普氏野马线粒体DNA D-loop区序列多态性研究

目的:了解中国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马(Equus przewalskii)遗传多样性及其遗传背景.方法:采用PCR产物直接测序法,对15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区进行测序分析.结果:测定15个个体的线粒体DNA D-loop高变区15464～15866片段序列402bp.检测到12种单倍型,包括37个多态位点,占全部序列的9.2%,其中转换位点24个、颠换位点20个、转换位点和颠换并存位点8个、缺失位点3个.A%+T%含量(56.1%)高于G%+C%含量(43.9%),平均A含量为28.4%,T含量为27.7%,C含量为29%,G含为14.9%.单倍型间平均遗传距离为0.030,单倍型多态性(h)为1±0.00116,核苷酸多态性(π)为2.90%.15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区之间平均核苷酸变异率为2.48%.结论:研究表明我国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马线粒体DNA D-loop区序列存在丰富的多态性.     

藏羚羊mtDNA D-Loop区遗传多样性研究

该研究采用非损伤性DNA基因分型技术,对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444~446bp）进行了序列分析,结果显示A、T%含量（61.8%）明显高于G、C%含量（38.2%）,共发现10种单倍型,包括48个多态位点,其中转换位点44个、颠换位点1个、插入位点1个、缺失位点2个。单倍型间平均遗传距离为0.031,单倍型多态性（h）为1.000,核苷酸多态性（π）为2.96%。说明藏羚羊线粒体控制区存在着丰富变异,最后从藏羚羊的生态习性及地理分布两方面对这一结果进行了分析探讨。      

中国驴种线粒体DNA D-loop多态性研究

利用Clustal W软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNA D—loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5．76％。以欧洲驴D—loop作对照,我国5个家驴品种D—loop区序列的平均核苷酸变异率为1．80％,其中凉州驴的平均核苷酸变异率为0．35％．云南驴为1．25％,关中驴为2．30％,新疆驴为2．91％,佳米驴为2．20％。家驴品种内与品种间mtDNA D—loop区序列歧异度分别为0．25％-5．01％和4．51％-5．51％,说明家驴品种间D—loop区序列多态性比较丰富。在所测家驴个体中,mtD NAD—loop序列由11种单倍型组成,单倍型比例为42．31％,表明我国家驴mtDNA遗传多态性正逐步丧失,需要加强其种质资源保护。引用GenBank中亚洲野驴和欧洲家驴的序列,构建了我国5个家驴品种的NJ分子系统树,首次从分子水平证实中国家驴可能起源于非洲野驴,而与亚洲野驴无关。     

中国部分牦牛品种线粒体DNA遗传多态性研究

采用DNA测序技术首次测定了中国5个牦牛品种(类群)35个个体线粒体DNA控制区(D loop)全序列,结果表明:牦牛线粒体DNA控制区全序列长度为891～895bp,T、C、A、G4种核苷酸的含量分别为28.5%、25.3%、32.5%、13.7%。检测到55个变异位点,约占分析位点总数的6.16%,核甘酸变异类型有转换、颠换、插入/缺失4种。确定了24种单倍型,单倍型H4和H6为中国牦牛的主体单倍型,各单倍型在品种间分布不平衡,所测定的5个牦牛品种(类群)单倍型多样度平均为0.9697±0.0180,说明我国牦牛D loop单倍型类型丰富。牦牛品种内各序列平均核苷酸差异数为10.936,核苷酸多样度为1.231%;牦牛品种间核苷酸分歧度(Dxy)约为0.760%～2.155%,品种间双参数距离范围为0.000～0.029,表明我国牦牛遗传多态性丰富。对D环序列变异的分子方差分析和单倍型网络关系图的结果表明:我国牦牛品种间出现显著的遗传分化,牦牛单倍型网络关系图聚为2个聚类簇,表明我国牦牛有2个母系来源,或者有2个主要的驯化地点。     

中国部分黄牛品种mtDNA遗传多态性研究

对我国8个黄牛品种22个个体的mtDNA D-loop区910bp全序列进行了分析。结果表明：8个黄牛品种D-loop区序列中,A T平均含量为61．65％;经比对,共检测到66个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的7．25％;D-loop全序列突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存,它们分别占核苷酸多态位点的81．82％、6．06％、7．57％、3．03％及1．52％。以欧洲牛mtDNA D-loop全序列为标准,8个黄牛群体D-loop的平均核苷酸变异率分3个层次：西镇牛、蒙古牛、黑白花牛及秦川牛的核苷酸变异率最低,分别为0．37％、0．44％、0．52％和0．66％;南阳牛与郏县红牛的核苷酸变异率居中,分别为1．91％和2．02％;晋南牛与岳阳牛的核苷酸变异率最高,分别为4．47％和4．73％。中国黄牛品种内D-loop区序列歧异度为0．55％～5．39％,品种间序列歧异度为1．21％～6．59％。在所测黄牛个体中,mtDNA D-loop序列由19种单倍型组成,单倍型比例为86．36%,说明中国黄牛mtDNA遗传多态性很丰富。由此构建了中国8个黄牛品种的NJ分子系统树,聚类分析表明：所测黄牛的mtDNA D-loop序列表现为3个单倍型组,从而揭示中国黄牛可能有3个母系起源,以普通牛起源和瘤牛起源为主。     

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。      

云南地区恒河猴线粒体DNA控制区遗传多态性研究

目的从分子水平探讨云南地区恒河猴遗传多样性,为今后开展恒河猴遗传资源的保护及合理利用提供借鉴和背景资料。方法采用PCR直接测序法测定云南地区恒河猴96份样品的线粒体DNA控制区全序列,用Mege 4.0和DNA SP软件对变异位点数、简约信息位点数、单倍型、单倍型多样度、核苷酸多样度等遗传信息进行分析,基于邻接法（neighbor-joining,NJ）和最小进化法（minimum-evolution,ME）构建系统发生树。结果在96份样品中,共检测出了149个多态性位点,定义了46种单倍型,单倍型多样度（Hd）为0.968±0.007,核苷酸多样度（Pi）为0.020。结论云南地区恒河猴存在着较丰富的遗传多态性。     

野牦牛（Bos grunniens mutus）mtDNA D\|Loop区的遗传多样性

为从分子水平上评价野牦牛(Bos grunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNA D-loop 区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840～FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit 7 0 9、DnaSP 4.10.1、Arlequin 3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度.结果表明8条野牦牛线粒体DNA D-loop 区全序列长度在891～894 bp之间,其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%.排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点.依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性.     

家鹅品种细胞色素b基因序列分析及其系统发育关系

测定了15个中国家鹅和2个欧洲家鹅品种44个个体线粒体细胞色素b基因全序列（1143 bp）,并结合GenBank中的野生种白额雁序列比较分析表明,检测到31个可变位点和4种单倍型,没有发现缺失或插入,核苷酸多样度和单倍型多样度分别为0.00648和0.45,密码子第三位点G碱基的含量较低（14.2%）,A、T和C的含量极相似,第一、二位点的偏倚度（0.057和0.223）低于第三位点（0.492）,转换数明显高于颠换数(Ts/Tv＝9.5～19),密码子第三位点的转换数最高。系统发育分析结果支持中国家鹅的两个不同起源学说。     

云南中缅树鼩线粒体细胞色素b和D-loop区遗传多样性研究

对3个地方种群的49只样本的线粒体Cyt b基因全序列（1140 bp）及33只样本的控制区D-loop基因区段（745 bp）进行了序列测定。结果表明：Cyt b基因多态性位点有47个,其中单变异位点位点23个,简约信息位点24个。共定义了24个单倍型,其中种群间的共享单倍型有2个（8.33%）,其余均为某个种群所特有,单倍型多样度范围为0.80952（剑川种群）~0.91532（禄劝种群）,核苷酸多样度指数介于0.00326（禄劝种群）~0.00635（剑川种群）之间;D-loop基因多态性位点有18个,其中单变异位点8个,简约信息位点10个。共定义了16个单倍型,无种群间的共享单倍型,单倍型多样度范围为0.76615（禄劝种群）~0.93333（丽江种群）,核苷酸多样度指数介于0.00269（禄劝种群）~0.00583（丽江种群）之间。从各单倍型的TCS网络进化图显示横断山种群位于分支的末端,表现出中缅树鼩由南向北的扩散模式,支持＂岛屿起源＂假说。     

我国根瘤蚜mtDNA COⅠ遗传多样性与系统发育

通过线粒体DNA COⅠ多态性研究了我国根瘤蚜Daktulosphaira vitifoliae Fitch的遗传分化与系统发育,并将我国根瘤蚜单倍型与GenBank中已发表的85个单倍型进行了聚类分析。结果表明：序列中A,C,T,G 4种核苷酸的比例分别为34.8%,15.8%,39.2%和10.2%, 29 个变异位点中单一多态位点 12 个,简约信息位点17 个。确定了 13 种单倍型,检测5种单倍型,其中上海群体单倍型相对丰富,且上海葡萄根瘤蚜群体与其他3个群体之间没有共享单倍型。同时上海群体与其他3个群体的遗传距离最大（0.039~0.040）,Nm最小（0.02）,在分子系统发育树和单倍型网络图上为独立分支,说明我国根瘤蚜至少有两个独立的起源。     

黄河裸裂尻鱼五种群mtDNA控制区的遗传结构

黄河裸裂尻鱼（Schizopygopsis pylzovi）主要分布于青藏高原东北部兰州以上黄河干支流水系和高原北部柴达木内流水系,由于其对高原特殊生境表现出独特的适应性而受研究者关注。本文采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序的方法获得了一个分布于柴达木内流水系种群和四个黄河支流种群共99条个体的线粒体DNA（mtDNA）控制区（D-100p）821bp核苷酸的序列,探讨了其种群遗传结构和分化。99条个体的序列经比对后,发现77个（9．37％）多态性位点,共定义了53个单倍型,其中有一个单倍型（DT12）为两个种群（大通种群和互助种群）所共享,其余52个单倍型均为某个种群所特有。遗传多样性分析表明,柴达木种群的单倍型多样度（h=0．79±0．06）和核苷酸多样度（π=0．0027±0．0017）均略低于黄河支流各种群。AMOVA分析结果显示,遗传差异主要发生在种群之内,占75．39％,而小同水系的种群间只有24．61％,各种群间成对的Fst及遗传距离均表明种群间出现了一定程度的种群分化,但系统进化树最示出一种混杂的单倍型分布格局,提示青藏高原东北部地质事件所造成的水系间的隔离形成较晚。单倍型歧点分布呈现为单峰以及中性检验Tajima的D（-1．497,P=0．058）和Fu的Fs（-24．741,P=0．001）结果综合表明,黄河裸裂尻鱼在青藏高原隆升过程中曾经历过近期的种群扩张事件[动物学报54（6）：972—980,2008]。     

青海高原牦牛mtDNA Cytb基因和D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树.结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无差异,4种核苷酸T、A、G、C的含量分别为26.26％、31.73％、13.09％、28.920％;发现13个SNP位点,全部为转换,符合Cytb基因保守的特征;核苷酸多样性(Pi)为0.002 88,单倍型数(H)为9,单倍型多样性(Hd)为0.645;D-loop区序列长度在892～895 bp之间,不同个体间存在序列长度差异;4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为28.69％、32.22％、13.75％、25.34％,A+T含量为60.91％,G+C含量为39.09％.在155个个体中共统计出41个SNP位点,其中转换38个,颠换3个,缺失5个,插入3个.其核苷酸多样性(Pi)为0.012 44,分析得到的单倍型数(H)为38,单倍型多样性(Hd)为0.881.在基于Cytb基因的系统进化树中,青海高原牦牛首先与野牦牛和巴州牦牛聚在一起,紧接着与美洲野牛聚在一起;在D-loop区的系统进化分析中,青海高原牦牛首先与西藏牦牛和野牦牛聚在一起,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属(Bovidae)的观点.本研究结果为牦牛改良及育种工作提供了科学依据.     

舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析

小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一,过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,序列长度在795~801bp之间,长度差异不大。采用ClustalX1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析,结果显示:53条小黄鱼线粒体DNA D-loop区的T、C、A和G碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%,排除13处核苷酸的插入或缺失后,共检测到93处转换和颠换位点,约占分析序列总长度的11.6%,其中包括53个单一多态位点和40个简约信息位点,共确定了52种单倍型,单倍型多样性(hd)为0.9993,单倍型间的平均遗传距离为0.012,转换/颠换平均值为4.305,平均核苷酸差异数(k)为9.73875,核苷酸多样性(π)为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。     

绵羊Cytb基因序列多态性及系统进化研究

以8个中国地方绵羊品种和1个外来品种的20个个体为研究对象,通过对Cytb基因的全序列测定,结果表明：绵羊的单倍型多样性为97．1％。所有序列的平均碱基组成为27．1％T,28．5％C,31．4％A及13．0％G,G＋C含量为41．5％,核苷酸多样性为0．602％。在所有序列中共检测到43个变异位点,其中包括40处转换和3处颠换。Fu’S中性检验表明差异不显著（0．10〉P〉0．05）,说明绵羊群体未发生群体扩张事件。NJ、ME及UPGMA聚类结果均表明,我国绵羊可分为3个单倍型组,这提示我国绵羊有3个母系起源。     

云南猕猴mtDNA控制区全序列测定

目的测定云南猕猴线粒体DNA控制区全序列,对其进行鉴定及进化分析。方法利用PCR技术扩增猕猴线粒体DNA控制区全序列,结合GenBank中下载的猕猴参考序列（AY612638）,采用多个生物学软件对序列碱基组成、同源性、转换／颠换比等遗传信息进行分析,并基于邻接法（NJ）和最小进化法（ME）构建系统进化树。结果云南猕猴线粒体DNA控制区全长为（1084-1089）bp,A、T、G和c四种碱基平均含量分别为29．9％、26．9％、12．3％和30．9％,A＋T含量（56．8％）高于G＋C含量（43．2％）。所分析序列间的同源性为91．5％-99．5％,平均核苷酸变异率为4．5％,变异类型包括转换、颠换、插入和缺失4种形式,转换／颠换比值平均为26．1。进化树显示云南猕猴存在两个平行进化的姐妹分支。结论本研究获得了云南猕猴mtDNA控制区全序列,为猕猴进化关系研究及mtDNA控制区功能研究奠定基础。     

新疆塔吉克族人群线粒体DNA序列多态性研究

目的：研究中国新疆塔吉克族人群线粒体DNA D环区序列遗传多态性,并结合文史资料,对塔吉克族的起源及迁移进行了初步探讨。方法：应用PCR扩增产物直接测序法,对34名塔吉克族无关个体线粒体DNA D一环区高变区Ⅰ进行测序分析。结果：34个个体核苷酸序列与Anderson相应序列比较共发现有47处突变位点,构成22种单倍型塔吉克族线粒体DNA D环高变一区基因差异度为0.9822,偶合概率为0.0466。结论：研究表明新疆塔吉克族与高加索人种遗传关系较近。     

三角帆蚌五个野生群体线粒体DNA 16S rRNA遗传特性

对中国主要淡水湖泊(鄱阳湖、洞庭湖、太湖、洪泽湖及巢湖)三角帆蚌5个野生群体的线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行了扩增和测序,得到473bp的碱基序列,没有发现插入/缺失突变的核苷酸位点。检测到了32个多态性核苷酸位点,共7种单倍型。鄱阳湖群体的222(C→G)和325(A→G)位点,太湖群体的233(A→G)位点,巢湖群体的40(A→G)、138(A→T)和294(C→T)位点,洪泽湖群体的241(A→C)位点的变异可以作为区分群体分子遗传标记位点。洞庭湖群体未发现特异位点。在5个群体间鄱阳湖群体多态性位点、核苷酸多态性、单倍型多态性和单倍型数量4个指标都最高,表明鄱阳湖群体具有最为丰富的遗传结构,遗传变异最大,可作为三角帆蚌选育的基础群体。     

红鲫部分线粒体DNA序列变异分析

对红鲫19尾个体的线粒体tRNA-Thr基因、tRNA-Pro基因和部分控制区的核苷酸序列进行了测定．获得19条长度为836～837bp的同源基因序列,共发现18个变异位点．定义了4种单元型．在红鲫4种单元型中确认了DNA复制终止相关的序列TAS、中央保守区序列（CSB-F、CSB-E和CSB-D）和保守序列CSB1．在18个变异位点中,除一个缺失外,序列变异全部为转换,无颠换发生．4种单元型之间的序列差异在0．1％。1．7％之间．结果显示,红鲫群体具有较高的遗传多样性水平,因而暗示了它具有较强的适应外界环境变化的能力,同时说明它是鱼类遗传育种的较好实验材料．     

闽浙地区香鱼线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

对浙江瑞安、福建宁德、福建东张水库3个地理群体共31例香鱼(Plecoglossus altivelis)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和线粒体D-loop区序列进行了PCR扩增、序列测定、核苷酸组成和多态性分析。Cyt b基因中, A、T、C和G 4种核苷酸的比例分别为19.72%、29.71%、32.25%和18.32%, A + T含量为49.43%, G + C含量为50.57%。D-loop区序列中, A、T、C和G 4种核苷酸的比例分别为29.99%、29.29%、23.80%和16.92%, A + T含量为59.28%, G + C含量为40.72%。在长度为1 141 bp的Cyt b基因序列中, 仅存在1个变异位点, 核苷酸多样性指数(π值)为0.00028, 31个样本中仅出现两种单倍型; 857 bp长的D-loop区序列中, 仅存在5个变异位点, 核苷酸多样性指数(π值)为0.00199, 仅出现5种单倍型。这表明闽浙地区香鱼的遗传多样性水平很低, 应当加大对香鱼的保护力度。