拟南芥JR1基因片段的克隆及分析

根据拟南芥CBF基因序列的保守区设计合成一对特异引物,以菠菜基因组DNA为模板,采用PCR扩增的方法扩出一条DNA特异片段并克隆到pUC18载体中。用酶切和测序分析法对克隆片段进行鉴定并进一步进行核苷酸序列分析。序列测定该片段长为430bp。OMIGA2.0软件分析结果表明,该片段与已报道的拟南芥JR1序列的一致性为99.1%。     

拟南芥生长素受体基因TIR1启动子的克隆及序列分析

以野生型拟南芥 (Arabidopsis Columbia)基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到拟南芥生长素受体基因TIR1启动子2008片段,将该片断克隆到PGM-T载体上.序列分析表明,该启动子大小为2008bp,RNA聚合酶识别序列TATA-box,TIR1特异表达和增强序列CAAT-box皆完整,与已报道的序列比较仅有3个核苷酸发生改变,同源性为99.85%.将该启动子与GUS基因融合,构建成表达载体后,在拟南芥和烟草叶片中做瞬时表达,结果分析显示:拟南芥和烟草叶片中均有GUS 酶活性存在.     

胁迫诱导型启动子rd29A的克隆及其序列分析

采用CTAB法提取拟南芥(Arabidopsis thaliana)叶片总DNA,设计并合成一对引物,通过PCR扩增得到一特异片段,并连接至pGEM-T Easy Vector上进行克隆测序.结果表明该片段全长为744 bp,与报道序列(AY973635)存在三个碱基的差异,同源性达99.6%;且该片段含有1个TATA box(TATAAA)、1个CAAT box(GCCAAT)、4个干旱、高盐和低温响应DRE(dehydraton responsive element binding protein)顺式作用元件(核心序列为CCGAC),从而为后期胁迫诱导型植物表达载体的构建及遗传转化奠定了基础.     

用两步PCR法克隆全长cDNA

采用两步 PCR法成功地克隆了一个全长的 c DNA.首先 ,用差式分析法克隆得到差别表达的 c DNA片段 ,再分别用这些片段内部的特异序列及 c DNA两端不同接头的序列为引物进行第一步 PCR扩增 ,得到差别 c DNA片段的上游和下游序列 .然后 ,根据第一步 PCR扩增得到的上游和下游序列设计基因特异的引物进行第二步 PCR,从而得到全长的 c DNA.     

长距离反向PCR技术高效扩增已知DNA片断的侧翼序列

为解决传统反向PCR技术扩增片段短、假阳性多的不足,建立了长距离反向PCR(LD I-PCR)扩增技术:0.5μg DNA/mL的反应体系使DNA酶解片段充分自身环化连接,其产物用25 nt~30 nt的序列特异引物进行长距离PCR。结果表明该方法能特异地扩增出长达16 kb的序列,在已知DNA片段的侧翼序列克隆方面具有高效、简便、特异的优点。     

毛柄金钱菌gpd-Fv启动子的克隆及序列分析

根据Genbank登陆的毛柄金钱菌gpd启动子序列设计引物,对毛柄金钱菌基因组DNA进行PCR扩增,扩增获得了2条特异片段gpd-Fv1和gpd-Fv2;回收特异片段后分别克隆进T-easy载体中并进行DNA序列测序,结果表明:gpd-Fv1和gpd-Fv2长度分别为1412 bp和752bp.通过同源性分析,结果表明:gpd-Fv1和gpd-Fv2的DNA序列与已报道的毛柄金钱菌gpd启动子(Genbank:AF515622.1)的同源性分别为95%和98%.进一步通过软件预测,结果表明克隆的2条片段具有基本的启动子结构,存在多个转录因子结合位点.根据启动子的序列特点,初步构建了毛柄金钱菌gpd启动子模型.     

曼地亚红豆杉植株中GGPP合成酶的克隆与分析

从 5年生曼地亚红豆杉 (Taxusmedia)的当年生新鲜枝叶中提取分离出mRNA ,然后根据已知植物的牛儿基牛儿基焦磷酸合成酶基因 (GGPPS基因 )DNA序列保守区设计特异简并引物。RT PCR获得了一条大小约 60 0bp的扩增谱带 ,回收该特异谱带并进行TA克隆 ,蓝白斑筛选 ,得到若干阳性克隆。经过质粒大小比较和PCR验证后 ,进行序列测定和同源性比较。发现该序列属于GGPP合成酶的片断 ,与Taxuscanadensis (AAD 1 60 1 8 1 )和Abiesgrandis (AAL1 761 4 2 )的GGPP合成酶相应区段的氨基酸序列一致性为 98%和 86%。蛋白质序列分析发现该序列含有一个特征的异戊二烯合成酶保守的结构域。进化树分析表明 ,曼地亚红豆杉GGPPS在进化上位于植物类 ,靠近古细菌类。曼地亚红豆杉GGPPS基因的克隆为研究红豆杉生产紫杉醇的分子机理和转基因植株的构建奠定了良好的基础。     

拟南芥生长素受体基因TIRl启动子的克隆及序列分析

以野生型拟南芥（Arabidopsis Columbia）基因组DNA为模板,通过PCR扩增得到拟南芥生长素受体基因TIRI启动子2008片段,将该片断克隆到PGM-T载体上。序列分析表明,该启动子大小为2008bp,RNA聚合酶识别序列TATA-box,TIR1特异表达和增强序列CAAT-box皆完整,与已报道的序列比较仅有3个核苷酸发生改变,同源性为99．85％。将该启动子与GUS基因融合,构建成表达载体后,在拟南芥和烟草叶片中做瞬时表达,结果分析显示：拟南芥和烟草叶片中均有GUS酶活性存在。     

雄牛特异的SRY同源序列的扩增和分析

利用人、兔、鼠SRY序列设计引物,应用PCR扩增牛的SRY序列,获得200bp的雄牛特异的扩增片段。克隆该扩增片段,获得重组质粒pCH21,进行序列分析,并与人、兔和鼠SRY的对应区域比较,具有高度同源性。用pCH21 DNA作探针与牛的基因组DNA酶切图谱杂交,显示了雄牛特异的I．7kb的杂交带。分析200bp的PCR扩增片段是牛的SRY基因片段。用同一对引物扩增人和山羊的DNA样品,也获得雄性特异的200bp的扩增片段。     

苎麻疫霉激发蛋白基因断裂现象初探*

苎麻疫霉(Phytophthora boehmeriae Saw.)可分泌具有诱抗作用的激发蛋白(a-elicitin),根据a-elicidn第24～30和56～63位保守区氨基酸推导的寡核苷酸引物序列,对苎麻疫霉基因组DNA进行特异PCR扩增反应,发现其扩增的DNA片段大于预计的片段。回收纯化的特异扩增DNA,并进行克隆和测序分析,结果表明特异扩增的elicitin基因亚克隆DNA为570bp,大于预计的117bp。在特异片段中,存在3个内含子将基因断裂成4个阅读框架,即ORF1、ORF2、ORF3和ORF4,其中ORF1和ORF4含有与引物相同的序列,但与其它序列与已克隆的elicitin基因无同源性。因此,苎麻疫霉基因组中的elicitin基因可能存在断裂现象。     

甘薯质体中的乙酰辅酶A羧化酶亚基基因accD的克隆与序列分析

依据烟草质体全基因组序列设计引物,以甘薯质体基因组DNA为模板,PCR扩增包含质体accD基因完整编码区在内的一段序列（GenBank登录号为GQ395771）。序列分析表明：该片段全长为2209bp,包括1548bp的nccD基因编码序列,推测编码515个氨基酸的蛋白质,该蛋白序列具有异质型β-CT中保守的锌指结构和C末端5个基元。同时绘制了该DNA片段的限制性酶切图谱。相似性比较显示,甘薯accD基因与大豆、马铃薯、拟南芥、人参、莴苣、葡萄、海岛棉、甘蓝、辣椒、菠菜、番茄和烟草的accD基因核苷酸相似性为72％-87％,氨基酸相似性为58％-83％。     

Cloning and expression of a functional fucose-specific lectin from an orange peel mushroom, Aleuria aurantia

Aleuria aurantia lectin (AAL) shows sugar-binding specificity for L-fucose. A λgt11 expression library was constructed from A. aurantia poly(A) RNA and screened with a polyclonal antiserum directed against AAL. An immunopositive clone carrying 1.3-kb EcoRI fragment was obtained. The fragment encoded AAL, but lacked a nucleotide sequence corresponding to the two amino-terminal amino acids. The 5′-terminal part of the fragment was replaced with a chemically synthesized DNA fragment and inserted into an expression vector to yield a plasmid pKA-1. Escherichia coli carrying pKA-1 expressed functional AAL and the recombinant AAL showed the same immunological properties as those of natural AAL.     

小麦黄色素合成途径中Psy基因的克隆及分子特性

对普通小麦(Ttiticum aestivum)黄色素(YP)合成途径中的首要限速酶——八氢番茄红素合成酶(Psy)基因进行克隆和测序,并和玉米Psy基因进行序列比对。结果表明,在高和低YP含量小麦品种中均扩增出一条长1192bp的Psy基因片段,该片段包含一条可编码78个氨基酸的小麦Psy基因的外显子,与玉米Psy基因第4外显子的核苷酸序列同源率为80.74,同源区域内有47个SNPs,但仅11个SNPs导致氨基酸编码序列的改变,二者氨基酸序列的同源率达85.89,推测Psy基因在不同物种中的表达具有较高的保守性。BLAST聚类分析表明,禾谷类植物Psy基因的分类与物种的亲缘关系存在明显的相关性,小麦Psy基因在系统进化中比禾谷类其他植物更为高级。     

Cloning and expression of a functional fucose-specific lectin from an orange peel mushroom, Aleuria aurantia

Aleuria aurantia lectin (AAL) shows sugar-binding specificity for L-fucose. A λgt11 expression library was constructed from A. aurantia poly(A) RNA and screened with a polyclonal antiserum directed against AAL. An immunopositive clone carrying 1.3-kb EcoRI fragment was obtained. The fragment encoded AAL, but lacked a nucleotide sequence corresponding to the two amino-terminal amino acids. The 5′-terminal part of the fragment was replaced with a chemically synthesized DNA fragment and inserted into an expression vector to yield a plasmid pKA-1. Escherichia coli carrying pKA-1 expressed functional AAL and the recombinant AAL showed the same immunological properties as those of natural AAL.     

小花棘豆(Oxytripis glabra DC)毒素基因的cDNA克隆及序列测定

在完成小花棘豆毒素 95 %氨基酸序列的基础上 ,根椐已知的氨基酸序列 ,设计合成了特异简并引物 .以小花棘豆总RNA为模板 ,逆转录合成cDNA第一链 ,用置换法合成双链cDNA .用特异引物对此双链cDNA进行PCR扩增 ,将扩增后的目的基因与用SmaⅠ酶切的质粒pUC 18连接 ,转化大肠杆菌JM10 7.筛选阳性克隆进行序列分析 ,获得了OXY基因的全部序列 .经测序后测得基因序列与原氨基酸序列对照完全一致 .GenBnak数据检索说明 ,OXY基因编码序列确定是一个从未报道的序列 .此研究结果对该毒素的应用研究奠定了基础 .     

番茄烟粉虱传双生病毒PCR检测

From the conserved regions of the reported nucleotide sequences of whitefly-transmitted geminiviruses (WTGV), a pair of degenerate primers was designed to anneal to the conserved sequence.The tomato samples infected geminivirus-like from Guangdong were detected by PCR. The results showed that a 356bp specific fragment was amplified from the samples. The specific fragment was cloned and sequenced, and the sequence was compared with all nucleotide sequences in GenBank by Blast of NCBI. The result showed that the fragment belonged to Geminiviridae DNA. So the degenerate primers may be used to detect the WTGV from tomato in Guangdong. Moreover, both of the homology of the fragment between WTGV from tomato in Guangdong and the reported WTGV in the world and WTGV from tomato in Guangxi were under 82%. These results implied that the WTGV from tomato in Guangdong differed from the above-mentioned WTGV.     

大豆β-伴大豆球蛋白基因启动子的克隆及功能分析

通过PCR技术从三个栽培大豆（南农99-10、N2899和南农88－1）和两个野生大豆（江浦野生豆－1和ZYD4174）的基因组中分离到大豆7S蛋白α亚基基因启动子片段(7SαP),序列分析表明：7SαP片段包含多个种子特异性启动子所特有的序列元件,如RY重复序列、ACGT、AGCCCCA等,而这五个大豆材料的7SαP序列的同源性达99%。将从南农99-10中克隆的启动子片段与pBI121-GFP连接构建表达载体,经农杆菌介导转化拟南芥。Southern结果显示, 7SαP 片段和报告基因GFP以单拷贝的形式整合到拟南芥基因组中,且GFP在7SαP驱动下获得了种子特异性表达。     

The porcine tumor necrosis factor-encoding genes: sequence and comparative analysis

We have cloned and sequenced a 10.22-kb fragment of the genomic locus of the porcine tumor necrosis factor-encoding genes, TNF-alpha and TNF-beta. A liver genomic DNA library, partially digested with Sau3AI, was cloned into the phage lambda EMBL4 and screened with a porcine TNF-alpha cDNA probe. Analysis showed that both the TNF-alpha and TNF-beta genes were present on the cloned fragment. In addition, the cloned fragment contained about 2 kb of repetitive sequences 5' to the TNF-beta gene. The TNF genes are arranged in a tandem repeat, as is the case for the human, mouse and rabbit TNF genes. The comparison of both genes with their human homologues displayed a considerable degree of conservation (80%), suggesting an equal evolution rate.