基于转录组测序的滇山茶花叶呈色机理分析

该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对滇山茶的花叶(绿叶区和金叶区)的cDNA进行了转录组测序,分析滇山茶的花叶呈色机理。测序结果得到了228 862条单基因序列,筛选得到了4 851条差异表达基因。2 291条差异表达基因在GO数据库中有功能注释,1 826条差异表达基因被注释到COG数据库,这些差异表达基因被分为23个主要功能类别,其中大部分基因与滇山茶的生长和代谢有关。1 363条差异表达基因注释到了KEGG数据库,进一步筛选出了差异表达基因注释序列最多的15条代谢通路,其中卟啉和叶绿素代谢途径中的GluRS、δ-ALAD、ALAS基因和类黄酮合成途径中ANS、LAR、CHS基因与滇山茶的花叶形成密切相关。研究表明,滇山茶的花叶呈色是由于叶色相关代谢通路中大量的基因表达量发生变化引起的,并不是由单基因突变所致,病毒诱导的多个代谢途径基因沉默可能是滇山茶花叶呈色的主要原因。该研究丰富了滇山茶的转录组信息,并为滇山茶的彩叶品种培育提供了一定的参考。     

快速城市化中海峡西岸的生态安全评价

海峡西岸的生态环境质量位居全国首列,但是,由于生态环境的脆弱性和生态环境的污染,以及海峡西岸的快速城市化发展,其生态安全面临着严峻的挑战。利用漏斗模型即压力-支撑-响应模式进行海峡西岸的生态安全评价,通过主成分的分析方法计算压力度指数、支撑度指数、响应度指数,最后根据漏斗模型对海峡西岸的生态安全度进行评价。结果表明:1)泉州市、福州市、厦门市、莆田市的生态安全度较高,而漳州市、三明市、宁德市的生态安全度较低;2)生态安全度并不仅仅由环境承载力决定,而且与经济社会发展程度有着较密切的相关关系,较高的生态安全度需要较强的经济基础作为支撑。     

TAT-PTD融合蛋白可能存在的跨膜递送作用机制

为探讨TAT-PTD融合蛋白的跨膜递送作用机制,采用DNA重组技术构建pGEX-TAT-GFP-表达质粒.在E.coli- BL21表达GST-TAT-GFP,并用谷胱甘肽(glutathione) Sepharose-4B亲和柱进行纯化.GST-TAT-GFP在不同条件下与细胞的作用结果表明,GST-TAT-GFP能有效进入HeLa、SMMC-7721、L-02和BEL-7402细胞,GST-TAT-GFP在递送时对时间和浓度有依赖关系.同时,温度对GST-TAT-GFP跨膜作用具有明显的影响,GST-TAT-GFP的跨膜作用受代谢抑制剂的影响很小,肝素的存在能明显抑制GST-TAT-GFP跨膜进入细胞的能力,GST-TAT-GFP对细胞活性没有影响.这些结果说明,TAT-PTD可能是通过与细胞表面的硫酸乙酰肝素等受体相结合介导融合蛋白跨膜递送进入细胞的.     

脱氧胆酸钠体系分离紫杉烷类化合物

以脱氧胆酸钠(SDC)为手性拆分剂,建立了紫杉醇、10-去乙酰基-紫杉醇、10-去乙酰基-7-表-紫杉醇、三尖杉宁碱、巴可亭Ⅲ、10-去乙酰基-巴可亭Ⅲ、10-去乙酰基-7-表-巴可亭Ⅲ等7种紫杉烷类化合物的胶束电动毛细管色谱分离方法.分离条件为67cm×75μm毛细管,分离电压25kv,温度25℃,UV检测器230nm,气动进样3s.缓冲液为脱氧胆酸50mm,Tris-HCl140mm,MeOH20%,pH8.5.     

TAT蛋白转导结构域介导融合蛋白在小鼠活体的跨膜递送作用

目的探讨跨膜递送短肽——TAT蛋白转导结构域(简称TAT)介导的与其融合的活性蛋白在活体的跨膜递送作用。方法以融合蛋白GST-TAT-GFP,GST-GFP-TAT和GST-GFP为研究模型蛋白,不经过蛋白质的变性处理、直接通过向小鼠腹腔注射和皮肤涂抹这两种含TAT的融合蛋白及作为对照的融合蛋白GST-GFP,一定时间作用后取体内器官和皮肤做冷冻切片,荧光显微镜检测这些融合蛋白的跨膜递送情况;并对分别融合在C端或者N端的TAT介导GFP在活体动物体内和皮肤的跨膜递送作用进行对比。结果腹腔注射实验结果表明,TAT可以介导不经过蛋白质的变性处理的融合蛋白GST-TAT-GFP和GST-GFP-TAT跨膜递送进入到小鼠的心脏、肝、肾、脾和肺,甚至脑组织;其中GST-GFP-TAT跨膜递送效率比GST-TAT-GFP更高。结构模拟分析提示GST-GFP-TAT与GST-TAT-GFP中的TAT的暴露情况不同可能是造成两种蛋白跨膜递送活性差异的重要因素。皮肤实验的结果则表明TAT不仅介导融合蛋白GST-TAT-GFP和GST-GFP-TAT进入小鼠表皮,而且使其进入小鼠皮肤的真皮层。结论 TAT可以跨膜递送不经过变性处理的融合蛋白进入小鼠皮肤和体内,递送效率可能与TAT的暴露程度相关;这些结果为在蛋白质疗法方面应用TAT提供了进一步的理论依据。     

N-糖苷酶基因在脑膜炎败血伊丽莎白金菌临床分离株中的分布

N-糖苷酶(PNGase)是真核生物中的常见酶,但在原核生物中极为罕见,目前仅报道在脑膜炎败血伊丽莎白金菌(EM)中存在。本文旨在检测PNGase基因在EM临床分离株中的分布,为该菌的亚型分类及快速核酸分子检测提供依据,为研究PNGase在原核生物中的生物学功能奠定基础。于2010年7月~2012年12月收集浙江省3家三级甲等医院的65株EM临床分离株,提取细菌基因组DNA,利用16S rRNA细菌通用引物、PNGase F和PNGase F-Ⅱ特异性引物,进行组合聚合酶链反应(PCR)。阳性扩增产物测序后与美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中已知EM序列比对确认。结果显示,PNGase阳性菌64株,总阳性率为98.5%;PNGase F和PNGase F-Ⅱ共阳性菌39株,共阳性率为60.0%。PNGase F阳性菌41株,阳性率为63.1%;PNGase F-Ⅱ阳性菌62株,阳性率为95.4%,PNGase F-Ⅱ阳性率高于PNGase F(配对χ2检验,P0.01),提示PNGase可能对EM具有重要的生物学意义。结果还表明,本研究建立的组合PCR可应用于EM菌株中PNGase基因分型。     

气候变化条件下曲纹紫灰蝶在中国的潜在适生区预测

曲纹紫灰蝶(Chilades pandava)是一种以幼虫危害苏铁(Cycas revolute)嫩枝嫩叶的园林害虫,对苏铁的生长繁殖、生产者的经济效益以及城市园林的美观造成严重影响。基于曲纹紫灰蝶和苏铁的现存分布点,利用最大熵模型(MaxEnt)、ArcGIS、R软件对当前和未来气候条件下曲纹紫灰蝶在中国的潜在适生区分布及当前气候条件下寄主苏铁在中国的潜在适生区分布进行了预测,其中当前气候数据基于1970—2000年的历史数据,未来气候数据(2021—2040年、2041—2060年和2061—2080年)选择第六次国际耦合模式比较计划(CMIP6)中中国北京气候中心中等分辨率气候系统模式(BCC-CSM2-MR)下的3种共享社会经济路径(SSP126(属于低强迫情景), SSP370(属于中等至高等强迫情景), SSP585(属于高强迫情景))。结果表明：(1)模型预测结果非常好,各组模型的受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)值均高于0.95,昼夜温差月均值(bio2)、等温性(bio3)、最热季平均温度(bio10)、最湿月份降水量(bio13)是影响曲纹紫灰蝶分布的主导...     

单核苷酸多态性在多基因遗传病研究中的作用

多基因遗传病是多对微效基因协同作用并与环境因素共同导致的疾病,与单基因疾病相比,多基因疾病涉及的易感基因数量多,发病原因也更为复杂。目前常见的肿瘤、心血管疾病、糖尿病等均为多基因遗传病,通常具有如下特点[1]:(1)先证者的各级亲属发病率均高于群体发病率;(2)家族性聚集倾向;(3)先证者之后出世的同胞发病率比其他亲属为高;(4)与先证者的亲缘关系越近,发病率越高;(5)先证者的父母为近亲婚配的比率稍高于普通群体的近亲婚配率;(6)同卵双生的同病一致率高于异卵双生。某一遗传病如基本符合上述特征,而且其实际调查的患病先证者各级亲…     

Tat蛋白转导区域位于融合蛋白C端时的跨膜递送作用

对Tat蛋白转导区域(PTDTat)的C端融合蛋白的跨膜递送作用进行探讨.采用DNA重组技术将PTDTat融合在绿色荧光蛋白(GFP)的羧基(C)端,构建重组表达质粒pGEXGFPTat,IPTG诱导其表达后,采用谷胱甘肽Sepharose4B(GS4B)亲和层析,获得纯化的谷胱甘肽S转移酶(GST)融合的重组蛋白GSTGFPTat.该蛋白与HeLa细胞共培养,荧光显微镜观察其荧光强度随着蛋白浓度的增高而增强.流式细胞仪分析发现,在4.0μmolL蛋白浓度下,转导效率高达80.0%;而在GFP氨基(N)端含有PTDTat的融合蛋白GSTTatGFP的阳性对照组,转导效率只有32.9%.实验结果表明,C端融合的PTDTat同样具有对外源蛋白的跨膜递送作用.该结果可能为PTDTat在蛋白药物递送方面的有效应用提供理论依据.     

多耐药肺炎克雷伯菌获得性耐药基因检测及指标聚类分析

目的调查多耐药肺炎克雷伯菌中65种获得性耐药基因和7种可移动遗传元件遗传标记基因的存在状况,以及获得性耐药基因和可移动遗传元件遗传标记基因的相关性。方法收集绍兴地区六家医院分离的肺炎克雷伯菌共20株,采用PCR的方法分析65种β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类获得性耐药基因和7种转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因,并用指标聚类分析(SPSS法)分析β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类获得性耐药基因与整合子、转座子、插入序列、接合性质粒遗传标记基因的相关性。结果 20株肺炎克雷伯菌共检测到14种获得性耐药基因(包括6种β-酰胺类获得性耐药基因、6种氨基糖苷类获得性耐药基因、2种喹诺酮类获得性耐药基因)和6种可移动遗传元件遗传标记基因(包括1种整合子遗传标记基因、3种转座子和插入序列基因遗传标记基因、2种接合性质粒遗传标记基因),其余52种基因均未检测到。SPSS法将上述阳性检出基因分成两大簇群。结论绍兴地区六家医院的多耐药肺炎克雷伯菌菌株对抗菌药物的耐药表型与获得性耐药基因相关,且可移动遗传元件的水平转移使细菌的耐药性在同种细菌菌株之间甚至不同种细菌菌株之间得以快速传播。获得性耐药基因与可移动遗传元件遗传标记基因的指标聚类分析显示:OXA-1、aac(6’)-Ⅰb、qnrB、IMP、aadA5、VEB、KPC、qnrS等基因与接合性质粒遗传标记traA相关,提示这些基因在F接合性质粒上;DHA、aph(3′)-Ⅰ等基因与转座子遗传标记tnpU、tnp513相关,提示它们位于转座子上;TEM-1、aac(3)-Ⅱ、qacE△1与接合性质粒遗传标记trbC相关,提示TEM-1、aac(3)-Ⅱ等基因和Ⅰ类整合子可能位于宽范围接合性质粒上;ant(3″)-Ⅰ、rmtB等基因与ISEcp1较为相关,提示这些基因位于插入序列上。