基于珙桐SNP位点的dCAPS标记开发

本研究收集了珙桐、喜树等19份植物材料,运用分子生物学和生物信息学手段比对分析了rpoB,rpoC,matK等8个基因碱基序列上的单核苷酸多态性(SNP)位点,在atpF-atpH基因上找到了合适的SNP位点并设计了dCAPS引物,经PCR扩增和酶切验证后,将SNP转化为衍生型酶切扩增多态性序列(dCAPS)标记,可促进SNP标记在珙桐的遗传图谱构建、基因定位、种质资源鉴定、遗传多样性研究等领域的应用。     

PRPS2基因启动子区的单核苷酸多态性(英文)

人类基因组变异主要以单核苷酸多态性 (SNPs)为主 .采用多荧光标记的PCR单链构象多态性分析法 (MF PCR SSCP)对磷酰核糖焦磷酸合成酶亚基Ⅱ (PRPS2 )基因启动子区的序列进行了SNP的筛选 ,对筛选到的阳性片段进行序列分析以确定SNP的类型及位置 .在 1 5kb的启动子区发现了 2个SNP (- 10 79t c ,- 1110a g) .研究结果为PRPS2基因SNPs的数据库提供了新的信息 .     

新疆4个绵羊品种内皮型一氧化氮合酶基因第8外显子的PCR-SSCP鉴定

目的:对新疆4个绵羊品种内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因第8外显子的多态性进行鉴定。方法:利用PCR-SSCP和测序的方法对76只中国美利奴羊、51只无角陶赛特羊、57只萨福克羊、37只哈萨克羊共4个绵羊品种进行单核苷酸多态性(SNP)检测,并用生物信息学方法对检测出的SNP进行统计分析。结果:在中国美利奴羊、无角陶赛特羊、萨福克羊、哈萨克羊中共检测到AA、AB、BB等3种基因型,AA基因型的频率分别为0.0526、0.0980、0.1754和0.2973,BB基因型的频率分别为0.6316、0.1961、0.5614和0.1892,AB基因型的频率分别为0.3158、0.7059、0.2632和0.5135。通过测序,在eNOS基因第8外显子上发现了一个新的SNP位点(ss974768653),位于绵羊eNOS基因第8外显子142 bp处(A142G)。结论:中国美利奴羊和哈萨克羊的多态性位点(P0.05)处于Hardy-Weinberg平衡状态,萨福克和无角陶赛特羊的多态性位点(P0.05)不处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

本土绵羊品种GH与IGF-1基因多态性分析

生长性状是绵羊育种中关注的重要性状.GH和IGF-1基因已被证明是影响动物生长发育的重要候选基因.因此,了解中国本土绵羊GH和IGF-1基因的遗传多样性,将为提高本土绵羊的生产效率、制定遗传育种和品种改良措施奠定基础.本研究以本土绵羊品种呼伦贝尔羊、藏羊、湖羊、阿勒泰羊、小尾寒羊和滩羊为主要研究对象,以澳白羊为参考,通过Sanger测序检测了340只绵羊GH和IGF-1外显子单核苷酸多态性.研究发现,GH和IGF-1基因外显子区分别检测到11个和3个SNPs,呈品种特异性分布,在群体中处于低度至中度多态.连锁不平衡分析发现,GH基因的SNP1、SNP3、SNP6、SNP7和SNP8呈强连锁不平衡,构建的7种单倍型中,CGACAG是优势单倍型(52.6％),而IGF-1基因的3个SNPs之间连锁关系很弱.生物信息学分析发现,检测到的14个SNPs中GH的SNP2、SNP4、SNP8和IGF-1的SNP1、SNP3为新发现的多态位点,其中SNP4和SNP9为错义突变,可能会导致编码蛋白质二级结构与三级结构发生改变.研究结果表明,与其他本土品种和澳白羊相比,湖羊的GH和IGF-1基因具有较为丰富的遗传变异.已有研究证实GH的SNP6和SNP9以及IGF-1的SNP2不同基因型与绵羊的生长和胴体性状相关联,且在本土品种中均有多态,推测GH基因的SNP6、SNP9和IGF-1基因的SNP2可作为本土绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选SNPs.     

微测序技术分析人类单核苷酸多态性

单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism)是指染色体基因组水平上单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性 ,即一种二等位基因标记。目前推断在基因组中至少有 30万个SNP[1 ] 。随着分子遗传学的发展 ,疾病研究从对单基因疾病的研究转向探讨多基因疾病 (如心血管疾病、神经系统疾病、各种肿瘤等 )的相关因素。因此 ,需要在人类基因组中找到一种数目众多、分布广泛且相对稳定的遗传标记 ,单核苷酸多态性正代表了这样一种标记。因此SNPs已成为继第一代限制性片段多态性标记 ,第二代微卫星多态性标记后具有重要研究价值的第三代基因遗传…     

小鼠SNP与Car2、Gpi1基因多态性的关联性

目的研究单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与小鼠生化标记基因Car2、Gpi1多态性间的关联性。方法从DNA、cDNA和蛋白多肽3个方面分析研究Car2与Gpi1基因的多态性。结果 Car2基因DNA和cDNA中有3个SNP与Car2a/b多态性相关,分别为外显子2中的C(T)、G(C)和外显子7中的A(G);蛋白多肽中发现第38位Gln/His与Car2a/b多态性相关,对应于外显子2中的G(C)。Gpi1基因DNA中没有发现与Gpi1a/b多态性相关的SNP;cDNA水平有2个SNP与Gpi1a/b多态性相关,分别为外显子9中的T(C)和18中的A(G);蛋白多肽中发现第247位Phe/Leu与Gpi1a/b多态性相关,对应于外显子9中的T(C)。结论 Gln/His(38)、Phe/Leu(247)间的转换可能分别是近交系小鼠形成Car2a/b,Gpi1a/b多态性的原因。     

大规模单核苷酸多态性分析与肿瘤易感性

单核苷酸多态性(SNPs)是人类基因组中最常见的变异形式。作为第三代遗传标记,SNP在基因定位、克隆、遗传多态性方面具有广泛应用,特别是作为基因诊断标记在预防医学中具有十分重要的作用。近年来,随着人类基因组计划的发展,数以百万计的SNP被陆续发现,并可在公共数据库中免费获得。SNP数量的快速增加和SNP检测方法的发展,为其在肿瘤易感性领城的应用提供了可能。在本综述中,我们介绍了几种高通量检测SNP的分析方法,总结了大规模SNP分析技术在肿瘤易感性中的应用,介绍了目前人们对于不同人群中的SNP分析、肿瘤易感基因、个体肿瘤易感性的理解,以及研究SNP标记与肿瘤易感性关系时存在的难点。     

SNP与Hbb基因多态性的关联性

目的从单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）水平探索小鼠生化标记基因Hbb多态性的形成机理。方法从DNA、RNA和蛋白多肽3个方面分析研究Hbb基因的多态性。结果基因组DNA中有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别为外显子1中的2个T（G）,外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）;RNA水平有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别对应为外显子1中的2个T（G）,外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）;蛋白多肽水平第13、20和139位氨基酸残基,即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换与Hbb/s多态性相关,分别对应于外显子1中的2个T（G）和外显子3中的A（G）。结论第13、20和139位氨基酸残基,即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换可能是Hbbd/s多态性的形成原因。     

肝脂酶基因多态性与冠心病的关系

肝脂酶 (hepaticlipase,HL)对血浆脂蛋白的代谢起重要作用 ,它影响着血浆中高密度脂蛋白 (HDL)的水平以及低密度脂蛋白 (LDL)的种类 ,因此肝脂酶的活性与冠心病的发生具有相关性。肝脂酶基因的单核苷酸多态性 (SNP)与酶的活性相关 ,并影响血浆脂蛋白水平以及冠心病的发生。为研究肝脂酶基因的单核苷酸多态性与中国汉族冠心病的相关性 ,采用聚合酶链反应、变性高效液相色谱及DNA测序等技术对 10 2例经冠状动脉造影确诊的冠心病患者和 84例正常对照的肝脂酶基因 (包括启动子区以及所有外显子 )的SNP进行了研究 ,结果在肝脂酶基因启动子区发现了一未见文献报道的多态位点 ,即- 2T→C转换。经检验 ,对照组和病例组基因型频率的分布符合Hardy Weinberg平衡。冠心病患者组中 - 2C等位基因的携带者 (基因型为TC或CC)显著高于对照组 (5 7.9%versus 4 2 .7% ,χ2 =4 .181,df=2 ,P =0 .0 4 1) ,且冠心病组中 - 2C等位基因的频率显著高于对照组 (χ2 =3.988,df =1,P =0 .0 4 6 ,OR =1.5 8,95 %CI =1.0 1～ 2 .4 7) ;在冠心病组中进一步发现 -2C等位基因与高密度脂蛋白胆固醇水平升高相关 (P <0 .0 5 )。这提示肝脂酶基因的 - 2T→C多态性可能与血浆高密度脂蛋白胆固醇的水平以及冠心病的发生具有相关性。     

人群变异的分子基础:从单核苷酸多态性到单氨基酸多态性

单核苷酸多态性可以划分为位于基因编码区的SNP和非编码区的SNP两大种类;而在基因编码区的SNP还可以进一步划分为两个亚类:不改变氨基酸序列的同义SNP和改变氨基酸序列的非同义SNP.显然,非同义SNP将导致氨基酸序列的改变,即形成单氨基酸多态性.基于蛋白质组学方法,对亚洲人群血浆样本中的SAP进行了系统研究,发现某一特定SAP在纯合人群和杂合人群中可能与生理或病理性状有着不同的关联.更为重要的是,近期有研究发现,在生物体中广泛存在着RNA序列与DNA序列不一致的现象.导致这种差异的主要原因是在转录水平上存在着规模化的RNA编辑(被称为RNA编辑组,RNA editome).该发现表明,个体拥有的SAP中可能有一部分与基因组SNP无关,而是源于RNA编辑组.进一步推论,可能在翻译水平上存在着不依赖DNA和RNA序列的全新的SAP.     

与苹果Co基因紧密连锁的RAPD标记的筛选及其SCAR标记转换

以短枝富士(Spur Fuji)X舞姿(Telamon)的105株F1群体为试材,利用RAPD技术,结合集群分类分析法(BSA)进行了苹果柱型基因(Co)分子标记的研究。通过对300条随机引物的筛选,获得一个与Co基因紧密连锁的RAPD标记S1142682,连锁距离为2．86cM。对该标记片段进行序列测定,然后根据序列特点设计了4条特异引物(其中正向引物与反向引物各两条)。PCR结果显示,这4条引物的4种组合都可以扩增出柱型性状的特征带。选其中之一进行群体上的分析,结果表明该SCAR标记特征带与柱型性状的共分离行为与原RAPD标记表现一致。可见,此组合的引物可以作为该SCAR标记的特异引物。通过对S1142682标记片段序列分析发现,在 45～ 251区域含有一个可编码68个氨基酸残基的ORF。     

RSAP分子标记技术在园艺植物研究中的应用

限制性位点扩增多态性(RSAP)是一种基于PCR的新型植物分子标记技术,具有操作简便、结果稳定、效率较高的特点。该技术以植物基因组上广泛分布的限制性位点位为靶标,通过独特的引物设计和PCR扩增程序,无需限制性酶切环节,只要一个简单的PCR,即可产生基于植物限制性位点的多态性标记。阐述了RSAP的原理与流程,对该技术的优势和应用情况做了总结,并对其前景进行了展望。     

卡瓦胡椒SCAR标记的研究

目的：采用6份卡瓦胡椒材料、21份栽培胡椒和野生胡椒材料、1份不同属的草胡椒材料共计28份试验材料,开发1对特异SCAR引物。方法：在对它们进行了RAPD研究的基础上,通过克隆、测序和引物设计进行了SCAR分子标记研究。结果：本研究开发了1对特异SCAR引物P10．1和P10．2,用这对特异引物对本次试验的28份材料进行PCR扩增,结果显示,6份卡瓦胡椒材料扩增出了三条带,三条带离的较近,中间一条为预期494bp特异片段。其它胡椒属材料均扩增出一条494bp的特异带,而不同属的草胡椒无任何扩增。结论：这说明引物P10．1和P10．2适用于卡瓦胡椒的分子鉴定(三条带),也可用于胡椒属植物的分子鉴定(一条带),这对卡瓦胡椒种质资源的真伪鉴定及胡椒属植物的分子分类有一定帮助。     

华仁杏EST-SSR标记引物设计与开发

随着生物科技的进步,ESTs（表达序列标签）已经成为开发SSR（简单重复序列）标记的重要资源。本文利用NCBI公共数据库下载蔷薇科EST序列22 458条,使用SSRHunter1.3软件进行了SSR搜索,从中获得22 527条SSR,应用Primer5.0软件设计并经由Oligo7.0软件检测,共得到61对EST-SSR引物。利用这些引物对8个华仁杏品种进行了PCR扩增及检测,得到10对能产生清晰多态性条带的EST-SSR标记,标明了10对引物的序列,为进一步开展华仁杏SSR分子标记辅助育种研究奠定了基础。     

猪肌肉生长抑制素基因侧翼区新微卫星标记的鉴定及分析

提取包含猪肌肉生长抑制素基因的BAC克隆,以EcoRⅠ进行酶切并回收其中大于4kh的酶切产物,连接到pGEM-3zf( )载体后得到了亚克隆。测序分析表明,插入片段不属于猪肌肉生长抑制素基因的一部分,但其中包含13拷贝的(TG)n重复。以该重复序列的侧翼设计引物对猪的基因组进行分析,得到了PCR扩增产物。对一个“双肌臀”大白猪家系进行PCR扩增及非变性聚丙烯酰胺凝胶分析的结果表明,该位点以并显性方式遗传,是一个新的微卫星标记。对莱芜猪、长白猪、大白猪、杜洛克、皮特兰、民猪和二花脸7个品种的381个无关个体的检测均显示该基因座只有两个等位基因,重复数分别为13和19,是一种多态性较低的微卫星标记。与包含该基因的序列(AY208121)比对分析表明,该微卫星属于肌肉生长抑制素基因(MSTN)侧翼区的一个分子标记,在猪肉用性状QTL的精细定位和MSTN功能分析中将发挥重要作用。     

Construction of a Homologous Selectable Marker Gene for Lentinula edodes Transformation

We cloned a gene for the iron sulfur protein (Ip) subunit from an edible mushroom, Lentinula edodes, and introduced a point mutation that confers carboxin resistance into it. The mutant gene successfully transformed L. edodes with high efficiency (9 transformants/2.5 μg vector DNA). Restriction enzyme-mediated integration (REMI) increased the transformation efficiency by about two-fold.     

分子标记技术在玉米品种分析中的初步应用

以玉米沈丹16、沈丹2100的可见叶片为材料,采用CTAB-Ⅱ方法提取玉米基因组DNA,然后应用RAPD分子标记技术对基因组DNA进行多态性扩增。结果是：从RAPD反应所用的40个随机引物中筛选出11个适宜引物,共扩增出63条谱带,其中14条为差异性谱带,其余引物没有扩增出谱带,被淘汰;此次实验的RAPD反应系统虽然较成功,但不是最佳的,今后要进一步优化。     

分子标记辅助聚合两个棉纤维高强主效QTLs的选择效果

利用长江流域推广品种泗棉3号和优异纤维种质系7235为育种亲本,配置了系统育种和修饰回交聚合育种两套群体。基于来自7235的2个高强纤维主效QTL的分子标记,在上述育种群体中进行了分子标记辅助选择效率研究。高强纤维主效QTLfs1是利用(7235×TM1)F2分离群体,通过集团混合分离法检测到的,它可解释纤维强度表型变异的30%以上。高强纤维主效QTLfs2最初是利用(HS42710×TM1)F2分离群体检测到的,它可解释纤维强度表型变异的12.5%以上。进一步的研究表明,该QTL也位于7235优质系中,但与QTLfs1非等位。2套育种分离群体的2个高强纤维主效QTL的分子标记辅助选择效果表明:QTLfs1在不同环境条件下均稳定表达,它对不同遗传背景的育种群体均有显著的选择效果。尽管QTLfs2的选择效果低于QTLfs1,它在高世代育种群体中也表现较高的选择效率。利用分子标记辅助选择具有一定遗传距离的QTLfs1区间,其纤维强度的选择效率将大大增强。通过分子标记对位于不同连锁群上的2个QTL聚合选择,其中选单株的纤维强度显著提高。研究结果为利用分子标记辅助聚合优质QTL提供了成功实例。     

膜蛋白Presenilin 1的跨膜结构及催化机制

膜蛋白presenilin 1(PS1)是γ分泌酶的催化组分,是催化产生β淀粉样蛋白（β-amyloid,Aβ）的关键蛋白酶,因此也是治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease,AD）的主要靶点.PS1属于膜内裂解蛋白酶家族,这是一类在膜脂双层内部催化肽键水解断裂的蛋白酶.PS1其独特的跨膜结构和催化机制虽然还未完全揭示,但近期相关的研究取得了重要成果：PS1有10个疏水区,跨膜9次,其N端位于胞内,C端位于胞膜外或者内质网腔内,亦或不同程度地插入膜内,2个起催化作用的天冬氨酸残基都位于疏水性的膜内,膜蛋白底物被催化水解时必须先结合到酶的疏水表面上来,然后再进入位于活性部位.虽然PS1的晶体从未获得,但2006年首次解析的膜内裂解蛋白酶GlpG的晶体结构和所提出的催化机理为PS1催化机理的揭示奠定了基础,也为设计和筛选PS1/γ分泌酶的特异性抑制剂提供了理论依据.     

拉米夫定联合胸腺肽A1 治疗慢性乙型肝炎的疗效观察

目的:探讨拉米夫定(LAM)联合胸腺肽α1(Tα1)治疗慢性乙型肝炎的长期疗效和安全性。方法:72例慢性乙肝患者(HBV-DNA和HBeAg均阳性),按1:1随机分配进入联合治疗组(LAM+Tα1组)和单用拉米夫定组(LAM组)。结果:治疗1年时LAM+Tα1组HBeAg血清转换率(44.4%,16/36例)明显高于LAM组(5.6%,2/36例),P<0.01。停药1年后,持续的HBeAg血清转换率分别为36.1%(13/36例)和8.3%(3/36例),P<0.01。治疗过程中及停药后,两组HBV-DNA水平均明显下降,但两组的HBV-DNA转阴率相仿。治疗后1年ALT复常率联合治疗组与拉米夫定组相似,分别为75%(27/36例)和66.7%(24/36例)、随访1年时ALT复常率联合治疗组明显高于拉米夫定组,分别为58.3%(21/36例)和16.7%(6/36例)。在治疗过程中,未发现严重的不良反应。结论:LAM联合Tα1治疗慢性乙肝,不良反应少,疗效优于单一LAM用药组。