一种简便实用的限制性核酸内切酶定量测活方法

对限制性核酸内切酶进行酶学研究,无论在理论上或应用上都有着重要的意义。准确而简便的定量测活方法,是进行酶学研究的前提之一。目前这类酶的定量测活,多采用同位素标记法或微光密度扫描法,但前者受到标记底物来源、同位素半衰期和比强度的影响;后者需要昂贵的仪器,故它们的使用范围受到一定     

高灵敏度电化学发光PCR方法检测基因点突变研究

近年来发展了一种用于定量检测基因点突变的电化学发光PCR方法。该法采用三联吡啶钌标记的上游引物和生物素标记的下游引物对待测基因进行PCR扩增;随后,采用特定的限制性内切酶对扩增产物进行酶切,由于野生型样品和突变型样品间存在酶切位点的变化,其中只有一种基因型样品能被切断;通过生物素与链霉亲和素包被的磁珠连接,将生物素标记的DNA片段收集到样品池中;进行电化学发光检测,通过所得信号的有无可以判断其基因型。我们分别将该法用于Presenilin-1基因和H-ras癌基因的点突变检测,结果均可明显区分突变型样品和野生型样品。该法具有灵敏、快速、简便、安全等优点,是一种实用的基因点突变检测方法。     

同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展

绝对定量蛋白质组是指基于蛋白质组学方法对细胞、组织或体液中的蛋白质进行绝对量或浓度测定．目前,常用的绝对定量方法主要有基于同位素稀释法的蛋白质组学绝对定量方法和基于质谱数据统计分析的非标记方法．基于同位素稀释法的绝对定量方法是用已知量的同位素标记物对与其混合的样本蛋白质浓度进行测定．常见的同位素标记物包括：由AQUA法、QconCAT法产生的特异性水解肽段,由PSAQ法、Absolute SILAC法产生的标记蛋白和由PrESTs-SILAC法产生的蛋白抗原表位标签．由于同位素稀释法可以对蛋白质进行准确和精确定量,对于临床疾病的诊断和治疗具有明显的现实意义．本文对同位素稀释法在绝对定量蛋白质组中的研究进展及其优缺点和最新应用进行了评述．     

一种限制性核酸内切酶的荧光测活方法

到目前为止,发现的限制性核酸内切酶已超过475种,它们都来源于原核生物。限制性内切酶是遗传工程等工作中的重要的工具酶,同时也为研究两类最重要的生物大分子蛋白质和核酸之间的相互作用提供了一个理想的模型。要深入开展酶的性质、动力学、化学修饰以及结构与功能的研究,定量测活方法的建立是一个前提。此类酶的定量测活方法已有十余种,它们各有其优缺点,但至今还没有一种方法能达到既准确灵敏、简单方便,又普遍适用的程度。     

微量限制性酶切法快速鉴定阳性重组克隆

介绍了一种简便的能在１ｈ内阳笥重组克隆的方法。该方法准确性高于ＰＣＲ法,比常规先小鼠提取质粒再酶切鉴定的方法简便、快速。同时配制的１种适合多种酶切反应的缓冲液,每种限制性内切酶在该缓冲液中的活笥与其最适下的活性相当。２种或２种以上的酶切反应可以同时在这种缓冲液中进行,不用更换缓冲液一步安成。     

稳定同位素化学标记结合质谱技术在定量蛋白质组学中的应用

传统的蛋白质组定量策略主要是通过双向凝胶电泳来进行相对定量。由于该方法不能对相对分子质量极高或极低、等电点极酸或极碱和含量低的蛋白质以及膜蛋白质等进行有效分离和检测,所以已不能适应目前蛋白质组研究深入发展的需要。近年来,定量蛋白质组学的发展主要是以同位素亲和标签试剂为代表的、以质谱检测为核心的稳定同位素化学标记方法。稳定同位素化学标记结合质谱技术,使定量蛋白质组的分析更趋简单、准确和快速,具有良好的发展前景。本文对稳定同位素化学标记结合质谱技术在定量蛋白质组学中的研究进展进行了评述。     

同位素标记相对和绝对定量蛋白组技术研究进展

近年来定量蛋白组学技术迅速发展,目前常用的有双向荧光差异凝胶电泳、同位素亲和标记、15N同位素标记、同位素标记相对和绝对定量和细胞培养条件下稳定同位素标记技术等。同位素标记相对和绝对定量技术以其高通量、高灵敏度、高重复性、高动态检测限和能对各种复杂样品进行相对和绝对定量研究等优势而备受研究者青睐,目前已发展到在同一实验中分析8组样品,增加了实验设计的灵活性。我们就同位素标记相对和绝对定量技术在定量蛋白组史中的地位作用、研究策略,以及在病毒致病机制研究和医药临床相关问题中的应用做简要综述。     

两种制备感染细胞DNA的内切酶图谱法用于单纯疱疹病毒分型的研究

用³²P标记单纯疱疹病毒Ⅰ型和Ⅱ型感染Vero细胞,抽提病毒DNA,然后以核酸内切酶BamHI酶切,电泳结果2个型别的病毒DNA的电泳图谱均不相同。用非同位素标记的疱疹病毒感染细胞DNA酶切,电泳与³²P-标记的病毒DNA图谱相比较,显示相同的结果。实验表明简单受染细胞DNA进行核酸酶切及电泳可用来进行疱疹病毒的分型。实验说明选择核酸内切酶进行酶切有重要的影响。     

一种灵敏实用的DNase Ⅰ定量测活方法

DNase I的测活方法有紫外吸收法、同位素法和荧光法等.紫外吸收法简便,但灵敏度较低.同位素法灵敏度高,但实验条件要求高,且操作复杂.荧光法灵敏度较高,也简便,但影响因素较多.我们建立了一种以固定化DNA为底物的微量紫外吸收法,它较简便,灵敏度也较高.材料与方法材料:DNase I (Seravac Laboratories出     

3种钝顶螺旋藻株胞内核酸酶活性效果研究

取钝顶螺旋藻A9、抗刀豆氨酸(CS)突变株A9c、藻体长直型 A9L的无菌纯藻藻株胞内核酸酶粗提取液,分别对λ-DNA或p8760进行酶切消化后研究酶活.对于A9藻株,p8760更适于作为酶切底物进行酶活研究;酶切最适反应温度为37～45℃,酶切最适反应时间为3h,50℃开始酶活被抑制;A9c藻株酶切最适反应温度为37℃,酶切最适反应时间为3～4h,45℃开始酶活被抑制;A9L藻株,λ-DNA更适于作为酶切底物进行酶活研究,酶切最适反应温度为37～55℃,酶切最适反应时间为2～3h,60℃开始酶活被抑制.对此3种无菌藻株胞内核酸酶活性效果的初步研究表明,藻株形态的变异或抗氨基酸类似物突变,都会影响和改变其胞内核酸酶的活性,这些可为控制胞内核酸酶对螺旋藻转基因操作的影响和选择合适的藻株用于螺旋藻的遗传转化奠定一定的基础.     

定量稳定性同位素探针技术及其在微生物生态学研究中的应用

定量稳定性同位素探针技术(qSIP)是将生态系统中微生物分类性状与代谢功能联系起来的有效工具,能够定量测定特定环境中单个微生物类群暴露于同位素示踪剂后微生物代谢活动或生长速率。qSIP技术采用定量PCR与高通量测序技术并结合稳定同位素探针技术(SIP),通过向环境样品添加标记底物进行培养,提取微生物生物标记物,利用超高速等密度梯度离心将被同位素标记的重链核酸与未被标记的轻链核酸进行分离,并对所有组分微生物类群进行绝对定量和测序分析,基于GC含量和未标记处理DNA密度曲线量化参与吸收转化的DNA同位素丰度。本文重点阐述qSIP的技术原理、数据分析流程及其在微生物生态学研究中的应用进展,并对该技术存在的问题进行了分析和展望。     

对虾白斑综合征病毒基因组快速定性定量方法的建立

对于对虾白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)全基因组样品,使用限制性内切酶酶切以及荧光绝对定量的方法进行分析,建立了WSSV全基因组快速定性定量的方法。定性实验通过对GenBank中WSSV基因组序列深度分析,选择确定合适的限制性内切酶BamHI对基因组进行酶切,通过比对实际酶切结果和软件模拟酶切结果,以定性待测样品。定量实验使用荧光定量试剂盒,通过建立标准曲线的方法对未知浓度的WSSV基因组样品进行绝对定量。实验结果表明,结合使用酶切分析和荧光定量的方法可以准确、快速、方便、经济地对WSSV基因组样品进行定性定量分析,为进一步深入研究WSSV基因组奠定坚实基础。     

转基因甘蔗植株Southern杂交体系的优化

对甘蔗Southern杂交体系的优化,旨为转基因甘蔗Southern杂交鉴定分析提供参考。以转基因甘蔗为材料,就探针不同标记方法的比较、甘蔗基因组DNA的提取、基因组DNA酶切量、酶切时间及杂交过程等方面,对地高辛标记的Southern杂交技术进行了优化研究。结果表明,改良的CTAB法提取的甘蔗DNA能满足后期实验的要求;PCR法标记探针的效率较随机引物法标记探针的效率高,更适合用于Southern杂交;40μg的DNA在400μL酶切体系中,酶切10 h可获得良好的酶切效果;杂交温度40℃,杂交18 h,可获得清晰的杂交条带。     

转基因甘蔗植株Southern杂交体系的优化北大核心CSCD

对甘蔗Southern杂交体系的优化,旨为转基因甘蔗Southern杂交鉴定分析提供参考。以转基因甘蔗为材料,就探针不同标记方法的比较、甘蔗基因组DNA的提取、基因组DNA酶切量、酶切时间及杂交过程等方面,对地高辛标记的Southern杂交技术进行了优化研究。结果表明,改良的CTAB法提取的甘蔗DNA能满足后期实验的要求;PCR法标记探针的效率较随机引物法标记探针的效率高,更适合用于Southern杂交;40μg的DNA在400μL酶切体系中,酶切10 h可获得良好的酶切效果;杂交温度40℃,杂交18 h,可获得清晰的杂交条带。     

稳定同位素标记试剂DiART在蛋白质组中的定量特征研究

等重同位素标记方法,如同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ),可以对肽段进行化学标记,之后通过质谱分析得到的报告离子的强度信息而实现对肽段的定量.目前,这种标记技术在定量蛋白质组学研究中有广泛应用.DiART也是一种等重同位素标记方法,且与iTRAQ的定量原理类似,但是其化学结构组成与iTRAQ有所不同,因而其定量特征有其独特表现.本研究通过对DiART标记的简单蛋白样品、复杂蛋白样品以及复杂样品中目标蛋白的定量情况进行了分析,从而对DiART的定量特征进行了研究,并同时与iTRAQ进行了比较.结果表明,DiART方法在定量稳定性、准确性及动态范围方面均更具优势.     

基因扩增产物的固相杂交-酶联显色方法的建立

建立基于基因扩增技术的简便、快速的病毒核酸定量检测方法．将标记有生物素的寡核苷酸引物所扩增的病毒基因产物,与通过共价键结合在微孔反应板上的特异性探针进行快速杂交,然后通过辣根过氧化物酶标记的抗生物素进行酶联显色,读取光密度值．应用本方法对血清中乙型、丙型肝炎病毒核酸定量检测,灵敏度分别可达１－５拷贝／反应．此方法简便、快速、特异性好、敏感性高、半定量指标客观,可广泛应用于肝炎病毒感染的临床诊断和疗效评价．     

同位素标记法专题复习

同位素标记法是利用同位素的电离辐射对乳胶 (含AgBr或AgCl)的感光作用,对细胞内的生物大分子进行动态研究和追踪的一种细胞化学技术。包括: 同位素标记的大分子前体的掺入和细胞内同位素所在位置的显示。常用的同位素有:15N、35S、3H和14C等。研究DNA合成时通常用氚(3H)标记的胸腺嘧啶脱氧     

评价新型稳定同位素赖氨酸标记在定量蛋白质组学中的应用

为了评价基于2-甲氧基-4,5-二氢-1氢-咪唑稳定同位素试剂在定量蛋白质组学中的应用价值,合成了轻型(D0)和重型(D4)的2-甲氧基-4,5-二氢-1氢-咪唑,通过对标准蛋白BSA酶解后产物的标记确认标记反应的特异性,并观察了标记物在MALDI-TOF-MS和LC-ESI-MS中定量的准确性,标记肽在串联质谱中的离子特点,以及对反相液相色谱行为的影响。结果表明,2-甲氧基-4,5-二氢-1氢-咪唑只与酶解后的肽段赖氨酸侧链氨基反应,具有良好的标记特异性;差异表达蛋白的定量可以通过MALDI和ESI电离模式实现;标记肽的串联质谱主要产生y离子,测序更为简便;反相液相色谱可以保持较好的分离效果,氘原子的引入不会影响保留时间,侧链修饰可以用于涉及液相色谱分离的蛋白质组学技术。2-甲氧基-4,5-二氢-1氢-咪唑稳定同位素试剂可以用于定量蛋白质组学。     

细菌纤维素酶的酶学性质研究

对纤维素酶各组分的酶学性质进行研究,是提高生物法利用纤维素效率的关键。本研究以实验室筛选得到的产纤维素酶细菌为出发菌株,对其发酵粗酶液的纤维素酶酶学性质进行研究。以羧甲基纤维素钠为底物,所测内切葡聚糖苷酶活力为15.4 IU/ml,酶促动力学常数Km和Vmax分别为0.67 mg/ml和0.62 mg(ml·min)-1,以微晶纤维素为底物,其外切葡聚糖苷酶活力为29.9 IU/ml,酶促动力学常数Km和Vmax分别为0.95 mg/ml和0.38mg(ml·min)-1。两种酶的最适反应温度与p H相同,分别为55℃和p H7.2。     

小鼠饲养过程中蛋白质组的整体重稳定性同位素标记

文中探讨了稳定同位素代谢标记(SILAC)定量技术在哺乳动物模型上的应用,建立了可用于疾病模型比较蛋白质组学研究的定量内标。用含1%13C6-Lysine的SILAC鼠粮饲养C57BL/6J雌性小鼠,记为F0代,通过与雄性小鼠交配繁殖出F1代,相同方法繁殖出F2代标记小鼠。分离F2代小鼠的大脑、肺脏、心脏、胃、小肠、肝脏、脾脏、肾脏和肌肉组织,提取各组织的全蛋白,进行蛋白酶Lys-C酶切,利用高效液相色谱串联质谱联用技术(LC-MS/MS)进行鉴定和定量分析。对蛋白质定量结果进行高斯拟合确定均值及标准差,得出不同脏器和小鼠整体的标记效率,肝脏的标记效率最高,为96.34%±0.90%;大脑标记效率最低,为92.62%±1.98%,小鼠整体标记效率为95.80%±0.64%,符合SILAC标记效率不低于95%的国际标准。成功地将SILAC方法从微生物和细胞系水平拓展到哺乳动物模型,这为基于动物模型研究疾病发生、发展机制提供了有力工具。