中国苋属nrDNA的ITS序列分析及其系统学意义

运用ＰＣＲ直接测序法,对苋属（Ａｍａｒａｎｒｈｕｓ Ｌ．）１５个种及外类群鸡冠花（Ｃｅｌｏｓｉａ ｃｒｉｓｔａｔａ Ｌ．）ｎｒＤＮＡ的ＩＴＳ区（包括ＩＴＳ－１,５．８５ｒＤＮＡ和ＩＴＳ－２）进行序列测定。结果表明苋属植物的ＩＴＳ序列总长度为６２９－６３２ｂｐ,长度变异仅发生在ＩＴＳ－１区（２５０－２５３ｂｐ）。采用ＰＡＵＰ软件进行系统发育分析表明：分布于中国的苋属植物可分为３组,即刺苋组（ｓｅｃｇ     

山姜属中药草豆蔻和益智nrDNA ITS区序列的测定

中药草豆蔻、益智的原植物分别为山姜属草豆蔻（Ａｌｐｉｎｉａ ｈａｉｎａｎｅｎｓｉｓ Ｋ．Ｓｃｈｕｍ．）与益智（Ａ．ｏｘｙｐｈｙｌａ Ｍｉｑ．）。本文采用ＰＣＲ直接测序法,首次测定了它们的核糖体ＤＮＡ ＩＴＳ区序列。结果显示,两者序列长度（ＩＴＳ１＋ＩＴＳ２）分别为４０３ｂｐ与４０４ｂｐ,序列间具有２７个变异位点（包括５．８Ｓ编码区）。本研究为山姜属中药材的ＤＮＡ分子鉴定提供了必要的序列资料。     

从ITS序列探讨青藏高原特有植物华福花属的亲缘关系

对青藏高原特有的濒危植物华福花（Ｓｉｎａｄｏｘａ ｃｏｒｙｄａｌｉｆｏｌｉａ Ｃ．Ｙ．Ｗｕ，Ｚ．Ｌ．Ｗｕ ｅｔ Ｒ．Ｆ．Ｈｕａｎｇ）的核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ＩＴＳ０序列及５．８ＳｒＲＮＡ基因的序列进行了测定。同川续断目和五加目有关类比较及分支分析表明华福花属与五福花属（Ａｄｏｘａ Ｌ．）近缘，不支持它可能与五加目或败酱科有亲缘关系的假设。尽管形态上它与五福花属分化十分明显，便ＩＴＳ碱基分     

ITS（nrDNA）片段在冷杉属植物中的长度多态性及其在松科的系统与 …

由ＰＣＲ反应扩增了２８种冷杉属（ＡｂｉｅｓＭｉｌｌ．）植物的ｎｒＤＮＡ的ＩＴＳ（包括ＩＴＳ１、ＩＴＳ２和５．８ｒＤＮＡ）片段,经过与１００ｂｐ和１ｋｂ的标准分子量ＤＮＡ进行比较和某些类群ＩＴＳ的全序列和部分序列测定,发现分布于墨西哥和２种分布于北美的冷杉属植物的ＩＴＳ片段长度约为２５００ｂｐ,而分布于欧亚大陆和其他分布于北美的冷杉植物的ＩＴＳ长度约为１７００ｂｐ,二者相差约８００ｂｐ。Ａ．ｂｒａｃ     

四药门花属及其近缘植物ITS区序列分析和系统学意义

测定和分析了四药门花等１３种金缕梅科（Ｈａｍａｍｅｌｉｄａｃｅａｅ）植物的核糖体ＤＮＡ转录间隔区（ＩＴＳ区）及５８Ｓ编码区的序列。应用最大简约法构建的分子系统树表明：被分析的金缕梅亚科（Ｈａｍａｍｅｌｉｄｏｉｄｅａｅ）植物形成一个单系类群,亚科内及其中的金缕梅族（Ｈａｍａｍｅｌｉｄｅａｅ）内部呈复系演化（ｐｏｌｙｐｈｙｌｅｔｉｃ）的特征;支持秀柱花族（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｅａｅ）（含秀柱花属Ｅｕｓｔｉｇｍａ、牛鼻栓属Ｆｏｒｔｕｎｅａｒｉａ和山白树属Ｓｉｎｏｗｉｌｓｏｎｉａ）成立以及将蚊母树族（Ｄｉｓｔｙｌｉｅａｅ）与弗特吉族（Ｆｏｔｈｅｒｇｉｌｅａｅ）合并的观点,此结果与Ｅｎｄｒｅｓ（１９８９）系统接近;金缕梅族中金缕梅属（Ｈａｍａｍｅｌｉｓ）与弗特吉族中的弗特吉属（Ｆｏｒｔｈｅｒｇｉｌａ）、银缕梅属（Ｓｈａｎｉｏｄｅｎｄｒｏｎ）和水丝梨属（Ｓｙｃｏｐｓｉｓ）系统发育关系密切;四药门花属（Ｔｅｔｒａｔｈｙｒｉｕｍ）与木属（Ｌｏｒｏｐｅｔａｌｕｍ）属于同一个单系类群,它们与Ｈａｍａｍｅｌｉｓ的亲缘关系较远     

节丛孢属rDNA ITS区RFLPs分析

利用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法对捕食线虫真菌节丛孢属进行了系统发育研究。以ＩＴＳ１和ＩＴＳ４为引物对该属１０种１２个菌株的核糖体ＤＮＡ转录间区（ＩＴＳ）进行了ＰＣＲ扩增,４种内切酶（ＡｌｕⅠ、ＨａｅⅢ、ＨｐａⅡ、ＴａｑⅠ）酶切。结果表明该属的ＩＴＳ区长度没有明显差异,其长度范围在６５８－７０５之间,酶切图谱能体现不同种间的多态性,根据４种内切酶酶切结果,利用ＵＰＧＭＡ法构建的节丛孢属分子系统树,基于体现     

捕食线早真菌rDNA ITS区间RFLPs分析

利用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法对捕食线虫真菌进行了系统发育研究。以ＩＴＳ１和ＩＴＳ４为引物对３属１４种１６个菌株的核糖体ＤＮＡ转录间区（ＩＴＳ）进行了ＰＣＲ扩增，４种内切酶（ＡｌｕⅠ、ＨａｅⅢ、ＨｐａⅡ、ＴａｑⅠ）酶切，结果表明不同属的ＩＴＳ区长度没有明显差异，其长度范围在５８５￣６９５之间。酶切图谱种间差别明显，种内基三一致，同属菌株图谱没有特异笥，暗示传统的分属可能过细，某些属的成立平常 有待商榷，     

烟曲霉rRNA基因ITS区的克隆测序分析

对烟曲霉ｒＲＮＡ基因内转录间区（ＩＴＳ区）进行了克隆测序,并将之与其他几种常见曲霉的相应序列进行了比较。发现３株烟曲霉的ＩＴＳⅠ区完全相同,而其中１株烟曲霉的ＩＴＳⅡ区与一条已知相应序列仅有２个碱基的变异。提示烟曲霉ｒＲＮＡ基因的两个ＩＴＳ区序列均十分保守,而且与黄曲霉、黑曲霉、土曲霉及构巢曲霉的相应序列相比较,均有一定程度的变异。     

野生大豆与栽培大豆rDNA ITS1区的研究

采用ＰＣＲ 技术从野生大豆（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｓｏｊａ）、半野生大豆（Ｇ．ｇｒａｃｉｌｌｉｓ）、多年生野生大豆（Ｇ．ｔｏｍｅｎｔｅｌｌａ、Ｇ．ｔａｂａｃｉｎａ）和栽培大豆（Ｇ．ｍ ａｘ）的两个品种ＵＮＩＯＮ、文丰７ 中扩增和克隆了ｒＤＮＡ第一转录间隔区（ＩＴＳ１）。其在Ｇ．ｍ ａｘ 基因组中的拷贝数约为２×１０３。序列分析表明Ｇ．ｓｏｊａ、Ｇ．ｇｒａｃｉｌｌｉｓ、Ｇ．ｍ ａｘ 中的Ｇ／Ｃ含量为６１．４０％ ,而Ｇ．ｔａｂａｃｉｎａ和Ｇ．ｔｏｍ ｅｎｔｅｌｌａ的Ｇ／Ｃ含量分别为５８．１１％ 和５９．０１％ ,与绿豆Ｇ／Ｃ含量（５９．８１％ ）相近。Ｇ．ｔａｂａｃｉｎａ的Ｇ／Ｃ含量是已知的植物中ＩＴＳ１ 最低的。最大同源性分析表明,大豆属植物ＩＴＳ１ 的同源程度很高,同其近缘属绿豆的同源性明显高于其它作物。同时分析了栽培、多年生和一年生野生大豆间的亲缘关系。另外还发现在已知的植物ＩＴＳ１ 序列中均含有ＧＡＣＣＣＧＣＧＡＡ 及ＧＣＧＣＣＡＡＧＧＡＡ 两个区段     

采用PCR-RFLP和RAPD对球壳孢目真菌系统学的研究

对球壳孢目真菌首次采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰ和ＲＡＰＤ进行了系统发育研究。以ＩＴＳ１和ＩＴＳ４为引物对４属１２种２４个菌株的核糖体ＤＮＡ转录间区（ＩＴＳ）进行了ＰＣＲ扩增,４种内切酶（ＡｌｕＩ,Ｈｈａ,ＭｓｐＩ,ＴａｑＩ）酶切,结果表明：主要属的ＩＴＳ区长度不同,同属不同种相同。Ｃｏｎｉｏｔｈｙｒｉｕｍ,Ｐｈｙｌｏｓｔｉｃｔａ,Ａｓｃｏｃｈｙｔａ,ＳｅｐｔｏｒｉａＩＴＳ区长度分别为６３０,５６０,５５０,５４０ｂｐ;酶切图谱属间差别明显,属内种间基本一致,暗示传统的分种可能过细,某些种的成立还有商榷的余地,ＰＣＲ－ＲＦＬＰ对确定疑难种属的地位有重要的意义。３属８种１６个菌株的ＲＡＰＤ结果表明,种内图谱相同或图谱类型相同,而种间明显不同,揭示出过去所划分的种的确存在本质的差别,但是否达到种级的差别还有待于进一步研究     

不同产区太子参的rDNA ITS区序列的比较

使用1对引物18SPl和26SP2对采自14个产区的太子参[Pseudostellaria heterophylla(Miq．)Pax ex Pax et Hoffm．]进行ITS基因的PCR扩增和测序。序列分析结果表明,14个产区太子参的ITSl片段长度为219—222bp,ITS2片段长度为235～236bp,5．8S片段长度为155—157bp.除江苏宜兴,江苏句容马梗,江苏南京老鹰山和江苏溧阳等4个产区的ITS序列碱基完全一致外,其他10个产区的ITS序列则有不同的变异,碱基变异数目(包括5．8S编码区)为1—17个。使用UPGMA法重建系统发生树,从分子生物学角度说明了它们的变异程度,为利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的太子参提供了依据。     

rDNA ITS序列在ACCC真菌鉴定中的应用

【目的】真菌无处不在,并与人类生活紧密相关。真菌的鉴定是科学研究和资源开发利用的基础。本研究从中国农业微生物菌种保藏管理中心(ACCC)随机选取已经定名的112株库藏真菌菌株作为实验材料,通过DNA测序,评估核糖体DNA内转录间隔区(rDNA ITS)序列在真菌属级鉴定上的应用。【方法】采用真菌DNA条形码rDNA ITS的序列测定和在GenBank中查寻比对的方法,对这些菌株进行属水平的鉴定复核。【结果】通过研究,供试菌株中有80株的属名与原鉴定相符,同时表明序列中套峰的情况降低与Gen Bank中序列比对的相似性。【结论】rDNA ITS序列测定法可以用于真菌菌株进行属水平的鉴定复核,国家菌种保藏机构应对已入库保藏和即将入库的所有真菌菌株都进行属水平的鉴定复核,并对菌株鉴定结果作审慎处理,原定名的名称及其变更历史应以"曾用名"在数据库中保留。     

rDNA ITS区序列分子标记技术在植物学研究中的应用

在植物学研究中,人们越来越多地采用核糖体DNA内转录间隔区（ITS）作为分子标记。本文对近10年来rDNA ITS序列在植物系统发育、分类与鉴定、种质资源以及病虫害的鉴定与防治中的应用等方面的研究进展进行了综述,并对ITS序列的应用前景进行了初步探讨。     

ITS假基因对栎属系统学研究的影响及其对分子系统学研究的启示

核糖体rDNA ITS是被子植物系统发育研究中应用最广泛的分子标记之一。以前人们认为同一物种中的ITS序列因致同进化而使不同拷贝高度一致,在分子系统学研究中常以ITS1-5.8S-ITS2序列作为构建系统进化树的基础。近年来,在对一些被子植物的研究中发现这段序列在同一物种中具有多态性,有些拷贝中的5．8S区不具编码功能,人们把含有不具编码功能5．8S区的ITS1-5．8S-ITS2序列定义为ITS假基因序列,它对同源基因致同进化的假设形成了新的挑战。在诸多应用ITS序列重建系统进化关系的研究中,栎属系统学研究因ITS假基因的发现而倍受关注。本文以栎属为例回顾了ITS假基因的发现过程,分析了其对该属系统学研究的影响,为分子生物学在植物系统进化研究中的应用提供一些新的参考。     

Phylogenetic Use of Noncoding Regions in the GenusGentianaL.: ChloroplasttrnL (UAA) Intron versus Nuclear Ribosomal Internal Transcribed Spacer Sequences

Sequence divergence was estimated within noncoding sequences of both chloroplast DNA (cpDNA)trnL (UAA) intron and nuclear ribosomal DNA (nrDNA) internal transcribed spacer sequences (ITS1 and ITS2) for 10 species of the genusGentianaL. (Gentianaceae). Comparisons of evolutionary rates among these sequences (cpDNA versus nrDNA, ITS1 versus ITS2) were performed. It appears that sequence divergence is on average two to three times higher in ITSs than in thetrnL intron sequences and higher in ITS1 than in ITS2. Both the cpDNA intron and ITSs of nrDNA give concordant phylogenetic trees. However, the ITS-based phylogeny displays higher bootstrap values. At the intrageneric level, at least inGentiana,ITSs (especially ITS2) sequences seem to be more appropriate in the assessment of plant phylogenies. Nevertheless, the cpDNAtrnL intron seems to be preferable at the intergeneric level.     

罗布麻及其易混品的DNA分子鉴定

为从分子水平更准确地鉴别罗布麻及其易混品,本研究利用PCR产物直接测序法对罗布麻、大叶白麻和Apoacynum cannabinum的核基因组（rDNA）ITS区与叶绿体基因组（cpDNA）trnL内含子及trnL-F间隔区序列进行测序与比较。结果显示,罗布麻和大叶白麻ITS序列完全一致,与A. cannabinum在ITS1区有13个位点、在ITS2区有10个位点不同;在trnL内含子区及trnL-F间隔区,罗布麻和大叶白麻共有3个位点不同,罗布麻和A. cannabinum间共有23个位点、大叶白麻和A. cannabinum间共有20个位点不同。研究表明,依据rDNA ITS区序列可鉴别A. cannabinum和国产“罗布麻”（罗布麻与大叶白麻）;利用cpDNA trnL内含子及trnL-F间隔区序列可鉴别罗布麻及其相似种。     

Identification of Fasciola species isolated from Egypt based on sequence analysis of genomic (ITS1 and ITS2) and mitochondrial (NDI and COI) gene markers

Fascioliasis has a negative impact on the farming industry in both developed and developing countries, rather than a public health challenge. This study was performed to identify Fasciola sp. from different definitive hosts (buffalo, cattle, and sheep) based on the molecular parameters and spermatogenesis. Ninety-one adult flukes were collected from livers of slaughtered animals at abattoirs in different prefectures in Egypt. Microscopic examination of the analyzed flukes showed many normal spermatozoa in the seminal vesicles (spermic), suggesting that they have the ability of spermatogenesis. This study showed that no parthenogenic Fasciola species occurred in Egypt. Molecular analysis was performed utilizing genomic (ITS1 and ITS2) and mitochondrial (NDI and COI) gene markers. Whereas 16 animals proved to have infection with a single Fasciola species, 2 were infected with both F. hepatica and F. gigantica. The results indicated that sheep were prone to F. hepatica (8 out of 10 animals) more than F. gigantica infection. Sequences of ITS1 and ITS2 ribosomal region indicated that the flukes were categorized into 3 groups F. hepatica-type (47), F. gigantica-type (42) and 2 flukes possessed sequences of both types indicating an existence of different alleles at the same loci. Unique overlapping of T/C bases were detected in both ITS1 (Position 96) and ITS2 (Position 416). Based on results of mitochondrial gene markers (NDI and COI), flukes were classified into F. hepatica-type and F. gigantica-type. Extensive intra-sequence polymorphism was detected at both markers. NDI and COI sequences of Egyptian strain of F. gigantica showed pronounced diversity compared with relevant sequences at database.     

中国石蒜属种间亲缘关系ITS序列分析

本文利用核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列对石蒜属13个种(含变种)的亲缘关系进行分析。结果表明,各样品的ITS1长度为259~260 bp,ITS2为230 bp,分别有多个特异性信息位点。以ITS序列为依据对石蒜属植物亲缘关系进行分析,表明石蒜属13个种可分为三大类,其中类Ⅰ包括中国石蒜、地笑、安徽石蒜和长筒石蒜,核型为M+T型;类Ⅱ包括矮小石蒜、换锦花、玫瑰石蒜和红蓝石蒜,核型为ST型;类Ⅲ包括稻草石蒜、乳白石蒜、短蕊石蒜和两种人工杂交种,核型为ST+M+T。系统进化树与核型分析结果相似,第Ⅲ类可能为自然杂交种。     

ITS 假基因对栎属系统学研究的影响及其对分子系统学研究的启示*

核糖体rDNA ITS 是被子植物系统发育研究中应用最广泛的分子标记之一。以前人们认为同一物种
中的ITS 序列因致同进化而使不同拷贝高度一致, 在分子系统学研究中常以ITS1- 518S- ITS2 序列作为构建
系统进化树的基础。近年来, 在对一些被子植物的研究中发现这段序列在同一物种中具有多态性, 有些拷
贝中的518S 区不具编码功能, 人们把含有不具编码功能518S 区的ITS1-51 8S- ITS2 序列定义为ITS 假基因序
列, 它对同源基因致同进化的假设形成了新的挑战。在诸多应用ITS 序列重建系统进化关系的研究中, 栎
属系统学研究因ITS 假基因的发现而倍受关注。本文以栎属为例回顾了ITS 假基因的发现过程, 分析了其
对该属系统学研究的影响, 为分子生物学在植物系统进化研究中的应用提供一些新的参考。