三疣梭子蟹增养殖过程对野生种群的遗传影响——以海州湾为例

为探明三疣梭子蟹人工增殖与养殖活动对野生资源的遗传影响,本文利用20对SSR引物对海州湾三疣梭子蟹野生群体与两个养殖群体进行群体遗传结构和遗传分化研究。结果表明,野生种群遗传多样性明显高于养殖群体,其群体杂合度Ho为0.8509,而两个养殖群体的杂合度Ho分别为0.4525和0.5283。海州湾野生三疣梭子蟹的 Ne、Ho、He、PIC均显著高于两个养殖群体（P<0.05）但两养殖群体的 Ne、Ho、He、PIC均无显著差异（P>0.05）。以上结果说明海州湾天然三疣梭子蟹群体的遗传多样性显著高于养殖群体。三群体间遗传分化处于中度水平（Fst,0.1085~0.1448）,基因流Nm处于1.5-2.0间,野生群体与养殖群体的遗传分化比养殖群体内部之间大,基因流也较养殖群体内部之间要小,表明野生群体与养殖群体存在一定的分化,基因流处于中等程度。因此,当前海州湾天然三疣梭子蟹遗传状况良好,养殖活动和人工增殖放流对天然资源的遗传影响还很有限,这可能与海州湾人工养殖三疣梭子蟹时间较短、人工放流的规模较小、时间较短有关。     

新疆产药用植物黑果枸杞遗传多样性的ISSR分析

黑果枸杞（Lycium ruthenicum）隶属于茄科枸杞属,为重要的药用植物,主要分布于中国的西北部。目前该种野生”资源逐渐减少,开展对其居群遗传学研究有利于黑果枸杞野生种质资源的保护和可持续利用。采用ISSR分子标记对新疆南部黑果枸杞6个自然居群及甘肃2个自然居群共115个样品进行了DNA多态性分析。从60个随机引物中筛选出7个有效引物,共产生64条DNA片段,其中50条为多态性条带,多态位点百分率（PPL）为78．1％。相比较而言,黑果枸杞在物种水平上具有较高的遗传多样性,Nei基因多样性（H）和Shannon多样性指数（Ⅰ）分别为0．29和0．43。对黑果枸杞8个居群的AMOVA分析结果表明,其遗传变异主要存在于居群内（77．0％）,而居群间的遗传分化较小（23％,Fsr=0．23）。黑果枸杞各居群间的遗传距离在0．0570—0．1913之间变化。居群间的聚类及Mantel检验（r=0．3602,P=0．910）均表明新疆黑果枸杞居群地理距离与遗传距离之间的相关性不明显;黑果枸杞个体间UPGMA聚类结果表明,同一居群的个体不能完全聚在一起,来自新疆和甘肃两区域的黑果枸杞材料也不能完全分开。探讨了可能造成上述居群遗传结构模式的主要因素,同时提出了今后对新疆南部黑果枸杞保护工作中需进一步解决的问题。     

基于转录组测序信息的水生植物蕃菜SSR标记开发

利用软件MISA对水生植物蓄菜转录组测序所获得的79536条EST序列进行分析,共检测出12319个EST—SSR位点。在蓄菜的EST—SSR中,二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型,分别占总SSR的57．31％和30．87％,其中AG／CT、AAG／C1_r分别是二、三重复单元类型的优势重复基元,分别占总SSR的29．76％和8．66％。随机挑选了130对EST-SSR引物对蓄菜两个居群进行遗传多样性检测,结果发现：78对引物能扩增出清晰可分辨的条带,其中37对能成功检测出多态性,引物多态率为47．44％。这些多态性引物共检测出114个等位基因,每个位点2—6个,平均3．08个。观测杂合度（心）及预期杂合度（He）分别在0．229～1．000和0．351-0．756之间,多态信息含量PIC值在0．286～O．698之间,平均达0．495。以上研究结果表明,通过萏菜转录组测序产生的EsT数据来开发SSR标记是一种简单而高效的途径,这些新的SSR分子标记为研究苔菜的居群遗传多样性及其遗传结构提供了工具。     

茄子耐盐种质资源遗传多样性的SRAP和ISSR分析

利用SRAP和ISSR分子标记,研究了14份耐盐茄子种质资源的遗传多样性,结果表明,2种标记均能揭示材料间较高的遗传多样性,其中ISSR标记多态性略高于SRAP标记。在SRAP分析中,每对引物组合可扩增出8-15条DNA片段,平均为12．12条：26对SRAP引物组合共扩增出315条DNA片段,其中263条具有多态性,多态性比率为83．49％;材料间遗传相似系数变化范围为0．212～0．923,平均值为0．755。在ISSR分析中,每个引物可获得5～16条DNA片段,平均为10．87条;15个ISSR引物共扩增出163条DNA片段,其中141条具有多态性,多态性比率为86．50％;材料间遗传相似系数变幅为0．333-0．957,平均值为0．736。聚类分析表明,2种标记都能将供试材料完全区分开来,聚类结果具有一定的相似性,但也存在明显差异。Mantel相关分析表明,SRAP分析与ISSR分析的相关性达到极显著性水平（r=0．904,P〈0．01）。     

居群遗传结构研究中显性标记数据方法初探

为对比显性标记应用于居群遗传结构研究时不同统计参数的适用性,利用RAPD技术对中国5个居群的100个疣粒野生稻个体进行了遗传结构分析。在衡量居群遗传多样性水平时,多态位点比率（PPB）会低估遗传变异的量,其价值不如Shannon多样性指数和Nei基因多样性指数,而采用Nei指数时不必进行Lynch-Milligan矫正。对个体间遗传关系进行分析时,17种遗传相似性指数矩阵两两之间的Mantel检测都表现出极显著的相关性（r＞0.95,t＞t     

全国7省本地早橘基因组间相关性的AFLP分析

采用AFLP分子标记对全国７省的12份本地早橘资源进行遗传多样性分析。使用了28对选择性引物组合,共扩增出882个遗传位点,其中192条（21.8％）为多态性位点;以黄岩本地早橘为对照,各地的本地早橘的多态性位点数不多（3.5%～10.54%）,且来源于浙江省外的本地早橘样品的AFLP多态性位点数要多于浙江省内的,说明区域生态差异对遗传多样性有着一定的影响。对12个样品进行聚类分析结果表明,样品间的遗传距离最大为0.229,说明差异不大,引种后的变异率不高。这些结果有助于揭示其遗传变异与生态条件的关系,对柑橘品种的遗传改良提供参考意见。      

树鼩微卫星DNA的多态性研究

目的探索并建立一种检测树鼩群体遗传多样性的方法。方法利用聚合酶链反应（PCR）扩增技术对30只树鼩个体的11个微卫星位点进行了遗传检测。结果所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA位点多态性较差。结论所研究的树鼩微卫星位点中,有9个符合遗传标记特点,可用于检测树鼩群体的遗传多样性。     

二色胡枝子种子储藏蛋白多样性研究

采用SD-PAGE方法对二色胡枝子14个居群147个个体单粒种子盐溶蛋白进行了电泳检测,共检测到28个蛋白单体,其中多态性单体23个,多态百分率为82．14％,各居群内多态百分率平均为33％。各居群间的遗传分化系数（Gst）为0．4669。居群间基因流（Nm）为0．5709。种群内的基因多样性占总群体的53．3％,表明二色胡枝子种群具有丰富的遗传多样性,居群内变异是二色胡枝子遗传多样性的主要来源。聚类分析结果将14个二色胡枝子居群分为3类,居群间地理距离和遗传距离相关性不显著。     

金花茶遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记对金花茶的4个自然分布居群的126份样品的遗传多样性水平进行了研究。用12条引物,共检测到105个清晰的扩增位点,其中多态性位点79个,多态位点百分率(PPB)为75．24％。采用POPGENE软件进行分析,结果表明：居群总的Nei’s基因多样性指数为0．2302,Shannon信息多态性指数为0．3502,金花茶总的遗传多样性水平较高。但金花茶居群内的遗传多样性相对较低。基因分化系数为0．5752,遗传变异主要存在于居群间。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果4个居群的样品各自聚在一起,而金花茶两间断分布区区内的居群又各自聚在一起。金花茶4个居群间的遗传距离与地理距离呈显著的正相关(r=0．68261,P=1．0000)。     

我国部分金莲花种质资源遗传多样性的RAPD研究

用RAPD标记对来自不同产地的24份金莲花种质从分子水平开展遗传多样性研究,为综舍评价我国金莲花资源现状及植物资源的合理保护提供参考。结果显示,30条RAPD引物共扩增获得194条清晰可辨条带,其中多态性条带108条,多态性位点百分率为55．67％,金莲花总多样性指数为0．1460,居群内遗传多样性为0．0591,Shannon’s多样性指数为0．2248;通过UPGMA进行聚类分析,将24份金莲花种质划分为3个大类,根据总遗传多样性和居群内遗传多样性计算不同居群间遗传分化系数为0．6902,基因流估计平均值为0．2244。研究结果表明,目前我国金莲花种质资源的遗传多样性指教偏低,应该尽快采取相应措施,对不同金莲花资源进行合理保护。     

利用SRAP标记研究海南野生稻的遗传多样性与遗传分化

利用8对多态性较好的SRAP引物对海南120份普通野生稻、55份疣粒野生稻和26份药用野生稻进行扩增,在检测到的219个位点中,普通野生稻的多态性位点率为74.89％,疣粒野生稻为42.47％,药用野生稻25.11%。香农指数以普通野生稻最高0.3277,疣粒野生稻为0.2044,药用野生稻最低0.1113。UPGMA聚类分析结果显示供试材料与地理来源相一致,相关性强,各居群个体间没有出现任何交叉。根据居群间的遗传分化系数,普通野生稻群体的基因多样性为0.2135,群体内的平均基因多样性大于居群间的基因漂变,说明普通野生稻居群遗传分化不显著,遗传多样性主要来自于居群内,基于群体杂合度和居群遗传多样性指数特点,认为实施保护策略时,优先保护遗传多样性最丰富的WDL和WDA居群。疣粒野生稻居群存在中等程度的遗传分化,建议原生境保护;药用野生稻居群数量较少,建议原生境保护。     

东北大口鲇2个群体的微卫星DNA多态分析

利用磁珠富集法克隆制备的24个大口鲇（Silurus meriaionalis Chen）微卫星标记,对黑龙江野生群体与松花江养殖群体2个东北大口鲇（S．soldatovi）的地理种群的等位基因频率（P）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ne）等进行了遗传检测,以遗传偏离指数（d）检验Hardy—Weinberg平衡,并以Nei氏遗传分化系数（GST）和AMOVA分析（ФST）群体遗传变异的来源。同时,使用PHYLIP3．63软件绘制基于Nei氏遗传距离的个体间UPGMA系统树。结果表明：24个微卫星标记在东北大口鲇的2个群体中共扩增出1357条多态性片段,片段长度为1024385bp,总体平均等位基因8．875个,可以用于东北大口鲇遗传多样性的评估。并发现8个可区分这2个种群的遗传标记;黑龙江群体的P、Ho、He、PIC和Ne依次为0．165、0．435、0．758、0．742和5．019,松花江群体为0．147、0．299、0．847、0．764和5．944,在这些多样性参数上,方差分析也显示2地理种群差异不显著,在大多数位点并无显著差异,仅HLJcf37位点具有显著差异：在多个位点偏离Hardy—Weinberg平衡,2群体呈现不同程度的杂合体过度,纯合体完全缺失现象,其原因有待证实;群体遗传变异分析证实2群体间遗传分化较弱,其98％以上的变异是由群体内个体间的遗传变异引起的,群体间的变异对总变异影响不显著。UPGMA系统树也显示出个体间遗传距离小,亲缘关系很近。结果表明,人工繁殖没有对东北大口鲇的遗传多样性产生影响,该种群遗传分化小,种质资源状况良好。     

日本白鲫（♀）&#215;德国镜鲤（♂）F1代及双亲的RAPD分析

利用筛选的24个随机引物,对日本白鲫（Carassius Curatus Cuvieri）（♀）&#215;德国镜鲤（Cyprinus carpio var specularis Lacepede）（♂）杂种一代及双亲进行RAPD分析。结果表明：在德国镜鲤、日本白鲫、F1中检测到的位点数分别为200、207、218,其中多态性位点数分别为63、66、72,多态位点比例分别为31．5％、31．9％、33％。F1多态位点高于父母本,表明它的遗传多样性和变异水平最高。3个群体间的遗传距离分别为0．3068（德国镜鲤和日本白鲫）、0．2041（德国镜鲤和F1）、0．1961（日本白鲫和F1）。德国镜鲤和日本白鲫的遗传距离最大,表明它们之间具有最大的杂交潜力,F1与父本遗传距离大于F1与母本遗传距离,表明F1与母本亲缘关系更近。从扩增谱带中找到了1个引物（S21）的特异性带是德国镜鲤区分日本白鲫和F1的分子标记,找到4个引物（S79、S114、S331、S333）扩增出的特异性谱带是日本自鲫区分德国镜鲤和F1的特异标记,还有1个引物（S106）扩增的特异性谱带可以作为F1区分父母本的遗传标记。在3个群体所有个体的UPGMP分支图中,所有个体分别成3个群分支,清晰地反映出个体间的相互关系。     

30个枣树种质资源遗传多样性的ISSR分析

取30个枣树品种进行ISSR分子标记分析,其扩增条带分别进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,以期获得不同产地品种之间的遗传多态性。从100条选择扩增的ISSR引物中筛选出17条扩增清晰、重复性和稳定性好的引物,选取其中8条扩增条带多态性强的引物进行遗传聚类分析。结果表明：（1）1％琼脂糖凝胶电泳和5％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增总条带数分别为72和127条,其中多态性条带分别为51条和113条,多态性条带比率（PPB）分别为70．8％和88．9％。（2）基于UPGMA软件对30个品种的遗传差异性分析表明,8个ISSR引物可以将枣树品种之间遗传差异明显区分开来。两种电泳检测方法相比较,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得较为精细的枣树品种间遗传图谱。其遗传相似系数范围在0．56～1．00之间,以0．62为最低遗传相似系数,可将30个枣树品种分成3个大类,6个亚类,为进一步研究枣树品种间分类、起源进化关系和分子辅助育种奠定基础。     

我国陆地棉基础种质遗传多样性的SSR分子标记分析

利用398对BNL、JESPR、TMB等SSR引物,对不同亲本来源、不同选育时期、不同种植生态区的43份陆地棉基础种质进行了遗传多样性的SSR分子标记分析。扩增产物用8％的非变性聚丙烯酰胺凝胶检测,银染观察并照相。遗传多样性带型分析按位点多态信息量（PIC）,Shannon-weaver多样性指数（H^＋）等方法,利用NTSYSpc2．1软件计算品种间的遗传相似系数（Jaccard系数）,并用类平均法（UPGMA）进行聚类。结果表明所选择多态性引物分布在棉花基因组的第3、4、5、8、9、10、16、18、20、23号等染色体上,36对多态性引物在基础种质中扩增等位基因130个,其中多态性等位基因占80％,每个引物扩增等位基因2～8个,平均3．6个,PIC为0．278～0．865,平均0．62,基因型多样性（H^＋）为0．451～2．039,平均1．102,基础种质问SSR遗传相似系数平均为0．610,变幅为0．409～0．865,这说明所选基础种质基因组水平的多样性较丰富,变化范围大、代表性强。按品种不同选育时期来讲,第一、二、三期基础种质的SSR分子标记平均遗传相似系数分别是0．587、0．630、0．630,说明现代基础种质比早期基础种质在基因组水平的差异呈下降的趋势,可能是由于育种者偏重于使用优质高产性状的亲本品种,致使我国棉花的育种基础逐渐变窄。不同棉区基础种质SSR标记性状差异大,北部特早熟棉区基础种质间的SSR标记的多样性大于黄河、长江棉区,主要原因是长江、黄河棉区的育种过分强调高产、优质品种选育,品种间的差异变小;基础种质中的国内品种SSR相似系数（0．624）比引进品种（0.85）高,说明国内品种在遗传多样性上目前还没有超越国外品种。总之,我国棉花现代基础种质比早期基础种质的遗传多样性呈下降的趋势,黄河、长江主产棉区基础种质的遗传多样性还没有超过国外基础种质,品种间的遗传背景较为狭窄,还必须采用多种途径丰富我国棉花种质资源的遗传多样性。     

云南大叶种茶树种质资源ISSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用ISSR标记构建了40份大叶种茶树资源的指纹图谱,用3种独立的方法（特殊的标记、特异的谱带类型、不同引物提供的谱带类型组合）可以有效地鉴别大叶种茶树种质资源,证明ISSR标记是鉴定茶树资源的有效方法。15条ISSR引物共扩增出275条谱带,其中274条具有多态性,占99．6％。40份材料间平均遗传相似系数、Nei＇s基因多态性（gene diversity）和Shannon＇s信息指数分别为0．4180、0．3797、0．5586。材料间的遗传多样性较高,说明材料间的遗传距离较远,亲缘关系较远。遗传基础较宽。ISSR聚类分析表明,40份种质资源被聚为3个类群,其中Ⅲ类群又聚为3个亚群。亲缘关系树状图在分子水平上清楚地显示了云南大叶种茶树资源间的亲缘关系,为今后茶树育种和杂交亲本的选择提供了依据。     

云南栽培稻种SSR遗传多样性比较

采用64个SSR标记对96份云南水稻（Oryza sativa）地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析。结果发现64个标记都具有多态性,共检测到741个等位基因,每个多态性位点检测到的等位基因数为2—29个,平均11．57个：Nei基因多样性指数（He）范围在0．345（RM321）-0．932（RM1）之间,平均为0．56。水稻品种的遗传多样性并非按地理位置均匀分布,而是在相似系数为0．17的水平上明显分为2个不同类群,即籼稻类群和粳稻类群,且籼粳亚种间的SSR多样性差异不明显,籼稻平均等位基因数（Ap）和Nei基因多样性指数（Ap=10．6,He=0．46）与粳稻品种（Ap=10．7,He=0．48）十分接近,可能与这些品种间存在一定频率的基因交流有关。糯稻和非糯稻在籼稻群和粳稻群中都有表现,没有特别的分布规律。云南栽培稻选育品种与地方稻亲缘关系较近,其遗传基础可能来源于云南水稻地方品种。本研究结果表明,SSR标记能较好地区分云南栽培稻品种,且云南水稻地方品种遗传多样性丰富,存在大量的优质性状可供育种实践选择。     

两种不同产地养殖三疣梭子蟹肌肉中营养成分比较分析

目的：评价不同产地养殖三疣梭子蟹（Portunus trituberculatus）肌肉的营养品质及其风味物质含量差异性。方法：采用生化分析方法,对浙江省台州市和山东省日照市三疣梭子蟹肌肉中的基本营养成分,以及氨基酸、脂肪酸、核苷酸及矿物质元素等营养物质的含量进行检测和对比分析。结果：山东省日照市养殖雌性三疣梭子蟹肌肉中脯氨酸含量显著高于浙江省台州市养殖雌性三疣梭子蟹（P＜0.05）;山东省日照市养殖三疣梭子蟹肌肉中SFA、MUFA和PUFA含量均显著高于浙江省台州市养殖三疣梭子蟹（P＜0.05）;山东省日照市养殖三疣梭子蟹肌肉中肌苷酸（IMP）和腺苷酸（AMP）含量均显著高于浙江省台州市养殖三疣梭子蟹（P＜0.05）;山东省日照市养殖雌性三疣梭子蟹肌肉中甜菜碱含量显著高于浙江省台州市养殖雌性三疣梭子蟹（P＜0.05）。结论：不同产地养殖三疣梭子蟹肌肉中营养成分含量存在一定差异,并对其风味及营养价值产生影响,可能与水域环境、遗传基因等因素有关。本研究可为三疣梭子蟹的品质评价及养殖繁育工作提供科学依据。     

梭子蟹科六种海产蟹的RAPD标记

选取日本蟳(普陀、嵊泗两个自然群体)、锈斑蟳、锐齿蟳、三疣梭子蟹、红星梭子蟹、青蟹共6种海产蟹,用RAPD方法检测了其基因组DNA的多态性。在事先优化的反应条件下,用16个随机引物共扩增出123条多态性片段,片段大小在500～14000bp。在123条扩增片段中,6种蟹共享的片段有2条,3种蟳有13条,2种梭子蟹有16条;6种蟹之间随机扩增DNA片段的共享度在0．0606～0．8000,相对遗传距离指数在0．2000～0．9394。根据获得的相对遗传距离指数,用PHYLIP3．5软件包中的UPGMA和NJ方法进行聚类处理。UPGMA和NJ聚类图均显示三疣梭子蟹和红星梭子蟹先聚在一起,再和青蟹聚在一起。6种蟹的亲缘关系与传统的形态学分类结果基本一致。     

小扁豆种质资源形态标记遗传多样性分析

选取国家种质库保存的481份小扁豆种质资源进行形态标记遗传多样性分析,表明14个形态性状的平均变异类型达8．79个,平均遗传多样性指数（I）为1．8149。16个不同地理来源群体间显示出显著的形态标记遗传多样性差异,国外群体的遗传多样性水平略高于国内群体。国内山西小扁豆种质资源的,值（1．573）仅次于,值最高的国外ICARDA群体（1．683）。研究结果显示,西北部省份是我国小扁豆资源遗传多样性最丰富的地区,应加强该区域小扁豆资源的进一步搜集、保护和研究。Structure群体遗传结构分析将481份参试资源划分为6大组群,各组群特征表现各异,变化丰富。