野牦牛（Bos grunniens mutus）mtDNA D\|Loop区的遗传多样性

为从分子水平上评价野牦牛(Bos grunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNA D-loop 区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840～FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit 7 0 9、DnaSP 4.10.1、Arlequin 3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度.结果表明8条野牦牛线粒体DNA D-loop 区全序列长度在891～894 bp之间,其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%.排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点.依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性.     

普氏野马线粒体DNA D-loop区序列多态性研究

目的:了解中国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马(Equus przewalskii)遗传多样性及其遗传背景.方法:采用PCR产物直接测序法,对15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区进行测序分析.结果:测定15个个体的线粒体DNA D-loop高变区15464～15866片段序列402bp.检测到12种单倍型,包括37个多态位点,占全部序列的9.2%,其中转换位点24个、颠换位点20个、转换位点和颠换并存位点8个、缺失位点3个.A%+T%含量(56.1%)高于G%+C%含量(43.9%),平均A含量为28.4%,T含量为27.7%,C含量为29%,G含为14.9%.单倍型间平均遗传距离为0.030,单倍型多态性(h)为1±0.00116,核苷酸多态性(π)为2.90%.15匹普氏野马线粒体DNA D-loop高变区之间平均核苷酸变异率为2.48%.结论:研究表明我国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马线粒体DNA D-loop区序列存在丰富的多态性.     

褐马鸡圈养种群的mtDNA控制区多态性

褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)是我国特有的濒危鸟类,国家一级保护动物。为了保护褐马鸡的种质资源,从分子水平上评价褐马鸡的遗传多样性,对山西省庞泉沟自然保护区、太原市动物园的褐马鸡种群20个个体,线粒体DNA D-loop区全序列进行了克隆和测定,使用Clustal X、DnaSP4.0、Mega3.1等生物信息学软件,对全部20条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样性和单倍型多样性;比较了两个种群的遗传变异,初步探讨了褐马鸡种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明:20条褐马鸡线粒体DNA D-loop区全序列长度在1236 1237bp之间,其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为31.0%、26.8%、27.5%和14.8%,A+T含量(57.8%)高于G+C含量(42.3%)。排除1处核苷酸的插入或缺失后,共检测出26个突变位点,占分析序列总长度的2.1%,其中包括25处单一多态位点和1处简约信息位点。20个个体检测出13个单倍型,其中11个个体具有独特的单倍型,2个共享单倍型。褐马鸡两个种群的单倍型多样性(h)为0.911 0.933,核苷酸多样性(π)为0.002 0.003,单倍型间的遗传距离为0.003 0.002。根据单倍型构建了褐马鸡两个种群的NJ分子系统树。聚类表明,2个种群的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。揭示褐马鸡具有较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性,种群的遗传变异较低;两个种群单倍型间的遗传距离较近,遗传多样性参数接近,统计分析无显著差异,两个种群尚未表现出明显的遗传分化,且两个种群间有基因流存在。     

青海高原牦牛mtDNA Cytb基因和D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树.结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无差异,4种核苷酸T、A、G、C的含量分别为26.26％、31.73％、13.09％、28.920％;发现13个SNP位点,全部为转换,符合Cytb基因保守的特征;核苷酸多样性(Pi)为0.002 88,单倍型数(H)为9,单倍型多样性(Hd)为0.645;D-loop区序列长度在892～895 bp之间,不同个体间存在序列长度差异;4种核苷酸T、A、G、C的平均比例分别为28.69％、32.22％、13.75％、25.34％,A+T含量为60.91％,G+C含量为39.09％.在155个个体中共统计出41个SNP位点,其中转换38个,颠换3个,缺失5个,插入3个.其核苷酸多样性(Pi)为0.012 44,分析得到的单倍型数(H)为38,单倍型多样性(Hd)为0.881.在基于Cytb基因的系统进化树中,青海高原牦牛首先与野牦牛和巴州牦牛聚在一起,紧接着与美洲野牛聚在一起;在D-loop区的系统进化分析中,青海高原牦牛首先与西藏牦牛和野牦牛聚在一起,展示出丰富的遗传多样性,同时进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属(Bovidae)的观点.本研究结果为牦牛改良及育种工作提供了科学依据.     

务川黑牛mtDNA遗传变异及起源进化分析

目的:测定务川黑牛mtDNA D-loop区全序列,以了解其遗传背景。方法:采用PCR直接测序方法测定务川黑牛mtD-NA D-loop区全序列。结果:32个个体D-loop区的全序列中,四种碱基A、T、C和G含量分别为:33.1%、28.4%、25.0%和13.5%,A+T平均含量61.5%。经过序列比对,共检测到57个变异位点,占所测mtDNA序列总长的6.26%,其中转换54个,颠换3个;产生17种单倍型,其中6种是普通牛单倍型,11种是瘤牛单倍型;平均核苷酸差异为22.623,单倍型多样度0.901±0.039,核苷酸多样度0.0249±0.00147。结论:务川黑牛这一品种遗传多样性非常丰富,据此构建的NJ进化树显示务川黑牛含有普通牛和瘤牛的血统。     

东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性及系统发育地位

东帕米尔高原作为生物多样性丰富的区域之一,喜马拉雅雪鸡和藏雪鸡在此混群分布。以东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡为研究对象,采用PCR和测序技术,研究了mt DNA D-loop区序列特征,下载Gen Bank已提交的雪鸡序列,利用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系,以阐明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡遗传多样性水平和系统进化地位。结果表明:东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡mt DNA D-loop序列富含A、T碱基,含量为59.8%,存在64个多态位点,占核苷酸总数的5.5%,其中单一多态位点29个,简约信息位点33个,两处插入或缺失,转换发生的频率远远高于颠换;25个个体存在23种单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.92±0.0001,平均核苷酸多样度(π)为0.00958,平均核苷酸差异度(K)为11.067,说明东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡核苷酸多样性较低,单倍型多样性高,具有较为丰富的遗传多样性;系统发育分析显示喜马拉雅雪鸡与藏雪鸡分为明显的两大簇群,本研究涉及的东帕米尔高原喜马拉雅雪鸡出现遗传分化,呈现明显的2个进化支;中介网络关系分析显示雪鸡具有明显的地理分布特征,本研究雪鸡84%的单倍型聚在以东帕米尔高原为中心的进化支上。因此,建议扩大塔什库尔干野生动物自然保护区(位于东帕米尔高原境内)范围,建立国家级自然保护区,恢复生态环境,以提高雪鸡栖息地的生存适宜性。     

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。     

尾斑瘰螈种群的D-loop区遗传多样性分析

以线粒体DNA D-loop序列为分子标记,研究了采自雷公山和武陵山的尾斑瘰螈(Paramesotriton caudopunclatus)5个种群的遗传多样性.获得42个个体mtDNA D-loop区序列,长度为690 bp,其中有30个变异位点,由此定义了13个单倍型.5个种群中未出现共享单倍型的现象.尾斑瘰螈种群...     

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。      

基于线粒体D-loop 区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性

采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens (Richardson)和养殖斜带髭鲷各25 个样本。通过设计特异性引物, 采用PCR 技术对该50 个个体的mtDNA D-loop 区全序列进行扩增, 测序得到的序列进行比对, 发现该50 个序列长度变异较小, 均在788-790 bp 之间, 野生型和养殖型区别不大。采用MEGA(version 4.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析, 结果显示: 50 条序列中T、C、A 和G 碱基平均含量分别为29.9%、21.5%、35.2%和13.5%, 其中A+T 的含量(65.1%)显著高于G+C 含量(34.9%), 表现了明显的碱基偏倚。50 个个体表现为26 种单倍型, 包括91 个多态位点, 单倍型间平均遗传距离为0.024, 单倍型多态性(h)为0.958, 核苷酸多态性()值为0.02277。研究表明, mtDNA D-loop 区可以作为检测野生与养殖斜带髭鲷群体遗传多样性的有效分子标记, 而广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷种群遗传多样性已经下降至中等水平。研究提示野生斜带髭鲷种群遗传多样性不容乐观, 资源调查、种质维护与遗传评价有待深入。       

藏羚羊mtDNA D-Loop区遗传多样性研究

该研究采用非损伤性DNA基因分型技术,对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444~446bp）进行了序列分析,结果显示A、T%含量（61.8%）明显高于G、C%含量（38.2%）,共发现10种单倍型,包括48个多态位点,其中转换位点44个、颠换位点1个、插入位点1个、缺失位点2个。单倍型间平均遗传距离为0.031,单倍型多态性（h）为1.000,核苷酸多态性（π）为2.96%。说明藏羚羊线粒体控制区存在着丰富变异,最后从藏羚羊的生态习性及地理分布两方面对这一结果进行了分析探讨。      

中国部分家养山羊mtDNA D环区遗传多样性与进化

对我国10个家养山羊品种140只个体的mtDNA D-loop区进行测序分析, 测得结果: 整个D-loop区为 1 211~1 213 bp, 共检测到84种单倍型, 171个多态位点。其中核苷酸多样性(Nucleotide diversity, Pi)为: 0.02063 ± 0.00225, 单倍型多样性(Haplotype gene diversity, Hd)为: 0.988 ± 0.003, 平均核苷酸差异数(Average number of nucleotide differences) k为: 24.896。表明我国家养山羊品种遗传多样性丰富。通过构建NJ网络进化树, 得出中国家养山羊主要分为两大支系, 并且其中一支与角骨羊(Capra aegagrus)聚在一起, 而旋角野山羊(Capra fal-coneri)单独聚为一支, 说明角骨羊对中国家养山羊贡献较大。     

中国山羊mtDNA D-loop遗传多样性及其起源研究

采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种（板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊）共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明：山羊mtDNA D-loop全序列长度为1212-1213bp,检测到102个变异位点,约占分析位点总数的8．42％,可变位点中转换占99个,颠换2个,1个转换/颠换共存;界定了92种单倍型,有78种为各品种独享单倍型,另外14种为群体内或群体间共享单倍型。9个山羊品种单倍型多样度为0．9333-1．0000,核苷酸多样度为0．7062％-1．8265％,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据92种mtDNA单倍型构建了中国山羊的NJ分子系统树,聚类表明,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型分为支系A和支系B两大类。支系A包括75种单倍型,代表95个样本,占总数的74．22％;支系B包括17种单倍型,代表33个样本,占总数的25．78％,说明中国山羊存在支系A和支系B两大母系起源。对中国山羊mtDNA D-loop的支系A和支系B进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu的Fs中性检验,分析表明,支系A的分布曲线呈单峰形,Fs值为-24．6491,P值为0．0000,显著偏离中性,表明山羊支系A曾经历群体扩张;支系B呈近似双峰分布,Fs值为-3．3947,P值为0．0980,中性检验差异不显著,表明山羊支系B没有经历群体扩张,群体大小保持相对稳定。山羊支系B可能起源于中国。     

The Genetic Diversity of mtDNA D-loop and the Origin of Chinese Goats

The complete sequences of mitochondrial DNA D-loop of 128 individuals in nine Chinese goat (Capra hircu) breeds were analyzed by DNA sequencing technology. The results show that the length of mtDNA D-loop in Chinese goats is 1 212-1 213 bp. There are 102 polymorphic sites, accounting for 8.42% of 1 212 bp sequence. Ninety-two mtDNA haplotypes were determined. The haplotype diversity and nucleotide diversity are 0.9333-1 .0000 and 0.7062%-1.8265%, respectively. The results indicate that the genetic diversity of Chinese goats is very abundant. The NJ tree indicates that Chinese goats have two types of maternal origins from lineage A and lineage B. The possibility of lineage B originating from China is also discussed.     

小口白甲鱼都柳江种群mtDNA D环的序列变异及遗传多样性

采用PCR结合DNA测序技术,测定分析了易危鱼类小口白甲鱼(Onychostoma lini)都柳江种群36个个体mtDNA D环约470bp序列的变异及遗传多样性。结果表明,在36个个体中,该序列的长度为469～475bp,其碱基组成为A+T的平均含量(68.4%)高于G+C(31.6%)。共检测到25个多态位点,其中转换19个、颠换6个。核苷酸多样性(π)为0.00575,平均核苷酸差异数(K)为2.695。36个个体分属5个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.260,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.026。5个单倍型构建的UPGMA系统树聚为2个分支。目前小口白甲鱼都柳江种群mtDNA D环序列存在着较丰富的变异和遗传多样性。     

中国17个黄牛品种mtDNA变异特征与多态性分析

中国黄牛品种资源丰富,尚有28个地方固有品种.为了进一步深入了解这些宝贵遗传资源,本研究通过mtDNA变异特征与多态性分析揭示这些来自中国不同地域地方黄牛的母系起源与分子系统学特征.在17个品种84个体的mtDNA D-loop全序列中,一共检测到了102个核苷酸替代突变位.由此定义的53个单倍型被类聚为2个明显的单倍群：普通牛和瘤牛.mtDNA D-loop全序列变异的第一个特征是转换发生的频率远高于颠换;第二个特征是缺失与替代突变共存;第三个特征是缺失突变率比较高.所有D-loop全序列的核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.026 78±0.000 50和0.919±0.027.普通牛D-loop单倍型在北方牛种群中占有优势(80%～100%),而瘤牛单倍型在南方牛种群中占有优势(42.9%～100%),2种不同单倍型在中原牛种群中的分布也存在差异.2种不同单倍型在中国不同地域17个黄牛品种中的差异性分布揭示出了瘤牛mtDNA基因在中国黄牛中自南而北、由高到低的流动模式,这种基因流动模式的形成可能是由历史事件、地理隔离以及气候环境差异等造成的.     

海南长臂猿线粒体D-loop区序列分析及种群复壮

海南长臂猿(Nomascus hainanus)是世界上最濒危的灵长类动物之一, 但目前有关海南长臂猿的种群遗传学方面的信息以及种群复壮所面临的困难未见报道。为更好地保护该极危物种, 作者以粪便为研究材料, 首次在分子生物学水平上测定了海南长臂猿1个群体(B群)共6个个体的线粒体D-loop区基因序列。结果显示: 202 bp的D-loop区基因共检测到5个变异位点, 4个单倍型, 单倍型多样性(h)为0.6000, 核苷酸多样性(π)为0.00829, 表明海南长臂猿B群的遗传多样性较低; 与此同时, 海南长臂猿还面临着种群数量过小, 性比失衡, 以及栖息地质量低下等严峻的问题。     

Sequence polymorphism in a novel noncoding region of Pacific oyster mitochondrial DNA

Nucleotide sequence polymorphism in a 641-bp novel major noncoding region of mitochondrial DNA (mtDNA-NC) of the Pacific oyster Crassostrea gigas was analysed for 29 cultured individuals within the Goseong population. A total of 30 variable sites were detected, and the relative frequency of nucleotide alteration was determined to be 4.68. Alterations were mostly single nucleotide substitutions. Transition, transversion, both transition and transversion, and both transversion and nucleotide deletion were observed at 18, 9, 2 and 1 sites, respectively. Among 29 specimens, 22 haplotypes were identified, and pairwise genetic diversity of haplotypes was calculated to be 0.988 from multiple sequence substitutions using the two-parameter model. A phylogenetic tree, obtained for haplotypes by the neighbor-joining method, showed a single cluster of linkages. The cluster comprised 11 haplotypes associating with 14 specimens, while the other 11 haplotypes associating with 15 specimens were scattered. This mtDNA-NC presenting a high nucleotide sequence polymorphism is a potential mtDNA control region. It therefore can serve as a genetic marker for intraspecies phylogenetic analysis of the Pacific oyster and is more useful than the less polymorphic mtDNA coding genes.     

多浪羊mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析

以多浪羊为研究对象,分析绵羊线粒体D-loop区的遗传多样性,为研究多浪羊的起源和进化历史奠定基础。结果显示,多浪羊线粒体DNA D-loop序列长度为945~1 039 bp,A、T、G和C含量分别为29.4%、27.7%、17.7%和25.1%,其中A+T为57.1%,G+C为42.8%。研究获得了26种单倍型,56个多态位点,其中单一多态位点42个,简约信息位点14个。平均核苷酸差异数k为5.289,核苷酸多样度Pi为0.02 415,核苷酸多样度较低,说明多浪羊的遗传多样性贫乏,应采取重点措施予以保护。另外研究发现多浪羊经历过群体扩张,其母系起源除A、B和C世系外,可能存在D或E世系。