药相关的看家基因和水平转移获得的耐药基因均为显性遗传,本研究耐药菌所观察的表型与之相对应,为追溯耐药菌传播途径提供了方便。     

一株污水源多重耐药大肠杆菌的耐药性检测及全基因组测序分析

【背景】水体环境分布广、流动性强,是耐药菌和耐药基因传播的主要媒介。【目的】了解北方污水厂大肠杆菌携带的耐药基因及可移动遗传元件情况。【方法】从北方污水厂筛选出一株多重耐药大肠杆菌,通过药敏试验进行耐药性检验,采用96孔板法测定菌株的最小抑菌浓度,利用酶标仪探究亚抑菌浓度抗生素对菌株生长的影响,并对菌株进行全基因组测序,对其携带的耐药基因及可移动遗传元件进行预测。【结果】大肠杆菌WEC对四环素、环丙沙星、诺氟沙星和红霉素具有耐药性,亚抑菌浓度的四环素、环丙沙星和诺氟沙星能够延缓或抑制菌株的生长。WEC菌株的基因组中包含一条大小为4 782 114 bp的环状染色体和2个大小分别为60 306 bp (pWEC-1)和92 065 bp (pWEC-2)的环状质粒。菌株共携带129个耐药基因,其中128个位于染色体上,在染色体上预测到原噬菌体、基因岛及插入序列的存在,部分可移动遗传元件携带有耐药基因。质粒pWEC-1中无耐药基因,pWEC-2含有1个耐药基因,在质粒基因组中预测到原噬菌体和插入序列。【结论】污水源大肠杆菌WEC是一株多重耐药菌株,其基因组中携带耐药基因和多种可移动遗传元件...     

临床分离肺炎克雷伯菌Ⅰ整合子分布及其与qnr基因关系研究

目的 了解临床分离肺炎克雷伯菌中qnr基因和Ⅰ类整合子基因的分布及其耐药特征.方法 采用PCR法对45株耐环丙沙星肺炎克雷伯菌进行qnrA、qnrB、qnrS基因筛查并测序,用PCR法检测qnr阳性菌株Ⅰ类整合子基因,并采用SPSS 13.0和Whonet 5.4软件分析药敏结果及比较.结果 45株肺炎克雷伯菌中,24株(51.1％)细菌检出qnrS基因,未检出qnrA和qnrB基因.20株qnr阳性菌株同时携带Ⅰ类整合子基因.qnr阳性菌株Ⅰ类整合子基因携带率显著高于阴性菌株,qnr阳性菌株对阿米卡星、妥布霉素、亚胺培南、哌拉西林/他唑巴坦及头孢哌酮舒巴坦的敏感性较高.结论 肺炎克雷伯菌对氟喹诺酮类抗菌药物耐药主要由qnrS引起,qnr阳性株同时携带Ⅰ类整合子,导致呈现多重耐药性,加强临床耐药监测对控制多重耐药传播有着重要的意义.     

大熊猫源肺炎克雷伯菌耐药性和分子分型研究

【目的】对大熊猫源肺炎克雷伯菌进行耐药性及分子分型分析,掌握肺炎克雷伯菌在大熊猫圈养种群中的耐药和流行情况,指导临床用药。【方法】对2018–2019年收集到的178株大熊猫源肺炎克雷伯菌使用纸片扩散法(K-B法)分析耐药表型,使用Wafergen Smartchip超高通量荧光定量PCR法分析其耐药基因和可移动遗传元件,使用多位点序列分型(MLST)法分析其序列类型(ST)。【结果】178株大熊猫源肺炎克雷伯菌对多西环素耐药率最高(15.2%),而且2019年分离到的肺炎克雷伯菌对头孢噻肟、亚胺培南和阿奇霉素的耐药性显著高于2018年(P<0.05);检出耐药基因106种(106/227),可移动遗传元件11种(11/19),涉及的耐药机制主要为外排泵(42.0%)、抗生素失活(41.8%)和改变作用靶位(16.2%);MLST分型显示大熊猫源肺炎克雷伯菌主要分为42个不同的ST型,且ST型与耐药性具有一定的相关性。【结论】从2018年到2019年大熊猫源肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类和大环内酯类抗生素耐药率有所增加,耐药机制以外排泵和抗生素失活为主。ST17、ST23和ST400...     

大熊猫源大肠杆菌及肺炎克雷伯氏菌对消毒剂耐药性研究

本实验对大熊猫肠道分离的88株大肠杆菌、32株肺炎克雷伯氏菌对季铵盐类消毒剂BC、CTPC、CTAB及DDAC的最小抑菌浓度(MIC)值进行测定,并扩增了消毒剂的耐药基因。结果显示,大肠杆菌对季铵盐类消毒剂MIC值为:BC的MIC值介于8~128 mg/L;CTPC的MIC值在32~256 mg/L之间;CTAB的MIC值为64~512 mg/L;DDAC的MIC值介于8~128 mg/L。肺炎克雷伯氏菌对季铵盐类消毒剂的耐药情况为:BC的MIC值介于16~512 mg/L;CTPC的MIC值在64~256 mg/L之间;CTAB的MIC值介于128~512 mg/L;DDAC的MIC值介于8~64 mg/L。可见,肺炎克雷伯氏菌对季铵盐类消毒剂的MIC值要大于大肠杆菌对季铵盐类消毒剂的MIC值。耐药基因检测结果表明,大肠杆菌季铵盐类消毒剂的染色体型耐药基因扩增率为68.18%~98.86%,最高为sug E(98.86%),emr E最低(68.18%),没有检测出qac E、qac F、qac G,检出率最高的可移动遗传元件介导耐药基因为qac EΔ1(19.31%)。肺炎克雷伯氏菌的染色体型耐药基因检出率为13.64%~28.41%,ydg E最高(28.14%),emr E检出率最低(13.64%),可移动遗传元件介导耐药基因sug E(p)检出率最高(6.82%),qac EΔ1、qac F、qac G基因未检出。测定大熊猫源大肠杆菌及肺炎克雷伯氏菌对消毒剂的耐药性,对圈养大熊猫消毒剂的规范使用,防控大熊猫细菌性疾病以及细菌对消毒剂耐药性有着重要意义。     

氟喹诺酮类药物体外诱导肺炎克雷伯菌耐药后GyrA和ParC的变异

目的了解3种氟喹诺酮类（FQS）体外诱导肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae,Kpn）耐药性的差异,研究肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位（GyrA）和拓扑异构酶ⅣC亚基（ParC）的变异与其耐喹诺酮类药物的关系。方法采用环丙沙星（CW）、左氧氟沙星（LEX）和加替沙星（GAT）对从临床分离8株Kpn进行体外分步诱导,采用琼脂平板二倍稀释法测定CIP、LVF及GAT对Kpn诱导前、后的最低抑菌浓度（MIC）,并对诱导成功的17株Kpn的GyrA的基因（gyrA）和ParC的基因（parC）进行PCR扩增,选取其中8株KpnDNA测序并进行序列分析比较。结果8株耐FQS菌株都存在GyrA变异,同FQS耐药性相关的变异有Ser83（TCC）→Phe（TTC）、Ile（ATC）和Tyr（TAC）,Asp87（GAC）→Ala（GCC）、ma（GCC）和Glu（GAA）,5株Kpn同时存在ParC的变异：丝氨酸Ser80（AGC）→Ile（ATC）。结论本研究体外实验证实了Kpn可在长期低剂量的接触抗菌药物后形成耐药菌株。在高度耐FQS的Kpn中同时存在GyrA和ParC变异。     

院内感染新生儿肺炎病原菌分布特点及干预对策

目的了解院内感染新生儿肺炎病原菌分布的特点,并分析原因和探讨干预对策。方法回顾性分析义乌市中心医院新生儿监护病房（NICU）2012年6月至2013年6月发生的60例院内感染新生儿肺炎患儿的痰液标本细菌培养及药敏资料,了解病原菌分布的特点,分析引起院内感染新生儿肺炎的原因,并采取相应的干预对策。结果60例患儿样本共培养出病原菌72株,其中革兰阳性菌20株,占27．8％,主要是金黄色葡萄球菌、草绿色链球菌与表皮葡萄球菌,革兰阴性菌52株,占72．2％,主要是肺炎克雷伯菌、大肠埃希菌和鲍曼不动杆菌。金黄色葡萄球菌中6株为耐甲氧西林金葡菌（MRSA）,占50％,肺炎克雷伯菌中13株为多重耐药菌,占56．5％,大肠埃希菌中6株为多重耐药菌,占46．2％,鲍曼不动杆菌中4株为多重耐药菌,占66．7％,铜绿假单胞菌中2株为多重耐药菌,占50％,嗜麦芽类单胞菌与阴沟肠杆菌均为多重耐药菌。结论院内感染新生儿肺炎病原菌分布以革兰阴性菌为主,多重耐药菌比例较高,通过有效的干预措施,可以降低院内感染新生儿肺炎的发病率。     

肺炎克雷伯菌ESBLs及AmpC酶的基因分布检测与耐药特性的相关性研究

目的研究肺炎克雷伯菌ESBLs及AmpC酶的基因分布与耐药特性的相关性。方法收集2008年1月至2013年12月临床分离的100株肺炎克雷伯菌,采用K-B法进行体外药敏试验,采用ESBLs确证试验和AmpC三维试验确定产酶表型,采用聚合酶链式反应进行ESBLs酶及AmpC酶基因的检测。结果60株检测出ESBLs酶,其中60株内检出ESBLs基因阳性56株,主要为SHV型基因;检出AmpC酶的检测6株,主要为DHA型基因。其中两种基因同时阳性者1株。除哌拉西林/他唑巴坦,单产AmpC酶、ESBLs及两种基因同时阳性菌（SSBLs）对其他17种常用抗生素的耐药率均高于不产酶菌株。结论医院肺炎克雷伯菌的主要耐药机制为ESBLs酶及AmpC酶基因。ESBLs耐药基因检出率高,ESBLs阳性株耐药率明显高于ESBLs基因阴性株。     

A recent fixation of cfiA genes in a monophyletic cluster of Bacteroides fragilis is correlated with the presence of multiple insertion elements.

Small-subunit ribosomal DNA sequences of 16 strains of Bacteroides fragilis were determined and compared with previously published sequences. Three phylogenetic methods (the neighbor-joining, maximum-likelihood, and maximum-parsimony methods) as well as a bootstrap analysis were used to assess the robustness of each topology. All phylogenetic analyses demonstrated that the B. fragilis strains were clearly divided into two robust monophyletic units which corresponded to the cfiA-negative and cfiA-positive groups. Strains of two previously identified DNA homology groups separated similarly into the two monophyletic units. According to the intensity of the hybridization signal with a cfiA probe, the cfiA-positive cluster could be further divided into two groups. This difference might reflect the existence of two, probably closely related cfiA-type genes. In the strongly hybridizing cfiA-positive strains, the gene is capable of conferring high-level resistance to the carbapenems and to most beta-lactamase inhibitors as well, while in the weakly hybridizing cfiA-positive strains, only the latter type of resistance is known to occur. The presence of the cfiA-type genes within a monophyletic cluster of B. fragilis that apparently represents only a minority of the species B. fragilis is suggestive of a recent acquisition. The fact that this cluster is also the predominant pool of all known B. fragilis insertion elements, which have been found to play an important role in the expression of carbapenem resistance, raises the possibility that both genetic determinants, i.e., the resistance gene(s) and insertion elements, may have coevolved.     

无多重耐药危险医院获得性肺炎病原菌分布特点与耐药性分析

目的分析温州医科大学附属义乌医院无多重耐药危险医院获得性肺炎（HAP）病原菌分布特点及耐药性。方法人选无多药耐药危险因素的医院获得性肺炎（HAP）患者352例,按照发病时间分为早发HAP组与晚发HAP组,采集合格痰标本,进行细菌分离、鉴定和药敏试验,并分析比较患者病原菌分布特点及耐药性。结果人选的352例患者共分离m393株病原菌,HAP最常见的病原菌排名前五位的分别是为肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌及鲍曼不动杆菌,早发HAP排名前五位的分别是肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌和铜绿假单胞菌,晚发HAP排名前五位的分别是肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌和金黄色葡萄球菌,两组患者革兰阳性菌与革兰阴性菌所占比例差异无统计学意义（P〉0．05）,78株革兰阳性菌对常用抗生素的耐药率早发与晚发HAP差异无统计学意义（P〉0．05）,296株革兰阴性菌对常用抗生素的耐药率,早发HAP与晚发HAP除了对哌拉西林和阿莫西林克拉维酸钾的耐药率差异有统计学意义（P〈0．05）,其余的差异有统计学意义（P〉0．05）,但是晚发HAP中检出耐甲氧西林金葡菌（MRSA）、产ESBLs肺炎克雷伯杆菌及耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌（CR—AB）比例增高。结论无多重耐药危险因素的医院获得性肺炎（HAP）患者,早发与晚发HAP感染病原菌差别不大,虽晚发HAP的耐药率相对较高,但对大部分抗菌素敏感,所以适当使用抗菌素,对于减轻选择抗菌药物的压力、减少耐药菌株的产生和二重感染有重要意义。