应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析

目的检测国内Et本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰白兔的遗传背景及遗传结构,为封闭群兔遗传检测方法建立和标准化提供基础资料。方法应用18个微卫星标记及荧光标记一半自动基因分型技术对三个群体95个个体进行Hardy．Weinberg检测,统计每个位点等位基因频率、杂合度、F值、遗传距离等信息。结果三个种群平均等位基因观测数为3．167、4．556、3．444,平均观测杂合度为0．444、0．5230、0．4976。18个位点平均多态信息含量（PIC）为0．410、0．549、0．470,日本大耳白兔6个位点HWE检验（P〈0．05）,显著偏离Hardy—Weinberg平衡,并在Satl3,INRCCDDV0088位点基因型完全纯和,新西兰白兔和青紫蓝兔分别有2个位点显著偏离Hardy—Weinberg平衡。三个种群遗传距离：青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近,为0．124,与日本大耳白兔遗传关系最远,为0．320;新西兰白兔与日本大耳白兔较远,为0：10。结论三个种群有各自不同遗传特征,遗传多样性较高,种群间分化明显。个别位点偏离遗传平衡,推测人工繁育过程中存在一定问题。     

附子野生资源群体遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记分析了分布在附子主栽区四川、重庆、陕西及湖北16个野生乌头种群的遗传变异。24个引物共检测到643个RAPD位点,多态位点602个,总的多态位点百分率达93．5％。Shannon多样性和Nei遗传分化结果一致显示重庆酉阳种群和重庆城口种群遗传多样性最高,四川盐源种群和陕西勉县种群的遗传多样性最低。Shannon指数测出的种群内的遗传变异（57．6％）略占优势,群体间的遗传分化达到42．4％;Nei基因分化系数（GST）达40．0％;分子方差分析（AMOVA）发现群体间遗传变异仅为25．37％;种群每代迁移数Nm为0．756。Nei相似性系数的UPGMA分析结果显示该地区的野生乌头分布上有一定的地域性,特别是同为附子道地产地江油供种的北川、安县和青川种群间遗传关系密切,说明种质资源在道地药材形成中具有重要作用。研究结果表明,附子主要栽培地区的乌头野生种群之间存在较大的遗传分化,遗传多样性较高,遗传种质资源较丰富,存在一定的特异性资源,为进一步开发利用乌头（川乌、附子）提供了丰富的种质资源。     

秦川母牛群体遗传特性的微卫星标记研究

为了从DNA分子水平揭示秦川牛群体遗传多态性和群体遗传结构,寻找可用于秦川牛的微卫星标记,本研究选择了12个普通牛（Bos taurus）微卫星标记检测了90头秦川母牛各微卫星位点的遗传变异及多态性。结果表明,在秦川母牛群体中,12个微卫星位点共检测到了247个等位基因,各位点的等位基因数在13（INRA005）～33个（HEL13）之间,平均每个微卫星位点的等位基因数为21个;总有效等位基因数和平均每个位点平均有效等位基因数（Ne）分别分为142．6229和11．8852。各位点平均基因频率取样方差（V（pij））为2．6036×10^-4。12个微卫星位点平均观察杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）在0．7842（INRA005）～0．9775（BM315）和0．7952（BM315）～0．9446（HEL13）之间。12个位点平均多态信息含量（PIC）在0．7653（INRA005）～0．9420（HEL13）之间,平均为0．8965．12个微卫星位点均属于高度多态位点,这表明秦川母牛群体中所检测各微卫星位点具有丰富的遗传多态性,具备较大的选择潜力。12个微卫星位点的平均固定指数（F）为-0．0076,即各位点杂合子的缺陷度不高,即偏离Hardy—Weinberg平衡的程度不大。     

濒危植物翅果油树种群的遗传多样性和遗传分化研究

利用微卫星（SSR）标记对来自山西和陕西两省的7个翅果油树（Elaeagnus mollisDiels）种群进行遗传多样性和遗传结构研究。10对SSR标记共检测到126个位点,其中多态位点114个。在物种水平上,平均多态位点百分率为90.79%,有效等位基因数（Ne）、Nei基因多样性指数（H）和Shannon多样性指数（I）分别为1.6072、0.3166、0.4603;在种群水平上,多态位点百分率为61.99%,有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon多样性指数（I）分别为1.5445、0.2683、0.3815。遗传分化系数GST为0.2074,表明了翅果油树种群的遗传变异主要存在于种群内。基因流Nm为1.9111〉1,说明种群间基因交流可以阻止由于遗传漂变导致的遗传分化。聚类结果表明,翅果油树种群间的遗传距离与地理距离有一定的相关性,经Mantel检验,种群的地理距离与遗传距离之间呈正相关,但未达到显著水平（p〉0.05）。结果表明,遗传多样性水平与物种本身特性和不同干扰生境有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低。     

虾夷扇贝（Patinopecten yessoensis）5个群体的遗传多样性

虾夷扇贝为20世纪80年代初从日本引入我国并逐渐开展养殖的双壳贝类,目前已在我国北方地区大面积养殖。实验采用微卫星分子遗传标记技术对大连獐子岛底播增殖放流群体（CC）、黄海北部海区采集的野生群体（HQ）、日本青森养殖群体（JX）、俄罗斯远东日本海沿岸养殖群体（RX）及大连大长山岛养殖上壳白化群体（ZB）等5个虾夷扇贝群体的遗传多样性进行研究。其中HQ群体为本课题组2005年在黄海北部采集的野生群体,本研究筛选出一个该群体的特异性遗传标记。用8个微卫星位点进行扩增,共获得45个等位基因,每个位点的等位基因数处于3—9之间,大小为100—340bp,平均有效等位基因数为3．1535,基因型数为3—21个,PIC（PolymorphismInformationContent）值处于0．0322-0．5944之间。5个群体的平均观测杂合度分别为0．3292、0．3048、0．3167、0．2708、0．3042,平均期望杂合度分别为0．4595、0．4002、0．3838、0．3620、0．3885,群体间的多态性差异不显著。根据群体间遗传相似性系数、遗传距离及UPGMA聚类分析发现,CC和HQ群体亲缘关系最近,JX和RX群体的亲缘关系较近,ZB群体与JX和RX群体的亲缘关系较近。通过Hardy—Weinberg平衡及F-检验发现,5个群体都不同程度的偏离平衡,表明各群体基因频率和基因型频率的稳定性较低,且5个群体均处于不同程度的杂合子缺失状态,群体间的遗传分化程度较高,但遗传变异主要来自群体内的个体间。     

四个奥利亚罗非鱼群体的微卫星分析

应用筛选到的19对微卫星引物,对四个不同来源的奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）群体（奥利亚罗非鱼83系、奥利亚罗非鱼02系、奥利亚罗非鱼05系和红色奥利亚罗非鱼）的基因组DNA进行PCR扩增,分析其群体遗传结构和亲缘关系。根据几个群体在19个位点上的PCR扩增图谱,统计计算各群体的遗传多样性指数。四个群体的平均观测遗传杂合度值在0．154—0．391间;平均预期杂合度在0．181—0．428间;平均多态信息含量值在0．1513—0．3882间,说明它们的遗传多样性水平较低。遗传偏离指数D的评估结果显示这4个群体有多个位点存在不同程度的Hardy—Weinberg遗传平衡偏离。运用MicroChecker软件进行零等位基因预测,结果显示除红色奥利亚罗非鱼群体外,其他3个群体中均可能存在零等位基因位点。各群体零等位基因的位点数分别为：83系1个,02系3个,05系7个,红奥群体为0。零等位基因位点的存在可能是导致位点发生Hardy—Weinberg遗传平衡偏离的原因之一。4个群体中,05系群体与83系群体间的遗传相似性系数最高（0．9422）,遗传距离最小（0．0596）,说明两者亲缘关系最近;83系群体与红奥群体的遗传相似性系数最低（0．6977）,遗传距离最大（0．3599）,可推断两者亲缘关系最远。根据群体间的遗传距离采用UPGMA法进行聚类,结果表明：83系首先与05系聚类为一支,然后与02系群体聚类,最后与红奥群体聚类。聚类结果说明红奥群体与其他三个群体亲缘关系最远;83系群体与05系群体亲缘关系最近,与02系群体次之。     

青藏公路对高原鼠兔种内遗传分化的影响

研究采用7个微卫星标记分析在青海省西大滩区域,位于青藏公路两侧的4个高原鼠兔（Ochotona curzoniae）种群的遗传变异情况。分别采用软件TFPGA和GENE POP3．4计算各种群间的Nei’s标准遗传距离,基因分化系数（Fst）等参数,并对遗传距离进行UPGMA聚类分析。研究结果表明,公路同侧种群间平均遗传距离和基因分化系数分别为0．0808和0．0541;异侧种群间平均遗传距离和基因分化系数分别为0．1037和0．0705,公路东侧和西侧的两个种群分别聚为一类。青藏公路对分布于公路两侧的高原鼠兔种群间的基因交流产生了一定的阻隔效应,并导致种群间出现了一定程度的遗传分化。     

两个封闭群SPF级昆明小鼠遗传背景调查

目的：比较两个封闭群SPF级昆明（ KM）小鼠的遗传差异,调查引进的SPF级KM小鼠封闭繁殖6年后,其遗传构成是否发生变化。方法应用微卫星DNA标记方法对18个位点在两个群体中的遗传差异进行分析,主要包括观察等位基因数（ Na）、有效等位基因数（ Ne）、观察杂合度（ Ho）、期望杂合度（ He）、多态信息含量（PIC ）、Shan-non信息指数、遗传分化系数（ F st）、遗传距离等遗传参数。结果两个封闭群SPF 级KM小鼠在18个微卫星位点共发现67个等位基因,Na为2～8个,平均3．7222个;Ne为1．9459～6．5442,平均2．7966个;Ho为0．4225～1．0000,平均0．8823;He为0．4892～0．8527,平均0．6162;Shannon信息指数0．6792～1．9526,平均1．0598;PIC为0．3680～0．8301,平均0．5317;Fst平均值为0．0159,表明群体间的遗传差异仅1．59％,二者间的遗传距离（DA）为0．0499。结论两个封闭群SPF级KM小鼠遗传结构相似度极高,它们与原引进群体的分化差异极小。     

大口鲇微卫星标记在三个鲇形目鱼类种群间适用性研究

研究分析了12对大口鲇(Silurus meriaionalis)微卫星标记引物在兰州鲇(Silurus lanzhouensis)、鲇(Silurus asotus)及革胡子鲇(Clarias fuscus)各群体间通用性。结果表明,大口鲇微卫星标记引物除位点DQ223147、DQ223160扩增无特异性条带,位点DQ223149、DQ223159无多态性外,其余8对在这几种鲇形目鱼类中具有较高的通用性,每个位点等位基因数为2—15个不等;不同重复拷贝类别的位点以富含AC重复单元的等位基因数较多,多态性比较丰富。4个群体平均观测杂合度为0.7571,平均期望杂合度为0.6870,平均多态性信息含量0.6441,均为高度多态,说明这8个位点适用于鲇形目鱼类的遗传学研究。采用Nei’s遗传距离(D)绘制NJ系统发育树,4个群体聚成两大类,兰州鲇与鲇群体先聚类后和大口鲇聚为一大类,革胡子鲇聚为另一大类。8个有效微卫星位点中3个具有特异基因型的稀有等位基因位点(DQ223146、DQ223151与DQ223173),可区分4种鲇形目鱼类,作为其种质鉴定的标记位点。借用已有鲇形目鱼类遗传标记资源,增加同目鱼类遗传连锁图谱上遗传标记的密度,将对今后开展鲇形目鱼类种质资源保护及分子育种奠定坚实基础。       

中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

用微卫星标记分析皱纹盘鲍群体的遗传变异

利用微卫星标记技术, 对皱纹盘鲍山东长岛和辽宁獐子岛的两个野生群体以及山东崆峒岛一个养殖群体的遗传变异进行了分析。对6个微卫星基因座的多态性进行了评估, 各基因座的多态信息含量(PIC)值均大于0.5, 适合对鲍群体遗传结构的分析。结果表明, 这6个基因座在3个皱纹盘鲍群体中共获得57个等位基因, 等位基因数(A)平均为9.50, 有效等位基因数(N_e)平均为5.8572, 平均杂合度观测值(H_o)和期望值(^H_e)分别为0.6925和0.7966; 两个野生群体的杂合度观测值(H_o)和期望值(H_e)均高于养殖群体。上述结果为保护和利用皱纹盘鲍的遗传多样性提供了依据。     

肖四海湖野生和人工放流鳜群体遗传结构分析

采用微卫星标记研究天然封闭型水体肖四海内鳜放流群体与野生群体的遗传差异,试图从分子水平探讨人工增殖放流群体与野生群体遗传结构的差异。结果表明:鳜两个群体在10对微卫星座位共发现有50个等位基因。其中,放流群体发现有22个等位基因,野生群体发现37个等位基因;通过He和PIC统计发现,野生群体遗传多样性明显高于放流增殖鳜,野生鳜群体表现出更丰富的遗传多样性;由杂合度检验可以看出,两个群体都呈现杂合过剩现象,经哈代-温伯格平衡检验,显示两个群体均显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.001),属于连锁不平衡群体;群体间的FST检验,可以看出群体间的FST高于0.25,反映遗传变异主要存在于群体间,而不是群体内部,这充分反映近交及瓶颈效应会引起养殖群体遗传结构的改变,从而导致群体间的遗传分化。       

微卫星标记分析罗非鱼群体的遗传潜力

利用25个微卫星标记,对奥利亚罗非鱼2个群体["夏奥1号"(ZA)、广西群体(GA)]和尼罗罗非鱼4个群体[埃及品系(ZN)、88品系(XN)、广西群体(GN)、美国品系(MN)]进行检测。共检测到7 775个扩增片段,长度在100~400 bp;等位基因数3~8个不等,共计143个等位基因;平均每个基因座扩增得到5.72个等位基因。各群体平均观测杂合度(H o)在0.7253~0.8160之间,平均期望杂合度(He)在0.5146~0.6834之间,平均多态信息含量(PIC)在0.4212~0.6105之间,平均有效等位基因数(A e)在2.20~3.23之间。ZA与GA遗传相似系数最高(0.9130),ZA与ZN遗传相似系数最低(0.4352)。总的说来,4个尼罗罗非鱼群体的遗传潜力较高,2个奥利亚罗非鱼群体的遗传潜力适中。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性

利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记,对4个中华绒螯蟹群体(江苏、安徽、辽宁、天津)的遗传多样性进行检测。所检测到的扩增片段长度为80—445bp,在群体间扩增出2—10个等位基因,共计155个等位基因,平均等位基因6.458个。4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne)为4.3491—4.7234,平均观察杂合度(Ho)为0.5690—0.6722,平均期望杂合度(He)为0.7238—0.7546,并通过基因型的P值,确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡;同时对4个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析结果表明,安徽、江苏、天津聚为一支,属于长江河蟹类型,辽河种群单独聚为一支。     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

微卫星DNA标记探讨镜鲤的种群结构与遗传变异

采用30个微卫星分子标记, 对5个镜鲤群体的观测杂合度(^H_o)、期望杂合度(^H_e)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(^A_e)等进行了遗传检测, 根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离, 以c2检验估计Hardy-Weinberg平衡, 以近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时, 使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图, 并进行bootstrap自举检验验证进化树的可靠性。在德国镜鲤选育系(Scattered Cyprinus carpio L.)和来自4个不同养殖场(松浦、东岗、奉城和辽中)的德国镜鲤群体中共检测到7 083个扩增片段, 长度在102 ~ 446 bp之间, 在群体内扩增出等位基因1~16个不等, 共计356个等位基因。结果表明: (1)5个群体检测的有效等位基因数在1.07~12.30个不等, 平均多态信息含量为0.74、0.74、0.69、0.75和0.75, 无偏期望杂合度的平均值为0.74、0.78、0.70、0.76和0.78, 说明这几个群体属于高度多态, 遗传多样性水平较高。(2)群体间相似系数在0.52以上, 相似性较高。聚类分析显示, 东岗、奉城和辽中3个养殖场的德国镜鲤群体聚类成一个分支, 而德国镜鲤选育系与松浦群体聚类成另一分支。聚类的先后与它们在地理分布上距离远近有一定的相关性。(3)在与功能基因相关的多个微卫星基因座位上, 扩增产物呈现不同程度的缺失现象, 这些无效等位基因的产生可能与结构基因在育种中受到人工选择的影响较大有关。     

Genetic Polymorphism of Microsatellite DNA in Two Populations of Northern Sheatfish (Silurus soldatovi)

In this article, population variations and genetic structures of two populations of northern sheatfish (Silurus soldatovi) were analyzed using 24 microsatellite loci enriched from southern catfish (S. meriaionalis Chen) by magnetic beads. Gene frequency (P), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), polymorphism information contents (PIC), and number of effective alleles (Ne) were determined. One population was wild, ripe individuals collected from Heilongjiang River (HNS); the other was cultured fry collected from Songhuajiang River (SNS). The Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) was tested by the genetic departure index (d). The coefficient of gene differentiation G_ST and Φ_ST by AMOVA (Analysis of Molecular Variety) was imputed using Arlequin software in this study. In addition, a phylogenetic tree was constructed by UPGMA method based on the pairwise Nei's standard distances using PHYLIP. A total of 1 357 fragments with sizes ranging between 102 bp and 385 bp were acquired by PCR amplifications. The average number of alleles of the two populations was 8.875. Results indicated that these microsatellite loci were highly polymorphic and could be used as genetic markers. The mean values of the parameters P, Ho, He, PIC, and Ne were 0.165, 0.435, 0.758, 0.742, and 5.019 for HNS and 0.147, 0.299, 0.847, 0.764, and 5.944 for SNS, respectively. Although there were differences, there were no significant differentiations except for the locus HLJcf37. These populations to a certain extent deviated from HWE, such as excessive and deficient heterozygote numbers. The value of G_ST was 0.078 and above 98% of the variation were differences among individuals within the population, so the variation between populations was insignificant. Cluster analysis also showed that the relationships among individuals were very close. In conclusion, the microsatellite markers that were developed through this study are useful for genetic analysis and the genetic culture that was proposed in this study has no significant impact on S. soldatovi.