基于CO Ⅰ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析 |
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引用本文: | 叶朝阳,李伟,赵建,陈海港,朱新平.基于CO Ⅰ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析[J].基因组学与应用生物学,2019,38(9):3935-3945. |
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作者姓名: | 叶朝阳 李伟 赵建 陈海港 朱新平 |
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作者单位: | 中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州,510380;上海海洋大学,水产与生命学院,上海,201306;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广州,510380 |
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基金项目: | 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项;科技基础性工作专项 |
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摘 要: | 为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634 bp COⅠ基因序列片段进行研究分析。结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%。通过Kimura's 2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0~0.023 98,平均为0.003 2;种间遗传距离为0.022 3~0.334 9,平均为0.1 637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0. 02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.022 3。同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.146 7、0.212 7,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大。系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系。结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认。
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关 键 词: | 龟鳖目 CO Ⅰ基因 物种鉴定 分类进化 |
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