POLG1外显子1、3、4、7突变与弱精子症的相关性及其对mtDNA和4977bp缺失的影响

为了探索POLG1外显子1、3、4、7突变与弱精子症的相关性及对mtDNA序列突变和4977bp缺失的影响,按WHO标准收集了120例弱精子症和101例精子活力正常的精液标本,经PCR测序分析POLG1外显子1、3、4、7突变,继而测序检测9例外显子4c．948G〉A突变的弱精子症标本、9例无C．948G〉A突变的弱精子症标本和9例正常对照标本的mtDNA全序列,利用巢式PCR技术分析94Pie．948G〉A突变标本、9例无C．948G〉A突变的弱精子症标本和9例对照标本的4977bp缺失。结果显示：在120例弱精子症中发现P说G,外显子4c．948G〉A突变9例（7．5％）,显著高于对照组（0％,P〈0．05）。c．948G〉A突变组mtDNA全序中突变率与对照组比无统计学差异俨〉0．05）。作者关注的两组中,突变数有差异的位点累积突变频次突变组显著高于对照组俨〈0．05）,但与无C．948G〉A突变的弱精子症标本的累积突变频次比较无统计学意义;突变组mtDNA4977bp缺失率（7／9,77．8％）显著高于对照组（2／9,22．2％,P〈0．05）和无c．948G〉A突变的弱精子症组（2／9,22．2％,P〈0．05）。以上结果提示,弱精子症的发生可能与POLG,c．948G〉A突变有相关性,弱精子症线粒体DNA某些位点的累积突变率增高,但可能不是POLGlc．948G〉A突变引起;c．948G〉A突变可能会增加mtDNA4977bp缺失,从而影响精子线粒体功能,导致精子活动力下降。     

PCR-RFLP和PCR-SSCP方法对弱精子症精子mtATPase6基因突变的检测

为了检测弱精子症精子mtATPase6基因突变,采用PCR方法扩增了17例弱精子症mtDNA8602～9416区域815bp目的片段,用MspI和HaeⅢ限制性内切酶酶切,分别用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和单链构像多态性(SSCP)筛查突变。筛选出3例突变标本,经测序确认突变位点和突变性质。结果显示17例标本全部扩增出mtDNA8602～9416的815bp目的片段,PCR产物经MspI限制性内切酶酶切后电泳结果与剑桥序列预期酶切图谱相一致。PCR产物经HaeⅢ酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱上出现泳动带的异常,在17例弱精子症中共筛选出2例酶切片段异常标本。PCR-HaeⅢ酶切产物的SSCP电泳图谱分析结果显示,在PCR-RFLP(HaeⅢ)电泳图谱正常的15例弱精子症标本中筛选出1例异常。两种方法在弱精子症精子标本中筛选出mtATPase6基因突变3例(3/17,17.7%)。3例测序结果发现A8701G、C8943T、C8964T、T8966C、G9053A、C9060A、C9075T、A9120G、C9296T共9个点突变,其中A8701G、T8966C、G9053A三个突变为错义突变,其余均为同义突变。上述结果提示,弱精子症精子mtATPase6基因存在较高突变率;PCR-RFLP和PCR-SSCP能简单、快速、灵敏地筛选mtATPase6基因突变。     

mt ND2基因多态性与弱精子症的相关性分析

为了探讨线粒体ND2(mt ND2)基因多态性与弱精子症的相关性,按WHO标准收集了134例弱精子症和1 12例精子活力正常的精液标本,PCR测序或双向等位基因PCR(Bi-PASA)技术分析ND2基因多态性,统计ND2基因4个位点多态性在两组间的差异。应用变性高效液相色谱(DHPLC)分析m.5442TC和m.5466AG多态性变异的异质性。结果发现了34个变异位点,其中6个位点未曾报道;ND2基因m.5351AG、m.5460GA和m.5466AG变异率弱精子症组显著高于对照组(P0.05),m.5442TC变异率对照组显著高于弱精子症组(P0.05);进一步分析m.5460GA和m.5466AG突变阳性标本精子活力显著低于突变阴性标本(P0.001),m.5442TC突变阳性标本精子活力显著高于突变阴性标本(P0.001)。提示:ND2基因一些核苷酸变异(m.5351AG、m.5460GA和m.5466AG)可能与弱精子症有关,m.5460GA和m.5466AG错义突变可能是精子活力的有害因素,而m.5442TC多态性可能对精子活力具有一定的帮助。     

肺腺癌组织中表皮生长因子受体基因突变的检测及其临床意义

目的:通过检测肺腺癌组织中表皮生长因子受体(EGFR)基因的突变情况,研究EGFR突变与患者临床特征(性别、年龄和吸烟史)的相关性。方法:收集160例肺腺癌患者术前的石蜡组织标本,提取DNA后用实时定量PCR方法对EGFR基因18~21外显子进行突变检测;对基因突变结果与患者的性别、年龄和吸烟史分别做χ2检验。结果:160例肺腺癌组织标本中,有57例检测到EGFR基因突变,突变率为35.6%,且突变与患者性别、年龄和吸烟史均无显著相关性(P0.05);57例EGFR基因突变标本中,27例为19外显子缺失,22例为21外显子L858R点突变,这2种突变占总突变类型的85.96%,并且与患者性别、年龄及吸烟史无显著相关性(P0.05)。结论:EGFR基因在女性不吸烟肺腺癌中有较高的突变率,突变主要集中在19外显子缺失和21外显子L858R点突变,但突变率及突变类型与患者性别、年龄和吸烟史均不相关。     

mtATPase6基因变异与弱精子症的相关分析

为了分析mtATPase6基因突变与弱精子症的相关性,按wHO标准收集了27例弱精子症精液标本和28例精子活力正常精液标本,PCR扩增mtATPase6基因,纯化测序,分析mtATPase6基因突变,比较两组突变频率的差异.结合生物信息学工具分析错义突变位点的氨基酸进化保守性及其蛋白质部分三级结构.结果显示:发现了6个未曾报道过的突变位点;弱精子症组mtATPase6基因平均突变率显著高于对照组,可能与弱精子症有一定的相关性.G8584A、A8701G和G9053A三个错义突变可能是多态性位点,其余8个错义突变中的6个具有进化保守性的位点累计突变频率显著高于对照组,这些位点突变可能与弱精子症有关.     

线粒体DNA4977bp大片缺失突变与喉癌的相关性研究

目的:探讨线粒体DNA4977bp大片缺失突变与喉癌的相关性。方法:选择2016年1月～2017年6月我院收治的喉乳头状瘤、喉癌患者,分别纳入良性肿瘤组、恶性肿瘤组,每组各150例。取两组患者的病变组织标本,分离癌及癌旁组织,提取总DNA,采用PCR扩增测序技术检测两组标本中线粒体DNA4977bp大片缺失突变情况。结果:基因测序结果显示恶性肿瘤组患者的线粒体DNA4977bp缺失突变率为39.33%,高于良性肿瘤组患者的1.33%,差异具有统计学意义(P0.05)。不同肿瘤分期患者的线粒体DNA4977bp缺失突变率比较,差异具有统计学意义(P0.05),且III期患者的突变率II期 I期 IV期;淋巴结转移患者的线粒体DNA4977bp缺失突变率高于淋巴结未转移患者差异具有统计学意义(P0.05)。结论:线粒体DNA4977bp大片缺失突变与喉癌的发生有关,可能促进的发生和进展。     

牦牛KAP6-1和KAP6-4基因序列变异分析

角蛋白关联蛋白(keratin-associated proteins,KAPs)是毛纤维的主要结构成分。以甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛和野血牦牛为研究对象,应用PCR-SSCP方法检测KAP6-1和KAP6-4基因外显子序列多态性。结果表明4个牦牛群体的KAP6-1基因外显子区存在c.42TC、c.135CT的同义突变及c.173GC、c.175GT的非同义突变,导致p.Cys58Ser和p.Gly59Cys的氨基酸残基改变;另外检测到1处45 bp的插入/缺失突变导致16个氨基酸残基的插入/缺失;甘南牦牛PIC值0.222 3为低度多态,其他3个牦牛群体PIC值0.393 4~0.4672为中度多态。牦牛KAP6-4基因外显子区检测到c.51CT、c.54CA、c.78TC、c.96TC和c.135TC的同义突变,以及c.118AG的非同义突变,导致编码的氨基酸残基p.Ser40Gly的改变;4类群牦牛PIC值为0.2658~0.387 2为中度多态。聚类分析表明牦牛KAP6-1基因外显子区碱基序列与普通牛、绵羊和山羊的同源性最高,其亲缘关系和系统进化远近一致。     

EGFR基因在非小细胞肺癌、乳腺癌中突变的研究

表皮生长因子受体(EGFR)基因酪氨酸激酶域体细胞突变与非小细胞肺癌(NSCLC)患者对酪氨酸激酶抑制剂吉非替尼敏感性密切相关。文章分析和检测本院75例非小细胞肺癌、10例乳腺癌患者石蜡包埋标本EGFR基因突变状况。采用PCR技术进行EGFR基因19和21外显子突变分析。结果显示:75例NSCLC患者中有13例(13/75,17.33%)酪氨酸激酶域存在体细胞突变。其中7例(7/75,9.33%)为19外显子缺失突变,6例(6/75,8%)为21外显子替代突变(2573T>G,L858R)。病理分型显示,腺癌突变率高于其他几种类型NSCLC。乳腺癌患者均为免疫组化HER-2阳性女性,EGFR基因的19、21外显子中未见突变发生。中国非小细胞肺癌患者总突变率高于高加索人种,女性患者较男性患者突变率高,提示肺腺癌的患者突变率高可能在吉非替尼的治疗中获益。     

13例肝豆状核变性家系致病基因突变的检测和分析

为了研究Wilson病(wilson disease,WD)基因突变的类型和发生情况,探讨WD疾病的病因、临床特点,通过采用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)方法结合DNA测序方法对13例无亲缘关系的患者及33住亲属进行A TP7B基因所有外显子及5'端非转录区突变检测.33例DNA标本确认11种基因突变,其中包括9种错义突变(p.R778L、p.R919G、p.T1178A、p.T977M、p.K1010Q、p.C490TERM、p.A874P、p.G943S、p.G943D),1种缺失突变(2790delCAT),1种剪切位点改变(c.1708-1G＞C (intron 4 +1 G＞C)).在13个家系中,发现4例R778L突变,2例2790delCAT,均为杂合型突变,涉及17个等位基因,本组检出率为70.8％(17/24).DHPLC-测序法是WD疾病基因突变筛查较为快捷、全面而且敏感的方法.WD基因突变存在热点区分别为3、8、12号外显子.2790delCAT、p.K1010Q、c.1708-1G＞C (intron 4+1 G＞C)是ATP7B基因新突变类型,p.S406A、p.V456L、p.V 1140A、p.R952K是中国人比较常见的多态类型.     

畸精子症病人的睾丸特异性表达基因SPEM1筛查分析

目的:探讨睾丸特异性表达基因SPEM1突变与畸精子症患者之间的关系.方法:收集从2005年4月至2007年3月临床上不明原因的畸精症患者113份外周血标本以及100份正常生育能力男子的外周血标本,抽提其DNA.然后采用PCR技术、变性高效液相色谱技术(DHPLC)以及测序等手段对全部DNA样本进行该基因的突变筛查.结果:在畸精症患者中发现1个新的未见报道的多态性位点;尚未发现有基因突变或微缺失.结论:SPEM1基因突变或缺失不是引起本组畸精子症病人的主要致病基因.该基因在对畸精子症所致不育的诊断价值尚需进一步研究.     

神经肌肉性疾病患者线粒体DNA突变的分析

为了探讨神经肌肉性疾病的发病与线粒体DNA突变的关系,采用PCR技术检测了 20例患有不同神经肌肉性疾病儿童的外周血和骨骼肌细胞中的线粒体DNA(mtDNA),发现其中6例患儿有mtDNA缺失,其中1例至少有2968bp片段的缺失, 另5例至少有2000bp片段的缺失,此缺失区位于线粒体呼吸链复合物1、 4、5、编码区,表明该突变对神经肌肉性疾病的发生有一定作用。 Abstract:To understand the relation to mechanism of neuromuscular disease and mtDNA mutation,using PCR technique,we investigated blood and /or skeletal muscle of 20 patients with neuromuscular diseases.A deletion in the length of 2000~2968bp was found in blood mitochondrial DNA of 6 patients with neuromuscular disease.The deletion region partially lies in the coding region of resoiratony chain complex 1,4,5.It is suggested that this mutation ois related with neuromuscular diseases.     

神经肌肉性疾病患者线粒体DNA突变的分析 Analysis on the Mitochondrial DNA of Patients with Neuromuscular Diseases

为了探讨神经肌肉性疾病的发病与线粒体DNA突变的关系,采用PCR技术检测了 20例患有不同神经肌肉性疾病儿童的外周血和骨骼肌细胞中的线粒体DNA(mtDNA),发现其中6例患儿有mtDNA缺失,其中1例至少有2968bp片段的缺失, 另5例至少有2000bp片段的缺失,此缺失区位于线粒体呼吸链复合物1、 4、5、编码区,表明该突变对神经肌肉性疾病的发生有一定作用。 Abstract:To understand the relation to mechanism of neuromuscular disease and mtDNA mutation,using PCR technique,we investigated blood and /or skeletal muscle of 20 patients with neuromuscular diseases.A deletion in the length of 2000~2968bp was found in blood mitochondrial DNA of 6 patients with neuromuscular disease.The deletion region partially lies in the coding region of resoiratony chain complex 1,4,5.It is suggested that this mutation ois related with neuromuscular diseases.     

少弱精子症患者精子候选差异蛋白Trx 2、TrxR 1的验证及在少精、弱精子症中的表达研究

目的:根据TMT技术筛选少弱精子症患者精子差异蛋白的结果,选取硫氧还蛋白2(thioredoxin 2,Trx 2)、硫氧还蛋白还原酶1(thioredoxin reductase 1,TrxR 1)进行验证,探讨二者在少精、弱精和少弱精子症中的表达变化及其意义。方法:收集105例少精子症组(O组)、150例弱精子症组(A组)、50例少弱精子症组(OA组)和106例正常精液男性(N组)精液,分离出精子,对少弱精子症进行串联质谱标签(Tandem Mass Tag,TMT)技术蛋白质组学分析,根据少弱精子症组的精子差异蛋白结果选取Trx 2、TrxR 1,通过免疫荧光和免疫印迹方法检测其在O组、A组、OA组的表达情况。结果:TMT技术蛋白质组学结果显示Trx 2为上调差异蛋白(为N组的1.31倍),TrxR 1为下调差异蛋白(为N组的0.82倍)。免疫荧光和免疫印迹结果显示O组、A组、OA组Trx 2表达显著高于N组(P0.05),O组、OA组TrxR 1的表达显著低于N组(P0.05)。二者在OA组的结果与蛋白质组学结果一致。结论:Trx 2、TrxR 1可能在少精、弱精及少弱精子症的发生中起着重要的作用,并有望成为少弱精子症患者精子的候选标志物及治疗靶点。     

EML4-ALK突变阳性的肺癌患者EGFR突变检测及其临床特征

目的:检测表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)在间变性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase,ALK)融合基因突变的原发性肺癌(primary lung cancer)人群中的突变率,并分析其与病人临床病理特征间的关系。方法:入选的106例病例均为中国西北五省人群,且经ALK融合基因检测为阳性。将106例患者的组织标本采用ARMS方法检测EGFR基因18-21外显子的突变情况,统计分析双突变患者的临床病理特征。结果:106例ALK融合基因突变阳性的原发性肺癌患者的组织标本,有7例(6.6%)同时存在EGFR突变,其中19外显子缺失突变(19-del)的3例(42.9%),L858R突变的2例(28.5%),L861Q和G719X突变的各1例(14.3%);7例ALK和EGFR双突变的患者中ALK融合基因的突变均为EML4-ALK突变亚型1(variant 1,V1)。7例双阳性的患者中,6例患者的年龄小于总体患者的中位年龄(53岁),占85.7%;男性患者4例,占57.1%;不吸烟患者7例,占100%;腺癌患者4例,占57.1%,其中女性3例;肉瘤样癌2例,占28.6%;粘液表皮样癌1例,占14.3%。结论:EML4-ALK融合基因和EGFR突变能够共存,在EML4-ALK阳性的肺癌患者中,EGFR的突变率为6.6%,双突变的患者大多年轻且均无吸烟史,且双突变的女性患者均为腺癌。     

贵州四个民族人群线粒体DNA编码区的多态性

目的研究贵州土家族、侗族、仡佬族和彝族人群线粒体DNA（mtDNA）编码区的核苷酸多态性。方法采用PCR-RFLP技术和DNA测序法对贵州4个群体145例样本mtDNA编码区的8个SNP基因座及COⅡ/tRNAlys基因间9 bp缺失进行多态性分析。结果贵州4个民族群体的9 bp缺失频率依次为土家族18.4%,侗族29.7%,仡佬族25%,彝族16.7%,平均缺失频率为22.8%;在8个SNP基因座中,A10398G、C10400T突变在4个群体中较普遍;A663G、C5178A和G12406A突变在部分民族群体中也有较高的频率;共检测出14种单倍型,其中仡佬族11种,土家族10种,侗族8种,彝族6种。结论贵州4个民族群体mtDNA编码区可能存在不同的突变热点,在等位基因和单倍型分布频率上存在一定差异。     

EML-ALK突变阳性的肺癌患者EGFR突变检测及其临床特征

目的：检测表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor, EGFR）在间变性淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase, ALK）融合基因突变的原发性肺癌（primary lung cancer）人群中的突变率,并分析其与病人临床病理特征间的关系。方法：入选的 106例病例均为中国西北五省人群,且经ALK 融合基因检测为阳性。将106 例患者的组织标本采用ARMS 方法检测EGFR基因 18-21 外显子的突变情况,统计分析双突变患者的临床病理特征。结果：106 例ALK 融合基因突变阳性的原发性肺癌患者的组织 标本,有7 例（6.6 %）同时存在EGFR突变,其中19 外显子缺失突变（19-del）的3 例（42.9 %）,L858R突变的2 例（28.5 %）,L861Q 和G719X 突变的各1 例（14.3 %）;7 例ALK 和双突变的患者中ALK 融合基因的突变均为EML4-ALK突变亚型1 （variant 1, V1）。7 例双阳性的患者中,6 例患者的年龄小于总体患者的中位年龄（53 岁),占85.7 %;男性患者4 例,占57.1 %;不吸 烟患者7 例,占100 %;腺癌患者4 例,占57.1 %,其中女性3例;肉瘤样癌2例,占28.6 %;粘液表皮样癌1例,占14.3 %。结论： EML4-ALK融合基因和EGFR突变能够共存,在EML4-ALK阳性的肺癌患者中,EGFR的突变率为6.6 %,双突变的患者大多年 轻且均无吸烟史,且双突变的女性患者均为腺癌。     

GCK基因和HNF-1α基因突变的研究

目的:研究一典型的青少年发病的成人型糖尿病家系并研究其基因突变位点。方法:以1个典型MODY家系的7名成员为研究对象,同时以10名无糖尿病家族史的普通2型糖尿病患者和10名健康人员为2个对照组。抽取外周血,分离白细胞,用快速盐析法提取基因组DNA,以基因组DNA为模板对HNF-1α基因的4号、2号和6号外显子和GCK基因的1号外显子进行PCR扩增,扩增产物经纯化后直接进行序列测定,并分别和各自的正常序列进行比较。结果:7名MODY家系成员HNF-1α2号外显子上游的内含子均存在一碱基G→A置换,即IVS2nt-42 G-A;4例存在HNF-1α6号外显子P380fsinsG移码突变,其中1例合并P379S点突变和IVS6nt-4G-A突变;1例存在P379S点突变;2例未发现突变和多态性。GCK基因的1号外显子及其内含子均未发现有突变或多态性。20名对照组成员均未发现有GCK1号外显子和HNF-1α2、4、6号外显子及其内含子的突变。结论:本家系是HNF-1α基因的6号外显子及其上游内含子突变(移码突变和/或点突变)和2号外显子上游内含子的一个碱基突变,该家系MODY属于MODY3。     

拟南芥SDIR1基因转录的选择性剪接

采用PCR及RT-PCR法分别克隆了拟南芥SDIR1基因的DNA和cDNA序列。根据序列比对分析结果,发现了3种不同的转录本,提示SDIR1基因的转录中存在选择性剪接。3种转录本的长度分别为822bp、691bp和666bp,依次命名为：SDIR1-822、SDIR1-691、SDIR1-666。与SDIR1基因的DNA序列及已报道的SDIR1cDNA序列比较,除转录本SDIR1-822包含了完整的编码序列外,其余2种转录本的编码序列都存在不同长度的缺失。其中,SDIR1-691缺失了131bp的片段：第2外显子3′端缺失33bp,第3外显子53bp全部缺失,第4外显子5′端缺失45bp;转录本SDIR1-666缺失了156bp的片段：第3外显子3′端缺失18bp,第4外显子5′端缺失138bp。进而随机挑取101个克隆子对三种转录本的表达比例进行初步分析,结果表明3种分子的比值为SDIR1-822：SDIR1-691：SDIR1-666=26.00：1.33：1.00,反映出SDIR1基因不同转录本在拟南芥中的相对表达量。     

利用CRISPR/Cas9构建G6PD基因c.1388G>A突变的HEK293/K562细胞株

该文旨在利用CRISPR/Cas9构建G6PD基因c.1388GA突变的HEK293/K562细胞株,为G6PD缺陷症及其修复研究提供细胞模型。针对G6PD基因c.1388GA位点设计单链向导RNA(sg RNA)与突变同源臂,利用CRISPR/Cas9联合同源重组修复(HDR)构建G6PD基因c.1388GA突变的HEK293细胞株与红白血病K562细胞株; qRT-PCR、Western blot检测G6PD基因表达; CCK8检测细胞增殖;G6PD/6PGD比值法检测G6PD酶活性;结晶紫染色与Annexin V-APC/7-AAD验证突变细胞株对氧化活性药物维生素K3与伯安喹的耐受情况。结果显示,成功构建CRISPR/Cas9双质粒载体系统;筛选单克隆细胞经测序鉴定显示,成功构建G6PD基因c.1388GA突变的HEK293与K562细胞株,且无脱靶;进一步发现, c.1388GA突变不影响HEK293与K562细胞G6PD基因mRNA转录与蛋白翻译,但细胞增殖减慢, G6PD酶活性下降;突变HEK293细胞对维生素K3与伯安喹的耐受力减弱,突变K562细胞对伯安喹耐受能力减弱。该研究成功构建G6PD基因c.1388GA突变的HEK293与K562细胞株,为G6PD缺陷症及后期基因修复研究提供细胞模型。