一种从RNA Blot杂交膜上脱除探针的改进方法

目的：探讨脱除RNA Blot膜上的杂交探针的方法,解决杂交中RNA Blot膜重复使用的问题。方法：经NBT／BCIP化学显色的RNA Blot杂交膜先用二甲基甲酰胺在60℃处理90min,然后用脱探针溶液(50％去离子甲酰胺、50mmol/L Tris—HCl pH7．5、5％SDS)在80℃处理90min,经过处理的膜再次用于下一轮的杂交。结果：用这一改进的方法,可以完全脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针,RNA Blot膜可以重复杂交5轮以上,杂交带仍然保持清晰锐利。结论：该改进方法操作简便,能有效地脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针。     

一种点杂交膜预处理方法的建立及应用

旨在解决手工点样斑点杂交中样品点密度小、点样体积受限制和点样点不规整等问题,建立了一种新的点杂交膜预处理方法。首先根据预设点样点的大小、排列方式和密度,制作柱状凸起模具;其次将模具固定于杂交膜上,使模具凸起部位与膜紧密接触;再将熔化的石蜡涂布于膜上非模具接触部位,待石蜡凝固后移走模具,获得预处理杂交膜。以荧光染料IRDye800标记的抗体为样品进行直接点样检测,同时提取水稻、小麦和大豆的蛋白进行点杂交实验验证。结果显示,利用上述方法得到非点样部位具有疏水性的预处理NC膜和PVDF膜,其点样点位置、形状和大小固定,点样密度高。不同体积荧光染料标记抗体直接点样得到的荧光图像整齐规范,水稻、小麦和大豆蛋白与水稻看家蛋白抗体Anti-HSP杂交后均能检测到稳定信号。杂交膜经预处理后可最大限度实现点样点位置、大小和形状的统一,并能显著提高上样体积和点样密度。     

向下转膜法在乙肝病毒Southern杂交中的应用

目的评价向下转膜法在乙肝病毒(HBV)Southern杂交中的应用效果。方法用带有1.3倍HBV基因的真核表达载体转染HepG2细胞,使其产生瞬时HBV表达,72小时收集细胞并提取细胞总DNA,琼脂糖凝胶电泳后,以向上和向下两种方式转移在尼龙膜上;用化学发光标记和检测试剂盒将乙肝病毒基因片段标记成探针,再与向上和向下转膜后的尼龙膜进行杂交,判断产生明显HBV杂交条带所需的细胞总DNA量,从而验证向下转膜法在乙肝病毒Southern杂交中的应用效果。结果发现向下转膜后,检测HBV表达所需的细胞总DNA量极少,灵敏度高,0.5μg细胞总DNA电泳后转膜,即可检测出HBVDNA的表达,凝胶中仅有8%的DNA残留;而向上转膜所需的总DNA量大,灵敏度低,25μg的细胞总DNA电泳后转膜,仅能检测出弱的条带。结论向下转膜法是一种较好的转膜方式,适于对乙肝病毒的Southern杂交,值得推广应用。     

用反向斑点杂交方法检测猪常见致病菌

目的:建立检测猪常见致病菌的反向斑点杂交方法。方法:将23S rRNA基因芯片用的针对12种细菌的25～30 mer探针加长到30～38 mer,2对通用引物序列不变。用地高辛标记下游引物,以尼龙膜为载体制备膜芯片,检验探针/膜杂交的特异性和敏感性;另外设计1条大肠杆菌K88基因探针、一段带K88探针的报告基因和1对报告基因的反向PCR引物,在PCR体系中增加封口的K88报告基因和反向引物对,被检样品扩增后进行膜杂交。结果:修改的13条探针与参考目标菌株在膜上成特异性杂交,对52个参考菌株和野外分离株的检测准确率为92%;膜杂交的敏感性与玻片芯片接近,最小检出量为100 fg DNA;在尼龙膜上增加K88探针,与3重PCR产物杂交,可以检测到大肠杆菌K88毒力基因。结论:建立的反向斑点杂交方法简便快速,检测成本低,可用于仪器设备不足的实验室,同时可以加入检测如大肠杆菌K88等致病基因,提高基于保守基因的芯片的诊断能力。     

应用化学发光法检测核酸杂交

固定在膜上核苷酸序列已有许多不同的非放射性检测方法。最普通的方法是在杂交探针上附加一种酶。将这种酶在杂交前与探针共价连接,或者在杂交后与探针结合。然后将膜与信号显示底物一起保温处理就可看见杂交的目的顺序位置。最常用的底物系统是色原性的,色原性系统在酶的作用下在膜上沉淀出不溶性染料。通过最佳的色原性系统可在膜上检测出约2×10~(-6)mol的酶(表Ⅰ)。从理论上讲,底物所能检出的酶的摩尔数越低,能检测目的DNA或RNA的量就越小。     

优化菌落原位杂交体系筛选野生稻基因组文库

菌落原位杂交仍是当今筛选基因组文库的重要方法之一,但难以保持背景清晰和阳性杂交点明显的稳定的杂交体系.通过对杂交膜不同处理方法的对比,表明利用溶菌酶处理杂交体系进行菌落原位杂交筛选,其杂交结果背景较干净,且能根据杂交信号的强弱很清晰地显色阳性黑点.采用该法筛选野生稻基因组文库,已筛选出22个阳性克隆,并测序分析均为阳性克隆.     

克隆化反向杂交探针的制备

反向斑点杂交是将寡核苷酸探针固定在膜上,用标记的靶序列与固定在膜上的探针进行杂交．与正向杂交相比,它通过一次杂交即可确定多种基因型,是一种快速筛查DNA点突变的诊断方法.我们选择β－地中海贫血基因-28 (A→ G), CD17 (A→T) and CD41～42 (-TTCT) 三种点突变为模型采用PCR扩增产生串联多拷贝序列探针并将其克隆化．将克隆化探针固定于尼龙膜上,与同位素标记的β－珠蛋白基因PCR片段进行杂交,检测β－地贫患者的基因型．     

两种PCR方法对检测A组轮状病毒膜芯片杂交结果的影响

A组轮状病毒(rotavirus,RV)是导致拿世界婴幼儿腹泻的最主要病原,危害巨大。拟用RT-巢式PCR技术对A组RV的保守序列进行高度扩增,通过固本室内制的膜芯片杂交,实现对该病毒的检测。分别采用对称PCR和不对称PCR扩增,均可得到扩增的目的片段．对称式扩增产物杂交结果不理想。而不对称式扩增得到了大量待检单链产物,同膜芯片杂交获得了理想的杂交结果。显著地提高了对A组RV杂交检测的灵敏度。表明不对称式PCR扩增是一种制备用于芯片杂交大量单链产物的理想方法,尤其是针对富含AT的核酸检测区域。     

应用膜反向斑点杂交技术快速检测结核分支杆菌耐乙胺丁醇基因型的研究

应用膜反向斑点杂交技术快速检测结核分支杆菌对乙胺丁醇（EMB）耐药性。设计与合成用于检测结核分支杆菌耐EMB基因embB的寡核苷酸探针,点于硝酸纤维素膜上,与结核分支杆菌临床分离株生物素标记的聚合酶链反应（PCR）产物进行反向斑点杂交,并与PCR单链构象多态性（PCRSSCP）和PCR直接测序（PCRDS）结果比较。对81株结核分支杆菌临床分离株进行分析,31株EMB敏感株中,26株embB基因的SSCP图谱、膜反向斑点杂交结果与标准株(H37Rv)完全相同;其余5株SSCP图谱出现泳动变位,其中3株E1b杂交阳性,PCRDS分析为embB基因306位密码子ATG→GTG突变;2株E1d杂交阳性,PCRDS分析为embB基因306位密码子ATG→ATA突变。50株耐EMB菌株中,24株PCRSSCP 图谱与标准菌株相同,E1杂交阳性;26株PCRSSCP图谱出现泳动变位,其中18株E1b杂交阳性,2株E1c杂交阳性,5株E1d杂交阳性,1株E1e杂交阳性,未发现E1f杂交阳性,与PCRSSCP、PCRDS分析结果一致。突变检出率为52%。 膜反向斑点杂交技术可能成为检测部分结核分支杆菌乙胺丁醇耐药基因型简便、快速的方法。     

两种DNA探针杂交检测结核分支杆菌方法的研究

为改进结核杆菌DNA探针的特异性与实用性,研制了以生物素标记的两种对结核分支杆菌特异的DNA探针:一个5’端标记的20bp的寡核苷酸探针和一个采用PCR方法合成的188bp长链探针。两种探针分别与结核分支杆菌的全染色体DNA,以及基因组上IS6110序列的一段317bp的PCR扩增产物进行斑点杂交,以碱性磷酸酶(AP)催化的染色反应检测,测试了两个探针的敏感性和特异性。系统地比较研究了两种探针杂交检测条件:探针的浓度选择,杂交温度与洗膜温度的选择,以及杂交与洗膜温度对检测的敏感性与特异性的影响。寡核苷酸探针和188bp探针杂交检测纯化结核分支杆菌基因组DNA的敏感性分别为100ng与6ng,杂交检测PCR产物的敏感性分别是400pg与50pg。两探针的最佳杂交浓度均为40～160ng/ml,最佳杂交温度分别是42℃与68℃,最佳洗膜温度分别是60℃与60～68℃之间。两种探针均仅与结核分支杆菌及BCG有杂交信号,而与其它受试分支杆菌及非分支杆菌杂交结果都呈阴性。它们的特异性都很强,但188bp探针的敏感性约是寡核苷酸探针的7～16倍,而且188bp探针检测本底较低,是检测结核分支杆菌的较佳选择     

DNA-膜固相核酸分子杂交技术及其应用

我们曾采用液相核酸分子杂交竞争抑制实验,比较了小鼠正常肝和小鼠腹水肝癌的细胞核RNA和细胞质RNA。液相核酸分子杂交技术具有其优点,如DNA-RNA杂交率比较高等,但也存在有不足之处,如变性DNA的自我“退火”,直接影响到DNA-RNA杂交分子的形成等。有鉴于此,我们又采用了Gillespie和Spie-gelman(1965年)的DNA-膜固相核酸分子杂交技术,分析比较了我所建立的二乙基亚硝     

基因导流杂交法于低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒

运用基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒DNA（HBV DNA）。设计特异性引物,对HBV基因组DNA中的编码HBV多聚酶蛋白的一段序列进行PCR扩增;根据被扩增片段,设计保守的特异性探针,并将该探针固定在杂交膜上,制备低密度基因芯片：使用导流杂交法将上述扩增产物和低密度基因芯片进行杂交,根据显色反应判断被检测样本有无HBV DNA。基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上可以方便、快速、准确地检测乙肝病毒。     

膜芯片检测A组轮状病毒的初步研究

建立表面带正电荷的尼龙膜为基片的基因芯片,采用RT-semi-nested PCR方法,对A组轮状病毒RNA实现高度扩增,并通过5'端带地高辛标记的上游引物实现扩增产物的标记.通过同膜芯片上探针的杂交和免疫显色,实现对A组轮状病毒的检测.结果表明,膜芯片对探针的固定效果、杂交吸脱和检测结果可靠,空白对照和阴性对照均为阴性,探针均显示为阳性信号,并且信号强弱与探针浓度关系不大,而主要与探针本身同互补链的结合相关.以上结果说明已经初步建立了快速检测A组轮状病毒的膜基因芯片检测技术.     

基于地高辛标记对小麦进行Southern杂交分析主要影响因素的优化和验证

以转基因小麦和野生型小麦DNA为材料,对利用地高辛标记对小麦基因组DNA进行Southern杂交分析的影响因素进行了优化研究,包括探针制备与纯化、样品DNA量、酶切体系、真空转印条件、杂交条件、免疫检测方法等。结果表明,对随机引物标记的模板和标记后的探针进行纯化可明显提高探针的标记效率,10μg高质量的DNA样品在80μl的体系中,酶切8～12h可获得良好的效果;真空转膜时使用碱性液比中性液获得的转膜效果更干净;试剂纯度、杂交温度及杂交炉转速等均对杂交效果产生重要影响;配合改进的CSPD涂布方法,使用化学发光检测系统比单纯使用X光片显像更易操作,背景更干净;本研究所优化的地高辛标记的小麦Southern杂交分析显示出较高的灵敏度和信噪比,结果稳定,可克服同位素标记对实验条件、设备及实验人员身体状况等限制,在普通实验室推广应用。     

鼻咽癌上皮细胞株HNE1差异表达基因的分离与鉴定

为了分离鼻咽癌差异表达基因 ,应用抑制性扣除杂交技术 ,在正向抑制性扣除杂交中 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为检测子 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为驱赶子 ;在反向抑制性扣除杂交中 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为检测子 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为驱赶子 ,分别通过抑制性扣除杂交 ,构建了鼻咽癌上皮细胞株HNE1表达下调和表达上调的两个扣除cDNA文库 .从鼻咽癌相关的扣除cDNA文库中随机挑取 1 2 0 0个克隆 ,采用菌落PCR扩增其插入cDNA片段 ,自动点膜制备成cDNA微阵列膜 ,分别用鼻咽癌上皮细胞株HNE1、人胚鼻咽上皮mRNA经逆转录标记cDNA探针 ,分别与cDNA微阵列膜杂交 ,通过杂交信号的自动扫描分析 ,对杂交信号存在 5倍差异的克隆进行测序 ,获得了 1 0个鼻咽癌差异表达基因的cDNA片段 ,其中 3个为新基因序列 ,其GenBank登录号为 :AF5 1 0 1 88、AF5 1 0 1 89和AF5 1 0 1 90 ,7个代表已知基因序列 .采用RT PCR证实S1 0 0A8,CK1 9和RBP1基因在人胚鼻咽上皮中高表达而在鼻咽癌细胞株HNE1中低表达 .这些结果显示上述基因可能是鼻咽癌发生的重要因素     

生物膜能量偶联ATP酶的比较研究——Ⅱ.鼠肝线粒体ATP酶(F_1)与人原发性肝癌线粒体内膜的杂交重组及其对肝癌发生的遗传控制的初步分析

1974到1975年,我们用人原发性肝癌细胞的线粒体内膜进行ATP酶活力测定,结果证明人肝癌线粒体ATP酶活力极低(0.04～0.1微克分子/分/毫克蛋白)只相当于正常大鼠线粒体的1/10～1/25(0.49～1.07微克分子/分/毫克蛋白)。Walker肉瘤和人肝硬变组织的线粒体与人肝癌的酶活力相近。电镜负染标本观察证明肝癌线粒体内膜大部分失去特征性的直径为90(?)的ATP酶颗粒,表现为光滑膜。ANS萤光探针的发射萤光光谱测定和2,4-二硝基酚的激活试验均证明人肝癌细胞线粒体内膜的ATP酶大量消失是肝癌细胞的特征之一。用提取的大鼠肝线粒体ATP酶(F_1)与人肝癌线粒体内膜进行人工杂交重组,结果证明,重组后的杂交膜的ATP酶活力比人肝癌线粒体内膜高6～11倍;寡霉素敏感性也显著提高。电镜负染标本观察表明杂交膜出现了典型的直径为90(?)的ATP酶的颗粒形态;ANS萤光增强效应测定证明杂交膜的萤光强度比肝癌膜高276%(相对单位);0℃低温处理2小时,ANS萤光强度不变;酶活力在0℃2小时后,仍相当于原来活力的90%。此项试验结果证明杂交重组获得成功。鼠肝线粒体ATP酶与人肝癌线粒体内膜杂交后的特性表现了与天然线粒体内膜的ATP酶的一系列相似的特性。讨论了ATP酶复合体杂交重组试验在探索肝癌发生与细胞中两个遗传系统控制的可能关系问题。     

非放射性反相杂交法在HLA—DQA1位点基因分型中的应用

将遴选的经适当接尾的１２个ＨＬＡ－ＤＱＡ１序列特异性寡核苷酸固定在一张滤膜上,用生物素标记的ＤＱＡ１特异性扩增产物与滤膜上的序列特异性寡核苷酸在四甲基氯化铵杂交体系中杂交,然后经洗膜封膜,杂交信号用非放射性的碱性磷酸酶显色法检测,根据杂交斑点的显示结果分析标本的基因型。     

从植物共生菌宏基因组文库筛选新的生物催化酶基因

【目的】通过建立宏基因组文库的高通量保存与基于探针洗脱的多次膜杂交筛选方法,从植物共生菌宏基因组文库筛选具有生物催化潜力的新酶基因。【方法】首先根据滴度将初始文库噬菌体包装颗粒感染到EPI300-T1R E.coli,过夜培养后对应保存于96孔板;提取粘粒进行文库的杂交筛选。【结果】描述的洗脱条件可完全去除尼龙膜上与靶DNA结合的探针,并且尼龙膜上的靶DNA至少可用于7次探针杂交,从而明显提高宏基因组文库的筛选效率。【结论】以Enoate reductase(ER)和短链脱氢酶(SDR)的同源基因片段为探针,运用该方法经两轮筛选获得候选单克隆并进行了部分粘粒的测序,发现了新的ER和SDR同源基因,并克隆到相应的全长基因序列用于后续的表达与酶化学研究。     

多等位基因PCR-SSO反相杂交法及其在HLA-DR_4亚型结构分析中的应用

本文介绍一种适合于多等位基因定型和结构分析的反相顺序特异性寡核苷酸探针杂交方法。将化学合成的多种探针分别经脱氧核苷末端转移酶(TdT)催化,于3′端加上100个以上碱基的Poly(dT)尾,然后将各探针分别以斑点固定于同一张尼龙膜上。用PCR法对该基因位点进行扩增,扩增的同时加入α-~(32)P-dCTP以直接参入放射标记,然后将PCR产物与膜固定探针杂交,以四甲基氯化铵根据探针长度统一洗涤温度。该方法克服了以往对同一份样品进行多个等位基因检测时需要进行多次探针标记和杂交的缺点。我们用该方法对中国人群MHC-Ⅱ类DR4多等位基因进行了研究。     

黑色素瘤相关抗原家族新基因restin的组织表达谱

Restin是从维甲酸诱导肿瘤分化细胞中克隆的一种黑色素瘤相关抗原家族(MAGE)的新成员.对该基因在不同组织、不同细胞系的表达水平进行研究,将有利于揭示其生物学功能.使用α3-2P-dCTP标记人restin编码区基因作为探针,针对12种不同成人组织mRNA的Multiple TissueNorthern(MTN)膜和含76种成人、胎儿及常用细胞系mRNA的Multiple Tissue Expression(MTE)Array膜进行杂交分析,同时利用地高辛标记探针对11种常见肿瘤组织进行原位杂交检测.结果显示,MTN膜杂交中,12种组织显示均一杂交条带,约1.8 kb,提示该基因可能不存在剪接变异体;MTE膜杂交中,正常组织中均有不同程度的表达,但在肿瘤细胞系中均低表达或者不表达;原位杂交的结果显示,在8种恶性肿瘤组织中均不表达,而在3种良性肿瘤组织中呈现较低的表达.结果提示,该基因在正常组织中的表达明显高于肿瘤组织和肿瘤细胞系,完全不同于其它MAGE-A、B、C的组织表达方式.结合该基因在维甲酸诱导分化的肿瘤细胞中高表达,推测restin可能与正常细胞的分化、增殖有关.