荔枝SRAP-PCR反应体系的优化

SRAP(sequence-related amplified polymorphism)是基于基因的内含子和外显子区域进行检测的新型分子标记技术,具有多态性高、重复性好、易测序、便于克隆目标片段等特点,在荔枝(Litchi chinensis Sonn)中还没有相关的研究报道.为了建立适合荔枝的SRAP反应体系,对反应体系中的DNA模板、Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶诸因子的用量进行了探索,确立了适合荔枝的SRAP反应体系为:在20 μL反应体系中,模板DNA为40 ng,Mg2+浓度2.5 mmol/L,dNTP 0.3 mmol/L,引物5 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U.扩增程序为:94℃预变性3 min,反应前5个循环在94℃1 min、35℃1 min、72℃ 1 min的条件下运行;随后的35个循环退火温度提高到50℃;最后72℃延伸10 min.利用该反应体系对荔枝10个不同品系进行SRAP反应,用5%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果显示:不同品系间DNA谱带多态性丰富.证实该体系稳定可靠,可以用于荔枝的分子标记研究.     

桔梗SRAP反应体系的优化

目的：建立适合桔梗的比较稳定的SRAP反应体系,用于桔梗遗传多样性分析。方法：用改进的CTAB法提取桔梗叶片的总DNA,通过对不同镁离子浓度、dNTP浓度、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量条件下的SRAP扩增反应的效果。结果：桔梗SRAP扩增反应的最佳体系：模板DNA 20ng,引物0.8μmol/L,dNTP150μmol/L,MgCl22.0mmol/L,TaqDNA聚合酶1unit,10×Buffer2.0μL;反应程序为94℃预变性5min;94℃变性1min,35℃退火1min,72℃延伸1min,5个循环;94℃变性1min,50℃退火1min,72℃延伸1min,35个循环;最后72℃延伸5min,4℃保存。结论：按此优化的SRAP条件进行实验,重现性良好,可用于桔梗遗传多样性分析。     

兰属SRAP-PCR反应体系的建立与优化

为获得兰属清晰的SRAP标记图谱,对兰属SRAP-PCR反应体系进行了初步探讨,建立了扩增多态性高、重复性好、带型清晰的SRAP-PCR反应体系。最佳反应体系：在30 μL反应总体系中,Mg2+ 2.2 mmol/L、dNTPs 0.8 mmol/L、DNA模板150 ng、DNA聚合酶2.0 U,上、下游引物各1.5 μmol/L;扩增程序：在94 ℃预变性4 min,反应前5个循环在94 ℃变性1 min、35 ℃复性1 min、72 ℃延伸1 min的条件下运行,随后的30个循环复性温度提高至55 ℃,最后72 ℃延伸5 min．     

莴苣属蔬菜资源SRAP标记PCR体系的构建与优化

以莴苣为材料研究了影响SRAP标记PCR结果的因素,包括Mg^2＋、dNTP、引物、Taq酶的浓度以及退火温度等,建立了适用于莴苣属蔬菜SRAP分析的PCR反应体系：在20μl反应体系中,模板DNA为50ng,Mg^2＋浓度为2．0mmol／L,dNTP浓度为0．2mmol／L,引物浓度为0．75μmol／L,Taq酶用量为1U。适宜的扩增程序为94℃5min;94℃1min,35℃1min,72℃1min,5个循环;94℃1min,51℃lmin,72℃1min,30个循环;72℃7min。对体系的验证结果表明本研究建立的莴苣SRAP体系重复性好、分辨率高、多态性丰富,在莴苣属蔬菜种盾资源评价、分子标记辅助选择言种等骞方面躲有专耍作用。     

番茄随机扩增DNA多态性体系的条件优化

利用改进的SDS法提取代号为03748的栽培番茄叶片基因组DNA。对影响番茄随机扩增DNA多态性（RAPD）扩增结果的因素进行了分析,确定了模板、Mg^2＋、dNTPs、引物和Tap DNA聚合酶的适宜浓度及反应的最佳循环次数。实验结果表明,在以下条件下,番茄的RAPD扩增效果较好：20μL反应体系中使用20-40ng的模板、1．5-2．0mmol／L的Mg^2＋、0．15＋0．20μmol／L的dNTPs、0．15-2．0μmol／L的引物、1．0U的Taq DNA聚合酶;94℃预变性5min,然后经94℃变性1min、360℃ 1min、720℃ 1．5min,进行35个循环,最后在72℃时再延伸10min。     

珍稀植物杨叶肖槿ISSR体系建立及检测

针对珍稀植物杨叶肖槿ISSR反应的特点,建立了适用于杨叶肖槿遗传多样性研究的ISSR最适反应体系,具体包括:2.0μL 10×Buffer,27.5ng的模板DNA,2.0μL的dNTP,1U的Pyrobest DNA酶,1.25μmol/L的引物;最佳反应程序为94℃预变性5min,然后94℃变性1min,49℃退火45s,72℃延伸1min,35个循环;最后72℃延伸10min,4℃终止反应。应用该优化的反应体系筛选出了10条稳定性强、清晰度高而且表现出一定多态性的ISSR引物,并对杨叶肖槿进行了检测,获得了清晰稳定的扩增图谱。     

草鱼TRAP-PCR反应体系的建立

目的:通过优化草鱼TRAP-PCR反应体系,将新型分子标记-靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)引用到草鱼遗传多样性研究中。方法:以草鱼DNA为材料,分析了模板DNA、Mg2 、dNTPs、引物浓度,以及循环参数、退火温度对TRAP-PCR扩增结果的影响。结果:确立了稳定性强、重复性好的草鱼TRAP-PCR最佳反应体系和扩增参数:在25μl的PCR反应体系中,含约50ng模板DNA,1UTaq酶,1×PCR缓冲液,2.0mmol/L MgCl2,4种dNTPs各0.2mmol/L,固定引物与随机引物各15pmol;首先使模板在94℃变性3min;然后94℃变性1min,38℃退火1min,72℃延伸lmin进行5个循环;接着94℃变性45s,55℃退火45s,72℃延伸lmin再进行35个循环,最后72℃延伸7min。结论:TRAP-PCR反应体系稳定可靠,该新型分子标记可应用于草鱼遗传多样性研究中。     

黄鳝ISSR-PCR反应体系的建立及条件优化

以黄鳝基因组DNA为模板,采用正交试验设计方法,对各反应因子、引物退火温度和循环参数进行优化.建立了黄鳝的最适ISSR-PCR反应体系,25 μl反应体系中含2.5 mmol/ L Mg2+,250 μmol/ L dNTPs,0.25 μmol/ L 引物,1.0 U Taq DNA聚合酶,30 ng DNA模板.最佳反应程序:94℃预变性5 min;94℃变性40 s,48～57℃复性40 s(随引物而确定),72℃延伸1.5 min,循环次数40;72℃延伸10 min.利用所建立的ISSR反应体系,获得了清晰、重复性好、多态性高的DNA谱带.     

早熟砂梨ISSR-PCR反应体系的建立与优化

以我国南方主栽的早熟砂梨品种‘翠冠’Pyrus pyrifolia ‘Cuiguan’为材料,对ISSR技术体系中的模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、退火温度、PCR循环数等7个主要因素进行优化和筛选,建立了适合早熟砂梨的ISSR-PCR反应体系。最终反应体系为20 μL体系中10×PCR buffer（不含Mg2+）2 μL,模板DNA浓度60 ng,TaqDNA聚合酶0.75 U,引物浓度1 μmol/L,dNTP浓度90 μmol/L,Mg2+浓度2.25 mmol/L。扩增程序为：预变性94 ℃ 5 min,变性94 ℃ 45 s,退火45 s,72 ℃延伸1 min,共42个循环,然后72 ℃再延伸10 min,4 ℃保存,用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测多态性。     

均匀设计优化建兰ISSR-PCR体系

采用均匀设计,对影响建兰ISSR-PCR体系的引物、Mg^2＋、dNTP和Taq DNA聚合酶浓度等进行4因素5水平和4因素3水平两轮优化,建立了适合于建兰ISSR-PCR的反应体系：在20μL反应体系中,舍引物0．25μmol／L、Mg^2＋ 2．5mmol／L,dNTP0．2mmol／L、Taq DNA聚合酶1.5U和模板DNA40ng．在此基础上对扩增程序中的循环次数和退火温度,以及ISSR引物进行筛选．筛选获得的扩增程序为：94℃预变性5min;接着进行32个循环：94℃变性35S,52～56℃退火45S,72℃延伸90s;循环结束后,72℃延伸10min．同时筛选得到14个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物．     

不同赤眼蜂品系ISSR-PCR条件优化及分子鉴定

赤眼蜂Trichogramma不同品系在寄生能力等生物学特性上存在差异,而这些差异可能被用于优良品系的筛选。通过优化影响赤眼蜂不同品系ISSR-PCR的主要参数,建立适于鉴别赤眼蜂不同品系的ISSR-PCR反应体系和扩增程序。在20μL反应体系中,各反应物的最适含量为10×PCR Buffer 2.0μL,MgCl22.0μL（25mmol/L）,dNTPs1.6μL（2.5mmol/Leach）,正反向引物各1μL（25μmol/L）,DNA模板1.0μL,Taq酶0.4μL（2.5U/μL）,和ddH2O。ISSR-PCR的扩增程序为：95℃预变性5min,94℃变性50s,52℃退火1min,72℃延伸1min20s,35个循环,72℃延伸10min。结果表明,在上述优化条件下,采用ISSR-PCR可实现对7个赤眼蜂优良品系的分子鉴定。该研究对于赤眼蜂优良品系的筛选具有潜在的应用价值。     

中国木犀科苦丁茶ISSR实验条件优化的研究

系统地研究了中国木犀科苦丁茶ISSR反应体系中的主要影响因子,建立了一套稳定的ISSR PCR反应参数。筛选出了10个有效引物,并以中国木犀科苦丁茶8个物种共21份种质材料为供试材料对优化后的反应条件的重复性、多态性进行了检测。优化后的反应体系为：10×buffer 2.5 μL,2.0~3.0 mmol·L^-1 MgCl₂,150~300 μmol·L^-1 dNTPs,Taq酶1.0~1.5 U,引物0.4~0.5 μmol·L^-1,DNA模板5~320 ng。PCR扩增程序为：94℃预变性4 min,然后按94℃变性40 s,50~54℃退火45 s,72℃延伸120 s,进行35个循环,最后72℃延伸8 min。该反应条件可应用于中国木犀科苦丁茶亲缘关系和遗传多样性分析。     

珍稀濒危植物永瓣藤DNA提取与ISSR条件优化

以硅胶干燥叶片为材料,研究永瓣藤DNA的提取方法,并对影响简单重复序列区间分子标记反应的各条件进行了优化。建立了永瓣藤ISSR的优化反应体系和程序,即在20μL反应体系中,含20ng模板DNA、2.375mmol/L Mg2+、0.15mmol/L dNTPs、1.5U Taq DNA聚合酶、225nmol/L随机引物;扩增程序为:94℃预变性5min;然后94℃15s、48~50℃45s、72℃1min,35个循环,最后72℃延伸10min,4℃保存。本研究为进行永瓣藤种群遗传多样性研究奠定了基础。     

葡萄ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交设计L9(34)对影响葡萄ISSR-PCR反应体系的4个因素(dNTP、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA)在3个浓度水平上进行试验,并通过直观分析初步确定其反应体系;在此基础上,通过单因素试验探讨了dNTP、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA、退火温度及循环次数等因素或条件对葡萄ISSR-PCR扩增结果的影响,确定最佳反应水平。最终建立了葡萄ISSR-PCR扩增的最佳反应体系:在25μL的反应体系中,dNTP浓度0.2 mmol/L,TaqDNA聚合酶的用量0.5 U,引物浓度0.4mmol/L,DNA模板用量40 ng。反应程序:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸1 min 30 s,40次循环;最后72℃延伸10 min,10℃保存。     

西伯利亚蝗基因组DNA提取及RAPD分析条件的优化

以西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus(L.)为研究材料,利用改良的SDS法提取高质量的DNA,分别测试了dNTP浓度、镁离子浓度、TaqDNA聚合酶用量、模板DNA的量等因素对反应结果的影响。通过各因子的组合比较,建立了西伯利亚蝗RAPD优化体系:25μLPCR反应体系,10×buffer2·5μL;dNTP0·24mmol/L;MgCl22·0mmol/L;Taq DNA聚合酶1U;DNA模板45ng;引物30ng。扩增程序为:94℃预变性1min45s、94℃变性30s、35℃退火1min30s、72℃延伸2min,45个循环、72℃延伸10min。结果表明,利用优化的反应条件进行西伯利亚蝗基因组DNA分析,实验有着良好的重复性和稳定性。     

利用正交设计法对叉叶苏铁ISSR-PCR反应体系的优化研究

比较CTAB法和SDS法提取叉叶苏铁（Cycas micholitzii）的总DNA,发现CTAB法是提取叉叶苏铁总DNA的较好方法;对叉叶苏铁ISSR-PCR反应体系中的4个主要因素dNTPs,Taq DNA聚合酶,引物及Mg²⁺进行最优条件筛选;采用单因素法探讨DNA模板量、退火温度和循环次数的最佳反应条件,建立了适合于叉叶苏铁的最佳ISSR-PCR反应体系 （20 μL体系）： 1×Buffer,75 ng DNA模板,dNTPs 250 μmol·L^-1, Taq酶1.0U,引物0.2 μmol·L^-1,Mg2+ 2.5mmol·L^-1,反应程序为：94℃预变性5 min,94℃变性1 min,52℃退火1 min,72℃延伸2 min,循环40次,72℃延伸10 min,4℃保存。本研究结果为苏铁纲植物的分子生物学和分子系统学研究提供理论参考。     

正交设计优化紫萼藓科植物的ISSR-PCR反应体系

目的:建立紫萼藓科(Grimmiaceae)植物ISSR-PCR反应的最佳体系。方法:通过L16(45)正交试验,研究了dNTP浓度、镁离子浓度、模板DNA浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度这5个因素在4个水平上对ISSR-PCR的影响。结果:建立了紫萼藓科ISSR-PCR反应的最佳反应体系,其中dNTPs浓度为0.8mmol/L、Mg2+浓度为3.0mmol/L、模板为15ng、引物浓度为1.4μmol/L、Taq酶量2U,总体积为25μl。反应程序为:扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性30s,48～52℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环;72℃延伸10min;4℃保存。采用引物UBC812等均能够得到有效扩增。结论:该优化体系的建立为下一步对紫萼藓进行ISSR分子标记奠定了基础。