10种帘蛤科贝类COI基因序列分析及系统发育研究

应用通用引物扩增了凸加夫蛤（Gafrarium tumidum）、锯齿巴非蛤（Paphia gallus）、细纹卵蛤（Pitar striatum）、钝缀锦蛤（Tapes dorsatus）、裂纹格特蛤（Marcia hiantina） 5种帘蛤科贝类COI基因片段，并与GenBank数据库收录的加夫蛤（Gafrarium pectinatum）、沟纹巴非蛤（Paphia exarata）、日本卵蛤（Pitar japonicum）、日本格特蛤（Marcia japonica）、四射缀锦蛤（Tapes belcheri ）5种帘蛤科贝类的同源序列进行比对分析。结果表明：所有物种扩增片段长度均为616 bp，序列A+T平均含量（62.9%）明显高于G+C含量。在 616个位点中，保守位点数为282个，变异位点数为334个，其中简约信息位点数为283个。以COI基因片段序列为标记，以海螂科砂海螂（Mya arenaria）作外群，构建了帘蛤科贝类的系统进化树，其拓扑结构显示：细纹卵蛤和日本卵蛤聚为一枝，凸加夫蛤和加夫蛤聚为一枝，锯齿巴非蛤和沟纹巴非蛤聚为一枝，四射缀锦蛤单独聚为一枝，钝缀锦蛤、裂纹格特蛤和日本格特蛤聚为一枝，最后所有帘蛤科物种聚为一枝，与外群相区别，其结果与传统形态分类基本一致。研究表明，线粒体COI基因作为帘蛤科贝类DNA条形码在物种鉴定方面具有可靠性，可以作为物种分类的重要辅助手段。     

基于COI序列的DNA条形码在中国沿海缀锦蛤亚科贝类中的应用分析

该研究探讨了将COI序列应用于中国沿海缀锦蛤亚科贝类物种鉴定的可行性,获得了该亚科5属11种贝类51个个体的43个单倍型序列.碱幕替换饱和性分析表明,颠换未出现饱和现象,而转换在序列分化达到10%至15%时即到达饱和.单倍犁Hap33可能是由杂交引起的,排除此瞥倍型,种内个体间遗传距离在0%到2.02%之间,平均为0.46%,属内不同种个体间遗传距离在17.21%～32.24%之间,平均为24.96%,存在条形码问隙:11种缀锦蛤哑科贝类在邻接树和贝叶斯树上都独立的单系群.该研究表明,基于COI的DNA条形码技术能够将研究所涉及的约98%的缀锦蛤亚科贝类鉴定剑种的水平,因此,利用DNA条形码技术可以对缀锦蛤亚科贝类进行有效地分类鉴定.     

基于线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因序列的帘蛤科贝类分子系统发育研究

对21种帘蛤科贝类线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、分子系统发生研究中的应用价值。测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为707 bp(含引物),序列A+T含量(62.4%—67.8%)明显高于G+C含量。物种间共有变异位点379个,其中简约信息位点334个;此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点100个。以COI基因片段序列为标记,用中国蛤蜊(Mactra chinensis)作外群,构建了35种帘蛤科贝类(其中14种贝类COI序列从GenBank下载)的系统发生树,结合拓扑结构分析和序列比对分析,结果表明:支持将短文蛤(Meretrix petechinalis)和丽文蛤(M.lusoria)订为文蛤(M.meretrix)的同物异名的观点,建议将丽文蛤和短文蛤订为文蛤的地理亚种;支持将薄片镜蛤(Dosinia corrugata)和D.angulosa订为2个独立种的观点;认为将波纹巴非蛤(Paphia undulata)和织锦巴非蛤(P.textile)订为2个独立种是合适的。COI基因序列含有丰富的遗传信息,适合作为帘蛤科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记。     

双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生

双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲贝类的系统发育关系。从GenBank下载帘蛤目、海螂目、贻贝目、胡桃蛤目、蚶目、珍珠贝目6个目94个种类的18S全/部分序列107个,通过ClustalX软件进行序列比对, 用MEGA4.1软件和PHyML软件计算遗传距离, 构建系统发育树, 研究了双壳类18S变异规律及其在系统发生研究中的应用。结果显示18S有插入/缺失序列, 存在长度多态性。序列比对显示有5段约30 70bp的保守区, 4段约130 550bp的高变区。碱基组成平均为T:24.4%, C:23.6%, A:24.5%, G:27.5%。G+C含量为51.1%。在1796个比对位点中, 变异位点占31.7%, 简约信息位点占24.0%。目内科间遗传距离为0.003 0.043, 目间遗传距离为0.026 0.093。NJ树和ML树显示贻贝目、珍珠贝目、胡桃蛤目、蚶目和海螂目的缝栖蛤科先分别聚为支持率很高(BPN=94 100)的单系支, 后聚为一大支(BPN=100)。蛤蜊科与帘蛤目的其他科分离形成一置信度很高的单系支(BPN=93)。帘蛤科种类聚为置信度较低(BPN=60)的一支。海螂目、帘蛤目的种类没能完全聚到所属支系, 彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来。18S资料揭示帘蛤目的蛤蜊科、海螂目的缝栖蛤科已经进化为独立的支系。     

异齿亚纲贝类18S rRNA基因序列变异与系统发生

目的:了解异齿亚纲贝类的分类地位。方法:从NCBI数据库下载了异齿亚纲贝类中25个不同种的18S rRNA序列,用MEGA 5.0软件进行序列比对,用3种不同的算法构建出异齿亚纲的系统发育树。结果:显示缝栖蛤科最早与其它的7科分开,发生了较大的遗传分化,其余类群以较高的支持率聚在一起。在NJ树与ML树中蛤蜊科与海螂目的海螂科、蓝蛤科、船蛆科和海笋科聚在一起形成一个大支,而在MP树中蛤蜊科又与帘蛤科和蹄蛤科聚为一支。结论:25个不同种并未按照这两个目聚为清晰明确的两个大支,而是相互之间有嵌套。     

江西婺源森林鸟类自然保护区陆生贝类物种多样性

2008年7月至2011年11月间先后4次调查了江西婺源森林鸟类自然保护区陆生贝类资源,共采得陆生贝类57种(亚种)(含3个未定种),隶属16科28属,其中1种为江西省新纪录种,优势种为长柱倍唇螺Diplommatina paxillus longipalatalis和细纹灰尖巴蜗牛Bradybaena ravida redfieldi。区系组成以东洋界成分为主,占种类总数的64.9%。分析11个采集点生物多样性指数结果表明,Margalef丰富度指数(dMA)范围为0.423~5.501;Shannon-Wiener多样性指数(H')范围为0.047~2.333;Pielou均匀度指数(Jsw)范围为0.030~0.438。与其他自然保护区相比较,婺源森林鸟类自然保护区陆生贝类物种较丰富,与阳际峰国家级自然保护区物种相似系数较高,与甘肃白水江国家级自然保护区物种相似系数较低,陆生贝类物种多样性有明显区域性特征。     

DNA条形码技术在海洋贝类鉴定中的实践: 以大亚湾生态监控区为例

为提高物种鉴定的准确性, 本研究采用DNA条形码技术对大亚湾生态监控区冬季采集的贝类样品进行了种类鉴定。结果表明, 26个形态种中, 有15个可以通过线粒体COI和16S rRNA基因的系统发育分析鉴定到种的水平。部分形态上难以鉴定的种类, 如线缝摺塔螺(Ptychobela suturalis)和区系螺(Funa sp.)可以通过条形码实现有效鉴定。锯齿巴非蛤(Paphia gallus)、西格织纹螺(Nassarius siquijorensis)、爪哇拟塔螺(Turricula javana)等种类存在相当大的种内遗传距离, 有存在隐存种的可能性。尽管基于线粒体COI和16S rRNA基因的种内遗传距离和属内种间的遗传距离发生重合, 无明显的条形码间隙, 但通过系统树的方法仍能有效鉴定物种。可见, DNA条形码技术能有效提高海洋贝类物种鉴定的准确性并发现隐存种。     

基于COI基因分析的双齿蚋分子分类研究

为了确定COI基因序列分析在蚋科中的分类地位,本研究测定了双齿蚋(Simulium bidentatum) COI基因序列,分析该基因序列特征;下载与其同源性较高的12个蚋种的COI基因序列15条,进行同源性分析和分子系统发育研究。结果显示,双齿蚋COI基因序列(DQ534946)与S. notiale、S. snowi、S. nyssa等蚋种的COI基因序列同源性最高,在贝叶斯分析所构建的分子系统进化树中,不同蚋组的序列各自聚成一枝,双齿蚋序列(DQ534946)未与其他任何蚋种聚为一枝。研究结果表明,双齿蚋COI基因序列与蚋亚属序列同源性较高,COI基因序列分析能较好建立蚋亚属内组间关系,双齿蚋未与其他蚋组序列聚为一枝,分类至淡足蚋组并不合适,支持分类至阿根蚋组。本研究进一步明确了COI基因序列分析在蚋科分子系统发育研究中的意义,并在一定程度上解决了双齿蚋在蚋科的分类争议。     

北京典型水域贝类和虾类生物多样性监测及入侵风险分析

【目的】了解北京地区典型水域贝类和虾类生物多样性,分析外来水生入侵物种的生态风险。【方法】选取北运河、潮白河、永定河、大清河和蓟运河五大水系以及南水北调蓄水工程沿线等北京地区典型水域,于2020年6、8和10月开展3次监测工作。共设置监测站点48个,涵盖河流、湖泊、水库等不同水体类型。通过对采集样品的分类鉴定,分析北京地区贝类和虾类物种组成、分布特征和生物多样性,同时对入侵贝类沼蛤的生态风险进行初步分析。【结果】本研究共鉴定出贝类和虾类13科27种,其中,贝类11科22种,虾类2科5种。角形环棱螺、纹沼螺、中华新米虾和铜锈环棱螺为各监测站点中的优势物种。从监测时间分析,各监测站点贝类和虾类的物种数量、密度和生物量都随着监测时间的延续表现为先升高后降低的趋势,而生物多样性表现为持续升高趋势。从水体类型分析,各监测站点贝类和虾类的物种组成和生物多样性没有表现出显著差异,同质化趋势明显,而湖泊型水体贝类和虾类的生物量和密度较高。此外,本研究在玉渊潭西湖和龙潭闸2个站点均采集获得入侵贝类沼蛤的活体样品,且在3次监测中沼蛤种群密度均较大,这表明北京地区沼蛤生物入侵风险较大,需持续开展跟踪监测并密切关注其种群发展动态。【结论】北京地区底栖动物尤其是贝类和虾类资源较为丰富,但相关监测调查仍然没有全面覆盖本地贝类和虾类物种,在后续工作中应该加大监测力度,同时应密切关注入侵生物沼蛤的种群动态和入侵情况。     

线粒体COⅠ和16S rRNA片段确定近江蛏和缢蛏属的分类地位

对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellus attenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析, 并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段, 计算种间遗传距离, 构建系统发育树, 探讨近江蛏及缢蛏属的分类地位。结果表明, 5个物种COⅠ和16S rRNA片段A+T含量均远高于G+C含量, 近江蛏与缢蛏之间的碱基序列差异和遗传距离均已达到种间差异水平, 确定近江蛏为缢蛏属的一个种。分别构建COⅠ(砂海螂为外群)和16S rRNA片段(密鳞牡蛎为外群)的Neighbor-Joining系统树, 两者的拓扑结构都明确显示, 缢蛏属为灯塔蛤科一个属, 灯塔蛤科录属于竹蛏超科, 而不录属于樱蛤超科。