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1.
基于线粒体COⅠ基因的齿小蠹属昆虫DNA条形码研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
齿小蠹属(鞘翅目: 小蠹科)昆虫是植物检疫中经常截获的类群, 为探讨线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确鉴定齿小蠹种类的可行性, 以齿小蠹属昆虫为研究对象, 测定分析了线粒体COⅠ基因462 bp碱基序列。序列分析结果显示: 变异位点为259个, 保守位点203个, 简约信息位点181个, 自裔位点78个。所有位点中, A, G, C和T碱基平均含量分别为30.7%, 16.5%, 17.0%和35.8%。A+T含量较高, 为66.5%, 明显高于G+C含量, 表现明显的A+T碱基偏嗜, 且A与T含量相当, 符合昆虫线粒体基因碱基组成的基本特征。转换与颠换结果显示: 该段序列未达到饱和, 可以得到准确的进化分析。利用Kimura 2-parameter模型分析遗传距离得到, 同物种间的遗传距离介于0.002~0.007之间, 不同种间的遗传距离介于0.056~0.431间, 平均遗传距离为0.199, 说明该段序列能够区分不同物种。基于COⅠ基因序列构建的邻接法系统发育树(NJ树)显示, 同一物种聚为同一小支, 且分支自展值均为100%; 近缘种能聚集在一起, 且置信度很高(≥97%)。结果表明应用基于COⅠ基因片段的DNA条形码进行齿小蠹属昆虫分类鉴定具有可行性。  相似文献   

2.
本研究采集新疆阿拉尔地区苹果蠹蛾Cydia pomonella(L.)幼虫,对其线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因进行了扩增、克隆和测序,并对COⅠ序列进行了分析。结果显示:苹果蠹蛾DNA扩增出的COⅠ基因序列片段长度为709bp,序列中A+T含量极高,占68.7%,而G+C的含量只有31.3%。经基因序列比对,与其它几种食心虫的同源性为85.4%~88.1%,遗传距离为0.130~0.162;采用NJ法构建了卷蛾科系统树,所得的聚类结果与传统的分类结果基本一致。本研究结果为苹果蠹蛾快速鉴定的DNA条形码技术研究提供重要基础。  相似文献   

3.
为了解鮸鱼的系统发育地位,探索18S rRNA、COⅡ分子标记对石首鱼科系统分类的适用性,对鮸鱼的18S rRNA基因、线粒体COⅡ基因进行克隆、序列分析和构建NJ系统进化树。结果表明:扩增得到鮸鱼18S rRNA基因1305 bp,A+T含量为46.2%;COⅡ基因序列为854 bp,A+T含量为53.5%,有明显的反G偏倚(15.2%),含一个699 bp的ORF,编码233个氨基酸;基于18S rRNA序列构建的系统树显示,鲈形目鱼类聚为一个紧密的簇,该目中各科鱼类间18S rRNA序列的同源性均大于97.8%,无法反映鮸鱼在石首鱼科中的系统发育情况。基于COⅡ序列构建的系统树显示,鲈形目鱼类分为2簇:包括鮸鱼在内的所有石首科鱼类聚为一个大簇,其他各科聚为另一个大簇;其中鮸鱼与黄唇鱼亲缘关系最近,二者序列相似性为97.4%。虽然石首科鱼类聚成的簇中有些分支的自展支持率较低(<50%),个别种类的聚类与传统分类有所差异,但大部分聚类是一致的。结果既能丰富鮸鱼的分子系统学资料,又可为研究鮸鱼的系统发育地位及石首鱼科鱼类的进化关系提供参考资料。  相似文献   

4.
&#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &# 《水生生物学报》2013,37(4):684-690
对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellus attenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析, 并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段, 计算种间遗传距离, 构建系统发育树, 探讨近江蛏及缢蛏属的分类地位。结果表明, 5个物种COⅠ和16S rRNA片段A+T含量均远高于G+C含量, 近江蛏与缢蛏之间的碱基序列差异和遗传距离均已达到种间差异水平, 确定近江蛏为缢蛏属的一个种。分别构建COⅠ(砂海螂为外群)和16S rRNA片段(密鳞牡蛎为外群)的Neighbor-Joining系统树, 两者的拓扑结构都明确显示, 缢蛏属为灯塔蛤科一个属, 灯塔蛤科录属于竹蛏超科, 而不录属于樱蛤超科。    相似文献   

5.
为了确定线粒体COⅠ基因在长江口舌鳎科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,本实验采用线粒体COⅠ基因特异扩增测序及GenBank已有序列联合配对分析的方法,对长江口舌鳎科2属9种鱼类39个COⅠ基因片段的序列进行比较和系统进化研究。采用MEGA 5.0软件进行统计分析,舌鳎科鱼类该片段的平均AT含量高于GC含量,第1密码子位点含量最高(51.8%~57.3%,平均53.8%),第2密码子的含量稳定,均为42.0%,第3密码子变化范围最大(28.1%~37.8%,平均32.4%)。依据Kimura-2-parameter模型,9种舌鳎科鱼类种间遗传距离平均值为0.191,种内为0.003,种间遗传距离是种内的63.7倍。采用最大简约法(MP) 和邻接法(NJ)构建系统发育树,显示长江口舌鳎科鱼类为明显的单系群,但舌鳎科鱼类内部的系统发育关系与形态分类划分的亚属并不完全一致,其中须鳎属的日本须鳎(Paraplagusis japonica)与拟舌鳎亚属的宽体舌鳎(Cynoglossus robustus)聚为一支。虽然三线舌鳎亚属的种类均可聚为独立的分支,但短吻三线舌鳎(C. abbreviatus)与紫斑舌鳎(C. purpureomaculatus)、长吻红舌鳎(C. lighti)与短吻红舌鳎(C. joyneri),两组间种间遗传距离分别为0.002和0.007,两组物种间均存在同种异名现象。本研究表明,线粒体COⅠ基因作为分子标记除了能筛选出同种异名种类外,还能够对舌鳎科鱼类进行有效的物种鉴定和系统进化分析,线粒体COⅠ基因作为分类条形码是可行的。  相似文献   

6.
秦峰  付文博  周善义 《昆虫学报》2011,54(3):339-351
对凤蝶科6属25种的COⅠ基因和20种Cyt b基因的部分序列进行测定和分析, 探讨它们之间的系统发育关系; 以茶小卷叶蛾Adoxophyes honmai为外群, 用邻接法(neighbor-joining, NJ)、 最大简约法(maximum parsimony, MP)和贝叶斯法(Bayesian inference, BI)重建了凤蝶科6属的分子系统树。结果表明: COⅠ基因部分序列长度为661 bp, 其中保守位点417个, 可变位点244个, 简约信息位点191个; A+T的平均含量为70.3%, 明显高于C+G的平均含量29.6%。Cyt b基因部分序列长度为433 bp, 其中保守位点239个, 可变位点194个, 简约信息位点135个; A+T的平均含量为74.2%, 明显高于C+G的平均含量25.7%。分子系统树表明, 凤蝶属Papilio、 斑凤蝶属Chilasa、 尾凤蝶属Bhutanitis、 珠凤蝶属Pachliopta和喙凤蝶属Teinopalpus为单系性, 与传统形态分类结果相一致。但青凤蝶属Graphium单系性不够明确, 需要进一步探讨。研究结果为我国凤蝶科分子系统学研究积累了资料。  相似文献   

7.
为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634 bp COⅠ基因序列片段进行研究分析。结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%。通过Kimura's 2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0~0.023 98,平均为0.003 2;种间遗传距离为0.022 3~0.334 9,平均为0.1 637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0. 02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.022 3。同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.146 7、0.212 7,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大。系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系。结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认。  相似文献   

8.
广头叶蝉亚科Macropsinae广泛分布于世界各地,其内部分类系统较混乱,部分族属级分类地位一直存在争议。本文选取23种叶蝉样本(内群22种+外群1种),分析其线粒体COⅠ基因部分片段的序列组成和遗传距离,基于最大似然法和贝叶斯法构建广头叶蝉亚科系统发育树。结果发现,COⅠ基因片段序列A+T含量(68. 3%)明显较G+C含量(31. 7%)高;遗传距离在种间、属间和亚科间的差异有统计学意义;系统发育树较好地支持了横皱叶蝉属Oncopsis和尖尾叶蝉属Pedionis的单系性,但广头叶蝉属Macropsis和暗纹叶蝉属Pediopsoides较为混乱。  相似文献   

9.
通过对我国沿海三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)9个野生群体线粒体DNA控制区(putative control region,CR)基因片段和细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段进行扩增和测序,分别得到长度为530bp和584bp的片段。分析结果表明:CR83条序列A T平均含量为73·2%,共检测到91个变异位点,83个个体具有66种单倍型(haplotype);COⅠ94条序列A T平均含量为62·2%,共检测到34个变异位点,94个个体具有34种单倍型(haplotype)。用MEGA3·1软件构建9个群体NJ分子树,聚类结果显示,黄海、东海、渤海6个群体之间的相对遗传距离比较近,聚为一大支,南海3个群体相对遗传距离比较近,聚为一大支。AMOVA分析表明,群体间的遗传分化指数(Fst)为-0·07454~0·27087,其中部分群体间达到显著差异(P<0·05)与极显著差异(P<0·01),说明我国三疣梭子蟹不同野生群体间存在一定遗传分化。  相似文献   

10.
【背景】米尔顿姬小蜂是一种入侵我国台湾地区的植食性小蜂,能够严重影响水果的产量和食用价值。目前在我国大陆没有分布,由于其个体微小,与近似种区别较小,通过传统的形态学分类方法难以鉴定,因此有必要研究其基因片段序列,探讨分子鉴定方法。【方法】利用PCR方法扩增并测定了米尔顿姬小蜂线粒体16SrRNA和COⅠ基因的部分序列,并对各序列的碱基组成进行了分析。然后根据COⅠ基因部分序列,利用DNAMAN的Maximum Likelihood方法构建了米尔顿姬小蜂与膜翅目其他科的系统发育树。【结果】16SrRNA基因的PCR扩增产物为426bp,COⅠ基因的PCR扩增产物为488bp。通过测序获得米尔顿姬小蜂16SrRNA和COⅠ基因部分序列,序列分析表明,16SrRNA和COⅠ基因的A+T含量均较高,存在较强的A+T偏向性。系统发育树显示,米尔顿姬小蜂与蚜小蜂科的Encarsia berlesei亲缘关系最近,与姬小蜂科的Chrysocharis nautius、C.eurynota亲缘关系较远。【结论与意义】本研究为米尔顿姬小蜂的分子鉴定提供了依据。  相似文献   

11.
应用通用引物扩增了凸加夫蛤(Gafrarium tumidum)、锯齿巴非蛤(Paphiagallus)、细纹卵蛤(Pitar striatum)、钝缀锦蛤(Tapes dorsatus)、裂纹格特蛤(Marcia hiantina)5种帘蛤科贝类COI基因片段,并与GenBank数据库收录的加夫蛤(Gafrarium pectinatum)、沟纹巴非蛤(Paphia exarata)、日本卵蛤(Pitar japonicum)、日本格特蛤(Marcia japonica)、四射缀锦蛤(Tapes belcheri)5种帘蛤科贝类的同源序列进行比对分析.结果表明:所有物种扩增片段长度均为616 bp,序列A+T平均含量(62.9%)明显高于G+C含量.在616个位点中,保守位点数为282个,变异位点数为334个,其中简约信息位点数为283个.以COI基因片段序列为标记,以海螂科砂海螂(Mya arenaria)作外群,构建了帘蛤科贝类的系统进化树,其拓扑结构显示:细纹卵蛤和日本卵蛤聚为一枝,凸加夫蛤和加夫蛤聚为一枝,锯齿巴非蛤和沟纹巴非蛤聚为一枝,四射缀锦蛤单独聚为一枝,钝缀锦蛤、裂纹格特蛤和日本格特蛤聚为一枝,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致.研究表明,线粒体COI基因作为帘蛤科贝类DNA条形码在物种鉴定方面具有可靠性,可以作为物种分类的重要辅助手段.  相似文献   

12.
以海陵岛近岸优势物种舟山缰虾虎鱼(Amoya chusanensis)、纵带鹦虾虎鱼(Exyrias puntang)为研究对象,获取2种虾虎鱼的线粒体COⅠ基因序列45条,控制区(D-loop)序列48条,分析其序列变异情况和遗传特征。结果表明:获得的638 bp COⅠ序列中,舟山缰虾虎鱼存在变异位点20个,纵带鹦虾虎鱼变异位点占18个。467 bp控制区中,舟山缰虾虎鱼变异位点10个,纵带鹦虾虎鱼占19个。碱基组成上,2种虾虎鱼COⅠ基因和控制区序列均存在A+T含量大于C+G含量现象,且COⅠ基因序列中碱基T偏向密码子第一位。最大似然法估算的COⅠ序列转换颠换R比值为2.89,控制区序列R值为2.66。聚类分析揭示舟山缰虾虎鱼在进化上较原始,更接近祖先物种,而纵带鹦虾虎鱼种群分化较晚。单倍型分析指明2种虾虎鱼单倍型多样性均处在较高水平。中性检验的Fu-Li D分析发现,基于COⅠ基因和控制区序列的舟山缰虾虎鱼的检验结果均显著,不符合中性进化假设,纵带鹦虾虎鱼Fu-Li D test的结果均呈现不显著,符合中性进化假设。舟山缰虾虎鱼种群间可能存在群体扩张或持续增长现象。  相似文献   

13.
暗纹东方鲀线粒体COⅡ及两侧tRNA基因的克隆和序列分析   总被引:7,自引:0,他引:7  
用细胞色素氧化酶第二亚基基因(COⅡ)特异性引物对暗纹东方(Takifugu fasciatus)的线粒体DNA(mtDNA)进行PCR扩增,克隆并测定了COⅡ及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,COⅡ基因691 bp和5′端上游的tRNAAsn基因及3′端下游的tRNALys基因序列共890 bp。用DNA分析软件比较暗纹东方与GenBank中9个目11种鱼类的COⅡ序列,显示暗纹东方与这些鱼类的COⅡ基因具有较高的同源性;其中与同属红鳍东方(T.rubripes)的同源性最高为99.0%。暗纹东方COⅡ基因的核苷酸组成中,A T含量为56%,与其他11种鱼类的A T含量(55%~62%)相近。鱼类COⅡ序列组成对A T核苷酸的偏倚程度比较低。根据暗纹东方与其他11种鱼的COⅡ基因序列同源性所建立的分子进化树,与传统的分类地位基本吻合。推定的tRNA二级结构为典型的三叶草型结构。  相似文献   

14.
对8种漠甲昆虫线粒体Cytb基因579bp和COⅡ基因585bp的序列片段进行联合分析。结果表明,8种甲虫在长度为1164bp的序列中碱基T,C,A,G的平均含量分别为33.7%,21.2%,33.5和11.6%,A+T平均含量明显高于G+C含量。密码子第三位点A+T含量高达77.2%,而该位点G的平均含量仅为4.0%。序列中碱基替换多发生于第三位点,转换略多于颠换,转换主要以C←T为主,颠换以A←T为主。以土甲族的Eumylada potanini为外群构建的系统发育树表明:漠王和漠甲以很高的置信值聚为一支,二者的关系与Bouchard最新的分类观点相吻合,即漠王族并入漠甲族成为一族;鳖甲族在支序图上另成一支,可视为一个单系群。  相似文献   

15.
测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A: 122°32′E 29°55′N、B: 123°30′E 26°75N; C: 124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析, 研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段, 其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%; 16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析, 72个个体中分别确定43个, 8个和49个单倍型, 存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992, 显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076, 核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084, 显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明, 群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富, 群体内部个体差异大于群体间差异, 群体间基因交流频率较高, 遗传分化不明显, 初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。  相似文献   

16.
为了探讨斑粉蝶属Delias的系统发生关系,对中国产6种斑粉蝶21只标本的细胞色素氧化酶Ⅰ(CO Ⅰ)基因(约653 bp)、细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)基因(约677 bp)和细胞色素b(Cyt b)基因(419 bp)部分序列进行了分析(共1749 bp).其中有355个变异位点,352个简约信息位点,表现出明显的A+T含量(72.61%)偏异.结合从GenBank中获得的29个种斑粉蝶的COⅠ和COⅡ基因部分序列,分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)和贝叶斯推论法(Bayesian Inference,BI)构建了斑粉蝶属分子系统树.结果表明:报喜斑粉蝶D.pasithoe和优越斑粉蝶D.hyparete关系较近,隐条斑粉蝶D.subnubila、艳妇斑粉蝶D.belladonna关系较近.此外,系统分析结果很好的支持了基于形态学分类的geraldina、cuningguti、dorimene、hyparete种组,支持将D.harpalyce从belisama种组移到nigrina种组,将D.messalina从nigrina种组移到kummeri种组.  相似文献   

17.
为了探讨中国蝶类科间系统发生关系,本文对细胞色素氧化酶Ⅱ(COⅡ)的部分序列(620bp)和延伸因子基因(EF-1α)部分序列(595bp)进行了分析(共1215bp)。其中有464个变异位点,330个简约信息位点。COⅡ基因部分序列表现出明显的A T含量(76.3%)偏高。分别采用最大简约法(Maximum Parsimony,MP)、最大似然法(Maximum Likelihood,ML)和贝叶斯推论法(Bayesian Inference,BI)重建了分子系统树。结果表明:弄蝶科、凤蝶科、粉蝶科、灰蝶科能够单独成一支,其中弄蝶科位于系统树的基部,分化较早,是较原始的类群,与传统的形态分类结果是相一致的;粉蝶科与凤蝶科的亲缘关系较近;蚬蝶科倾向与灰蝶科有较近的亲缘关系,且蚬蝶科种群始终聚为一支,显示了该科是一个单系群,从单系性方面来看,本文支持将蚬蝶科作为一个独立的科;此外,本文结果表明,中国分布的蛱蝶总科是一单系群,并且它与灰蝶科和蚬蝶科聚成的一支是姐妹群关系。  相似文献   

18.
【目的】对谷蠢的不同种群的线粒体COⅠ基因扩增片段进行比较,对谷蠹种群遗传结构进行深入分析。【方法】对15个谷蠢种群的100个个体进行细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分序列进行分析。【结果】得到691 bp长度的片段,3个位点的密码子中,A+T的含量平均值为63.2%,在3个密码子中的含量分别是85.2%,53.3%和57.0%。这种A+T含量的偏向在第1位点较第2和第3位点强。序列中A,T,C,G的含量分别为33.2%,32%,18.7%,16.2%。691 bp长度的碱基中,共发现26个多态位点,定义了25种单倍型,其中种群间共享单倍型有7个。【结论】15个谷蠹种群之间存在一定的基因流(N_m=1.35),使用AMOVA分析种群的遗传结构表明,谷蠹种群的变异主要发生在种群内部的个体间。  相似文献   

19.
2种珍稀裂腹鱼类线粒体DNA部分序列片段的比较分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)及塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi)线粒体CO I(624 bp)、Cyt b(712 bp)和D-loop(457 bp)基因片段进行了PCR扩增和序列测定.通过分析比较发现,3个片段A+T含量与其他鱼类相比均较高,G含量偏低这一现象在...  相似文献   

20.
[目的]比较云斑白条天牛Batocera lineolata成虫雌雄个体的4个线粒体基因的序列差异,为研究种群个体分化和系统发育提供借鉴.[方法]以危害杨树云斑白条天牛种群为研究对象,分别提取并扩增云斑白条天牛雌雄成虫的线粒体DNA的COⅠ、COⅡ、Cytb、16S rRNA4个基因.通过序列比对,分析比较4个线粒体基因序列在雌雄成虫个体间的差异.[结果]危害杨树云斑白条天牛雌雄成虫的4个线粒体基因存在差异.在碱基序列相似度方面,COⅡ基因雌雄成虫间差异最大,相似度为98.3%,在比较的650个碱基位点中,2个缺失碱基,8个不一致碱基;其次为COⅠ,相似度为98.6%,比较的714个碱基位点中,5个缺失碱基,2个不一致碱基;再次为Cytb,相似度为98.9%,在比较的472个碱基位点中,4个不一致碱基;差异最小的为16S rRNA,相似度为99.2%,在比较的833个碱基位点中,2个缺失碱基,3个不一致碱基.在碱基含量方面,4个基因雌成虫A+T与C+G含量差值均高于雄成虫,Cyt b基因雌雄成虫A+T高出C+G含量的差值最高分别为40.84%和40.96%,16S rRNA差值其次分别为40.10%和40.70%,COⅡ差值再次分别为38.94%和38.22%,COⅠ差值最小分别为30.52%和30.16%.[结论]危害杨树云斑白条天牛雌雄成虫的mtDNA COⅠ、COⅡ、Cytb、16S rRNA在碱基序列相似度和碱基含量方面均存在差异,在分析种群个体分化和系统发育时,条件允许的情况下可以区分云斑白条天牛雌雄个体.  相似文献   

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