暗纹东方鲀线粒体COⅡ及两侧tRNA基因的克隆和序列分析

用细胞色素氧化酶第二亚基基因(COⅡ)特异性引物对暗纹东方(Takifugu fasciatus)的线粒体DNA(mtDNA)进行PCR扩增,克隆并测定了COⅡ及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,COⅡ基因691 bp和5′端上游的tRNAAsn基因及3′端下游的tRNALys基因序列共890 bp。用DNA分析软件比较暗纹东方与GenBank中9个目11种鱼类的COⅡ序列,显示暗纹东方与这些鱼类的COⅡ基因具有较高的同源性;其中与同属红鳍东方(T.rubripes)的同源性最高为99.0%。暗纹东方COⅡ基因的核苷酸组成中,A T含量为56%,与其他11种鱼类的A T含量(55%~62%)相近。鱼类COⅡ序列组成对A T核苷酸的偏倚程度比较低。根据暗纹东方与其他11种鱼的COⅡ基因序列同源性所建立的分子进化树,与传统的分类地位基本吻合。推定的tRNA二级结构为典型的三叶草型结构。     

暗纹东方鲀线粒体基因组核苷酸全序列测定与分析

以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝的线粒体DNA为模板,参照红鳍东方鲀(T.rubripes)等近源鱼类的线粒体基因组DNA序列,设计合成14对特异引物,进行PCR扩增并测序,首次获得了暗纹东方鲀线粒体基因组全序列。结果表明,暗纹东方鲀线粒体基因组序列全长16 444 bp(GenBank登录号为GQ409967),A+T含量为55.8%,其mtDNA结构与其他脊椎动物相似,由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1段819 bp非编码的控制区(D-loop)所组成。蛋白质基因除COⅠ和ND6的起始密码子为GTG、CCT以外,均为典型的起始密码子ATG。ND1、ATPase8、COⅢ、ND4L、ND5、Cyt b使用典型的终止密码子TAA,其他的使用不完全终止密码子。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro在L-链上编码之外,其余基因均在H-链编码。基因排列顺序与已测定的鲀类一致,这显示了鲀类线粒体基因排列顺序上的保守性。tRNA基因核苷酸长度为64～73nt,预测了22个tRNA基因的二级结构,均呈较为典型的三叶草状。基于19种鲀类mtDNA全序列构建的进化树表明,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、中华东方鲀(T.chinensis)聚成一个姊妹群。结果还支持东方鲀属鱼类为一单系类群。     

东方鲀属和暗纹东方鲀的学名问题

叙述了东方纯属建立的历史和暗纹东方纯的命名历史。阿部宗明在1952年建议成立东方纯属并以“Fugu”命名时,已于1949年先行在圆纯属（Sphoeroides）下建立了6个亚属。基于亚属与属具有同等有效的地位,根据国际动物命名法规中优先律的原则,应该以1949年建立的亚属之一融缸舭作为东方纯属的学名,而不用“Fugu”这个名称。早在1844年,McCHand根据采自浙江宁波、舟山一带的标本命名了暗纹东方纯,按照国际动物命名法规中优先律的原则,分布于我国长江中下游和近海的暗纹东方纯学名应该恢复为：Takfugu fasciatus（McClland,1844）。纯鱼类已经被列入人类基因组学研究的模式动物,而且一些纯鱼类的国内外贸易量日益增加,有关东方纯属和暗纹东方纯的学名问题应及时正本清源,使其更符合科学研究历史的本来面貌,有利于学术交流。     

暗纹东方鲀线粒体COI及其侧翼tRNA基因的克隆与序列分析

以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝脏的线粒体DNA为模板,按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增,克隆并测定了线粒体细胞色素氧化酶I亚基（COI）及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,克隆了暗纹东方鲀COI基因1546bp及其5′端上游的tRNATyr基因和3′端下游的tRNASer基因序列共1766bp。用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中10个目13种鱼类的COI序列进行比较分析,显示暗纹东方鲀与这些鱼类的COI基因具有较高的同源性,与同属红鳍东方鲀的同源性最高为97.6%,与同目不同科的矛尾翻车鲀和翻车鲀的同源性为76.5%和75.4%。根据暗纹东方鲀与其他13种鱼的COI基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。推定的这二种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构。